クラウド型（SaaS）勤怠管理システムおすすめ12選！選び方や機能を比較【2025年最新】

目次
• クラウド型（SaaS）勤怠管理システムとは
• 勤怠管理システムを導入するメリット
• クラウド型勤怠管理システムの導入で実現できること
• 勤怠管理システムを選ぶ際のポイント
• 業態・勤務形態別おすすめの機能
• 【比較表】おすすめのクラウド型勤怠管理システム
• 大企業におすすめの勤怠管理システム
• 中小企業におすすめの勤怠管理システム
• 無料で試せるおすすめ勤怠管理システム3選
• アプリ対応でおすすめの勤怠管理システム3選
• 勤怠管理からDXを進めていくことも手
• まとめ：クラウド型勤怠管理システム選びで迷ったらPRONIアイミツへ

クラウド型（SaaS）勤怠管理システムとは

まずは、勤怠管理システムの概要とクラウド型（SaaS）とパッケージ型の違い、クラウド型の国内市場について解説します。

勤怠管理システムとは、企業の勤怠管理業務の効率化を支援してくれるシステムです。従業員の出勤や退勤の打刻・記録しておく機能や残業や有給休暇などの各種休暇を申請する機能、労働時間を集計できる機能などが搭載されています。

紙ベースやExcelでの勤怠管理で課題となるのが、労働時間の集計や給与計算に膨大な工数がかかること。勤怠管理システムを導入すれば、労働時間の集計や給与計算が自動で行われます。そのため、勤怠管理業務にかかる工数を大幅に削減できます。さらに、自動で集計されるため、入力ミスや計算ミス、転記ミスといった人為的ミスの防止も可能です。

勤怠管理システムには、大きく分けて2つのタイプがあります。

1つは「パッケージ型（買い切り型）」と呼ばれる勤怠管理システムで、ソフトをパソコンやサーバーにインストールして利用します。自社ネットワークやサーバーで稼働するため、インターネットを介さずに安定した環境で利用できるのが最大の特徴。料金は従量課金制のものが多く、一度初期費用を支払えば月額料金は必要ないため、長期的にみると運用コストを安く抑えられるのが魅力です。  

関連記事：パッケージ型（買い切り型）でおすすめの勤怠管理システム

もう1つは「クラウド型」と呼ばれる勤怠管理システムで、クラウド上にあるシステムを、インターネットを介して利用するタイプ。システムがすべてオンライン上にあり、システムメンテナンスやアップデートはサービス提供会社が行うため、運用の負担を抑えられます（このような形態はクラウドの中でもSaaS（サース）と呼ばれます）。また初期費用無料のものも多く、ユーザー数に応じた月額料金のみ支払う形が一般的です。

近年ではパッケージ型よりも、初期費用や運用コストの安さ、運用開始までの早さからクラウド型（SaaS）の需要が高まってきています。

株式会社富士キメラ総研がまとめた「企業向けソフトウェア48品目の国内市場を調査」によると、提供形態別（SaaS／パッケージ）国内市場の2023年度の見込みはパッケージ型7,809億円に対し、SaaSが1兆4,128億円となっており、国内市場の約64％をSaaSが占めています。さらに、2027年度の国内SaaS市場は2兆990億円で市場占有率は73%と予想しており、今後もSaaS市場の拡大が期待されています。

  出典：株式会社富士キメラ総研

クラウド型（SaaS）の勤怠管理システムは初期費用無料のものも多く、導入しやすいのが特徴。月額料金も1ユーザーあたり数百円と低コストで運用できるのもおすすめポイントです。オプション機能追加による機能拡張性や他システムとの連携にも優れており法改正にも柔軟に対応できるため、長期で運用していきたい方にもおすすめと言えるでしょう。

しかし、クラウド型の勤怠管理システムは多数あり、どれを導入すべきか迷ってしまうでしょう。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、勤怠管理システム選びについての相談を受け付けています。以下のボタンからいくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合った勤怠管理システムが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。

勤怠管理システムを導入するメリット

多くの企業が紙ベースやExcelでの勤怠管理から、システムを活用しての勤怠管理に切り替えています。それは、管理者にも申請者にも多くのメリットがあるからです。ここで、勤怠管理システムを導入することの管理者と申請者のメリットを見ていきましょう。

労働基準法の改正により、時間外労働の上限が制定され、有給取得も義務化されました。クラウド型勤怠管理システムを使えば、従業員の勤怠状況をリアルタイムで確認できるようになります。

また、従来のアナログ式での勤怠管理では月末の集計作業に多くの労力を必要としますが、勤怠管理システムがあれば労働時間は自動集計が可能です。勤怠管理にまつわる定型業務をほぼ自動化できるので、大幅に業務効率を改善できるでしょう。

加えて、勤怠管理システムは残業時間のチェックができます。従業員の残業時間をリアルタイムで把握することが可能。残業時間が超過しそうな従業員に向けて通知するなど対処がしやすくなります。そのため、36協定などの法令に対処がしやすくなるのもメリットです。

勤怠管理システムを導入することの申請者の最大のメリットは、各種申請が容易になる点でしょう。勤怠管理システムでは、申請・承認をシステム上で完結できるため、たとえば上司の帰社を待つ必要なく申請が行えます。

さらに、クラウド型の勤怠管理システムは、インターネット環境があればモバイル端末からでもアクセスできるため、打刻のためだけに出社する必要はありません。外回りの多い営業や出張先でも勤怠管理を行うことができます。

また、多くの勤怠管理システムにはプッシュ通知機能が搭載されているため、打刻漏れも防止できます。

クラウド型勤怠管理システムの導入で実現できること

勤怠管理システムは打刻情報から残業時間を自動管理できるので、システム導入により外勤社員についても残業時間の認識漏れを防止できます。

また、勤怠管理システムには、労基法違反の際はアラート警告が表示される機能が搭載されているため、残業時間の定期的なチェックが義務付けられる36協定などにも対処が可能です。業務効率化につながる点も見逃せないポイントです。勤怠管理システムを導入すれば集計作業や給与計算などの業務の工数を大幅に削減できます。

加えて、クラウド型であればどこからでもシステムを使えるため、テレワークなど多様な働き方にも対応しやすくなります。

勤怠管理システムを選ぶ際のポイント

数多くの勤怠管理システムがリリースされている中、どのように自社に最適なシステムを選べば良いのでしょうか。特徴に合わせる、制度との相性、サポートや使い勝手、他のシステムとの連携の4つのポイントを踏まえて選ぶことをおすすめします。

従業員数が数人から数十人の小規模企業の勤怠管理は、タイムカードやExcelでもそれほど業務負担は大きいものではありません。そうした企業で大企業向けのシステムを導入すると、高額な初期費用が無駄になってしまう可能性があるでしょう。

反対に、大企業が小規模企業向けシステムを導入した場合、大企業での勤怠管理に必要な機能が搭載されていない可能性があります。自社の規模に合わせたシステム選びが重要です。

同時に、業態によって必要となる機能が異なります。例えば、小売業界や飲食業界のような働く場所が限定されている場合は、ICカード式などの打刻機が利用できるタイプの方が良いでしょう。このように企業の業種によって必要となる機能は異なるため、導入時に自社の規模は業界にあった機能を搭載しているシステムを選びましょう。

勤怠管理システムを選ぶ際に一番重要なのは自社の勤務ルールとの相性です。どんなに優れた機能を持つアプリでも、自社にとって必要のない機能であればそれは宝の持ち腐れ。

勤怠ルールは会社ごとに異なるので、外勤が多い場合はGPS機能があるかどうかが重要ですが、全員がオフィス勤務であればその機能は必要ありません。在宅勤務が多ければGPS機能いらない代わりに作業画面の撮影機能があれば重宝します。

それぞれの会社によってニーズは細かく異なるので、自社にとって必要な機能は何かよく精査し、本当に必要な機能を搭載しているアプリを選ぶことをおすすめします。

勤怠管理システムを選ぶときはサポート体制にも注目をしてください。こうした製品を選ぶときは、機能面ばかりに目がいきがちですが、分からないことや不具合が生じたときに速やかにサポートをしてもらえるかどうかは死活問題です。

クラウド型アプリはサーバー管理を全面的に運営会社に依存しているため、何かあったときに自社で解決できることは少ないです。多くの運営会社ではメール、電話などでサポートをしていますが、どの程度のサポートが受けられるかは会社によって千差万別です。勤怠管理システムを選ぶときは、サポート内容もよく見比べてください。

一般的には無料より有料プランの方が手厚いサポートを受けられるので、費用に余裕があればバージョンアップすることをおすすめします。

勤怠管理システムの多くは、会計システムや人事管理システム、給与計算システムなどと連携可能です。自社ですでに使っているほかのシステムと勤怠管理システムを連携させることで、業務効率のさらなる改善が図れるでしょう。

例えば、LINE連携させることによりLINEからの打刻が可能になったり、勤怠データを給与計算システムと連携すればデータの転記作業や入力ミスなど削減が可能になります。
勤怠管理システムが既存のシステムと連携可能かどうかは、業務効率化において重要でしょう。

業態・勤務形態別おすすめの機能

勤怠管理システムは、システムによって搭載機能に違いがあります。業態や勤務形態に合った機能を搭載するシステムを選びましょう。

たとえば、製造業や飲食店などの出社が多い企業の場合、QRコード打刻や、生体認証（指紋認証、静脈認証、虹彩認証、顔認証）の打刻で出退勤管理を行うのがおすすめです。打刻方法が多彩な勤怠管理システムについては下記記事で解説していますので、あわせてご覧ください。

関連記事：生体認証対応のおすすめ勤怠管理システム
関連記事：QRコード（バーコード）打刻に対応した勤怠管理システム

一方でテレワークや現場仕事の多い企業には、スマホアプリでの打刻方法がおすすめです。スマホアプリならオフィス外でも簡単に出退勤を行えます。

関連記事：スマホ対応のおすすめ勤怠管理アプリ

【比較表】おすすめのクラウド型勤怠管理システム

ここでは、クラウド型勤怠管理システムを比較します。初期費用、月額料金、無料トライアル期間を比較した以下の表をご覧ください。

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大企業におすすめの勤怠管理システム

大企業の勤怠管理システムには、大人数の勤怠状況を管理できることはもちろん、多様な雇用形態に対応したシステムであることが求められます。さらに、大企業の大半はすでに統合基幹システム（ERP）を導入していると思います。業務効率化のためには、現在使用しているERPと連携可能な勤怠管理システムでなければなりません。ここでは、大企業におすすめの勤怠管理システムを紹介します。

中小企業におすすめの勤怠管理システム

中小企業の勤怠管理システムには、大企業ほどの豊富な機能は必要ありません。システムを選ぶポイントは、操作性の良さ。Webや業務システムのスキルや知識のない人でも簡単に操作できるシステムであることが重要です。また、低価格なシステムであることも中小企業では求められています。以下から、中小企業におすすめの勤怠管理システムを見ていきましょう。

無料で試せるおすすめ勤怠管理システム3選

「クラウド型勤怠管理システムを導入したいけれど、どの製品を選ぶべきか分からない」という方は多いでしょう。勤怠管理システムは実際に使ってみないと良し悪しがわからないので、本格的な導入の前に無料トライアルや無料プランを利用するのがおすすめです。
ここからは、無料で試せる勤怠管理システムを3つご紹介します。

アプリ対応でおすすめの勤怠管理システム3選

最後にアプリ対応している勤怠管理システムをご紹介します。

勤怠管理からDXを進めていくことも手

労働力不足を解消し、生産性の向上が期待できる手段の一つがDX（デジタルトランスフォーメーション）です。すでに、飲食業や小売業、運輸業では労働力不足か顕著になっており、これまで通りに利益を上げていくのに作業のDX化が必要不可欠になっている会社は少なくありません。

とはいえ、「どのようにDX化を進めれば良いか分からない」「何から手を付ければいいのか…」と悩む方も多いでしょう。そんな方は、勤怠管理業務からDX化を進めてはいかがでしょうか。

勤怠管理業務は、社内の業務の中でも比較的DX化が進めやすい業務です。業務をDX化することのメリットを会社全体で感じることができれば、ほかの業務のDX化も進めやすくなるでしょう。

まとめ：クラウド型勤怠管理システム選びで迷ったらPRONIアイミツへ

働き方改革やテレワークを推進するには、勤怠管理システムの導入が不可欠です。特にインターネット環境があれば使えるクラウド型勤怠管理システムであれば、時間と場所に囚われない勤怠管理が実現します。また、不正打刻防止、時間外労働の把握、法律改正への対応など、勤怠管理上の課題も解決できる点も重要なポイント。クラウド式勤怠管理アプリの導入には費用がかかりますが、費用対効果の観点からはむしろメリットのほうが大きいと言えるでしょう。

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