【比較表あり】勤怠管理システムおすすめ14選！タイプ別に解説

目次
• 勤怠管理システムおすすめ14選比較表【料金・機能・実績】
• タイムレコーダー型の勤怠管理システムおすすめ4選
• 多機能型のおすすめ勤怠管理システム6選
• 業務連携型のおすすめ勤怠管理システム4選
• 勤怠管理システム重視するポイント対応表
• 勤怠管理システムとは
• 勤怠管理システムの基本機能
• 勤怠管理システムのメリット
• 勤怠管理システムの種類｜タイムレコーダー型・多機能型・業務連携型
• 【当社アンケート調査】シェアが高い人気の勤怠管理システム
• 勤怠管理システムの選び方
• 勤怠管理システムの費用相場
• 勤怠管理システムは人事労務管理システムと連携できた方がいい？
• まとめ：勤怠管理システムは料金・機能・自社の働き方で比較しよう

勤怠管理システムおすすめ14選比較表【料金・機能・実績】

PRONIアイミツSaaS（当社）が独自アンケート調査で収集したシェアやマッチング実績をもとに、おすすめの勤怠管理システム14サービスを厳選。初期費用・月額料金、導入実績や機能を比較表にまとめました。

多くの製品で無料トライアル期間が設定されています。本導入を円滑にするため、トライアル期間中に画面の可読性や操作感を確認しておきましょう。
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「自社の条件が複数にわたり、なかなか絞り切れない…」「機能と価格のバランスが分からない…」などでお困りの方は、PRONIアイミツの診断をご利用ください。以下のボタンからいくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合った勤怠管理システムを絞り込めます。

タイムレコーダー型の勤怠管理システムおすすめ4選

一般的な勤怠管理システムの相場と比べて費用が安く、シンプルな機能で構成されている勤怠管理システムを紹介します。

多機能型のおすすめ勤怠管理システム6選

打刻から集計、シフト管理からワークフローまで一元化したい、さまざまな勤務形態や打刻方法に対応できる勤怠管理システムを紹介します。

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業務連携型のおすすめ勤怠管理システム4選

人事労務システムや給与計算ソフト、会計ソフトなどとアカウントひとつで連携でき、他の人事給与システムとも連携できる勤怠管理システム4選を紹介します。

勤怠管理システム重視するポイント対応表

タイプだけでなく、何を最も重視するかによって向いている勤怠管理システムが変わります。自分の優先ポイントを確認してから、該当するサービスをチェックしてください。

ここでは、「①とにかく安く始めたい」「②法令対応・標準機能を揃えたい」「③給与・人事システムをまとめたい」「④現場・シフト管理が複雑」「⑤大規模・複雑な組織管理」の5つの重視ポイントを軸にそれぞれの要素を特に満たしている製品を◎。機能自体は備えている製品を〇としています。

勤怠管理システムとは

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間の記録・管理ができるシステムです。出退勤時間の打刻はもちろん、残業や各種休暇の申請、シフト作成、労働時間や残業時間の集計などが一つのシステムで完結できます。

勤怠管理システムと関連する業務システムについてまとめました。混同されやすいのですが、労務管理システムと勤怠管理システムとは担う役割や備えている機能が異なります。

自社が本当に探しているシステムを特定してから探しましょう。なお「労務管理システム」と「給与計算ソフト」をお探しの方はそれぞれのリンクからお探しください。

勤怠管理システムの基本機能

勤怠管理システムは、従業員の打刻と勤怠情報の集計を管理する機能をもっています。主な機能は以下の通りです。

このほかにもシフト自動作成や工数管理、PCログ連携など、タイプによって搭載機能は異なります。またチャットツールとの連携がオプション機能になっているケースなどもあるので注意が必要です。

勤怠管理システムのメリット

勤怠管理システムを導入することの7つのメリットを説明します。自社の課題を振り返りながら、必要な要素であるか考えてみましょう。

勤怠管理システムを導入すると、タイムカードやExcelによる手作業の集計が不要になります。打刻データが自動で集計されるため、転記ミスや計算ミスを防げるのが大きなメリットです。また、残業時間もリアルタイムで可視化されるため、長時間労働の兆候を早期に発見できます。管理者の確認作業も効率化され、勤怠管理業務全体の負担軽減につながります。

労働基準法をはじめとする労務関連法令は定期的に改正されるため、企業には継続的な対応が求められます。勤怠管理システムの多くは法改正に合わせて機能や計算ロジックがアップデートされるため、自社で複雑な対応を行う必要がありません。時間外労働の上限管理や有給休暇取得義務への対応も容易になり、法令違反のリスクを抑えられます。

近年はテレワークやフレックスタイム制、直行直帰など働き方が多様化しています。勤怠管理システムであれば、パソコンやスマートフォンから場所を問わず打刻できるため、オフィス以外で勤務する従業員の勤怠も正確に管理可能です。勤務場所や勤務形態に応じた柔軟な運用ができるため、多様な働き方を推進しやすくなります。

残業申請や休暇申請などを紙やメールで運用している場合、申請内容の確認や保管に多くの手間がかかります。勤怠管理システムを利用すれば、申請から承認までをオンラインで完結できるため、書類作成や押印、回覧などの業務を削減可能です。承認状況も一目で確認できるため、管理者の負担軽減と業務スピードの向上を実現できます。

勤怠管理システムでは、従業員の出勤・退勤状況や残業時間、有給取得状況などをリアルタイムで確認できます。管理者は組織全体の勤務実態を把握しやすくなり、長時間労働や勤怠異常が発生した際も迅速な対応が可能です。人員配置の見直しや業務負荷の平準化にも活用できるため、働きやすい職場環境づくりに役立ちます。

勤怠データを給与計算システムへ自動連携できる製品であれば、担当者が勤務時間や残業時間を再入力する必要がありません。二重入力による手間や入力ミスを防げるだけでなく、給与計算業務のスピードと正確性も向上します。月末・月初に集中しがちなバックオフィス業務を効率化できるため、担当者の負担軽減にもつながります。

多くの勤怠管理システムには、従業員向けのマイページ機能が備わっています。従業員は自身の有給休暇の残日数や残業時間、勤務実績などをいつでも確認できるため、働き方を主体的に管理しやすくなります。会社側から個別に問い合わせへ対応する手間も減り、従業員の労務管理に対する意識向上や適切な労働時間管理の促進につながります。

勤怠管理システムの種類｜タイムレコーダー型・多機能型・業務連携型

勤怠管理システムは、対応できる勤怠管理業務の幅や種類によって「タイムレコーダー型」「多機能型」「業務連携型」の3つに分類できます。それぞれの特徴を把握して、自社に最適な製品を選びましょう。

打刻に特化してまずシンプルに始めたい 打刻機能に絞ったシンプル設計で、低コストかつ導入のハードルが低い。「まずデジタル化したい」「余分な機能は不要」という小規模企業に最適。無料プランや100円台から始められるサービスも多い。

▶「タイムレコーダー型おすすめ4選」でサービスをチェックする

打刻から集計・シフト・ワークフローまで一元化したい 打刻に加えて自動集計・アラート・シフト管理・申請ワークフローを一つのシステムで完結できる。勤怠管理にかける工数をまとめて削減したい中小〜中規模企業の標準的な選択肢。

▶「多機能型おすすめ7選」でサービスをチェックする

給与計算・労務ソフトと連携してバックオフィス全体を効率化したい 給与計算や会計ソフトとAPI連携し、勤怠データを自動で給与計算に反映。二重入力ゼロを実現し、月次の締め作業を大幅に短縮できる。すでに同ベンダーのソフトを使っている企業は特に導入しやすい。

▶「業務連携型おすすめ4選」でサービスをチェックする

【当社アンケート調査】シェアが高い人気の勤怠管理システム

PRONIアイミツSaaS（当社）は、勤怠管理システムを導入・利用している担当者1,000名を対象にアンケート調査を実施しました。調査の結果、利用率が最も高かったのは「ジョブカン勤怠管理」で、全体の17.9%（179名）を占めました。次いで「マネーフォワード クラウド勤怠」が10.7％、「楽楽勤怠」が10.0％と続いています。

調査結果を見ると、勤怠管理システムは特定のサービスに利用が集中しているというより、企業規模や業種、勤務形態によって選ばれるサービスが分散している傾向が見えました。そのため、人気度だけで選ぶのではなく、自社の勤務形態や必要な機能に合うかを比較することが重要そうです。

勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムは数が多く、「選ぶのが難しい」「候補を絞るのも一苦労」と感じる担当者もいるでしょう。ここでは、PRONIアイミツSaaS（当社）で2025年5月～9月にかけて、勤怠管理システムを問い合わせたユーザーデータを参照しながら、比較のポイントを解説します。

以下は、勤怠管理システム利用・導入者に選び方や優先度を聞いたアンケート調査記事です。こちらもご参照ください。

勤怠管理システムを選ぶ際は、対応している打刻方法が自社の働き方に合っているかが重要です。勤怠管理システムの打刻方法としては、下記の方法があります。

業種別の導入したい打刻方法「モバイル打刻」「PC・Web打刻」が人気

PRONIアイミツSaaS（当社）で、勤怠管理システムを問い合わせたユーザーデータを見ていきます。導入したい打刻方法を尋ねたところ、モバイル打刻とPC・Web打刻が人気でした。ただ業種によって、若干傾向が異なります。

現場勤怠が中心の建設・工事業では、モバイル打刻を希望する割合が最も高くなりました。場所を問わず打刻が必要な働き方をする場合、需要が高いようです。また、製造業やサービス業では、静脈認証を希望する割合が他業種と比べ、わずかに高くなっています。誰がどこで出入したかが重要になるため、生体認証打刻の需要がややあるようです。

関連記事：スマホアプリ対応の勤怠管理システム
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変形労働時間制やフレックスタイム制、シフト勤務などを採用している企業は、自社の勤務形態に対応できるかを必ず確認しましょう。PRONIアイミツSaaS（当社）で勤怠管理システムを問い合わせたユーザーの勤務形態を見ると、固定時間制が多いものの、変形労働時間制が45.8％、フレックスタイム制も8.3％と、さまざまな勤務形態を取っていることが伺えました。

シフト勤務や変形労働時間制は対応していないツールもあるため、注意が必要です。また、今は固定時間制で充分でも、将来的にフレックスタイム制を導入する予定があるなら対応できるツールを初めから選んでおくことをすすめます。

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勤怠管理システムと給与計算ソフトを連携できれば、従業員の労働時間の集計から給与計算までを効率化できます。すでに給与計算ソフトや人事労務システムを利用している場合は、API連携とCSV連携のどちらに対応しているかを確認しましょう。

また、利用中の給与計算ソフトや人事労務システムと同じシリーズの勤怠管理システムを選ぶのも一つの方法です。たとえば、freee勤怠管理Plusやマネーフォワード クラウド勤怠Plusは、同シリーズの給与計算・人事労務サービスと連携しやすい点が特徴です。

また、SmartHRのように人事労務管理を中心としながら、勤怠管理や給与計算に関連する機能・サービスを利用できるツールもあります。労務管理と勤怠管理、給与計算をできるだけ一元化したい場合は、勤怠管理専用システムだけでなく、人事労務システム側でどこまで対応できるかも確認しておくとよいでしょう。

関連記事：給与計算まで一括対応した勤怠管理システム

「使いやすい勤怠管理システムか」という観点は、システムを選ぶうえでとても大切なポイントです。打刻画面に遷移するのに時間がかかったり、操作をするのが難しかったりするシステムは、従業員に「使いにくい」と思われてしまいます。

せっかくお金をかけて勤怠管理システムを導入しても、なかなか社内に浸透していかなければ、いつまで経っても効率的な勤怠管理が実現しません。無料トライアル期間に従業員に実際にシステムを使ってもらい、「使いやすい」という意見がより多かった勤怠管理システムを選ぶのがおすすめです。

勤怠管理システムを選ぶ際は、費用感の違いをしっかりと把握しておきましょう。導入形態（クラウド型、パッケージ・オンプレミス型）によって費用相場やランニングコストの計算が変わってきます。

パッケージ・オンプレミス型は買い切りで、初期費用と保守費用が発生します。自社の要件に合わせた勤怠管理システムを設置できますが、導入時にかかる費用が重めなことに注意が必要です。一方、クラウド型は基本的には初期費用無料で、導入サポートや設定代行に費用がかかる仕様です。ただし、毎月従業員数に応じたランニングコストがかかります。

近年はクラウド型を利用する企業が多いですが、業種や要件によってはオンプレミス型の運用の方がお得なケースもあります。特殊な業種や要件がある場合、どちらが合っているかよく検討しましょう。

勤怠管理システムの費用相場

勤怠管理システムの費用は、初期費用、月額利用料、保守・運用費用などに分かれます。PRONIアイミツSaaSが勤怠管理システムの導入・利用者を対象に実施したアンケート調査では、初期費用は5万円～20万円未満、月額料金は300円～499円／名が相場となりました。

相場で考えると、従業員数が50名の場合、1人あたり300円であれば月額1万5,000円、1人あたり500円であれば月額2万5,000円が目安になります。

そのため月額料金が安い製品が一見かなり安く感じますが、シフト管理やワークフロー、アラート機能などがオプション扱いになっている場合があります。料金を比較する際は、基本料金だけでなく、自社に必要な機能を含めた総額で確認することが大切です。詳しくは以下記事をご覧ください。

勤怠管理システムは人事労務管理システムと連携できた方がいい？

勤怠管理システムが扱う所属部署・雇用形態・有給残日数といった情報は、人事労務管理システム側の従業員マスタと密接に紐づきやすい内容です。2つのシステムが連携していないと、入退社や異動のたびに両方を更新する二重管理が発生しやすくなります。選定時は人事労務管理システムとのAPI連携可否を確認しておきたいところです。

また、人事労務管理システムの中には、「SmartHR」のように勤怠機能をオプション提供しているサービスもあります。このようなサービスを利用することで、人事労務管理と勤怠管理を一体運用することも可能です。二重管理を発生させない選択肢の一つとして検討するのもよいでしょう。

まとめ：勤怠管理システムは料金・機能・自社の働き方で比較しよう

勤怠管理システムを選ぶ際は、料金の安さだけで判断するのではなく、自社の勤務形態に対応できるか、従業員が使いやすいか、給与計算・人事労務システムと連携できるかを比較することが重要です。

当社アンケート調査でも、勤怠管理システムの乗り換え理由として「機能が不足していた」「自社の働き方に合わなくなった」が上位に挙がっています。導入後のミスマッチを防ぐためにも、比較表や目的別のおすすめを参考に、自社に合うサービスを絞り込みましょう。

PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断を用意しています。自社だけで候補を絞り込むのが難しい場合は、ぜひご活用ください。