中小企業向け給与計算ソフトおすすめ15選を比較！無料システムも紹介

目次
• 中小企業に給与計算ソフトがおすすめの理由
• 中小企業に人気の給与計算ソフト（独自アンケート調査）
• 【比較表】中小企業向けの給与計算ソフト
• 【安くて人気】中小企業向け給与計算ソフトおすすめ12選
• 【無料で使える】給与計算ソフトおすすめ3選
• 中小企業向け給与計算ソフトの選び方・比較ポイント
• まとめ：安い給与計算システムで中小企業の業務を効率化
• よくある質問

中小企業に給与計算ソフトがおすすめの理由

給与計算ソフト（給与計算システム）とは、従業員の毎月の給与計算はもちろん、社会保険料の計算、年末調整の計算などの各種計算を自動化できるソフトウェアです。Excelで給与計算を行っている中小企業に給与計算ソフトを導入することで、さまざまなメリットがあります。具体的に給与計算ソフトがおすすめの理由3つを解説します。

給与計算ソフトでは給与・各種手当・社会保険料などの自動計算が可能な上、Web上で給与明細を発行できる点がおすすめ。これにより、給与計算にかかる一連の業務の効率化を図れます。また、勤怠管理システムから勤怠データを自動連携する機能を利用すれば、手作業で転記する手間も不要となり、人事労務担当者の負担を大幅に軽減できます。

なお、株式会社MM総研による2016年の調査（従業員数300人未満の中小企業等を対象としたアンケート）によると、クラウド給与計算ソフトの導入目的として多いのは「セキュリティの向上」「給与計算業務にかかる人件費の削減」「ソフトウェアにかかる費用の削減」で、業務効率化によってコスト削減を目指す中小企業が多いことが分かります。

正社員のほかにアルバイトや業務委託といった、さまざまな雇用形態を採用している中小企業も多いでしょう。その場合、雇用形態ごとに給与計算方法が変わり作業が複雑になるため、ヒューマンエラーのリスクが高まるという課題があります。

給与計算ソフトでは、雇用形態ごとに給与テーブルや計算方式を設定して給与計算を自動化することが可能。正社員やパートタイマー、アルバイトや業務委託といった雇用形態ごとの給与計算がスムーズになり、計算ミスも軽減できます。

社会保険料や税率、労働法規が改正されるたびに、給与計算の担当者は自社の給与計算方法を変更する必要があります。古い計算方法によって間違った金額を振り込んでしまうと、従業員からの信頼を失ってしまう可能性も。とくに少人数の企業・中小企業にとって、従業員からの信頼を失い退職者が出ることは経営上のリスクです。

クラウド型の給与計算ソフトでは、システムの自動アップデートによって、常に最新の税率・社会保険料で給与計算を行うことが可能。自社で法令対応をする必要なく、迅速かつ正確に法対応できる点は、給与計算ソフトのメリットといえます。「ミスなく安定した労務管理を行いたい」という中小企業に給与計算ソフトはおすすめです。

中小企業向け給与計算ソフトの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

中小企業に人気の給与計算ソフト（独自アンケート調査）

PRONIアイミツSaaS（当社）は2025年11月、給与計算ソフトの導入・利用に関わった従業員等500名を対象に独自アンケート調査を実施しました。以下は、中小企業（従業員数が300名未満）で具体的なツール名を回答した241名のデータの集計結果です。中小企業で最も利用が多い給与計算ソフトは、マネーフォワードクラウド給与で16.6%、次いで、弥生給与（インストール型）が13.3%、弥生給与Nextが11.6%、給与奉行クラウドが10.8%、freee人事労務が10.6%という結果でした。

上記結果を見ると、最も利用率が高いのはマネーフォワードクラウド給与ですが、弥生シリーズ（インストール型＋クラウド型）を合わせると24.9％に達し、中小企業における根強い支持の高さがうかがえます。弥生製品は会計事務所での導入率が高く、記帳代行や給与計算を税理士に委託している企業では、担当税理士の推奨を受けてソフトの利用が継続されるケースも多いと考えられます。人的リソースが限られる中小企業では、外部専門家の意向がツール選定に直結しやすい点も背景として挙げられるでしょう。

さらに、弥生シリーズの高い利用率には、長年中小企業で使われてきたことによる「入力形式への慣れ」や「老舗ブランドへの安心感」も影響していると考えられます。特に経理と給与業務を兼務する担当者が多い中小企業にとって、「使い慣れた操作感で作業できること」は大きなメリットと言えるでしょう。

【比較表】中小企業向けの給与計算ソフト

ここからは実際に、機能や料金を比較して中小企業におすすめの給与計算ソフト（給与計算システム）を紹介します。以下、中小企業向けの給与計算ソフトの比較表をご覧ください。

上記比較表をご覧の通り、クラウド型給与計算ソフトの多くは初期費用無料、月額数百円ほどで利用を開始することが可能。「導入コストを抑えたい」という中小企業にはクラウド型給与会計ソフトがおすすめです。「弥生給与 24 +クラウド」「給料王」はインストール型給与計算ソフト（買い切り型）のため、特定のPCで長期利用する場合はランニングコストを抑えられます。

「ジョブカン給与計算」「円簿給与」「フリーウェイ給与計算」「PayBook」は無料プランを提供しており、コストをかけずに利用できます。ただし、無料で使える給与計算ソフトは利用人数の上限が設定されていることが多く、勤怠管理システムとのデータ連携にも非対応のサービスが多いため注意しましょう。有料プランへのグレードアップで、利用人数の追加・機能拡張などに対応する製品であれば、企業の成長にあわせた活用も可能です。

【安くて人気】中小企業向け給与計算ソフトおすすめ12選

ここでは、中小企業向けの安い給与計算ソフト（給与計算システム）おすすめ12選を紹介します。

【無料で使える】給与計算ソフトおすすめ3選

給与計算ソフト（給与計算システム）の導入コストを抑えたい中小企業担当者に向け、ここでは無料で使える給与計算ソフトおすすめ3選を紹介します。無料で使えるサービスは、「利用人数」「勤怠管理システムとの連携」「サポート体制」に制限がある場合が多いため、各サービスで解説していきます。

以上、中小企業におすすめの給与計算ソフトを紹介しました。給与計算ソフトのサービスは多数あるため、どれを選ぶべきか迷ってしまう中小企業も多いでしょう。PRONIアイミツは、ITツール受発注のプロとして、希望要件に合った給与計算ソフトの案内が可能です。料金無料・最大6社をご紹介しますのでぜひ一度お試しください。

中小企業向け給与計算ソフトの選び方・比較ポイント

中小企業向けの給与計算ソフト（給与計算システム）は、以下の4つのポイントで比較して選ぶのがおすすめです。

給与計算ソフトの導入形態は大きく分けて、クラウド型・インストール型（パッケージ型）・オンプレミス型の3種類に分けられます。

クラウド型の給与計算ソフトは、インターネット上にデータを保存して使う給与計算システムです。運営は提供会社が行うため、必要に応じて自動アップデートが無料で行われます。法改正や税率変更があっても常に最新版を使える点が、インストール型などと比較したメリットです。

従業員にオンライン上で給与明細書を発行したい中小企業は、Web給与明細の配布機能を確認する必要があり、正社員やアルバイト、派遣社員など多様な雇用形態を採用している中小企業では、それぞれの給与を個別に計算する機能が必要です。また、所得税や割増賃金、各種手当の計算も必要となるため、「給与計算ソフトがどの範囲まで対応しているか」という機能の比較が重要です。

なお、給与明細給与計算ソフトには下記のような機能・オプションもありますので、必要に応じて検討ください。

ニーズが多い機能は「社会保険料の自動計算」「源泉徴収票の作成」

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、社会保険料の自動計算機能が必要と考える企業は92%と最も多い結果に。続いて、源泉徴収票の作成機能が82%、給与振込用データ（FPデータ）の出力機能が77%と高いニーズがあることが分かりました。 

上記の結果から、多くの企業が法令に基づく複雑な計算や書類作成を自動化し、正確かつ効率的に処理したいと考えていることがうかがえます。ミスの防止や担当者の負担軽減を目的に、自動化機能の重要性が高まっていると言えるでしょう。  

自社の勤怠管理システムと連携できる給与計算ソフトを導入することで、勤怠データ取得から給与計算まで一連の作業を自動化できます。また、人事管理システムと連携できれば、従業員一人一人の個人情報の一括管理が可能に。

給与計算では年齢や扶養家族などの情報が必要なため、システム連携がなければそれぞれのシステムに二重登録することになり非効率です。利便性と業務効率を高めるためにも、自社で導入済みのシステムと連携できる給与計算ソフトがおすすめです。

給与計算ソフトの多くは企業規模や従業員数ごとにプランを提供しています。中小企業向けに料金を最適化したプランを用意しているサービスも多数あるため、各社のプランを比較することをおすすめします。

また、クラウド型の給与計算ソフトの料金は、月額課金制（サブスクリプションモデル）で、利用人数などに応じて費用が発生します。一方でインストール型の給与計算ソフトは買い切り型のため、初期費用として数万円程かかりますがランニングコストは発生しません。課金方法は給与計算ソフトごとに違いがあるため、中小企業に導入する際は複数社の相見積もりを行うことをおすすめします。

まとめ：安い給与計算システムで中小企業の業務を効率化

中小企業は給与計算システム（給与計算ソフト）を導入することで、ミスなく、短時間で正確に給与計算を行えるようになり、人事労務担当者の負担を軽減できます。リソースが限られる中小企業であっても、給与計算システムの導入で給与計算業務の効率化を実現できるでしょう。最近では価格の安い給与計算ソフトも多くありますので、エクセルでの計算に限界を感じている中小企業の担当者は、給与計算ソフトの導入を検討しましょう。

PRONIアイミツでは、さまざまな条件でシステムを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。
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よくある質問

給与計算ソフト（給与計算システム）について、よくある質問に答えます。

エクセルで利用可能な、無料の給与計算ソフトのおすすめは「給与計算Free for EXCEL」「EXCELで給料」「無料給与計算ソフト『楽しいかもしれない給与計算』」。完全無料ですが、10人以下の企業向けであることに注意が必要です。無料で給与計算ソフトを導入したい中小企業には下記記事もおすすめです。

少人数・小規模企業におすすめの、無料で使える給与計算ソフトは「ジョブカン給与計算」「フリーウェイ給与計算」などです。これらの給与計算ソフトは両方とも有料プランがあるため、利用人数を追加したい、機能を拡張したいといった場合でもアップグレードで対応できます。