フレックスタイム制に対応したおすすめ勤怠管理システム8選【2025年最新】

目次
• フレックスタイム制とは
• フレックスタイム制のメリット
• フレックスタイム制のデメリット
• フレックスタイム制の勤怠管理をエクセルで行うときの課題
• フレックスタイム制には勤怠管理システムがおすすめ
• 【比較表】フレックスタイム制に対応した勤怠管理アプリ
• フレックスタイム制に対応・無料プランもある勤怠管理システム2選
• フレックスタイム制に対応・導入実績豊富な勤怠管理システム3選
• フレックスタイム制に対応・独自の強みを持つ勤怠管理システム3選
• まとめ：多様な働き方に対応した勤怠管理システムを導入しよう

フレックスタイム制とは

フレックスタイム制とは、従業員自身が働く時間を自由に決められる制度のことです。一般的には「9時から17時まで」など、会社が定めた勤務時間に働きますが、フレックスタイム制では、勤務時間を会社に固定されず従業員自身が始業時間や就業時間を自由に設定することが可能です。

フレックスタイム制の導入により、「今日は18時まで勤務するけれど、明日は用事があるから15時で切り上げる」など、従業員は自身のライフスタイルにあわせて、働き方を柔軟に調整できます。

引用：厚生労働省『フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き』

フレックスタイム制を導入している企業の多くは、コアタイムとフレキシブルタイムという2つの時間帯を設定しています。コアタイムとは、従業員が必ず勤務しなければならない時間のことです。フレキシブルタイムとは、従業員が自身の意思で働く、働かないを決められる時間のこと。フレキシブルタイムは、コアタイムを挟む形で設定するのが一般的です。そうすることによって、中抜けや早退も可能になります。

フレキシブルタイムは、従業員が自由に働く・働かないを決められますが、24時間いつでも働けるわけではありません。厚生労働省の基本モデルでは、6時〜10時と15時〜19時をフレキシブルタイム、10時〜12時と13時〜15時をコアタイムとしています。

引用：厚生労働省『フレックスタイム制の適正な導入のために』

一般的な勤務体系の場合、1日8時間、週40時間を上限に労働時間が設定されます。一方、フレックスタイム制の労働時間は以下の計算式で上限労働時間が算出されます。

清算期間における総労働時間≦（清算期間の暦日数÷7）×1週間の労働時間

たとえば、4月の1ヵ月を清算期間とすると、1ヵ月間の総労働時間は次のようになります。

（30日÷7）×40＝171.4 時間

4月の1ヵ月の労働時間上限は、171.4時間となります。

フレックスタイム制のメリット

厚生労働省の「令和3年就労条件総合調査」によると、従業員1,000人以上の大企業の28.7%がフレックスタイム制を導入しています。なぜ多くの大企業がフレックスタイム制を導入しているのでしょうか。ここでは、フレックスタイム制のメリットを詳しく解説します。

フレックスタイム制のメリットとしてまず挙げられるのが、従業員の生活スタイルにあわせて勤務できる点です。フレックスタイム制の導入により、従業員は自分や家族の都合にあわせて出勤時間を自由に調整できます。たとえば、介護や育児のために毎日15時には退社するということもフレックスタイム制なら可能です。一般的な勤務体系の場合、毎日15時に退社することは難しいため、離職しなければならないケースもあるでしょう。

残業時間を減らせる点もフレックスタイム制のメリットです。フレックスタイム制は、一般的な勤務体系と異なり、仕事がないにもかかわらず定時まで会社にいなければならないということはありません。繁忙期にはコアタイム以外でも業務を行い、反対に閑散期にはコアタイム終了後にすぐに帰ることも可能です。このように、業務の状況によって勤務時間を自由にコントロールし、無駄な残業を抑制できる点がフレックスタイム制のメリットです。

フレックスタイム制の導入は優秀な人材の確保につながる点もメリット。企業が求める優秀な人材の中には、子育てや介護のため一般的な勤務体系で働くことが難しい人も少なくありません。フレックスタイム制導入により、そういった優秀な人材を獲得できる可能性が高まります。

また、このところ増えているのが待遇面よりもワークライフバランスの充実を重視する労働者です。自由な働き方ができる会社を探している優秀な人材に、フレックスタイム制を導入する企業は魅力的に映ります。

フレックスタイム制導入は、従業員の通勤ストレスを緩和できる点もメリット。9時から17時までの定時に勤務する会社員の多くは、朝晩の通勤ラッシュに大きなストレスを感じています。フレックスタイム制の場合、出社時間は従業員が自由に設定できるため、通勤ラッシュを避けて出社することも可能です。従業員の通勤ストレスが緩和された結果、仕事への集中力が増し、従業員一人ひとりの生産性が向上することも期待できます。

フレックスタイム制にも対応した多機能の勤怠管理システムをお探しなら、別記事「2025年最新のおすすめ勤怠管理システムを比較」もご覧ください。

フレックスタイム制のデメリット

メリットしかないようにも思えるフレックスタイム制ですが、デメリットや注意点もあります。メリットだけではなくデメリットもきちんと把握したうえで、フレックスタイム制の導入を検討しましょう。

フレックスタイム制は、一定期間内の総労働時間が決まっており、その中で従業員が労働時間をコントロールしながら働くというものです。フレックスタイム制を導入すると、従業員の出社時間や退勤時間がバラバラになります。その結果、一般的な勤務体系と比較してフレックスタイム制は勤怠管理が煩雑になる点がデメリット。

どの社員が残業をしていて、どの社員が残業ではないかの見極めも難しくなります。適切に勤怠管理を行わないと、総労働時間が不足したり、法定残業時間を超過したりといった可能性があるでしょう。そのため、フレックスタイム制の導入に伴って勤怠管理方法を見直す必要があります。

顧客や取引先との時間調整がしにくくなる点もフレックスタイム制のデメリットとして挙げられます。必ず働かなければならないコアタイムに連絡があれば問題ありませんが、従業員が働くか働かないかを自由に選べるフレキシブルタイムに連絡があった場合、社内でその話を分かる人が誰もいないという状況も十分考えられることです。「夕方はいつも連絡がつかない」「問い合わせをしてもすぐに回答がもらえない」という状況になり、顧客や取引先からの信頼を失う恐れもあります。

顧客対応に支障を出さないためには、複数名の担当者を置く・チーム内で顧客情報を共有するなどの工夫が必要です。

フレックスタイム制を導入し、従業員の勤務時間がバラバラになることで、社内でコミュニケーションが取りづらくなる点もデメリット。コミュニケーションが取りづらくなった結果、本来、共有しなければならない情報が共有されず、業務に支障をきたしてしまうことも考えられるでしょう。また、コミュニケーションの低下により、従業員同士の信頼関係が構築できないことも考えられます。

働きやすい環境を目指したフレックスタイム制の導入が逆効果にならないよう、コミュニケーション促進のための対策をとる必要があります。

フレックスタイム制の勤怠管理をエクセルで行うときの課題

フレックスタイム制の勤怠管理をエクセルで行う場合、勤怠管理担当者の業務負担が重くなる点が課題として挙げられます。従業員が働く時間を自由に設定できるフレックスタイム制の勤怠管理で重要なのは、従業員の労働時間を管理者側がきちんと把握することです。エクセルとタイムカードの勤怠管理では、従業員の労働時間や残業時間をリアルタイムに把握することが難しく、気づいたときには総労働時間が少なかったり、残業時間を超過してしまったりといったことが起こりえます。

また、勤務時間がバラバラのフレックスタイム制で無理にエクセルでの勤怠管理を行おうとすると、働き方にあわせてシートを何枚も作らなければならないなど、勤怠管理業務が煩雑になってしまいます。業務の煩雑化によって、人為的ミスが増えることも課題です。そんなエクセルによる勤怠管理の課題を解決してくれるのが、勤怠管理システムです。

フレックスタイム制には勤怠管理システムがおすすめ

勤怠管理システムとは、従業員の出勤時間や労働時間、休暇取得日数といった労働状況を管理できるシステムです。労働状況の管理だけでなく、従業員の出退勤の打刻や記録、残業や休暇の申請、シフト作成、労働時間の集計なども一元管理できる点もおすすめ。フレックスタイムで働く従業員の労働時間も正確に集計し、法律に則った勤怠管理ができます。  

労務担当者にとってフレックスタイム制導入の課題は、「勤怠管理の煩雑さ」。実際に、厚生労働省がフレックスタイム制を導入していない企業に対して行った調査によると、未導入の理由として30.9%が「労務管理が煩雑である」と回答しており、フレックスタイム制の労務管理にハードルを感じている企業が多いことがわかりました。

※出典：厚生労働省『労働時間制度等に関するアンケート調査結果について（速報値）』

フレックスタイム制に対応した勤怠管理システムでは、フレキシブルな時間帯で働く従業員の勤務状況をシステム上で一元管理可能です。月ごとの総労働時間・コアタイムを設定可能なため、管理者も従業員も総労働時間や前月までの繰り越し時間、不足時間などを確認できます。

さらに、フレックスタイムで働く従業員の労働時間の集計を自動化。エクセルなどの手入力によって発生していた人為的ミスも削減できます。「勤怠管理担当者の業務負担を軽くしたい」とお考えなら、フレックスタイム制に対応した勤怠管理システムの導入がおすすめです。

しかし、フレックスタイム制に対応した勤怠管理システムは多数あり、どれを導入すべきか迷ってしまうでしょう。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、勤怠管理システム選びについての相談を受け付けています。以下のボタンからいくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。

【比較表】フレックスタイム制に対応した勤怠管理アプリ

ここからは、フレックスタイム制に対応した勤怠管理アプリ（勤怠管理システム）を比較します。初期費用、月額料金、無料トライアル期間を比較した以下の表をご覧ください。

（価格は税抜き）

おすすめの勤怠管理アプリでは、どのサービスでも無料トライアル期間やデモが用意されているため、本格導入前にフレックスタイムの管理機能が試せます。事前にアプリの操作性や設定画面の見やすさを体感したい方におすすめです。

「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った勤怠管理アプリが分かる診断（無料）ができます。

フレックスタイム制に対応・無料プランもある勤怠管理システム2選

これまでエクセルで勤怠管理を行っていた方の中には、勤怠管理にお金をかけるのに抵抗がある方もいるでしょう。そこで、フレックスタイム制に対応・無料プランもある勤怠管理システム2選を紹介します。

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フレックスタイム制に対応・導入実績豊富な勤怠管理システム3選

どの勤怠管理システムを選べばいいか分からない場合は、導入実績が豊富な勤怠管理システムがおすすめ。ノウハウが豊富にあるため、トラブルが発生した時も迅速なサポートが期待できます。ここでは、フレックスタイム制に対応・導入実績が豊富な勤怠管理システム3選を紹介します。

フレックスタイム制に対応・独自の強みを持つ勤怠管理システム3選

次に、フレックスタイム制の勤怠管理に役立つオリジナルの機能を搭載するなど、独自の強みを持つ勤怠管理システムを紹介します。

まとめ：多様な働き方に対応した勤怠管理システムを導入しよう

フレックスタイム制には、従業員が自身のライフスタイルにあわせて柔軟に働き方を調整できるなど、多くのメリットがあります。ワークライフバランスを重視する優秀な人材を獲得するために、フレックスタイム制など多様な働き方を導入したいと思う企業も多いでしょう。

ただ、エクセルやタイムカードによる勤怠管理では、フレックスタイム制に対応できません。従業員の働く時間がバラバラになるフレックスタイム制の勤怠管理をエクセルで行おうとすると、労務管理の担当者の業務負担が過重になり、人為的ミスが増大するリスクも。

フレックスタイム制の勤怠管理におすすめなのが、システム導入です。勤怠管理システムでは、従業員の労働時間や残業時間をリアルタイムで把握できる上、労働時間の集計作業を自動化できます。PRONIアイミツ（当サイト）では、企業の勤怠管理システム選びについての相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断もありますので、ぜひ一度お試しください。