中小企業向け年末調整ソフトのおすすめ4選！支払調書の作成を効率化

目次
• 年末調整とは
• 一般的にはどのように年末調整が行われているか？
• 年末調整ソフト導入のメリット
• 年末調整ソフトのデメリット
• 年末調整ソフト（クラウド給与計算ソフト）を導入できない場合
• 年末調整ソフトの失敗しない選び方・比較ポイント
• 【比較表】中小企業向け年末調整ソフト
• 【2025年最新】中小企業向け年末調整ソフトおすすめ4選
• まとめ：年末調整ソフトを比較し、自社に合うシステムを導入しよう
• よくある質問

年末調整とは

会社が従業員に給与を支払うときに、従業員に代わってあらかじめ所得税を支払うことを「源泉徴収」と言います。ただし、毎月天引きされる源泉徴収額は、あくまでその時点での概算です。1月から12月の1年間が終わってみないと、正確な源泉徴収額は決まりません。

年末調整とは、概算の納税額と実際の納税額の差異を修正するもので、給与天引きで支払った税金より実際に支払うべき税金が少ない場合は、差額分が還付されます。

まずは、年末調整に必要な書類を従業員に配布し、必要事項を記入してもらいます。全従業員が提出しなければならない「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」のほかに、該当者別に提出が必要な各種書類があります。

書類の回収後に担当者が行うことは、年末調整の計算です。年末調整ソフトを導入していれば、この工程はソフトが自動で行いますが、導入していない場合は手動で行わなければなりません。計算が完了次第、税務署や市区町村役所に提出する支払調書などの法定調書を作成します。法定調書の提出と年末調整の結果を反映した源泉徴収額の納付をもって、年末調整の作業は完了します。

  年末調整の時に必要な書類はいくつか存在しますが、従業員に用意してもらうものと、労務担当者が作成する必要のある書類とに分けることができます。従業員に提出してもらわなければならない書類は、以下の通りです。 

また、労務担当者が作成しなければならない書類は以下の通りです。

給与支払広告書のみ市区町村に提出する必要がありますが、その他の3つの書類に関しては税務署宛で提出しなければなりません。

一般的にはどのように年末調整が行われているか？

ここでは、一般的な会社では、年末調整の作業がどのような工程で行われているのかについて説明します。

給与計算ソフト（給与計算システム）とは、さまざまな自動計算機能により給与計算を効率化するシステムです。

リサーチ会社・MM総研が2016年3月に、社員数300人以下の中小企業4,168社に行った「給与計算業務の方法に何を使っているか？」というアンケートによると、年末調整に給与計算ソフトを使っている企業が44％でした。一方、Excelなどの表計算ソフトを使っていると回答したのが18.6％。

すべて社労士に任せている、すべて税理士に任せているという回答は合わせて約20％でしたので、自社で計算を行っている企業の大半は、給与計算ソフトか表計算ソフトのいずれかを使っているということがこのアンケートからわかりました。

同じアンケートで、「使用しているクラウド給与計算ソフト」についての問いには、約40％の企業が「人事労務freee」を挙げています。インターネット回線があればどこからでもアクセスできるクラウド型の給与計算ソフトで、給与計算から年末調整、保険手続きや勤怠管理などを一元管理できることが特徴です。

2位以下は、「スマイルワークス（17.2％）」、「マネーフォワードクラウド給与（13.4％）」、「Crew給与計算（12.4％）」、「フリーウェイ給与計算（11.8％）」の順でした。

年末調整ソフト導入のメリット

ここからは、年末調整ソフトを導入するメリットについて確認していきましょう。「総務・経理担当者のメリット」と「申告側である従業員にとってのメリット」をそれぞれ紹介していくので、年末調整用にソフトを導入するかお悩みの方は参考にしてください。

はじめに、総務・経理担当者のメリットを紹介していきます。複雑な会計業務を担う総務・経理担当者は、年末調整ソフト導入によってどのようなメリットを得られるのでしょうか。

人的ミスの削減

年末調整の計算や作業を1つ1つを手作業で行うと、どうしても人的ミスが起こってしまいがち。しかし年末調整ソフトを使うと、登録された従業員データや給与データをベースに過不足税額を自動で算出できるので、業務負担の軽減とミスの削減が叶います。データの正誤チェックも簡単なため、複雑な作業が多い年末調整をよりシンプルに実施できるでしょう。

データ入力の効率化

年末調整には、これまでの給与データのみならず、従業員の居住地や扶養家族の有無、マイナンバーなどといったさまざまなデータが必要です。しかし、大なデータを入力して計算して、と繰り替えすのは非常に骨の折れる作業でしょう。

しかし年末調整ソフトを導入すれば、外部の給与管理ソフトや人事労務ソフトなどと連携し、データをまとめて取り込めるためわざわざ入力する必要がありません。

差し戻し・回収業務の迅速化

年末調整ソフトを導入すれば、申告者への差し戻し・回収業務にもスピーディに対応できます。提出状況の把握や提出が遅れている申告者への催促メールの送信、書類不備があった場合の差し戻しもすべてシステム上で実施可能です。業務の迅速化だけではなく、担当者の精神的負担軽減にも繋がるでしょう。

ペーパーレス化の実現

源泉徴収票や給与支払報告書など、これまで紙で直接やり取りしていた書類をソフト内でデジタル化して処理を進められます。簡単に書類作成できるだけではなく、管理の手間や収納スペースに悩まされることもありません。中には7年間保存を義務付けられている書類もあるので、長期間にわたって保管しておく必要もなく電子データで保存しておけます。

未提出者の把握が容易

年末調整ソフトを導入すれば、未提出者の把握も簡単です。「差し戻し・回収業務の迅速化」でも軽く触れていますが、提出状況を一括で確認できるため、未提出者を洗い出して提出を催促する必要がありません。ソフト上で提出を打診すれば相手に通知が届く仕組みなので、対応に時間が割かれることもないでしょう。

電子申告義務化への対応が可能に

  2020年の10月から、年末調整手続きの電子申告が義務化されました。状況によっては、100枚以上の源泉徴収票・給与支払報告書を電子データとして提出しなければならないケースも。

電子申告に対応したソフトを導入していない場合、膨大な書類をデータ化するのは非常に難しいでしょう。国が提供している年末調整専用の「年調ソフト」もありますが、提出ファイルを加工しなければならない、従業員の提出状況が把握できないなど多くの問題点が残されています。

 電子申告義務化に効率的に対応するためには、自社に合う年末調整ソフトを導入しておくのがおすすめです。源泉徴収票をはじめとするさまざまな書類の作成から電子申告までを自動で実施できます。 

クラウド型であれば法改正にすぐに対応できる

クラウド型の年末調整ソフトを導入すれば、法改正の際にも自動システムアップデートで対応できるため手間がかかりません。年末調整に関わる法律が変更された場合、各種作業・フローを適応させる必要があります。これまでに使用していた計算式を変えるなど、細かな部分まで見直さなければならない場合もあるでしょう。

例えば2020年以降は、合計所得金額が2,400万円以下の場合、基礎控除額が38万円から48万円に引き上げられ、控除を受けられる配偶者や親族も合計所得金額が48万円以下に変わりました。クラウド型の年末調整ソフトは、このような法改正に伴う各種変更に対して計算式や仕様を自動で変更してくれます。常に最新の状態を保てるのはもちろん、従業員への周知や作業内容の見直しの手間が減るのも大きなメリットでしょう。

総務や経理担当などといった管理する側によって便利なのはもちろんですが、申告を行う側の従業員にはどんなメリットがあるのでしょうか。

ヘルプ・ガイド機能で簡単に入力できる

簡単な入力作業で書類作業の手間を軽減できるのは、申告側の大きなメリットでしょう。新たなソフトを導入するにあたって「操作が難しい」「使いこなせる人が限られてしまうのでは」など悪いイメージを持たれる方もいるかもしれません。しかし、ヘルプやカスタマーサポート、ガイド機能が充実した年末調整ソフトであれば、初めて利用するという場合やあまりPCやソフトに慣れていないという場合でも簡単に操作・入力できるので、手間がかからず書類作成できます。

入力項目が削減される

書類への記入事項が減るのも嬉しいポイントです。前年度に用いたデータをそのまま利用できる年末調整ソフトであれば、ローンや保険に関する情報など変更のない項目は入力する必要がありません。万が一入力内容に不備があったとしてもアラート通知されるので、安心して書類作成を進められるでしょう。

テレワークなどさまざまな働き方に対応できる

テレワークで勤務している場合も、源泉徴収票や控除申告書など各種書類の受け渡しが容易になります。紙でやり取りする場合、受け取るためにわざわざオフィスに出向いたり郵送手続きしてもらう必要があり、手間や時間がかかってしまいます。しかし、オンラインで使える年末調整ソフト利用すれば、いつでもどこでもPCから年末調整が可能に。書類に関してはシステム上でPDFファイルなどでアップロードしてもらって、自分で印刷できます。受け取りに行く必要も、郵送してもらう必要もありません。

年末調整ソフトの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った年末調整ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

年末調整ソフトのデメリット

数多くの導入メリットがある年末調整ソフトですが、以下の2点のような導入デメリットがあることもおさえておきましょう。

年末調整ソフトを導入したからと言って、すべての作業をソフトに任せられるわけではありません。先述の通り、ソフト導入によってさまざまな計算やデータ取り込みなど多くの作業を自動化できます。

しかし、従業員が期日までに書類を提出してくれたのか、原本が必要な書類もきちんと揃っているか、最終的な計算結果が合っているかなどの最終チェックは、担当者が行わなければならないでしょう。

これまでに年末調整用のソフトを使用してこなかった企業では、導入することに抵抗がある、ハードルが高いと考える従業員も少なくないかもしれません。そのため、導入前にはきちんと利用する背景や目的などを説明し、使用方法のレクチャーも行う必要があるでしょう。

チャットやメール、電話などを通したユーザーサポートが整っているソフトを導入しておけば、なお安心して利用できるはずです。

年末調整ソフト（クラウド給与計算ソフト）を導入できない場合

ここまで年末調整ソフトのメリットをご紹介しましたが、Microsoft officeのExcelを使うという方法もあります。Excelで管理することにはどんな利点があるのでしょうか。

中小企業の約20％が年末調整にExcelなどの表計算ソフトを使っています。Excelの一番のメリットは、無料で使用できる点でしょう。あらかじめMicrosoft officeがインストールされているパソコンであれば、追加費用は発生しません。

コストをかけずに年末調整や給与計算を行いたい人にはおすすめです。また、操作に慣れている人が多く、使いやすいように自由にカスタマイズできる点もExcelの利点として挙げられます。

年末調整ソフトの失敗しない選び方・比較ポイント

ここからは、年末調整ソフトを導入する際に失敗しないためのソフトの選び方について紹介していきます。どのような点に注意するべきなのか把握しておきたいという方は、以下の4点をおさえておきましょう。

  まずは、料金体系が自社に合っているかどうか確認しましょう。利用料金はそれぞれのソフトによってさまざまですが、大きく分けて「定額制（月額制）」と「従量課金制」の2種類に分けられます。

定額制の場合は毎月固定の利用料金が発生しますが、ユーザー数（従業員数）が増えた場合もコストは据え置きです。一方従量課金制では、ユーザー数に応じて料金が変わるため、いつの間にか金額が膨らんでしまうこともあるかもしれません。

しかし、ボリュームディスカウントが効いて人数が増えれば増えるほど1ユーザーあたりの値段が安くなる場合もあります。どのような料金体系が自社に合っているのかはそれぞれで異なるため、十分検討しながら選定を進めましょう。 

年末調整ソフトでは、数多くの個人情報を取り扱います。そのため、セキュリティ体制が整っているのかどうかは非常に重要なポイントです。指定されたIPアドレスや端末でしかソフトにアクセスすることができない、権限設定も細かく行えるなどセキュリティ面の機能が充実しているかはもちろん、プライバシーマークは取得済みか、情報セキュリティへの取り組みはされているかもチェックしておきましょう。

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書や給与所得者の配偶者控除等申告書、支払調書や源泉徴収票、給与支払報告書など、年末調整にはさまざまな書類が必要とされていますが、年末調整ソフトによっては作成できる帳票が異なる場合があります。

必要となる帳票の作成に対応しているのかどうかは、事前にきちんとチェックしておきましょう。

年末調整ソフトのすべてが電子申告に対応できているわけではありません。年末調整の電子申告において義務化対象となっている企業の場合には、電子申告に対応したソフトを導入し各種申告を行える体制を整えましょう。

  PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った年末調整ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。  

【比較表】中小企業向け年末調整ソフト

ここからは実際に、中小企業向けの年末調整ソフトを比較します。料金や導入実績数を比較した表をご覧ください。

上記比較表をご覧の通り、中小企業向けの年末調整ソフトは無料トライアル、または無料プランを利用可能です。導入前に年末調整に関する機能をお試しすることをおすすめします。

【2025年最新】中小企業向け年末調整ソフトおすすめ4選

ここまでで、多くの方が年末調整ソフトのメリットが把握できたのではないでしょうか。ここでは、PRONIアイミツがおすすめする年末調整ソフトおすすめ4選を紹介致します。

まとめ：年末調整ソフトを比較し、自社に合うシステムを導入しよう

今回紹介した年末調整計算ソフトは、大部分の零細企業に不要と思われる設定をできるだけ排除したことにより、低価格で提供をしています。もし自社の給与計算担当者を雇うとなれば、担当者は社会保険・所得税・住民税などの専門知識を身につけておく必要があります。

また、担当者が突然休職・退職されたら、代わりの従業員に教育を行うのにコストもかかってしまいます。この機会にコスト・時間を削減できる給与計算ソフトの利用を前向きに検討してみてはいかがでしょうか。

数ある年末調整計算ソフトを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った年末調整計算ソフトが分かる診断（無料）ができます。

よくある質問

最後に、中小企業向けの年末調整ソフトについて多く寄せられる質問にお答えしていきます。

ソフトを活用して年末調整を行うためには、従業員の理解を得て協力してもらう必要があります。そのため、導入前に社内で説明を行い、使用方法や業務フローの変更点などをわかりやすく伝えておきましょう。

もしもPC操作やソフト活用を苦手としている従業員が多い場合には、念入りにサポートを行い、かえって効率が悪くなってしまったという状況に陥らないよう気をつけなければなりません。

自社に合った年末調整ソフトを導入するためには、まず使いやすいかどうかが非常に重要です。どれだけ機能が充実していても、操作がわかりづらければ効果を発揮できません。導入前に無料トライアルなどで操作方法を確認し、現場の人々が利用しやすいかどうかを忘れずに確認しましょう。

また、どのような機能があると便利なのかを事前に整理し、最低限欲しい機能、できれば欲しい機能といった具合でカテゴライズしておくと、ソフトの選定時に役立つかもしれません。