変形労働時間制対応の勤怠管理システム10選！給与ソフトとの連携もポイント

目次
• 変形労働時間制の勤怠管理における課題
• 煩雑な勤怠管理・給与計算の業務はシステム化がおすすめ
• 【比較表】変形労働時間制に対応した勤怠管理システム
• 【2025年最新】変形労働時間制に対応した勤怠管理システムおすすめ10選
• 勤怠管理システムの選び方
• まとめ：勤怠管理システム選びで迷ったらPRONIアイミツへ

変形労働時間制の勤怠管理における課題

変形労働時間制とは、業務の繁忙期には業務時間を長くし、閑散期には業務時間を短くすることで、シーズンごとの繁閑に対応する働き方です。おもに宿泊業や飲食店、会計事務所など、時期によって需要が大きく異なる業界で変形労働時間制が導入されています。

変形労働時間制は、企業にとっては「残業コストを削減できる点」従業員にとっては「閑散期に休暇を取りやすい点」がメリットです。ただし、変形労働時間制の導入にあたっては下記のような課題もあります。

繁忙期には閑散期と比較して労働時間が長くなり、残業時間も増える傾向があります。厚生労働省によると、時間外・休日労働時間が100時間を超過、または2～6月平均で月80時間を超過すると健康障害リスクが高まります。

そのため、変形労働時間制を導入する場合は、社員の健康に配慮した仕組みづくりが必要です。具体的には、時間外労働を含めた勤務状況を把握し、労働基準法に則り適切に管理することが必須となります。また、年次有給休暇を取得しやすい職場環境づくりや、健康診断などによる従業員の健康維持が求められます。

とくに医療業界では2024年4月から「医師の働き方改革関連法」が施行され、医師にも時間外労働の上限が適用されます。医療機関には労働時間短縮計画の作成など体制整備の義務も課されており、病院やクリニックでは人事管理の見直しが必要になっています。

変形労働時間制にはさまざまなルールが存在します。変形労働時間制では1週間単位・1ヶ月単位・1年単位で制度を作ることができますが、それぞれ残業時間の計算方法が異なります。1週間単位の変形労働時間制を導入している場合、1日あたりの労働時間は10時間までと定められている一方で、1か月単位の変形労働時間制では1週間で40時間以内などと定められているのです。

このように変形労働時間制は勤怠管理のルールが複雑で、それに紐づく給与計算も難しくなります。また労働基準法などの法律が変更された際にキャッチアップしなければならず、人事担当者にとっての負担は大きいです。

煩雑な勤怠管理・給与計算の業務はシステム化がおすすめ

変形労働時間制の採用をお考えなら、同時に勤怠管理・給与計算のシステム化がおすすめです。変形労働時間制に対応した勤怠管理システムは、残業時間を正確に記録し、残業上限時間を超える前にアラートが出る仕組みとなっています。タイムカードと比較して正確かつ効率的に出退勤を管理できるうえ、法令違反を防止できます。

最近では、勤怠データを取り込んで、給与の算出まで自動化する給与計算ソフトもあります。変形労働時間制に対応した給与計算ソフトを導入することで、人事担当者の業務負担軽減を図ることが可能です。

勤怠管理システム検討企業の働き方

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月におこなった調査で、一番回答が多かった勤務形態は変形労働時間制(44.7％)でした。次いで、固定時間制(39％)、フレックスタイム制(7.6％)と続き、変形労働時間制を採用する企業は多いことが分かります。

このような変形労働時間制の企業が、固定時間制の管理方法で対応しようとすると、人的ミスが増える・法令違反になる・給料の金額を間違えるといったリスクが高まります。ぜひこの機会に勤怠管理システム・給与計算ソフトの導入を検討しましょう。

【比較表】変形労働時間制に対応した勤怠管理システム

ここからは実際に、変形労働時間制に対応した勤怠管理システムの初期費用・月額料金・無料トライアル期間を比較します。自社の予算と照らし合わせながら、おすすめの勤怠管理システムをご確認ください。

おすすめの勤怠管理システムは、初期費用無料で導入できるものがほとんどで導入ハードルが低く、月額料金も1ユーザーあたり100円～400円と安い価格で運用できます。「KING OF TIME」や「ジョブカン勤怠管理」といった人気の勤怠管理システムでも、初期費用は無料、月額料金は1ユーザーあたり300円以下の低コストで利用できます。

また、おすすめの勤怠管理システムには無料トライアル期間やデモが用意されています。無料トライアル期間の目安は約1ヶ月間です。本格導入後にスムーズに運用できるよう、無料トライアル期間中に画面の見やすさや操作性を確認しておきましょう。

「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツ（当サイト）を活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）ができます。

【2025年最新】変形労働時間制に対応した勤怠管理システムおすすめ10選

ここからは、2025年最新の変形労働時間制に対応している勤怠管理システムおすすめ10選を紹介します。各サービスの特徴やおすすめポイントを解説しているので選定時の参考にしてください。

勤怠管理システムの選び方

多くの会社が勤怠管理システムを提供しており、自社に適したソフトウェアを見つけるのは難しいもの。そこで、選び方のポイントや比較方法を解説します。

オフィス勤務か、テレワークや現場仕事などオフィス外での勤務かによって、適切な打刻方法は異なります。そのため、自社の従業員の働き方に合った打刻方法を採用することが重要です。勤怠管理システムの打刻方法としては、下記の方法があります。

たとえば、テレワークやリモートワークの出退勤を管理したいなら、PC・スマホアプリで簡単に打刻ができる勤怠管理システムを選ぶのがおすすめです。また、不正打刻・代理打刻を防ぎたいのであれば、GPSで打刻した位置情報を取得できる勤怠管理システムや、生体認証で本人確認ができる勤怠管理システムを選ぶべきでしょう。

自社の予算感に合う勤怠管理システムを選ぶことも重要です。勤怠管理システムには「クラウド型」と「オンプレミス型」の2種類の導入形態があり、導入形態によって費用が違います。

オンプレミス型の勤怠管理システムは、初期費用が30万～100万円、月額料金は1万円程度。クラウド型の場合は、初期費用が3万～50万円、月額料金は1ユーザーあたり100～500円が相場です。

導入コストを抑えて利用したいなら、クラウド型がおすすめ。詳しい費用については別記事「勤怠管理システムの費用相場を解説！無料で導入できるソフトも紹介」で解説していますので、ぜひあわせてご覧ください。

勤怠管理システムを選ぶ際は「自社システムと連携可能か」という観点での比較も重要。システム連携することで、バックオフィス業務全体を効率化することが可能だからです。

たとえば、自社の給与計算ソフトと連携することで、勤怠データを給与計算ソフトに連携して自動で給与計算を行う仕組みをつくることができます。別記事「給与計算まで一括でできる勤怠管理ソフト」で詳しく解説していますので、ぜひあわせてご覧ください。

まとめ：勤怠管理システム選びで迷ったらPRONIアイミツへ

変形労働時間制の採用を考えているなら、同時に勤怠管理システムの導入がおすすめです。変形労働時間制に対応した勤怠管理システムは、残業時間を正確に記録し、残業上限時間を超える前にアラートが出る仕組み。タイムカードと比較して正確かつ効率的に出退勤を管理でき、適正な勤怠管理が実現します。

PRONIアイミツでは、さまざまな条件で勤怠管理システムを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。→勤怠管理システムのランキングはこちら

しかし、変形労働時間制に対応した勤怠管理システムは多数あり、どれを導入すべきか迷ってしまうでしょう。PRONIアイミツでは、ITツール受発注支援のプロとして、勤怠管理システム選びについての相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。