複数事業所に対応する給与計算ソフトおすすめ8選を比較

目次
• 複数事業所に対応した給与計算ソフトとは
• 複数事業所に対応した給与計算ソフトのメリット
• 【比較表】複数事業所対応の給与計算ソフト
• 【クラウド】複数の事業所に対応する給与計算ソフトおすすめ8選
• 給与計算ソフトの選び方・比較ポイント
• まとめ：事業所別の給与計算を本社で一括管理し、業務効率化へ

複数事業所に対応した給与計算ソフトとは

給与計算ソフト（給与計算システム）とは、 従業員の勤怠データをもとに給与や手当を自動的に計算するシステムです。一人一人の雇用形態に合った給与計算を行えるうえ、社会保険料や税金、控除などの計算も自動で行え、一連の給与計算業務を効率化します。

複数事業所に対応した給与計算ソフトとは、支店や営業所ごとに異なる従業員情報や勤怠データを効率的に集約し、一括で給与計算ができる仕組みのソフトのこと。複数の法人やグループ会社を持つ企業にもおすすめで、それぞれの給与計算業務を一元的に管理できます。

一般的な給与計算ソフトが単一の事業所での利用を想定しているのに対し、複数事業所対応のソフトは、事業所ごとの異なる就業規則や給与規定、手当、社会保険料率などを個別に設定できる機能を搭載しています。

事業所単位で権限を分けて担当者が入力でき、本社では全事業所の給与計算データを集約して処理することが可能。クラウド型であれば、全国に複数の事業所があっても場所に縛られずに安全に運用できます。

データ入力の効率化はもちろんのこと、法改正への対応やセキュリティ面での管理もしやすくなり、企業全体のバックオフィス業務の負担を軽減できるのが特徴です。

複数の事業所の給与計算を効率化する、おすすめの機能を表にまとめました。

複数事業所でスムーズに給与計算を行うには、拠点ごとの権限設定やデータ入力を分担できる機能が欠かせません。例えば、各拠点の担当者が勤怠情報を入力し、本社が最終確認を行える承認フローがあると便利です。

また、店舗間異動や複数拠点勤務が多い業種では、異動履歴を自動で反映できる機能が便利でしょう。勤怠システムとの連携機能もおすすめです。

複数事業所に対応した給与計算ソフトのメリット

複数事業所に対応した給与計算ソフトを導入することには、多くのメリットがあります。ここでは主なメリットを解説します。

複数の事業所を持つ企業では、支店ごとに勤怠データや残業時間の集計を行い、本社が最終的に一括で給与を計算する流れが一般的です。複数事業所対応の給与計算ソフトであれば拠点別の管理機能により、支店担当者が自分が担当範囲だけを入力できます。本社はすべてのデータをリアルタイムで確認可能で、取りまとめの負担が軽減します。

さらに、本社側は全ての事業所の給与データが集約できるため、全体の人件費を俯瞰して把握し、経営判断に役立てるといった活用も可能です。各事業所での運用と本社での管理を両立できるのは、複数事業所対応ソフトならではの強みです。

給与計算ソフトを活用して複数事業所の情報を一元管理すると、紙の申請やExcel管理に比べて作業時間を大幅に短縮できます。データが即座に反映され、締め日直前の集計漏れや確認作業の二重手間も減らせます。

例えば、人事異動や組織変更があった際も、システム内で一元的に情報を更新するだけで、全ての関連業務に反映します。また、社会保険料や税金の計算、年末調整といった定型業務も自動化でき、担当者の作業負担が大幅に軽減します。結果として、給与計算にかかる時間とコストを削減し、コア業務に集中できるようになります。

複数法人やグループ会社を運営している場合でも、複数事業所対応の給与計算ソフトなら一つのシステムで法人ごとの給与計算をまとめて管理できます。法人ごとにマスタデータを分けながらも、共通の画面で切り替えられるため、担当者の作業負担を抑えられます。

グループ内での出向や転籍があった場合でも、システム内で従業員情報をスムーズに引き継ぎ、過去の給与履歴を一元的に管理可能。また、グループ会社間での共通の給与体系やルールをシステム上で設定・適用することで、ガバナンス強化にもつながります。

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【比較表】複数事業所対応の給与計算ソフト

ここからは実際に、機能や料金を比較しておすすめの複数事業所対応の給与計算ソフトを紹介します。以下、給与計算ソフトの比較表をご覧ください。

上記比較表をご覧の通り、複数事業所対応の給与計算ソフトは、導入形態が「クラウド型」「オンプレミス（パッケージ）型」の2通りです。「ジョブカン 給与計算」では無料プランを提供しています。

「PayBook」「ジョブカン 給与計算」「マネーフォワード クラウド給与」「PCAクラウド給与」は無料トライアルを利用可能。サービスの機能性や操作性を比較してから導入を検討することをおすすめします。複数の顧問先をそれぞれ管理したい会計事務所は下記記事も参考にしてください。

【クラウド】複数の事業所に対応する給与計算ソフトおすすめ8選

ここからは、複数事業所に対応するクラウド給与計算ソフトおすすめ8選を詳しく解説します。

以上、機能比較や料金比較でおすすめの複数事業所対応クラウド給与計算ソフトを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、給与計算ソフト選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのツールがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

給与計算ソフトの選び方・比較ポイント

ここでは、給与計算ソフトの選び方・比較ポイントを解説します。

複数事業所で利用する場合、支店の担当者や本社の管理者など、複数のユーザーがソフトを操作します。そのため、誰でも直感的に使える操作しやすいインターフェースかを比較しましょう。

入力ミスや確認漏れを防ぐためにも、導線が分かりやすく、権限別に必要な画面のみを表示できる仕組みがあると便利です。

なお、戦略総務のための専門誌「月刊総務」が株式会社マネーフォワードと共同で実施した調査では、 「給与計算ソフトの選定で重視すること」について、『操作性』が79.1%で1位という結果でした。 

給与計算ソフトを比較選定する際には、8割近い企業が操作性を重要視していることがわかります。事前に無料トライアルで操作性を比較し、簡単に操作できるものを選ぶことをおすすめします。

給与計算ソフトはサービスによって、対応可能な雇用形態・給与体系が異なります。そのため、「複数事業所に対応していることに加え、自社に合った給与計算が可能か」を確認しましょう。なお、給与計算ソフトには下記のような機能があります。

また、給与計算のみを自動化できるシステムもあれば、人事・労務管理まで対応できるシステムもあります。人事労務業務全般に対応したシステムなら、大幅な業務効率化を実現できるでしょう。自社に必要な機能を搭載しているかという観点での比較がおすすめです。

ニーズが多い機能は「社会保険料の自動計算」「源泉徴収票の作成」

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、社会保険料の自動計算機能が必要と考える企業は92%と最も多い結果に。続いて、源泉徴収票の作成機能が82%、給与振込用データ（FPデータ）の出力機能が77%でした。     

この調査結果から、多くの企業が法令に基づく複雑な計算や書類作成を自動化し、正確かつ効率的に処理したいと考えていることがうかがえます。必要な機能を絞り込む際には、上記データもぜひ参考にしてください。  

給与計算ソフトの導入形態は大きく分けて、クラウド型・インストール型・オンプレミス型の3種類です。

クラウド型の給与計算ソフトは、インターネット上にデータを保存して使う給与計算システムです。複数事業所や支店を横断して情報を集約したい企業にはクラウド型が便利です。

管理は提供会社が行うため、必要に応じて自動アップデートが無料で行われます。法改正や税率変更があっても常に最新版を使える点が、インストール型・オンプレミス型と比較した強みです。

給与計算ソフトは、勤怠管理システムや人事労務管理システムと連携できるかがポイントです。たとえば、勤怠管理システムとの連携で勤怠データの自動反映が可能となり、給与計算業務をさらに効率化できます。

また、人事管理システムと連携でできれば個人情報を従業員ごとに一括管理できます。そのため、自社に導入済みのシステムと連携可能かという観点で給与計算ソフトを比較することが重要です。まだ他のシステムを導入していない場合、勤怠管理と給与計算の両方をシステム化できるサービスがおすすめです。 

給与計算ソフトの費用は導入形態によって変動します。

クラウド型は月額料金が固定、あるいは1名単位の従量課金制です。一方で、インストール型は買い切り、オンプレミス側はシステム構築やカスタマイズを含めた初期費用が発生します。

給与計算ソフトの導入を検討する際は、初期費用や月額料金だけでなく、オプション・サポート費用などを含め運用にかかるコストをトータルで算出しましょう。事業所数が多い場合、ユーザー追加料金やオプション費用がかさむケースもあるため注意が必要です。

まとめ：事業所別の給与計算を本社で一括管理し、業務効率化へ

複数の事業所がある企業にとって、給与計算の一元管理は業務効率化とミス防止に役立ちます。各拠点の勤怠や給与情報をクラウド上で集約できるソフトを導入すれば、入力作業の分担や進捗の可視化がしやすくなり、本社でのチェック体制も強化できます。事業所別の給与計算を一括管理し、バックオフィス業務の生産性向上を図りましょう。

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しかし、数ある給与計算ソフトを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算ソフトが分かる診断（無料）ができます。