医師・病院向けの勤怠管理システムおすすめ11選

目次
• 「医師の働き方改革」対策には勤怠管理システムがおすすめ
• 医療機関向けの勤怠管理システムの選び方
• 【比較表】勤怠管理システムの機能
• 【2025年最新】医療機関向け勤怠管理システムおすすめ11選
• 「医師の働き方改革」と勤怠管理の重要性
• 医療機関・病院に勤怠管理システムを導入するメリット
• 病院やクリニックへの勤怠管理ソフト導入事例
• まとめ：医師や看護師の働き方に対応した勤怠管理ソフトがおすすめ

「医師の働き方改革」対策には勤怠管理システムがおすすめ

「医師の働き方改革」は、医療機関や病院で改正医療法に則した対応が2024年4月から始まっています。2024年問題とも呼ばれた、各種課題の対策としておすすめなのが、改正医療法（医師の働き方改革）に対応した勤怠管理システムの導入です。勤怠管理システムでは、医師や看護師の労働時間の規制を守りながら適切に勤怠管理ができます。

中規模・小規模の病院であれば、働き方改革の取り組みをする際に助成金や補助金の申請が可能です。働き方改革推進支援助成金では最大250万円、IT導入補助金では最大450万円の助成を受けられるためおすすめです。

実際に勤怠管理システムを検討する医療法人は増加しており、PRONIアイミツSaaS（当社）の独自調査では、勤怠管理システムを問い合わせたユーザーの22.3％が医療・福祉業でした。

他に問い合わせが多い建設業(17.7％)も、働き方改革で時間外労働に上限規制が設けられた業種であり、「働き方改革」に対応するため勤怠管理システムの導入やシステムの再選定をおこなう法人が増加した様子が見られます。

PRONIアイミツでは、そんな「働き方改革」に対応しやすい勤怠管理システムの選定をサポートします。以下のボタンから、いくつかの質問に答えるだけで希望要件にあった勤怠管理システム（最大6サービス）を無料で紹介できますので、ぜひ一度お試しください。

医療機関向けの勤怠管理システムの選び方

PRONIアイミツSaaS（当社）で勤怠管理システムを問い合わせた医療・福祉業の47.3％は、利用したい機能として「シフト作成」を回答しました。次いで多かったのが、「初期設定/導入サポート」で36.3％でした。

他業種と比較すると、「シフト作成」や「導入サポート」を希望する割合が高く、一般的な勤怠管理システムの選び方だけでは不十分な要素がありそうです。そこで、以下に医療機関・病院で勤怠管理システムを導入する際に特にチェックすべきポイントをまとめました。

以下は、勤怠管理システム利用・導入者に選び方や優先度を聞いたアンケート調査記事です。こちらもご参照ください。

勤怠管理システムを選ぶ際にまず確認したいのが「医療機関の36協定に則した上限時間を設定できるか」「上限超過前にアラートを出せるか」という点です。医療機関向けに特化した勤怠管理システム「CAERU勤怠」では、医療機関の法規制に沿った残業上限時間が設定されており、病院やクリニックで厳格な勤怠管理が可能です。

また、多くの勤怠管理システムでは、残業上限時間を任意で設定し、上限超過前にアラート表示する機能があります。医療機関の法規制・施設独自の就業規則に沿った残業上限期間を設定すれば、医師の超過労働対策が可能です。

夜勤・宿直・交代制の勤務を反映できるシステムでなければ、医師や看護師のシフトを管理することはできません。「複雑なシフト管理に対応しているか」という点も、医療機関で勤怠管理システムを選ぶ際に検討すべきポイント。

医療機関のシフト作成まで対応した勤怠管理システムなら、勤務パターン・職種・必要人数・職員ごとの希望勤務日などを入力するだけで自動でシフト作成ができるため、おすすめです。

緊急対応が多い医療現場には、忙しくても打刻しやすい仕組みを取り入れることが重要です。そのため、勤怠管理システム選定時には「医療現場に取り入れやすい打刻方法があるか」という観点で比較しましょう。

たとえば、タブレットにICカードをかざすだけで出勤・退勤・外出・戻りの打刻が可能な勤怠管理があります。また、顔認証や指静脈認証での打刻が可能な勤怠管理システムなら、デバイスがなくても打刻が可能です。

「入院基本料等の施設基準に係る届出書添付書類（様式9）」は、病院の入院料の届出と日常管理のために必要な書類で、患者数や看護職員の勤務状況を記載するものです。様式9はエクセルでも作成が可能ですが、記載ルールが細かく、ミスが発生しやすい点が課題です。

そこでおすすめなのが、様式9を自動作成できる勤怠管理システム。勤怠データ・様式9の記載ルールをもとに自動で書類作成が可能で、様式9の作成時間やミスを大幅に削減できます。医療機関や病院の人事労務担当者は、様式9の対応有無も比較して、勤怠管理システムを選びましょう。

【比較表】勤怠管理システムの機能

ここからは実際に、医療機関や病院向けにおすすめの勤怠管理システムを紹介します。まずは医療機関にも導入実績がある勤怠管理システムについて、機能比較した表をご覧ください。

残業アラート機能・医療機関のシフト管理・様式9対応の3機能をすべてそなえた勤怠管理システムは「ジョブカン勤怠管理」「Universal勤次郎」「ADVANCE勤怠」です。

「CAERU勤怠」は様式9を作成することができないものの、病院向けに特化しています。残業アラート機能や有給休暇管理など法改正に対応した機能があり、医療現場におすすめの勤怠管理システムです。医療向けの勤怠管理システムのランキングはこちらをご参照ください。

「医師の働き方改革」で勤怠管理システムの需要が増えたことから、さまざまな勤怠管理システムが登場してきています。そのため、どれを導入すべきか迷う方も多いです。PRONIアイミツでは、勤怠管理システム選びについての相談を無料で受け付けています。以下のボタンからいくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。

【2025年最新】医療機関向け勤怠管理システムおすすめ11選

2025年最新の機能比較で、医療機関向けにおすすめの勤怠管理システム11選を紹介します。医師の働き方改革にも対応した下記のサービスを、ぜひ比較検討ください。

「医師の働き方改革」と勤怠管理の重要性

2024年5月に医療機関関係者83名に行った調査によると、「医師の働き方改革」で気になるテーマとして最も回答が多かったのが「労働時間管理について（39%）」。今回の「医師の働き方改革」では時間外労働の上限規制が厳しくなるため、労働時間管理をどのように行うべきか、多くの医療従事者が関心を持っています。

医師や看護師には夜勤や当直などの勤務形態があり、他の業界とは働き方が違います。入院施設を備えた病院では24時間体制のサポートが必要で、日をまたいだ勤務や割増賃金での勤務が恒常的に発生。一方で受付スタッフには基本的に夜勤がありません。

このように、医療機関・病院ではさまざまな勤務形態が存在しており、給与計算も複雑になる点が課題です。人事労務担当者は、職員全員のタイムカードを集計して給与を算出する作業に多くの時間を掛けています。

また、リアルタイムでは医師の勤務状況を把握できない点も課題。医療機関では手書きの日報やエクセルなどで勤怠管理をしている場合が多く、定期的に勤怠データを更新するまで勤務の実態を把握できないのです。

 「医師の働き方改革」とは、医師の長時間労働を改善し健康確保を目的とした改革のことです。労働基準法第36条（通称36協定）では時間外労働の上限が「月45時間・年360時間まで」と定められていますが、医師については医師法の応召義務（おうしょうぎむ）※を理由に36協定の対象外とされてきました。

※「応召義務（おうしょうぎむ）」とは、医療に従事する医師は、正当な事由がなければ患者からの診療の求めを拒んではならない定めのこと。

しかし、2024年4月からは医療法が改正施行され、医師についても時間外労働の上限が設けられるなど、「医師の働き方改革」が進みました。「医師の働き方改革」での主な変更点は下記の通り。

なお、今回の法改正の背景には、医療従事者の過酷な労働環境があります。厚生労働省が実施した2020年の調査によると、病院・常勤勤務医のうち、男性の41%、女性の28%が週60時間以上の勤務を行っています。また、男性9％、女性6％が過労死ラインと言われる月80時間の時間外労働を行っているという結果になりました。

また医療業界では、自己研鑽時間（労働時間に含まれない）と見なされる時間が長いことも問題視されてきました。実際は労働であるにもかからわず自己研鑽時間として処理してしまうことで、長時間労働の実態が可視化されません。

医師や看護師が健康を確保しながら働くことは、医師・看護師の健康不安の解消だけでなく、医療ミスの軽減や医療従事者の確保の観点でも重要です。病院の人事労務担当者としては、勤怠管理システムを導入するなどの方法で、適切に医師・看護師の労働環境を管理していくことが求められています。

医療機関・病院に勤怠管理システムを導入するメリット

医療機関・病院に、「医師の働き方改革」に対応した勤怠管理システムを導入するメリットは下記の3つです。

勤怠管理システムでは、さまざまな打刻方法で労働時間を集計します。たとえば、タブレットやスマホでの打刻・ICカードでの打刻・指紋認証や顔認証での打刻が可能です。これまで自己申告制で勤怠管理をしていた医療現場では、勤怠管理システム導入により、医師や看護師の労働時間を正確に集計することができます。

また、残業時間の上限を超えそうになった場合にアラートを出す機能や、有給休暇の取得義務の残日数をカウントする機能もあり、労働基準法・改正医療法などの法律に則した勤怠管理が可能となります。

これまで、医師が手作業で日報を作成・タイムカードを押すなどの方法で日々の勤怠管理を行ってきた医療機関も多いでしょう。勤怠管理システムには打刻データから自動で勤怠情報を自動集計する機能があります。

手作業で勤怠管理を行ってきた医療機関に勤怠管理システムを導入することで、人事労務担当者の勤怠データ集計作業を軽減できます。また、勤怠管理データを給与計算ソフトに連携することで、給与計算まで自動化することも可能。人事労務全体の業務効率化を実現できます。

さまざまな勤務形態の職員がいる医療機関・病院にとって、それぞれの勤務要件をおさえたシフトを作成することは大変です。シフト管理に課題を持つ医療機関や病院には、シフト作成機能を具えた勤怠管理システムがおすすめ。「KING OF TIME」や「ジンジャー勤怠」といった勤怠管理システムにはシフト作成機能があり、シフトのパターンを複数作成できるため、さまざまな業種や働き方に対応できます。

また、既にシフト管理システムを導入済みの医療機関・病院には、シフト管理と連携可能な勤怠管理システムがおすすめです。2つのシステムを連携することで、シフト変更の情報を勤怠システムに手入力する必要がなくなり、突然のシフト変更による集計間違いも防止できます。

病院やクリニックへの勤怠管理ソフト導入事例

最後に、病院やクリニックへの勤怠管理ソフト導入事例を2つ紹介します。他社での導入効果をぜひご参照ください。

ジョブカン勤怠管理を導入したクリニック（従業員20名弱）の事例を紹介します。このクリニックでは以前、エクセルでの勤怠データ集計を行っていましたが、記入漏れやミス、提出の遅れが多発していることに課題を感じていました。

顧問税理士から推薦されたことをきっかけにジョブカン勤怠管理を検討し、1ヶ月程テスト運用。その結果、従業員からも「打刻が面倒でない」と好評だったため正式導入を決定しました。

勤怠管理ソフトの導入後は、正確な打刻時間を集計できるようになり、勤怠データも自動集計できるため業務がラクに。また、従業員の時間管理に対する意識が高まった点も、勤怠管理ソフト導入の良い効果として挙げられています。
※参照：ジョブカン「導入事例」

Universal勤次郎を導入した病院（従業員900名）の事例を紹介します。この病院では看護師のシフト数が多く存在し、時間集計だけでなく夜勤回数・宿直回数などの回数集計を行う必要があります。従来の勤怠管理方法では、タイムカードからの勤怠データ集計や申請事項の突合にかなりの時間と労力がかかる点が課題でした。

そこで、医療機関のシフト管理機能が充実している勤怠管理ソフト「Universal勤次郎」を導入。システム導入後は、時間集計・手当回数集計・申請事項の突合を一元的に行えるようになり、管理部門の作業が大幅に削減される効果が見られました。
※参照：Universal勤次郎「導入事例」

まとめ：医師や看護師の働き方に対応した勤怠管理ソフトがおすすめ

勤怠管理システムの導入から定着までは2〜3ヶ月程かかると言われています。2024年4月に施行した医療法改正、いわゆる「医師の働き方改革」に対応するなら、早めに勤怠管理システムの導入や乗り換えを検討しましょう。医師や看護師の働き方に対応した勤怠管理ソフトなら、シフト管理機能やデータ連携機能を利用することであらゆる人事労務の業務を自動化できます。

なお、医療現場の業務効率化を図りたい場合は、医療スタッフの教育コストを削減できるeラーニングシステム（オンライン学習教材）の導入もおすすめです。こちらについては別記事「医療向けにおすすめのeラーニング」で解説していますのであわせてご覧ください。

PRONIアイミツでは、サービス選びにお悩みの労務担当者からの相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで、おすすめの勤怠管理ソフトがわかる診断も用意していますので、ぜひ一度お試しください。