IT導入補助金で勤怠管理システムは申請できる？申請の際の注意点も解説｜2025年版

目次
• 勤怠管理システム導入に使えるIT導入補助金とは
• 勤怠管理システムはIT導入補助金の申請が可能
• 【比較表】IT導入補助金を活用できる勤怠管理システム
• 【2025年版】IT導入補助金を申請できる勤怠管理システムおすすめ5選
• IT導入補助金を申請する際の注意点
• 勤怠管理システムを申請できる他の助成金
• まとめ：勤怠管理システムの導入時にはIT導入補助金の活用がおすすめ

勤怠管理システム導入に使えるIT導入補助金とは

IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者が新たにITツールを導入する際の費用の一部を支援する制度です。この補助金は、業務の効率化や生産性の向上、さらには企業のデジタル化の推進などを目的としています。具体的には、会計ソフトや顧客管理システム、勤怠管理システムなど、業務に必要なITツールの導入が対象とされています。→IT導入補助金の詳細（別記事）

補助金の申請資格や対象となるツールは年度によって異なるため、最新の情報を確認することが重要です。この制度を利用することで、IT化が難しいと感じている企業でも、よりスムーズにシステム導入を進めることができます。

一方で、勤怠管理システム導入時のIT導入補助金や助成金の利用率はあまり高くないデータがあります。Chatwork株式会社の調査によると、勤怠管理のデジタル化を行う際に「国・自治体の補助金・助成金制度を利用したか」という質問に対し、「利用した」割合は32.9％と少なく、さらに31％は「支援があることを知らない」ことが判明しました。

この調査から、IT導入補助金や国・自治体の補助金・助成金が使える可能性があるにも関わらず利用できていない企業が一定数存在することが考えられます。そのため、補助金の対象者や対象システムの条件についてしっかりと理解することが、コストを抑えて勤怠管理システムを導入するための第一歩です。

IT導入補助金の対象者は、主に中小企業や小規模事業者です。これには個人事業主も含まれており、ITツールを導入し、ビジネスの効率化やデジタル化を図りたいと考えている事業者が対象となっています。（ただし、申請要件や具体的な対象者の条件は、公募要領によって詳細が定められているため、公式の情報を確認することが必要です。）

中小企業の対象者

IT導入補助金の補助対象者は以下の通りで、資本金・従業員いずれかが下記に記載の基準以下であれば補助金の対象になります。

小規模事業者の対象者

2024年からのIT導入補助金ではいくつかの重要な変更点があります。まず、支援枠が下記の4つに改編されました。

特に新設されたインボイス枠では、インボイス制度への対応が求められるITツールが補助対象となり、補助率が従来よりも拡大しています。この枠では、小規模事業者の補助率が最大4/5に引き上げられました​ 。

また、補助対象となるITツールの見直しも行われ、インボイス対応類型では会計・受発注・決済機能を有するソフトウェアが対象に含まれるようになりました（ただし、インボイス制度に対応していないソフトウェアや、ECサイト制作は対象外とされています​）。

※参照：IT導入補助金2025

勤怠管理システムはIT導入補助金の申請が可能

勤怠管理システムの導入費用は、IT導入補助金の通常枠にて申請が可能です。ここでは、通常枠の枠組みについてご紹介します。

IT導入補助金の「通常枠」は、中小企業・小規模事業者等が自社の課題やニーズに合ったITツールを導入する経費の一部を補助することで、業務効率化・売上アップをサポートする制度です。

IT導入補助金の通常枠は昨年まで「A類型」「B類型」の2種類に分かれていましたが、2024年からは「業務プロセスが1項目以上」か「業務プロセスが4項目以上」かによって分類されます。業務プロセスとは下記の通りで、1種類以上の業務プロセスを保有するソフトウェアを申請する必要があります。汎用プロセスのみの申請はできません。

通常枠の補助内容や要件は以下の通りです。

IT導入補助金の対象となる勤怠管理システムは多数あり、これからシステム化を図ろうとお考えの中小企業・小規模企業におすすめです。しかし、数ある勤怠管理システムを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）ができます。

【比較表】IT導入補助金を活用できる勤怠管理システム

2025年時点で、IT導入補助金を活用できる勤怠管理システムのなかで、とくに人気のおすすめツールを比較表にまとめました。システムの導入を検討している担当者はぜひ参考にしてください。

【2025年版】IT導入補助金を申請できる勤怠管理システムおすすめ5選

2025年のIT導入補助金で申請できる勤怠管理システムについて、特徴やおすすめポイントを解説します。

以上、IT導入補助金を使って導入できるおすすめ勤怠管理システムを紹介しました。とはいえ、選べるシステムは多数あるため、どれを選ぶべきか迷ってしまう方も多いでしょう。PRONIアイミツは、ITツール受発注のプロとして、希望要件に合った勤怠管理システムの案内が可能です。料金無料・最大6社をご紹介しますのでぜひ一度お試しください。

IT導入補助金を申請する際の注意点

IT導入補助金を申請する際には、発注・契約のタイミングや申請要件に特に注意が必要です。以下にそれぞれ解説します。

申請前に契約・発注をしたITツールは、IT導入補助金の交付が受けられない点に注意が必要です。補助金の交付申を行った後、「交付決定」の通知を受けてからITツールの契約や発注を進めるようにしましょう。

また、補助金はあくまで支払った費用の一部が補助される制度です。先に企業の持ち出しが発生するため、キャッシュの管理には注意が必要です。

IT導入補助金は2024年からメニューが変更されています。細かい申請要件も毎年のように変更されるため、公募要項などを確認する必要があります。申請しようとしているメニューの目的や申請要件と事業にズレがないか、申請前に確認しておきましょう。

勤怠管理システムを申請できる他の助成金

勤怠管理システムの導入費用等は、IT導入補助金以外の助成金でも事業の助成を受けることが可能です。ここでは、2つの助成金を紹介します。

「働き方改革推進支援助成金」は、企業が働き方改革を推進するための取り組みを支援するための助成金です。この助成金は、労働時間の適正化や多様な働き方の導入支援、生産性向上のための環境整備など、企業の働き方改革に資するさまざまな活動に対して、費用の一部を補助する制度です。

同助成金のうち、勤怠管理システムの導入に使えるメニューは以下の通りです。

詳細は厚生労働省のホームページなどでご確認ください。また、同助成金は効果・成果の報告を行い、目標の達成率に応じて助成金が支給される制度となっています。そのため、勤怠管理システムを導入した後も、目標管理の徹底が必要です。

※参照：厚生労働省「働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）」
※参照：厚生労働省「働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）」
※参照：厚生労働省「働き方改革推進支援助成金（勤務間インターバル導入コース）」

業務改善助成金も勤怠管理システムの導入に使える可能性があります。この制度は、事業場内で最も低い賃金（事業場内最低賃金）を30円以上引き上げ、生産性向上に資する設備投資等を行った場合に、費用の一部を助成する制度です。

過去には、手作業で行っていた給与計算業務を給与・勤怠システムで効率化した施策について、助成が認められています。事業の効率化以外にも賃金の引き上げが条件に含まれますが、条件が合えば検討してみると良いでしょう。

※参照：厚生労働省「業務改善助成金」

まとめ：勤怠管理システムの導入時にはIT導入補助金の活用がおすすめ

勤怠管理システムは、IT導入補助金の「通常枠」での申請が可能です。申請内容が認められれば事業費用の大幅な削減も期待できるため、IT導入補助金の活用がおすすめです。

IT導入補助金に対応している勤怠管理システムは数多く存在するため、自社に合ったシステムを選ぶのが難しいと感じる人事担当者も多いでしょう。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）ができます。