病院（医療機関）向け給与計算ソフトおすすめ15選！福祉業界にも対応

目次
• 病院に給与計算ソフトを導入する際の課題
• 病院で給与計算ソフトを導入するメリット
• 医療・福祉業界における給与計算ソフトの選び方
• 【比較表】医療・福祉業界向け給与計算ソフト
• 医療・福祉業界向け給与計算ソフトおすすめ15選
• まとめ：勤怠データを連携できるシステムで、正確な給与計算を実現しよう

病院に給与計算ソフトを導入する際の課題

給与計算ソフト（給与計算システム）とは、従業員の勤怠情報と雇用情報をもとに給与計算を自動化できるシステムです。給与計算をはじめ、給与明細書や源泉徴収票発行の作業も自動化できるため、従来の業務を大幅に効率化できます。

給与計算ソフトは、給与計算機能や、給与・賞与・社会保険、年末調整などに関する管理機能が標準搭載し、ほかにも、勤怠管理との連携機能やワークフロー機能、項目抽出機能などさまざまな便利機能を利用できます。しかし、病院のようにシフトや雇用形態が多様な業界で給与計算ソフトを利用する際には注意が必要です。病院に給与計算ソフトを導入する際の課題は以下の通りです。

大きな規模の病院では、医師は交代制で24時間体制で対応していることも多いです。一方、受付を行う医療事務などの従業員の勤務形態は日勤で固定されているケースがほとんどです。そのため、1つの医療機関内でも日勤・夜勤・当直など勤務形態が多様になり、勤怠管理および給与計算が複雑になりがちです。病院では勤怠管理と連携できる給与計算ソフトを導入し、多様なシフトの複雑な給与計算に対応する必要があります。

病院には、医師のほかに、薬剤師、看護師、介護福祉士、医療事務といったさまざまな資格者が勤務しています。加えて、それぞれの職種において雇用形態もさまざまで、正社員・契約社員・アルバイト・パートタイムなどの従業員が混在しています。そのため、同じ組織内でも給与テーブルが複数存在し、給与計算には複雑な条件設定が求められます。

病院は、医療業界向けの給与計算ソフトを導入することで雇用が複雑な組織でも給与計算作業を自動化できます。できるだけ医療・福祉業界に導入実績がある製品を導入することもおすすめです。医療業界に必要とされる機能を搭載する実績豊富なソフトなら、使い勝手も良く、給与計算業務の効率化・自動化を実現できます。

病院で給与計算ソフトを導入するメリット

病院で給与計算ソフト（給与計算システム）を導入すると、次のようなメリットがあります。

給与計算ソフトの導入で、複雑な条件下での計算が可能になります。そのため、医療業界特有の複雑な給与計算作業をほぼ自動化できるメリットがあります。打刻データの集計作業から残業代の計算、明細発行までのすべてを自動化し、ワンストップで対応することが可能です。

給与計算ソフトを導入することで、給与計算の手計算が不要になります。勤怠データをもとに給与計算を自動化できるため、人為的な計算ミスをなくすことが可能です。また、従来行っていた入力ミス防止のための確認作業や、計算ミスを修正する手間も省けます。給与計算にかかる業務効率が飛躍的に向上するでしょう。

給与計算ソフトを導入すれば、医療業界における雇用の多様化にも対応でき、複雑な給与計算もスムーズです。医療・福祉業界ではさまざまな雇用形態を抱えているため、他業界よりも給与計算が複雑になりがちです。しかし、給与計算システムがあれば、雇用形態や労働契約に合わせてフォームをカスタマイズすることが可能。さまざまな雇用形態を持ち、シフト制で運営される病院や福祉業界では重宝するでしょう。

「医師の働き方改革」は、医療従事者の過重労働を見直し、健康を確保するために進められている取り組みです。2024年4月の医療法改正により、医療機関では残業時間の上限が大幅に制限されるようになりました。

この法改正に伴い、医療機関では正確な勤怠管理と給与管理が求められています。ほとんどの給与計算ソフトは打刻情報を連携できるため、勤務時間の自動集計や時間外手当の正確な算出が可能。法改正への対応をスムーズに実現できます。

また、当直やオンコールといった特殊勤務にも対応する勤怠管理システムとの連携で、医師や看護師ごとの勤務形態に応じた給与処理も容易になります。コンプライアンス対策につながる点は給与計算ソフトの大きなメリットです。

病院向け給与計算ソフトの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

医療・福祉業界における給与計算ソフトの選び方

医療・福祉業界における給与計算ソフト（給与計算システム）の選び方について、ポイントを解説します。

給与計算ソフトは、製品によって、対応可能な雇用形態・給与形態が限られている場合があります。病院のさまざまな雇用形態・給与形態に対応しているシステムを選ぶことで、給与計算の効率化を実現できます。正社員だけではなくアルバイトが多く在籍する医療機関や、役職や職種ごとに給与の仕組みが異なる組織は、システムの対応状況を必ずチェックしましょう。

給与計算ソフトは勤怠管理システムと連携することで、勤怠データ（タイムカードの打刻情報）をもとに正確な給与計算が行えます。そのため、勤怠管理との連携に対応しているかは必ず確認しましょう。

病院で勤怠管理システムをすでに導入し、問題なく運用できている場合、自社で利用中の勤怠管理と連携できる給与計算ソフトを選びましょう。一方で、既に勤怠管理システムを導入しているものの料金面や利便性で課題がある、あるいは、まだ勤怠管理システムを導入していない場合には、勤怠と給与を管理できるシステムがおすすめです。具体的には、「勤怠管理機能がある給与計算ソフトを導入する」または、「給与計算機能がある勤怠管理システムを導入する」がおすすめです。

多くの給与計算ソフトは、利用人数・病院の規模に応じて料金が変動します。なかには1ユーザーごとに料金がかかる従量課金制プランを提供している場合も。現在在籍している従業員だけではなく、今後の採用人数や組織拡大も考慮した上で、システムを選びましょう。

給与計算ソフトの導入形態は大きく分けて、クラウド型・インストール型（パッケージ型）・オンプレミス型の3種類に分けられます。

クラウド型の給与計算ソフトは、インターネット上にデータを保存して使う給与計算システムです。運営は提供会社が行うため、必要に応じて自動アップデートが無料で行われます。法改正や税率変更があっても常に最新版を使える点が、インストール型などと比較したメリットです。

給与計算ソフトはサービスによって搭載する機能が異なるため、各社を比較し、自社が必要な機能があるシステムを選びましょう。下記は主な機能の一覧です。

必要な機能を明確にするために、自社の課題を洗い出し、給与計算システムを導入する目的を整理しましょう。

ニーズが多い機能は「社会保険料の自動計算」「源泉徴収票の作成」

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、社会保険料の自動計算機能が必要と考える企業は92%と最も多い結果に。続いて、源泉徴収票の作成機能が82%、給与振込用データ（FPデータ）の出力機能が77%でした。 

この結果から、多くの企業が法令に基づく複雑な計算や書類作成を自動化し、正確かつ効率的に処理したいと考えていることがうかがえます。ミスの防止や担当者の負担軽減を目的に、自動化機能の重要性が高まっていると言えるでしょう。自社に必要な機能を見極める際には、上記データもぜひ参考にしてください。    

給与計算ソフトと人事労務管理システムを別々に運用すると、扶養変更や住所変更のたびに従業員情報を二重更新する必要が生じ、年末調整時にデータ齟齬が発覚するリスクがあります。

こうした問題を回避できる一体化運用の選択肢は「勤怠・給与計算と一体運用できる人事労務管理システムの紹介」で紹介しています。

【比較表】医療・福祉業界向け給与計算ソフト

ここでは実際に、機能・料金比較で医療・福祉業界におすすめの給与計算ソフト（給与計算システム）を紹介します。勤怠管理システムとの連携の対応も一覧化しています。以下、給与計算ソフトの比較表をご覧ください。

「ジョブカン 給与計算」「freee人事労務」「弥生給与 Next」はクラウド型の給与計算ソフトのため、初期費用無料で導入可能です。また、「ジョブカン 給与計算」「PayBook」「フリーウェイ給与計算」には無料プランがあるため、導入コスト削減が課題の個人クリニックや小規模な病院にもおすすめ。

「ProSTAFFクラウド」は医師の働き方改革に対応した「病院向けシステムテンプレート」があり、医療機関への導入実績が豊富なサービスです。公式サイトには料金を公開していないため、見積もりをとって確認しましょう。

数ある給与計算ソフトを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という人事労務担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算ソフトが分かる診断（無料）ができます。  

医療・福祉業界向け給与計算ソフトおすすめ15選

ここからは、医療（病院）・福祉業界向けの給与計算ソフト（給与計算システム）を紹介します。病院・福祉施設などの給与計算に役立つ機能をそなえた給与計算ソフトの特徴・導入メリットも解説しますのでぜひ参考にしてください。

  関連記事：給与計算ソフトを徹底比較！2025年最新のおすすめシステムを紹介

まとめ：勤怠データを連携できるシステムで、正確な給与計算を実現しよう

本記事では、病院・福祉施設向けの給与計算ソフトを厳選比較しました。医療業界に導入実績のあるシステムには、アラート機能や様式8への対応といった、医療向けの機能があり、給料計算業務の効率化が図れます。また、「医師の働き方改革」に対応するためにも、勤怠データ（タイムカードの打刻データ）と連携できる給与計算システムを導入し、正確な給与計算を実現しましょう。

給与計算システムを選ぶには、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で給与計算システムを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。
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とはいえ、数ある給与計算システムを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算システムが分かる診断（無料）ができます。