医療・福祉業界は、なぜ勤怠管理と給与計算システムの「連携」に失敗するのか?1,000件の相談から見えた実態と解決へのヒント

更新日
医療・福祉業界で勤怠管理と給与計算システムの連携が失敗する理由とは
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累計10万件を超えるDX関連の相談実績を持つ、国内最大級のB2Bマッチングプラットフォーム「PRONIアイミツSaaS」。日々寄せられる相談の中でも、勤怠管理・給与計算システムの運用に関する相談が多いのが、医療・福祉業界です。

当業界からは、「紙のタイムカードから抜け出せない」「手計算のミスが減らない」といった多様な悩みが寄せられます。それらの悩みの中でも特に多い課題が「勤怠管理・給与計算システムの連携ができない」ことです。

本記事では、「医療・福祉業界の勤怠管理・給与計算システムに関する相談データ1,000件」を徹底調査・分析しました。業界特有のシステム連携における課題の全体像と、その根本的な要因、そしてスムーズな連携を実現するためのシステム選びのヒントを、実際の相談データに基づいて解説します。

調査データ概要

  • 分析対象:当サイト(PRONIアイミツSaaS)に寄せられた医療・福祉業界の勤怠管理・給与計算システムに関する直近の相談データ1,000件
  • 調査地域:全国
  • 分析方法:自社内データのログ解析
  • 主な分析項目:医療・福祉業界における勤怠管理・給与計算システムに関する相談内容の内訳
  • 集計日:2026/3/9

※本調査は、DXに関する過去のご相談データを独自の基準で分類・集計しているため、厳密な数値とは異なる場合があります。

データ連携の失敗が招く手作業の具体事例

相談データ1,000件を分析した結果、全体の4割以上が「勤怠管理システムと給与計算システムの連携ができず、間に手作業での転記やExcel加工が発生している」という課題を抱えていることが判明しました。
他業界(医療・福祉以外)の相談データと比較したところ、約1.4倍もの割合にのぼるため、医療・福祉業界におけるこの課題の深刻さが伺えます。

勤怠・給与連携ができず手作業が発生している割合
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※出典:PRONIアイミツSaaS独自分析(累計10万件の相談実績に基づく勤怠管理・給与計算相談データのログ解析)。本調査結果を引用・転載される際は、必ず引用元情報(「PRONIアイミツSaaS」および記事URL)を明記ください。

ここでは、勤怠・給与のシステム連携に苦戦している現場で起きがちな手作業による運用実態を、3つの具体事例でご紹介します。

事例1:一度Excelを挟み、手作業でデータを再計算・加工している

勤怠管理システムから給与計算システムへそのままデータを出力できず、間に一度Excelを挟んで、担当者が手計算や関数でデータを加工しているケースです。

医療法人/従業員規模300〜499名
「シフトの種類が多く、従業員一人ひとりの勤務体系が異なるなど、複雑な勤怠管理が求められています。現在、勤怠管理システムは利用していますが自動集計がうまくいかず、一度データをExcelに書き出して手作業で計算し直してから、給与計算システムに情報を手入力で転記しています。この煩雑さを解消したいです」

事例2:システム仕様が合わず、データ連携自体を諦めている

長年使い続けている給与計算システムと、新しく導入を検討した勤怠管理システムの相性が悪く、データの自動取り込み設定ができずに、システム連携自体を断念してしまったケースです。

医療・福祉業界/従業員規模50〜99名
「10年以上前からインストール型の給与計算システムを利用しています。新しくクラウド型の勤怠管理システムの導入を検討しましたが、当法人の交代勤務など複雑なシフト集計結果を、既存の給与計算システムに自動で取り込ませる設定が難しく、半ば諦めています。現在は勤怠データをExcelに入力して管理し、給与計算システムへ手打ちしている状態です」

事例3:税理士のシステムと連携できず、手計算で修正して渡している

法人内での勤怠集計まではできても、給与処理を委託している外部専門家のシステムとデータ形式が合わず、月末に手作業で修正してからデータを渡しているケースです。

訪問看護事業/従業員規模30〜49名
「勤務地が多岐にわたり、パート従業員は勤務時間も日によって異なります。勤怠管理システムは入れていますが、拠点ごとの集計ルールの違いから、給与計算システムと自動連携できていません。月末に勤怠管理システムから出力したデータを手計算で修正してから、税理士の給与計算システムに渡しています」

これらの事例からわかるのは、各システムがどれほど優れた機能を持っていても、医療・福祉業界ならではの「複雑なシフト」や「複数拠点の管理」といった独自の要件に合致していなければ、データ連携がスムーズにいかないということです。

自社の業務フローや要件を事前にしっかりと整理し、それに適合するシステムを選ばないと、結果として「システムとシステムの間を手作業やExcelでつなぐ」負担が生まれてしまいます。

※本記事の事例は実際の相談を基に、情報保護の観点から、趣旨を損なわない範囲で要約・編集を行っております。
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勤怠管理・給与計算の連携を阻む「2つの要因」

具体事例からは、システムの連携がうまくいかずに手作業が発生している現場の苦労がわかりました。

なぜこれほどまでに多くの現場が、Excel加工や手入力を強いられているのでしょうか。連携課題を抱える約400件のデータをさらに深掘りしたところ、背景には医療・福祉業界特有の「構造的要因」が大きく2つ存在することが見えてきました。

勤怠管理・給与計算の連携を阻む「2つの要因」
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※出典:PRONIアイミツSaaS独自分析(累計10万件の相談実績に基づく医療・福祉業界の勤怠管理・給与計算相談データのログ解析)。本調査結果を引用・転載される際は、必ず引用元情報(「PRONIアイミツSaaS」および記事URL)を明記ください。

要因1:変形労働時間制・夜勤・複雑なシフト

システム連携を阻む最も大きな要因は、「複雑なシフトや勤務形態」です。連携につまずく法人のうち、実に4割近くがこの課題に直面しています。

一般的な勤怠管理システムは「固定時間労働」を前提に設計されていることが多く、日勤・夜勤・早出・遅出が入り乱れる交代勤務や、深夜割増の複雑な計算を正しく集計しきれません。その結果、給与計算システムにそのまま勤怠データを流し込むことができず、エラーを防ぐための手作業や再計算が発生してしまいます。

要因2:事業所・施設またぎの複雑な集計

2つ目の大きな要因は、訪問看護ステーションやクリニックの分院などにおける「複数拠点またぎの集計」です。連携に悩む法人の3割近くがこの課題に直面しています。

拠点ごとに勤怠の締め方やローカルルールが異なったり、パートスタッフが日によって別の施設へヘルプに入ったりするため、勤怠管理システム上の所属と実際の勤務実態が乖離しやすくなります。
結果として、システム同士の自動連携を諦め、「Excelで各拠点の勤怠データを一つにまとめてから、給与計算システムに手入力する」という手間が発生しています。

連携の失敗を避ける、医療・福祉業界向けシステム選びのヒント

こうした現状を踏まえると、医療・福祉業界のシステム選びでは、「自社の複雑な勤務ルールをシステム上でどこまで自動処理できるか」を見極める必要があります。データ連携の失敗を避けるためのヒントを、以下2つのポイントに整理しました。

1. 勤怠管理から給与計算まで一気通貫できるか検討する

汎用的な勤怠管理システムを無理に当てはめるのではなく、医療・福祉業界特有の「夜勤」「変形労働時間制」の集計に標準で対応できる勤怠管理システムを選ぶことが大切です。
そのうえで、連携エラーを防ぐには、別々のメーカーのシステムを組み合わせるよりも、勤怠管理と給与計算が最初からセットになっている一体型システムを選ぶことが、スムーズな連携を実現しやすい有効な選択肢となります。

2. 既存システムや外部専門家との「連携のしやすさ」を確認する

「長年使い慣れた給与計算システムはそのまま残したい」「給与計算は税理士・社労士のシステムで行っている」という場合は、新しく導入する勤怠管理システムが、指定のフォーマット(CSVやAPI)で既存の給与計算システムにデータを自動出力できるかを導入前にテスト・確認する必要があります。
 自社の運用フローにおけるデータの出口(給与計算システム)との親和性を入念に確認することが、連携成功への近道です。

まとめ:システム選びに迷ったときはプロに相談を

本記事では、医療・福祉業界における勤怠管理と給与計算システムの連携に関する課題と、その根本要因、システム選びのヒントをご紹介しました。

「自社の複雑なシフトでは連携させるのは無理だろう」と諦めてしまう前に、まずは業界特有の複雑な要件に対応できるシステムの情報を集めることから始めてみませんか?

PRONIアイミツSaaSでは、システム選びのプロが課題を丁寧にヒアリングし、スムーズなシステム連携を実現可能にするシステムをご提案します。 毎月の手作業での転記やExcel集計から抜け出すための第一歩として、ぜひお気軽にご相談ください。

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