有給管理できる勤怠管理システム9選！おすすめの理由や選び方も解説

目次
• 有給管理に勤怠管理システムがおすすめの理由
• 有給管理できる勤怠管理システムの選び方
• 【比較表】有給管理できる勤怠管理アプリ
• 有給管理できる勤怠管理システムおすすめ9選
• 無料のエクセルで有給休暇管理簿をつけるリスク
• まとめ：勤怠管理システムの比較選定ならPRONIアイミツへ

有給管理に勤怠管理システムがおすすめの理由

有給管理を手間なく簡単に行うなら勤怠管理システムの導入がおすすめです。まずは企業の有給管理の課題と、勤怠管理システムがおすすめの理由を確認しましょう。

労働基準法第39条では、「6ヶ月間継続勤務し全労働日の8割以上出勤した労働者に対して、10日間の年次有給休暇を付与すること」が義務付けられています。

（年次有給休暇）
第三十九条　使用者は、その雇入れの日から起算して六箇月間継続勤務し全労働日の八割以上出勤した労働者に対して、継続し、又は分割した十労働日の有給休暇を与えなければならない。

さらに、すべての企業に「年10日以上の年次有給休暇が付与される労働者に対して、年次有給休暇の日数のうち年5日については、使用者が時季を指定して取得させること」が義務付けられており、違反した場合には罰則が科されることがあります。実際に、年次有給休暇取得の時季指定義務を怠った企業が、労働基準法第39条（年次有給休暇）違反の疑いで書類送検された事例もありました（参照：労働新聞社（2023年5月25日））。

従来のタイムカードやエクセルで勤怠管理を行っている場合、従業員ごとの有給休暇日数の計算や有給取得のための従業員への周知に手間がかかっている方も多いのではないでしょうか。このように法律に則って有給管理をしようとすると労務担当者の業務が煩雑化してしまうことが課題です。

そこでおすすめなのが、有給管理ができる勤怠管理システムの導入です。

勤怠管理システムとは、従業員の出勤時間や労働時間、休暇取得日数といった労働状況を管理できるシステムのこと。労働状況の管理だけでなく、従業員の出退勤の打刻や記録、残業や休暇の申請、シフト作成、労働時間の集計なども行える点がメリットです。

勤怠管理システムには、適正な有給管理を実現する以下の機能も充実しています。

特に「有給休暇の自動計算・自動付与」と「年5日有給取得のためのアラート通知」は、有給休暇の取得漏れ防止におすすめの機能です。勤怠管理システムは、有給管理を効率化し労働基準法に則った勤怠管理をしたい方におすすめといえるでしょう。

有給管理できる勤怠管理システムの選び方

ここでは、有給管理ができる勤怠管理システムの選び方を解説します。

有給管理ができる勤怠管理システムを選ぶ際は、スマホアプリから申請や承認ができる勤怠管理システムを選びましょう。有給休暇の申請は、思いついたときに申請しないと忘れがちです。直前の申請が業務に支障をきたし、生産性が下がることもあるでしょう。

一方でスマホアプリ対応の勤怠管理システムであれば、従業員はいつでもどこでも有給申請が可能です。さらに管理者もスマホアプリから承認ができるので、有給休暇の承認漏れ防止も期待できます。好きなタイミングで余裕をもって有給管理することで、計画的な有給取得が期待できるでしょう。

予算に合った初期費用・月額料金の勤怠管理システムを選ぶことは、人事DXのコスト削減に大いに貢献します。有給管理できる勤怠管理システムは、初期費用無料で提供しているものも多く、導入しやすいメリットがあります。

また月額料金は1ユーザーあたり100円～300円が相場。手頃な価格で運用可能です。自社のニーズに合った機能と従業員数を考慮して、費用対効果の高い勤怠管理システムを導入しましょう。

なお、勤怠管理システムの料金は別記事「勤怠管理システムの費用相場を解説！無料で導入できるソフトも紹介」でまとめています。興味のある方はこちらもぜひご覧ください。

勤怠管理システムにはIT導入補助金を申請できるものがあり、補助金を活用することでコストを抑えて人事DXを図ることができます。主に中小企業や小規模事業者が対象になります。これには個人事業主も含まれているため、勤怠管理にコストがかけられない事業者にもおすすめです。

ただし、IT導入補助金の対象者は業種・資本金・従業員数など公募要領で決められている項目があります。自社が要件に当てはまるか導入前に確認が必要です。なお、IT導入補助金が申請できる勤怠管理システムは以下の記事でまとめています。2025年最新のIT導入補助金についても詳しく解説しているので、興味のある方はぜひご覧ください。

特殊な機能（有給管理機能、ワークフロー、セキュリティ強化、客観的記録など）が必須でない企業なら、勤怠管理SaaSを単体で導入するより、勤怠機能を含む人事労務管理システムで一体運用する方が運用がシンプルになる場合があります。

こうした人事労務管理システムは「勤怠管理・給与計算と一体化運用できる人事労務管理システム」で紹介しています。

また、有給管理できる勤怠管理システムは多数あり、どれを導入すべきか迷っている方も多いです。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、勤怠管理システム選びについての相談を受け付けています。以下のボタンからいくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合ったツールが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。

特殊な機能（電子申請、複雑な書類作成、マイナンバー高度管理など）が必須でない企業なら、給与計算ソフトを単体で導入するより、給与計算機能を含む人事労務管理システムで一体運用する方が運用がシンプルになる場合があります。

こうした人事労務管理システムは「勤怠管理・給与計算と一体化運用できる人事労務管理システム」で紹介しています。

【比較表】有給管理できる勤怠管理アプリ

ここからは有給管理ができる勤怠管理アプリを紹介します。初期費用、月額料金、無料トライアル期間を比較した以下の表をご覧ください。

おすすめの勤怠管理アプリでは初期費用無料で導入できるものがほとんどで、月額料金を比較すると、1ユーザーあたり100円～400円（税抜）と安い価格で運用できます。特にHRMOS勤怠は1ユーザーあたり月額100円（税抜）と他社と比較して低コストで運用できる点がおすすめです。

また、おすすめの勤怠管理アプリには無料トライアル期間が用意されています。無料トライアル期間の相場は1ヶ月間です。本格導入後にスムーズに運用できるよう、無料トライアル期間中に画面の見やすさや操作性を確認しておきましょう。

「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。以下のボタンからいくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合った勤怠管理アプリが分かる診断（無料）ができます。ぜひ一度お試しください。

有給管理できる勤怠管理システムおすすめ9選

ここからは、有給管理できる勤怠管理システム9選を紹介します。

無料のエクセルで有給休暇管理簿をつけるリスク

企業の中には、有給休暇管理を無料のエクセルテンプレートなどで行っているところもあります。しかし、こうしたエクセルベースの運用には次のようなリスクが潜んでいます。

エクセルファイルは簡単に編集できるため、意図的な改ざんや不正な変更が行われても気づきにくいという問題があります。有給の取得記録が正確でなければ、従業員とのトラブルにも発展しかねません。

有給日数の集計や残日数の計算などを手作業で行う場合、転記ミスや計算ミスが発生しやすくなります。従業員が多いほどミスのリスクは高まり、管理工数や確認作業の負担も増加します。

年5日の有給取得義務や、有給付与からの時効管理など、労働基準法に則った対応が求められますが、エクセルでは対応漏れが起きやすく、法令違反のリスクが発生します。監査や指導が入った際には、企業の信頼性が問われる可能性もあるでしょう。

まとめ：勤怠管理システムの比較選定ならPRONIアイミツへ

有給管理できる勤怠管理システムを選ぶ際には、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。PRONIアイミツでは、機能やセキュリティ体制、指定の連携ツールや無料プランの有無など、あなたの会社に最適なサービスを、機能一つから探すことができます。
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しかし、勤怠管理システムは多数あり、どれを導入すべきか迷ってしまうでしょう。PRONIアイミツでは、ITツール受発注支援のプロとして、勤怠管理システム選びについての相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったシステムが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。