有給管理機能を搭載した給与計算ソフトおすすめ10選！有給休暇を自動で管理

目次
• 給与計算ソフトの有給管理機能とは
• 給与計算ソフトで有給管理を行うメリット
• 【比較表】有給管理機能がある給与計算ソフト
• 有給管理にも対応する給与計算ソフトおすすめ6選
• 【勤怠管理との連携で有給管理に対応】給与計算ソフトおすすめ4選
• 給与計算ソフトの選び方
• まとめ：有給管理機能で、正確な給与計算を実現しよう

給与計算ソフトの有給管理機能とは

毎月発生する給与計算業務を自動化できるとして、多くの企業に導入されているのが給与計算システムです。給与計算ソフトの有給管理機能とは、従業員ごとの有給休暇の付与日数や残日数、取得状況を自動で記録・更新できる機能のこと。

給与計算を行う際には、まず総支給額を計算し、その後雇用保険料や社会保険料を控除、さらには所得税や住民税を控除します。ほかにも生命保険料などの労使協定による控除項目を確認、そして最終的な支払額（手取り額）を算出するという流れを踏まなければなりません。

加えて、有給休暇も正確に反映する必要があり、万が一有給休暇分の支払いがされていないとなれば大問題となってしまいます。給与計算ソフトに有給管理機能が搭載されていれば、データ連携が可能なので反映漏れを防げます。正確な給与計算を行うためには、こういった勤怠管理機能も搭載されたものがおすすめです。

勤怠管理システムで有給休暇の取得や残日数を管理し、そのデータを給与計算ソフトに連携する方法も一般的です。たとえば、マネーフォワード・ジンジャー・ジョブカンなどは給与計算ソフト以外にも勤怠管理や経費精算、人事労務システムなども展開し、スムーズに連携することが可能です。

勤怠データの自動連携により、有給消化分の給与控除や支給も正確に反映され、人事労務担当者の工数削減につながります。特に従業員数が多い企業では、勤怠と給与を分業管理する体制が効果的です。

別記事「2025年最新おすすめ給与計算ソフト」では、多機能で使いやすい給与計算ソフトを紹介していますので、あわせてご覧ください。

給与計算ソフトで有給管理を行うメリット

ここでは、給与計算ソフトで有給管理を行うメリットを解説します。

有給管理機能がある給与計算ソフト、あるいは、給与計算ソフトと勤怠管理システムを連携することで、有給休暇の反映漏れなどのミスを防止できます。従業員がソフトで有給を申請し承認されると、その情報が自動的に給与計算ソフトに反映。この自動化により、手動でのデータ入力や転記作業が不要に。有給休暇の反映漏れがなくなり、正確な給与計算が可能となります。

有給が反映されず未払い賃金が発生してしまった場合、該当従業員への謝罪や速やかな支給額差分の支払い、ミスが発生したことの説明が求められます。会社への信用を落とさないためにも、有給休暇の反映漏れを防止することは不可欠です。

2019年4月から施行された年5日の「有給休暇取得義務化」は、すべての企業が遵守する必要がある法令です。給与計算ソフトの有給管理機能を使えば、従業員ごとの有給休暇の付与日数、取得日数、残日数を正確に把握できます。システムが自動で日数を管理し、誰が何日有給を取得したか、あと何日取得義務があるのかを一目で確認できます。

また、取得義務を達成していない従業員にはアラート通知を送る機能を持つソフトもあり、担当者が個別に取得を促す手間を省けます。有給の正確な管理は、法令遵守を確実にすることにもつながります。

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【比較表】有給管理機能がある給与計算ソフト

ここからは実際に、有給管理機能がある給与計算ソフトを比較します。料金や導入実績数を比較した表をご覧ください。

上記比較表をご覧の通り、クラウド型の多くは月額料金1ユーザーあたり400～800円ほどで利用できるものが多いです。上記のサービスでは、無料トライアルやデモを利用できるものが多いので、事前に操作性を確認できます。

また、「マネーフォワードクラウド給与」「ジンジャー給与」「ジョブカン 給与計算」「ハーモス労務給与」は、勤怠管理システムも提供しスムーズに連携可能。勤怠管理システム内で有給休暇の日数を正確に管理し、勤怠日数に基づいた給与計算を行えます。

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有給管理にも対応する給与計算ソフトおすすめ6選

ここからは、有給管理に対応する給与計算ソフトおすすめ6選を紹介します。どれも給与計算のみにとどまらず勤怠管理をまとめて行えるソフトなので、それぞれ別々で導入する手間やコストを抑えたい企業にもおすすめです。

【勤怠管理との連携で有給管理に対応】給与計算ソフトおすすめ4選

ここでは、勤怠管理システムと連携することで有給管理が可能となる給与計算ソフトのおすすめを4選で紹介します。

以上、機能比較や料金比較でおすすめの給与計算ソフトを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、給与計算ソフト選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのツールがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

給与計算ソフトの選び方

給与計算ソフトを選ぶポイントを3つ紹介します。

給与計算ソフトによって、対応可能な雇用形態・給与体系は違います。そのため、「自社の従業員の働き方に合った給与計算方法が可能か」の確認が必要です。なお、給与計算ソフトには下記のような機能があります。

なお、PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、社会保険料の自動計算機能が必要と考える企業は92%と最も多い結果に。続いて、源泉徴収票の作成機能が82%、給与振込用データ（FPデータ）の出力機能が77%と高いニーズがあることが分かりました。 

この調査結果から、多くの企業が法令に基づく複雑な計算や書類作成を自動化し、正確かつ効率的に処理したいと考えていることがうかがえます。ミスの防止や担当者の負担軽減を目的に、自動化機能の重要性が高まっていると言えるでしょう。必要な機能を絞り込む際には、上記データもぜひ参考にしてください。   

多くの給与計算ソフトは、利用人数・規模に応じて料金が変動します。なかには1ユーザーごとに料金がかかる従量課金制プランを提供している場合も。現在在籍している従業員だけではなく、今後の採用人数も考慮した上で、給与計算システムを選びましょう。→給与計算ソフトの料金相場についてはこちら（別記事）

システムによって、対応可能な雇用形態・給与形態が限られている場合があります。正社員だけではなくアルバイトが多く在籍する企業や、役職や職種ごとに給与の仕組みが異なる企業は、対応状況を必ずチェックしましょう。

まとめ：有給管理機能で、正確な給与計算を実現しよう

給与計算ソフトを選ぶには、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で給与計算ソフトを比較できます。指定の連携ツールや無料プランの有無など、あなたの会社に最適なサービスを機能1つから探すことができます。
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