年末調整を効率化！おすすめの給与計算ソフト9選を比較

目次
• 年末調整とは
• 年末調整を行う際のポイント
• 年末調整の計算に必要な書類
• 年末調整の流れと方法
• 年末調整を行う際の注意点
• 年末調整機能がある給与計算ソフトのメリット
• 【比較表】年末調整を効率化できる給与計算ソフト
• 【2025年最新】年末調整に対応する給与計算ソフトおすすめ4選
• 【比較表】フリープラン有りの給与計算ソフト
• 【フリープラン有り】給与計算ソフトおすすめ5選
• 給与計算ソフトの選び方
• まとめ：給与計算ソフトで年末調整業務を効率化しよう

年末調整とは

年末調整とは、会社員や公務員が給料から天引きされている所得税を再計算し、納税額を調整する制度です。本来徴収すべき額とのずれを計算し、余分に徴収されていた場合は差額が還付・徴収されます。

差額が発生する理由は、12月の調整時点で初めて正式な徴収額が決まるためです。源泉徴収は毎月徴収されていますが、あくまで概算になっています。
そのため、毎月徴収した額の合計と12月の確定時点で、差額が発生します。また、年末までの1年間で給与の変更や転職が生じた場合や、給与・賞与からの控除以外で社会保険料や各種保険料を支払っている場合にも、差額発生の可能性があります。

年末調整を行う際のポイント

年末調整の対象者は、年末調整を必ず行う必要があります。自身が対象者であるかを確認し、必要な場合は書類を準備して確定申告を行いましょう。

年末調整の対象者には、12月に行われる年末調整の対象者と、年の中途で行う年末調整の対象者があげられます。

まず、12月に行われる年末調整の対象者は、「会社に1年を通じて勤務している、または年の中途で就職し、年末まで勤務している人」です。要するに、年末の時点で企業に勤務している場合は、年末調整の対象となります。

ただし、「1年間に支払うべき給与の総額が2,000万円を超える人」と、「災害被害にみまわれ、その年の給与に対する源泉徴収について徴収猶予や還付を受けた人」は対象外となります。

次に、年の中途で行う年末対象の人は、

(1)　海外支店等に転勤したことにより非居住者となった人
(2)　死亡によって退職した人
(3)　著しい心身の障害のために退職した人
(4)　12月に支給されるべき給与等の支払を受けた後に退職した人
(5)　いわゆるパートタイマーとして働いている人などが退職した場合で、本年中に支払を受ける給与の総額が103万円以下である人

が対象となります。上記の7点に該当する人は、年末調整の対象となります。
引用：国税庁「年末調整の対象となる人」

年末調整をしなかった場合、自身で確定申告を行う可能性もあります。年末調整に間に合わないケースもあるからです。例えば、中途入社で就職した場合、年末調整を行うための源泉徴収票が間に合わず、年末調整ができないケースです。

この場合には、年末調整未処理の源泉徴収票が渡されるので、別途申請を行います。別途申請に関しては、翌年の2月16日から3月15日までに確定申告を行うことで処理されます。この際、会社で対応してもらえる場合もあれば、自身で確定申告を行う場合もあります。

年末調整の計算に必要な書類

年末調整には「扶養控除（異動）申告書」「保険料控除申告書」「基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書」「住宅借入金等特別控除申告書」の4つの書類が必要です。各書類の内容について解説していくので、目を通しておくことをおすすめします。

扶養控除（異動）申告書は、その年の最初の給料を支払う前日までに従業員に提出してもらう書類です。扶養控除の対象となるのは源泉控除対象配偶者、16歳以上の控除対象扶養親族、障害者・寡婦・ひとり親・勤労学生です。

ただし、控除対象者の所得が一定以上の場合は扶養控除は受けられません。控除漏れがないように確認する必要があり、年末調整時に異動があれば異動申告書も提出してもらいます。

従業員の社会保険料は給与から控除されていますが、給与から控除されていない保険料については年末調整時に申告が必要です。保険料に関する申告は、保険料控除申告書を用いて提出します。

対象となる保険は一般の生命保険料、介護医療保険料、個人年金保険料、地震保険料です。保険料の区分ごとに計算して、ルールに基づいて控除額が決定されます。

基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書は、令和2年以前の「基礎控除申告書」「配偶者控除等申告書」「所得金額調整控除申告書」の3つの書類をを兼用した申告書です。

現在では1枚の書類で基礎控除、配偶者控除および配偶者特別控除、所得金額調整控除の3つの控除を申告可能です。

住宅借入金等特別控除申告書は、年末調整時に住宅ローンの控除を受けたい従業員が提出する書類です。

この書類は控除適用される2年目以降に提出する書類で、初年度については確定申告によってのみ控除を受けられます。控除証明、住宅取得資金に関係する借入金年末残高等証明書を添付資料として提出します。

年末調整の流れと方法

年末調整は給与支給額と源泉徴収税額、社会保険料を計算し、控除額を差し引くことで行います。ここでは、年末調整の流れと方法を紹介するので、計算の参考にしてください。

給与支給額に関しては、給与手当と賞与を区分します。その後、それぞれの合計金額を源泉徴収簿に記載し、合計します。

社会保険料の集計では、毎月の給与から差し引かれた小規模企業共済等掛金や社会保険料を集計します。この集計も、給与手当と賞与から差し引いたものをそれぞれ区分し、その後に集計します。

源泉徴収税額は、年末調整までに徴収した税金の集計をします。この時、本年最後に支払う給与に関しては、源泉徴収税額の計算を省略して、年末調整の実施が可能です。

集計した給与総額から、給与所得控除後の金額を求めます。その際、給与所得表を適用し、算出します。

所得控除額の差し引きの場合、計算した金額に1,000円未満の端数がある場合には切り捨てとします。主な控除は、社会保険料の金額の合計や保険料控除申告書、基礎控除申告書、扶養控除等申告書、配偶者控除等申告書です。以上の計算によって、課税給与所得金額が求まります。

課税給与所得金額に所得税率を掛け、所得税を算出します。この際、課税給与所得金額が1,000円未満の端数の倍は切り捨て、年末調整のための所得税額の速算表を利用して、算出所得税額を求めます。

住宅借入金等特別控除を受ける場合、住宅借入金等特別控除申告書を参考に、控除額を計算して差し引きます。この時、住宅借入金等特別控除額が算出所得税額よりも多ければ、年調所得税額は0円になります。また、控除しきれない金額は切り捨てになります。復興特別所得税は、ここで求めた年調所得税額に含まれておらず、後ほど計算します。

年調年税額と源泉徴収票税額の比較を行い、差額の還付、または徴収が行われます。
まず、年調所得税に102.1%を掛け算して、復興特別所得税の足し算で年調年税額を求めます。

その際、当初集計した源泉徴収税額と年調年税額を比較して過不足を求めることで精算を行います。例えば、源泉徴収税額が年調年税額より多い時は、税金を収めすぎたため差額が還付されます。

一方で、源泉徴収税額が年調年税額より少ない時は、税金が足りないので差額が徴収されます。

年末調整を行う際の注意点

年末調整は正しい手続きを行う必要があり、注意すべき点があります。特に次の2つの点に気を付けてください。

従業員が控除に必要な書類など提出を忘れている場合、雇用主は年末調整の作業を進めることができません。未提出の人をチェックして個別連絡するだけで時間が過ぎてしまい、年末調整の作業が遅れてしまうこともあるでしょう。

必要書類の提出期限に間に合わない場合は、従業員本人に確定申告をしてもらって控除を受ける方法もあります。会社として年末調整の作業を遅らせることはできないため、締め切りに間に合わない社員には確定申告をしてもらう旨を最初から伝えておくと混乱を防げるでしょう。

・提出書類を一定期間保存する
扶養控除等申告書等の提出を受けた源泉徴収義務者は、翌年1月10日の翌日から書類を7年間保存する義務があります。保管書類は税務調査があるときにいつでも提出できるようにしなければなりません。特に人件費の調査は必ず行われるため、書類はしっかりと保存しておきましょう。  

年末調整機能がある給与計算ソフトのメリット

作業工程の多い年末調整も、給与計算ソフトの導入で工数削減と効率化が可能です。これまで経理担当が行っていた業務を給与計算ソフトが行うため、担当者の負担とミスを削減できます。ここでは給与計算ソフトのメリットを紹介するので、導入を検討する企業は参考にしてください。

年末調整を行うためには、書類の配布から修正の差し戻し、書き終わった書類の回収が必要です。給与計算ソフトであれば、この配布から回収までの作業を効率化できます。例えば、紙の書類であれば、全員分の書類を印刷し、封筒に入れて配布する作業が必要です。一方、給与計算ソフトでは、システム上で書類配布から回収までを行えるので作業工数を減らし効率化が図れます。

年末調整は複雑なため、従業員からの質問が急増します。そのため、経理担当者は年末調整に関する質問への対応に追われてしまいます。給与計算ソフトであれば、年末調整対象の従業員に一斉メールを送信し、告知と説明が可能です。また、不明点はシステム上で確認できるため、問い合わせ数が減少し担当者が業務に集中できます。

給与計算ソフトの導入によって、還付金や徴収金額の計算工数を削減できます。システム上に必要なデータを入力することで、自動で計算が行われるからです。還付金や徴収金額の計算は大変で、従業員ごとに違うので時間がかかります。システム上で自動的に計算を行うことによって、年末調整の工数を削減し、業務の効率化につながります。

別記事「給与計算ソフトを徹底比較」では、選び方やおすすめのソフトウェアについて詳しく解説していますので、あわせてご覧ください。

【比較表】年末調整を効率化できる給与計算ソフト

ここからはおすすめの給与計算ソフトを紹介していきたいと思います。
まずはご紹介する給与計算ソフトでPRONIアイミツがおすすめのサービスを料金や機能項目、連携サービスで絞り込んで比較表にまとめてみました。
各サービスの違いや特徴が一目でわかるのでぜひご覧ください。

各サービスの具体的な特徴は後ほどご紹介しておりますので比較表と合わせて、給与計算ソフト選びの参考にしてください。

【2025年最新】年末調整に対応する給与計算ソフトおすすめ4選

給与計算をソフトのなかには、年末調整対応のサービスも数多くあります。例えば、法改正による税率変更に対し、自動的にアップデートしてくれる機能が便利です。ここでは、おすすめの給与計算ソフトを5つ紹介するので、給与計算に課題を抱えている、効率化させたい企業は参考にしてください。

【比較表】フリープラン有りの給与計算ソフト

ここからはフリープラン有りの、年末調整を効率化できるおすすめの給与計算ソフトを紹介していきたいと思います。まずはご紹介する給与計算ソフトでPRONIアイミツがおすすめのサービスを料金や機能項目、連携サービスで絞り込んで比較表にまとめてみました。
各サービスの違いや特徴が一目でわかるのでぜひご覧ください。

各サービスの具体的な特徴は後ほどご紹介しておりますので比較表と合わせて、給与計算ソフト選びの参考にしてください。

【フリープラン有り】給与計算ソフトおすすめ5選

フリープランが用意されている、年末調整対応の給与明細ソフトも多く、うまく活用しておくと運用がスムーズにいきます。フリープランのみのサービスや有料版と機能が異なる場合などがあるので、事前に確認しましょう。ここではフリープランのある給与計算ソフトを5つ紹介するので、お試しで運用したい企業は参考にしてください。

給与計算ソフトの選び方

年末調整への対応だけではなく、機能面やサポート体制なども確認が大切です。自社の課題に合わせた給与計算ソフトの導入が、業務効率を向上させます。また、セキュリティ対策はどの企業でも重要な内容のため、企業規模に関わらず確認しましょう。

給与計算だけではなく、年末調整などにも対応しているか確認しておきましょう。給与計算ソフトによって、搭載されている機能が異なるためです。例えば、年末調整に対応しており、機能が充実しているのであれば、経理担当者の負担をさらに減らすことができます。企業毎に重要な課題は異なるので、給与計算ソフトの導入に求める機能を分析しましょう。機能が充実しているほど出来ることは多いので、サービスの複数検討が大切です。

税金の支払いなど、法改正は毎年のように行われます。そのため、法改正に自動的に対応している給与計算ソフトの導入が便利です。システムが法改正に対応していれば、自動的に適切な給与処理が可能です。経理担当者が法改正を把握していない、適応を忘れてしまったなどのミスも回避できるので、法改正に自動対応している給与計算ソフトを選びましょう。

給与計算ソフトの故障や運用方法に迷ったときのために、サポート体制が充実したサービスを選びましょう。運用中に困った場合、すぐにサポートに聞ける環境が重要です。例えば、自社が土日も動いているのに、サポートが土日休みであれば、土日のトラブルに対応してもらえません。他にもメール対応のみのサービスで、返信まで数日待たなければならない、などの可能性もあります。トラブルをすぐに解消できれば業務も効率よく進むので、サポート体制の状況は確認しておきましょう。

給与計算は個人情報を多く扱います。そのため、セキュリティ対策が十分な給与計算ソフトを選びましょう。例えば、オンプレミス型は自社サーバーに設置するため、セキュリティ性が高くなります。一方、クラウド型はサービス提供会社のセキュリティ状況に依存するため、プライバシーマーク認定を受けているかなど確認が必要です。情報漏えいが起きてしまうと問題になるので、あらかじめセキュリティ対策を確認しておきましょう。

まとめ：給与計算ソフトで年末調整業務を効率化しよう

年末調整業務は法改正が絡むこともあり、毎年大変な業務です。経理担当者の負担を減らすためにも給与計算ソフトを導入しましょう。給与計算ソフトを導入しておけば、業務効率を改善させ、申請ミスや計算ミスを減らすことにもつながります。導入の際には、機能面が自社に合っているか、法改正に自動対応しているかなどの観点から検討が大切です。特に、法改正に自動対応していればミスなく年末調整をすすめられます。年末調整の大変さに悩んでいる企業は、給与計算ソフトの導入を検討しましょう。

数ある給与計算ソフトを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算ソフトが分かる診断（無料）ができます。