給与計算システムとは？メリット・デメリットや選び方を解説

目次
• 給与計算システムとは
• 給与計算システムの機能
• 給与計算システムのメリット
• 給与計算システムのデメリット
• 給与計算システムを選ぶ際のポイント
• 【2025年最新】給与計算システムおすすめ5選
• 給与計算システムの導入事例
• まとめ：毎月の給与計算はソフトで効率化がおすすめ
• よくある質問

給与計算システムとは

給与計算システム（給与計算ソフト）とは、従業員の勤怠データをもとに給与や手当を自動的に計算するシステムです。一人一人の雇用形態に合った給与計算を行える上、社会保険料や税金、控除などの計算も自動で行える機能があり、一連の給与計算業務を効率化。給与明細や源泉徴収票の作成・送信にも対応しています。  

毎月の給与計算業務は手間と時間がかかり、人事労務担当者にとって大きな負担です。また、給与計算をするためには従業員の雇用形態や保険料、税金についての正確な知識も必要です。計算ミスや情報漏えいは信頼関係の低下や、法的な問題を引き起こす可能性があるため、給与計算に多くの時間を割いている企業も多いでしょう。

給与計算システムの導入によって、給与計算に関する一連の業務を自動化できる上、人的ミスを減らすことも可能。手作業の給与計算に限界を感じる人事労務担当者に、給与計算システムの導入検討がおすすめです。

なお、株式会社MM総研による2016年の調査（300人未満の中小企業等を対象としたアンケート）によると、クラウド給与計算ソフトの導入目的としては最も多かったのは「セキュリティの向上」。次いで「人件費の削減」「ソフトウェア費用の削減」の目的でシステム導入する企業が多い結果に。

マイナンバーを含む個人情報を自社のエクセルで管理する場合と比較し、クラウドツールを利用したほうがセキュリティリスクや情報紛失のリスクが少ないと考える企業が多いことが分かります。

給与計算システムの機能

給与計算システムに搭載する機能はサービスによって異なりますが、主要な機能には下記のようなものがあります。

給与計算システムによっては、e-Gov電子申請（社会保険・雇用保険の電子申請）に対応する機能や、マイナンバー管理の自動連携機能、ワークフロー機能など搭載しているものもあります。大手企業やグローバル企業は、多言語・複数通貨への対応機能などが必要とされるケースが多いです。

給与計算システムのメリット

給与計算システム（給与計算ソフト）の主なメリットを5つ紹介します。

給与計算システムを導入すると、勤怠データの集計・入力・計算・給与明細の作成など、毎月の給与計算業務の自動化が可能。手間と時間を大幅に削減できる点がメリットです。勤務形態・給与規定が異なる従業員の給与も正確に計算可能で、時間外・休日出勤による割増賃金の計算も自動化できます。

給与の銀行振込まで行える給与計算システムなら、給与計算業務をすべて自動化。人事労務担当者は給与計算業務にかけていた時間を他の業務に回せるため、業務効率の向上・人手不足の解消に繋がります。

手入力で給与計算をする場合、集計ミスや入力ミスなどのヒューマンエラーが起こる可能性が高いです。とくに、締め日から給与支給日までの期間が短い企業では、時間に余裕がなく、単純なミスが起こりやすいでしょう。

給与計算システムでは、勤怠データをもとに各従業員の給与・会保険料・控除・各種手当を自動計算可能。人為的なミスを軽減できる点がメリットです。また、従業員の雇用形態に応じた賞与や年末調整などの複雑な計算も自動化。フレックス制や裁量労働制を採用し、給与計算が複雑な企業も、給与計算システム導入により正確な金額を出力可能です。

給与計算に関する書類は多岐に渡りますが、紙で保管していた書類をデジタル化することでファイリングの手間や紛失の心配がなくなります。未提出書類も一目で把握でき、メモや付箋に書き出す手間なく正確に管理できる点もメリットです。

労働基準法などの法令改正や税率変更は頻繁に行われていますが、給与計算の担当者はその度に新しい知識を取り入れ、正確に給与計算を行う必要があります。古い方法や間違った知識で給与計算をしてしまうと、従業員からの信頼を失いかねません。

クラウド型の給与計算システムは法改正の都度、システムが自動でアップデートされるため、自社で個別に法対応する手間を省ける点がメリット。常に最新の法規制や税率に対応した給与計算システムなら、正確な計算方法で給与計算ができるためおすすめです。

給与計算システムの導入は、ペーパーレス化による管理コスト削減・人件費の削減に繋がります。給与計算システムを利用すると、従業員はオンラインで給与明細を確認できるため、給与明細の用紙代・印刷代・封筒代・郵送代が不要になります。勤怠管理システムと連携することで、紙のタイムカード代や管理コストも不要になります。

また、給与計算システムを勤怠管理システムと連携すると、勤怠データの入力にかかっていた時間を削減でき、毎月の給与計算にかかっていた人件費を削減できます。

業務を自動化できる給与計算システムを導入すれば、労務の専門知識を持たない従業員も給与振り込みまでの業務に対応可能。属人化を解消でき業務効率化につながります。また、給与計算システムは、分かりやすい操作性・ユーザーインターフェース（UI）にデザインされていることが多く、誰もが使いやすい点もメリット。

従来のエクセルなどでの給与計算方法では、業務プロセスが複雑で専任担当者以外が対応できないといったブラックボックス化が課題でした。給与計算システムなら分かりやすい操作性で、対応引き継ぎも容易です。1人の担当者に業務負担が集中することがないため、急な休職や退職で主担当者が不在となった際にも業務が大きく滞ることがなくなります。

給与計算システムの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算システム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

給与計算システムのデメリット

給与計算システム（給与計算ソフト）の導入にはメリットが多い一方、下記のデメリットもあります。システム導入後に「自社に合わずに失敗した」ということがないよう、給与計算システムのデメリットも把握しておきましょう。

エクセルでの管理と比較した給与計算システムのデメリットは、初期費用やランニングコストが発生する点です。クラウド型の給与計算システムの料金相場は、初期費用無料・1ユーザーあたりの月額料金が300円～1,000円程です。また、インストール型（パッケージ製品）の場合は年間3万円～5万円程の利用料金がかかり、オンプレミス型の場合はシステム構築費用に30万円～100万円程のコストがかかります。

関連記事：給与計算ソフトの費用相場

とはいえ、エクセルでの給与計算にも人件費が発生しており、給与計算システムを導入して業務効率化を図ることで、企業全体で給与計算にかかる時間・人件費を削減する効果があります。担当者は給与計算システム導入予算を確保するために、「現時点で給与計算業務にかかっている人件費を含めたコスト」を算出し、システム導入後のコストと比較しましょう。

クラウド型の給与計算システムは、インターネットに接続できる環境が必要です。インターネットがない環境では、担当者が給与計算することも、従業員がオンラインで給与明細を確認することもできません。インターネット接続が不安定な環境下では処理速度が落ち、業務効率が低下する場合もあり、クラウド型給与計算システムのデメリットとなっています。オフライン環境で利用したい企業にはインストール型の給与計算システムを検討することもおすすめです。

一方で、インターネットに接続できればスマホ・パソコン・タブレットなどデバイスを問わずアクセスできる点がクラウド型給与計算システムの強みと言えるでしょう。

クラウド型の給与計算システムは、クラウド上にデータを保管するサービスのため、サイバー攻撃による不正アクセスの危険性がゼロではありません。このように、セキュリティリスクがある点もクラウド型給与計算システムのデメリットです。

ただし、クラウド型給与計算システムの提供会社はセキュリティ対策を実施しており、不正アクセスの心配は少ないです。給与計算システムを選ぶ際は、「セキュリティ対策が万全か」「多数の企業への導入実績があるか」という観点での比較も重要です。

紙媒体や手入力の給与計算方法から給与計算システムへ移行する場合、初期設定に時間がかかる点もデメリットとして挙げられます。システム導入後に、既存の給与データや従業員情報を正確に移行する必要があり、すぐに給与計算システムでの社内運用を開始できるわけではありません。

また、労務担当者は給与計算システムの操作方法を習得する必要があり、導入時の準備が必要です。とはいえ、不慣れな人にもわかりやすいユーザーインターフェース（UI）で操作性の良い給与計算システムも多く、不安な場合は導入支援サポートが充実したサービスもおすすめです。

給与計算システムを選ぶ際のポイント

給与計算システム（給与計算ソフト）には多くの種類があり、特徴や機能もさまざまです。自社のニーズに合ったツールを選ぶために、給与計算システムを選ぶ際の比較ポイントを解説します。

給与計算システムによって、対応可能な雇用形態・計算方式は違います。そのため、「自社の従業員の働き方に合った給与計算方法が可能か」の確認が必要です。

特に中小企業では、正社員のほかにパート・アルバイト、契約社員、時給制・日給制・変形労働時間制など、複数の雇用・給与体系が混在していることが多く、対応範囲の広いシステムを選ぶことで後々の運用負荷を大きく軽減できます。給与計算システムを導入する目的を整理しておくと、必要な機能が明確になります。

ニーズが多い機能は「社会保険料の自動計算」「源泉徴収票の作成」

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、社会保険料の自動計算機能が必要と考える企業は92%と最も多い結果に。続いて、源泉徴収票の作成機能が82%、給与振込用データ（FPデータ）の出力機能が77%でした。     

上記の結果から、多くの企業が法令に基づく複雑な計算や書類作成を自動化し、正確かつ効率的に処理したいと考えていることがうかがえます。ミスの防止や担当者の負担軽減を目的に、自動化機能の重要性が高まっていると言えるでしょう。自社に必要な機能を絞り込む際には、上記データも参考にしてください。

給与計算システムの導入形態は大きく分けて３種類あります。

クラウド型の給与計算システム

クラウド型の給与計算システムは、インターネット上で提供される給与計算システム。提供会社による自動アップデートで、法改正や税率変更があっても常に最新版を使える点がメリットです。

また、中小企業や大企業、事業拡大中の企業など、従業員の規模に応じて複数プランを提供している場合が多く、自社に最適なプランを選べます。。利用料金は月額課金制（サブスクリプションモデル）で、ユーザー人数により料金が変動します。

関連記事：クラウド給与計算システムを比較

インストール型の給与計算システム

インストール型の給与計算システムは、パッケージ製品を購入し、パソコンにソフトをインストールして使用します。クラウド型と比較すると、インターネット不要・オフラインでの作業が可能な点がメリットです。買い切り型なので導入時のコストはかかりますが、ランニングコストがかからない点もメリット。

一方、インストールしたパソコンでしかアクセスできないため、リモートワークや複数人での利用にはおすすめできません。また、法改正の度に手動でバージョンアップさせる必要があり、手間と時間がかかる点もデメリットです。

関連記事：インストール型の給与計算システムを比較

オンプレミス型の給与計算システム

オンプレミス型の給与計算システムは、自社サーバーにシステムを構築して管理・運用するシステム。カスタマイズ性が高く、独自の細かいニーズに合わせた給与計算システムを構築できます。また、給与計算業務が自社のみで完結するため、情報漏えいリスクが低減できる点もメリット。

しかし、オンプレミス型は導入費用が高い・定期的なメンテナンスが必要という点がデメリットで、クラウド型などと比較してコストが膨らみます。

給与計算システムの種類は、給与計算特化タイプ・人事給与タイプ・ERPタイプの３つに分けられます。

1. 給与計算特化タイプ

給与計算特化タイプは、給与の自動計算と給与明細の発行に機能を絞ったタイプで、給与計算システムが初めての人も使いやすいのがメリットです。勤怠管理や人事・労務管理機能を含まないものの、とにかくコストを抑えてシステム導入したい企業におすすめ。30名以下の小規模企業に適しています。

関連記事：小規模・少人数の企業におすすめの給与計算ソフト

2. 人事給与タイプ

人事給与タイプは、給与計算だけではなく、人事・労務管理にも幅広く対応したシステム。各種手当・勤怠管理・社会保険の手続き・扶養情報・入退社管理など、必要な情報をシステム内で一元管理でき、人事・労務業務をスムーズに行えます。

また、給与計算特化タイプと比較すると料金が高い一方、業務効率化に大きく貢献します。自社の希望要件に合わせて、機能の範囲を選択できるのも特徴で、中小企業から大企業まで幅広い規模の企業におすすめです。

3. ERPタイプ

ERPとはEnterprise Resource Planningの略で、給与計算や人事・労務管理、会計、在庫管理など、経営に必要な企業内データを統合管理できるオールインワンシステムです。部門横断敵に経営データを共有でき、販売実績の計算や経営分析に活用できる点がメリット。しかし、ERPタイプは導入費用が高額なため、導入している企業のほとんどが大企業となっています。

インストール型・オンプレミス型は導入時の初期費用やメンテナンス費用がかかります。一方、クラウド型の給与計算システムはランニングコストがかかるものの、インストール型・オンプレミス型と比較して料金が安い傾向があり、コストを抑えて給与計算システムを導入したい企業におすすめです。

ただし、クラウド型はサービスによって従業員数の増加や追加オプションなどで費用が上がる場合もあるため、導入時だけでなく「3年・5年利用した場合のトータルコスト」で比較することが、後悔しない選び方につながります。

給与計算ソフトを乗り換えた理由の2位は「料金が高かった」で29.9％

PRONIアイミツSaaS（当社）は2025年11月、「給与計算ソフトの導入・利用に関わった従業員」を対象に独自アンケート調査を実施しました。給与計算ソフトを他のソフトから乗り換えた理由は、「利用料金・総額コストが高かった」が29.9%と2番目に多い結果になりました。

この結果から、企業は実際の運用にかかる総額コストを重視し、費用対効果が見合わないと判断すれば乗り換えに踏み切るケースがあることが分かります。そのため、自社の運用に必要な機能を踏まえたうえで、長期的に見た費用対効果を評価することが重要と言えるでしょう。

給与計算システムは、勤怠管理システムのような他システムと連携することでバックオフィス全体の業務効率化を図ることが可能。すでに自社に導入済みの勤怠管理システムや労務管理システムがある場合、「自社の勤怠管理システムと連携可能か」という観点で給与計算システムを比較検討することがポイントです。給与計算システムによって連携できるツール異なるため、比較検討しましょう。

給与計算業務では、従業員の個人情報や会社の機密情報を扱うため、万全のセキュリティ対策が求められます。クラウド型の給与計算システムは、インターネットを通じたサービスのため、不正アクセス・情報漏えいリスクはゼロではありません。

外部からのハッキングによる不正アクセス対策だけではなく、アクセス権限設定や二段階認証など高度なセキュリティ対策を実施する給与計算システムを選びましょう。

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【2025年最新】給与計算システムおすすめ5選

機能や実績を比較して特に人気の給与計算システム（給与計算ソフト）おすすめ5選を紹介します。

関連記事：機能や料金比較でおすすめの給与計算ソフト（給与計算システム）

給与計算システムの導入事例

最後に給与計算システム（給与計算ソフト）の導入事例を紹介します。実際に給与計算システムを導入した会社でどのような効果があったのか、2社の成功事例を見ていきましょう。

給与計算や勤怠管理、労務管理、経費精算など幅広いシリーズ製品を展開する「ジョブカン」を導入し、勤怠管理と給与計算の連携に成功した、とある商工会議所の事例をご紹介します。（参考サイト：ジョブカン公式サイト）

この商工会議所では以前、出勤簿や年次有給休暇取得届などの各種届を全て紙文書で作成しており、内容の確認や有給取得状況など確認に手間がかかっていました。また、書類に不備があれば口頭で伝え、再提出を促すのにも手間がかかり、効率的とは言えない状況が続いていました。

そうした状況を改善すべく、給与計算システムと連携可能な「ジョブカン勤怠管理」を導入。勤怠管理システムの導入により勤怠データは自動取得が可能に。また、2つのシステムを同時利用することで勤怠管理データを給与システムに直接流し込めるようになりました。

システム導入後は出勤簿集計・不備修正の手間が大幅に削減できる効果を実感。また、勤怠データをもとに給与の自動計算が可能となり、給与計算業務も効率化。外出先からもアクセス可能なクラウドシステムのメリットを活かし、テレワークも実施しているとのことです。  

給与計算システム「フリーウェイ給与計算」の導入により、給与計算にかかる時間が4分の1になった、和菓子製造会社の事例をご紹介します。（参考サイト：フリーウェイ給与計算の公式サイト）

都内に10店舗を展開するこの企業では以前、別の会社の給与計算ソフトを使っていましたが、ソフトの提供会社と連絡がとれなくなる事態が発生。所得税や社会保険の法令改正対応を自社でや行っていました。しかし、頻繁な所得税や社会保険の法令改正に自社対応が追い付かず、新しい給与計算システムの導入を検討。

使い勝手と費用対効果の高さが決め手となり「フリーウェイ給与計算」の導入に至りました。クラウドサービスの「フリーウェイ給与計算」では、法改正に対応してシステムが自動アップデートされるため、自社で法対応する必要がなくなりました。

また、システム導入前に6時間かかっていた給与計算が、システム導入後は1時間半で完了。給与台帳・算定基礎賃金の届け出なども作成できるので、給与関連の書類を作る時間がほぼゼロになったと言います。作業時間の大幅短縮・業務効率化を実現したことで、気持ちの面でもとても楽になったそうです。

まとめ：毎月の給与計算はソフトで効率化がおすすめ

本記事では、給与計算システム（給与計算ソフト）の概要をはじめ、メリット・デメリット、選び方、おすすめの給与計算システムまで解説しました。給与計算システムの導入によって、給与計算に関する一連の業務を自動化でき、作業ミスを減らすことも可能になります。毎月発生する給与計算業務はソフトで効率化することをおすすめします。

給与計算システムを比較すると、導入形態（クラウド型やインストール型など）や機能、連携ツールに違いがあり、自社に最適な給与計算システムが分からないという担当者も多いでしょう。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で給与計算システムを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。
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よくある質問

給与計算システム（給与計算ソフト）について、よくある質問に回答します。

無料でおすすめの給与計算ソフトは「フリーウェイ給与計算」「円簿給与」「ジョブカン給与計算」です。利用料金は無料ですが、利用人数に上限があり、勤怠管理システムとの連携には非対応のサービスが多いため注意しましょう。
→別記事：無料のおすすめ給与計算ソフト！機能と特徴を比較

インストール型のおすすめ給与計算ソフトは「やよいの給与計算」「かるがるできる給料」「給料王」です。買い切り型のため、長期で利用する企業はランニングコストを削減できるケースがあります。