中小企業向けワークフローシステムおすすめ13選を比較！無料プランも紹介

目次
• 中小企業にワークフローシステムがおすすめの理由
• 中小企業におけるシステム化の実態
• 中小企業向けワークフローシステムの選び方・比較ポイント
• 【比較表】中小企業向けワークフローシステム
• 【無料あり】中小企業向けワークフローシステムおすすめ13選
• まとめ：ワークフローシステムの選定は機能・費用の比較がおすすめ
• よくある質問

中小企業にワークフローシステムがおすすめの理由

ワークフローシステムとは、社内の稟議申請から承認までの一連の流れをシステム上で効率的に行えるツールです。紙やExcelでの社内稟議をシステム化することで、時間や手間を大幅に削減できるだけでなく、企業の意思決定のスピードも向上します。

中小企業・小規模法人にワークフローシステムがおすすめの理由は以下の5点です。

従来のような紙やExcelでの社内稟議では、「テレワークに対応できない」「決裁者が外出していてすぐに承認が下りない」といった事態が発生していました。また、そもそもの申請内容に不備があり、差戻して再度、稟議書を作成する手間もありました。

ワークフローシステムを導入すると、承認者にメールやチャットで承認依頼通知が届き、テレワークや外出中でもスマホ・タブレットから簡単に承認を完了することができます。入力ミスや不備があればシステム上でアラートが出る機能もあり、差戻しの手間も大幅に軽減。承認スピードが大幅に向上し、競争力強化につながることは中小企業にとって大きなメリットです。

ワークフローシステムを導入すると、申請・承認・決裁の一連の業務がシステム上で完結するため、ペーパーレス化が実現します。稟議書を印刷する必要がなくなり、印刷代・用紙代・郵送費などを削減可能。さらに、書類を保管しておくためのスペースも不要になり、省スペース化も叶います。

ワークフローシステムを導入すれば、稟議書や申請書など、あらゆる書類を電子化し一元的に管理できます。担当者は必要な文書・情報を素早く検索し、参照できるようになります。結果として、業務手続きの停滞を防ぎ、スムーズな情報共有と業務の透明性を実現します。 中小企業に起こりがちな属人化を防ぐことも可能。 

また、監査対応時にも必要な書類や証跡を迅速に提示でき、監査プロセスを円滑に進められるようになるでしょう。検索性の向上は、人員が限られる中小企業にとって大きなメリットです。

IT導入補助金とは、中小企業・小規模法人がITツールを導入する際の費用を国が補助する制度です。中小企業のDXによる業務効率化をサポートする目的で2017年から始まったIT導入補助金は今年で8回目を迎えました。

IT導入補助金はワークフローシステム導入時にも適用でき、利用料金の1/2を補助金でまかなうことが可能。ワークフローシステムをはじめSaaSツールを導入したい中小企業におすすめの制度です。なお、IT導入補助金はソフトウェアの種類・金額によって「枠・類型」があり、ワークフローシステムは「通常枠」に当てはまります。

承認フローをワークフローシステムで一元管理すると、誰がどこで承認待ちになっているかが即座に把握できます。従来の紙やメールでは不透明になりがちな意思決定の過程を見える化でき、業務の滞留や不透明性を防止。意思決定の透明性が高まることで、社内の信頼性向上や内部統制の強化にもつながります。

ワークフローシステムの導入を検討中の中小企業は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったワークフローシステム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

中小企業におけるシステム化の実態

株式会社エイトレッドが2023年11月に行った調査によると、中小企業において負担が大きいと感じる業務は「各種社内書類の作成・管理」（全体の39%）、「書類の申請承認作業」（全体の29%）となっています。そのためシステム化で業務効率化を図ることが重要です。

一方で、業務のシステム化ができている中小企業は80%に上りますが、そのうち「システム化しても業務負担が軽減されていない」と感じる担当者は8割以上に上ります。「システム連携がされていない」といった理由で、業務効率化が図れていないというのが実態です。

中小企業がワークフローシステムの導入を成功させたい・社内の業務効率化を図りたい場合は、グループウェアや会計ソフトなどの自社システムと連携できるかという観点が重要です。

ワークフローシステムを外部システムと連携して活用したい企業は、別記事「外部システムと連携可能なおすすめワークフローシステム」も参考にしてください。

中小企業向けワークフローシステムの選び方・比較ポイント

中小企業の担当者がワークフローシステムを選ぶ際、おすすめの選び方・比較方法を解説します。主な比較ポイントは下記の5つです。

搭載機能は各社によって異なるため、自社に必要な機能をそなえたシステムを選定しましょう。必要な機能を見極めるには、課題を整理した上で、ワークフローシステムを導入する目的を明確にすることがポイントです。

なお、PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、「申請フォーマットの作成」 が97%と最もニーズが多い結果に。次いで、「申請へのファイル添付」が96%、「申請のメール通知」が95%、「承認ルートの分岐」が93%でした。下記データも参考に、自社に必要な機能があるシステムを導入しましょう。  

また、電子印鑑の機能を搭載しているワークフローシステムは限られます。ワークフローシステム上で印影を表示したり、押印の日時やアカウントが分かるようにしたい企業は、電子印鑑の機能の有無を確認しましょう。

現行の申請書フォーマットや社内稟議のルートを設定できないワークフローシステムを選んでしまうと、「費用をかけてシステムを導入したのに、活用できなかった」「ワークフローシステムに合わせて社内規定を変更しなければならない」という事態に発展します。

Excelを用いて社内申請をしている中小企業には、Excelシートをインポートできるシステムや、Excelのフォーマットを再現できるシステムがおすすめ。また、承認経路を細かくカスタマイズできるシステムなら、現行の社内申請をそのままシステム化でき、おすすめです。

ワークフローシステムは、ほかのシステムと連携することで多くのメリットがあります。たとえば、Google WorkspaceやサイボウズOfficeなどのグループウェアと連携すると、承認依頼通知がグループウェアに届きます。さらに、グループウェアのホーム画面に承認業務のタスクが表示されるため、対応漏れを防ぐことができます。

また、経費精算システムや会計ソフトと連携させると、申請から会計までの一連の業務が一気通貫で完結。バックオフィス業務全体の業務効率が向上します。業務効率化を図りたい中小企業は「自社システムとの連携機能があるか」という観点でワークフローシステムを比較するのがおすすめです。

複雑な承認ルートの設定ができるシステムであれば、独自の承認フローがある場合でも柔軟にカスタマイズ可能です。簡単な操作で承認ルートを細かく設定できるものなら、ルートの設定・変更もスムーズに行えます。

自社の承認ルートに対応しないワークフローシステムを選んでしまうと「システムに合わせて社内規定を変更しなければならない」という事態になることもあるため、ルート設定のカスタマイズ性は必ず確認してください。

使いにくいシステムは、操作に慣れるまで時間がかかり、社内に定着しづらいです。逆に、わかりやすい画面設計で、誰にでも操作しやすいワークフローシステムなら、PC操作に不慣れな従業員や新入社員もスムーズに申請業務が行えます。

ワークフローシステムは、本格導入前に無料トライアルを活用して操作性を試すことも可能です。一度、社員に利用してもらい、「使いやすい」と評判が良かったワークフローシステムを導入するのがおすすめです。

ワークフローシステムの導入を検討中の中小企業は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったワークフローシステム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

【比較表】中小企業向けワークフローシステム

ここからは実際に、料金や機能を比較して、中小企業や小規模企業に対応したおすすめワークフローシステムを紹介します。以下、ワークフローシステムの料金比較表もご参照ください。

上記比較表をご覧の通り、クラウド型ワークフローシステムは、初期費用無料、1ユーザーあたりの月額料金200円～500円で利用できる場合が多いです。料金以上にコスト削減効果が大きいと判断できるなら、導入がおすすめです。

無料プランがあるワークフローシステムは、「ジョブカンワークフロー」「サテライトオフィス・ワークフロー for Google Workspace」です。無料プランは利用人数や機能に制限がありますが、スモールスタートをしたい中小企業や、操作性を確認したい企業におすすめです。

【無料あり】中小企業向けワークフローシステムおすすめ13選

2026年最新の料金や機能比較で、中小企業・小規模法人向けのワークフローシステムおすす13選を紹介します。気になるワークフローシステムの特徴を確認ください。

以上、機能比較や料金比較でおすすめの中小企業向けワークフローシステムを詳しく解説しました。「クラウド型システムで導入費用を抑えたい」「在宅ワークでも稟議申請・承認を進めたい」という中小企業・小規模法人は、下記の記事もぜひ参考にしてください。

まとめ：ワークフローシステムの選定は機能・費用の比較がおすすめ

紙やExcelでの社内稟議をシステム化することで、稟議書を自動で管理することができ、担当者が紙の申請書を管理したり、保管スペースを確保したりする必要がなくなります。社員はハンコを押すために出社する必要がなくなり、テレワークや外出時のスキマ時間に承認・決裁作業を進めることが可能に。このように、効率的な働き方を実現するワークフローシステムは、「人手が足りない」という課題を抱えた中小企業・小規模法人にもおすすめです。

下記のランキングページでは、さまざまな条件でワークフローシステムを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。
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また、PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったワークフローシステム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

なお、中小企業で外国籍の社員がいる企業には多言語対応のシステムを導入することで、社内稟議をスムーズに進められます。別記事「英語・多言語対応のワークフローシステム」にておすすめのサービスを厳選紹介していますので、ぜひ参考にしてください。  

よくある質問

ワークフローシステム選びについて、よくある質問に答えます。

これまでExcelで稟議書を作成してきた中小企業には、Excelを活用できるワークフローシステムがおすすめ。たとえば、「コラボフロー」や「Create!Webフロー」はExcelをインポートして申請フォームを作成できるシステムです。また、「X-point Cloud」はExcelと同じようなデザインの申請フォームを利用できます。

今使っている申請書（紙やExcel、Wordなど）の見た目はそのままで電子化できるワークフローシステムなら、システムに不慣れな方が多い中小企業でも早期定着を実現できます。紙やExcelからの移行におすすめのシステムは「2025年最新比較おすすめワークフローシステム」で紹介していますので、参考にしてください。    

少人数のプランの料金が安いワークフローシステムを導入すれば、予算が限られている中小企業・小規模法人でもコストを抑えて業務効率化を図ることができます。たとえば、「ジョブカンワークフロー」の無料プランは登録フォーム3件までなら料金無料。「承認Time」は10人までなら月額料金3,000円、「J-MOTTO ワークフロー」は20人までなら月額料金2,000円で利用可能となっています。

別記事「価格が安いワークフローシステム」では、人気のサービスの料金を詳しく紹介していますので、ぜひ合わせてご覧ください。