中小企業向け勤怠管理システムのおすすめ11選！タイプ別に比較・選び方も解説

目次
• 【比較表】中小企業におすすめの勤怠管理システム11製品
• 中小企業における勤怠管理システムの利用シェア
• 勤怠管理システムの3つのタイプと特徴
• 中小企業が勤怠管理システムの導入でつまずきやすいポイント
• タイムレコーダー型のおすすめ勤怠管理システム4選
• 多機能型のおすすめ勤怠管理システム4選
• 業務連携型のおすすめ勤怠管理システム3選
• 中小企業が勤怠管理システムを選ぶ5つのポイント
• 中小企業における勤怠管理システムの費用相場
• 勤怠管理システムは人事労務管理システムと連携できた方がいい？
• まとめ：中小・小規模企業に合ったシステムを探そう

【比較表】中小企業におすすめの勤怠管理システム11製品

中小企業におすすめの勤怠管理システム（勤怠管理ソフト）について、機能や月額料金を比較表にまとめています。

紹介する勤怠管理システムはいずれも、給与計算と連携できる機能を備えています。給与計算との連携は、「給与計算機能搭載」、「同シリーズ間で連携」、「他社ソフト連携」の3パターンあります。自社の給与計算ソフトの運用状況と照らし合わせて、連携方法を検討しておくのがおすすめです。

中小企業における勤怠管理システムの利用シェア

PRONIアイミツSaaS（当社）が「勤怠管理システムの導入・利用に関わった従業員」を対象に実施したインターネット調査では、以下のような結果が得られました。従業員300人未満の企業に絞り、具体的なツール名を回答した386人のデータを集計しています。

ジョブカン勤怠管理・KING OF TIME・楽楽勤怠など、中小規模の企業向けの料金プランを用意するサービスも上位を占める結果となりました。全体データと比較すると「COMPANY」などの多機能ERPや、自社開発のオンプレミス型システムの回答が殆どありませんでした。

勤怠管理システムの3つのタイプと特徴

勤怠管理システムは、機能の幅によって大きく3つのタイプに分けられます。それぞれの特徴を早見表で確認しましょう。

3つのタイプは、勤怠管理以外にどこまでの業務をまとめて効率化したいかで分かれています。打刻のデジタル化だけを素早く実現したいなら打刻特化型、シフト管理や複雑な勤務形態への対応まで求めるなら多機能型、給与計算や労務管理とのデータ連携まで見据えるなら業務連携型が選択肢になります。

中小企業が勤怠管理システムの導入でつまずきやすいポイント

PRONIアイミツSaaSに実際に寄せられる相談内容を見ると、以下のような実務目線の悩みが目立ちます。

介護・建設・外食など、従業員ごとに勤務形態やシフトパターンが異なる業種では、法定労働時間の考え方自体が複雑になります。1ヶ月単位・1年単位の変形労働時間制では、対象期間内の総労働時間をあらかじめ決めた枠内に収める必要があり、シフトが変わるたびに残業時間の基準となる所定労働時間も変動します。

中小企業では専任の労務担当者を置けないケースも多く、集計作業が特定の担当者に属人化し、その担当者が休むと勤怠処理そのものが止まってしまうリスクも抱えがちです。

店舗や事業所が複数に分かれている企業では、各拠点の担当者からLINEや紙、Excelファイルで打刻データを個別に受け取り、本社の担当者が手作業で1つの表に集計し直しているケースが少なくありません。

この方式では拠点ごとに打刻の締め時間や記録フォーマットがバラバラになりやすく、月末の集計時期に本社側の作業が集中して残業が発生するという悪循環に陥りがちです。

打刻データを毎月Excelに手入力してから給与計算ソフトに反映している企業や、勤怠システムと給与計算ソフトのベンダーが異なり、両者の間にAPI連携がない企業も多く見られます。すでに使っている給与計算ソフトを変更したくない場合は、そのソフトとの連携実績があるかどうかが選定の分かれ目になります。

タイムレコーダー型のおすすめ勤怠管理システム4選

打刻と集計に機能を絞り、低コストかつシンプルに導入できるサービス群です。まずは紙やタイムカードでの打刻をデジタル化したい企業や、少人数の事業所に向いています。

多機能型のおすすめ勤怠管理システム4選

打刻だけでなく、シフト管理や集計・アラート機能まで幅広くカバーするサービス群です。店舗運営など、シフトが複雑な企業や、機能の広さを重視する企業に向いています。

業務連携型のおすすめ勤怠管理システム3選

勤怠データを給与計算や労務管理システムとシームレスに連携できるサービス群です。勤怠から給与計算までの二重入力をなくしたい企業に向いています。

中小企業が勤怠管理システムを選ぶ5つのポイント

大企業向けの比較記事でよく挙げられる観点をそのまま当てはめると、機能は多いのに使いこなせない、価格が高すぎるといったミスマッチが起こりがちです。人員や体制に限りがある中小企業ならではの視点で、以下の5つを確認しましょう。

詳しくは、実際の利用者1,000人へのアンケートをもとにした「勤怠管理システムは何で選ぶ？規模別ポイントと選び方のコツ」もあわせてご覧ください。

勤怠管理システムの多くは1人あたり月額課金制ですが、「最低契約人数〇名から」「月額基本料金〇円＋従量課金」といった下限設定がある製品も少なくありません。従業員5〜30名程度の企業がこうした製品を選ぶと、実際の利用人数に対して割高になるケースがあります。

まずは自社の人数で見積もりを取り、1人あたりの実質単価を必ず確認しましょう。従量課金制のサービスや、少人数までは無料になるプランを用意しているサービスなら、規模に見合わないコストを避けやすくなります。

専任のシステム担当者を置けない中小企業では、導入後の設定変更や従業員からの問い合わせに、総務・人事担当者が片手間で対応することになりがちです。管理画面の操作が直感的か、従業員側の打刻もスマートフォンなど普段使いの機器でシンプルに完結するかを事前に確認しておくと、導入後に「使いこなせない」事態を避けやすくなります。

設定代行や操作説明を無料トライアル中に受けられるサービスであれば、専任担当者がいなくても定着させやすくなります。

経理担当が1人、あるいは他の業務と兼任しているケースも多い中小企業では、勤怠データを給与計算ソフトへ二重入力する負担が特に重くのしかかります。すでに使っている給与計算ソフトを変更したくない場合は、そのソフトとの連携実績があるかどうかが選定の分かれ目になります。

API連携の可否や、対応する給与ソフトの種類を事前に確認しましょう。連携実績が明記されているサービスや、同じベンダーの給与計算サービスとセットで使えるサービスを選ぶと、二重入力の解消につながります。

飲食・小売・介護・建設など、業種によって勤務形態が複雑になりやすい中小企業ほど、標準設定だけではカバーしきれないケースが出てきます。シフト制や変形労働時間制、フレックスタイム制など、自社の勤務形態に合わせた設定の柔軟性があるかを確認しましょう。

設定が複雑になるほど、対応できるサービスは限られてきます。公式サイトの導入事例に自社と近い業種が挙がっているサービスであれば、実務での対応力を判断しやすくなります。

ITツールに不慣れな従業員が多い、あるいは教育に十分な時間を割けない中小企業ほど、導入時の設定代行や専任担当によるサポートの有無が定着のカギになります。無料トライアルの有無や、チャット・電話などサポート窓口の対応時間もあわせて確認しておくと安心です。

導入時のサポート期間や体制が具体的に明示されているサービスを選ぶと、導入後に「聞ける相手がいない」という状況を避けやすくなります。

中小企業における勤怠管理システムの費用相場

勤怠管理システムの費用は、初期費用、月額利用料、保守・運用費用などに分かれます。PRONIアイミツSaaSが勤怠管理システムの導入・利用者を対象に実施したアンケート調査では、初期費用は5万円～20万円未満、月額料金は300円～499円／名が相場となりました。

上記の相場（月額300円〜499円／名）をもとに、従業員数別の月額費用の目安は以下の通りです。初期費用（5万円〜20万円未満が相場）は別途発生する場合があります。

多くのサービスは1人あたり月額100円〜400円程度の従量課金制ですが、HRMOS勤怠やタイムカードのように一定人数まで無料になるサービスもあれば、楽楽勤怠のように月額30,000円からの定額制を採用しているサービスもあります。

勤怠管理システムは人事労務管理システムと連携できた方がいい？

勤怠管理システムが扱う所属部署・雇用形態・有給残日数といった情報は、人事労務管理システム側の従業員マスタと密接に紐づきやすい内容です。2つのシステムが連携していないと、入退社や異動のたびに両方を更新する二重管理が発生しやすくなります。選定時は人事労務管理システムとのAPI連携可否を確認しておきたいところです。

また、人事労務管理システムの中には、「SmartHR」のように勤怠機能をオプション提供しているサービスもあります。このようなサービスを利用することで、人事労務管理と勤怠管理を一体運用することも可能です。二重管理を発生させない選択肢の一つとして検討するのもよいでしょう。

まとめ：中小・小規模企業に合ったシステムを探そう

勤怠管理システムを選ぶ際は、打刻特化型・多機能型・業務連携型という3つのタイプを軸に、自社の従業員規模や勤務形態、給与計算システムとの連携要否を確認することが重要です。特に中小企業では、変形労働時間制や複数拠点への対応力、料金プランの下限といった実務的な観点が選定の決め手になります。

とはいえ、候補となるサービスは多く、自社に合う1社を絞り込むのは簡単ではありません。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）を用意しています。比較検討の手間を減らしたい方は、ぜひ一度お試しください。