【2025年最新】マイナンバー対応の給与計算システムおすすめ9選！管理機能で業務効率化

目次
• マイナンバー管理機能がある給与計算システムとは
• マイナンバー管理機能がある給与計算システムのメリット
• 給与計算システムの選び方
• 【比較表】マイナンバー管理機能がある給与計算システム
• 【2025年最新】マイナンバー対応の給与計算システムおすすめ9選
• まとめ：マイナンバー管理対応のシステムを比較し、最適なサービスを選ぼう

マイナンバー管理機能がある給与計算システムとは

マイナンバー制度の登場により、税金や社会保障などの書類を作成する際には従業員のマイナンバーが必要となりました。企業には従業員のマイナンバーを安全に管理する義務があり、情報漏えいを引き起こすと最大で「4年以下の懲役」または「200万円以下の罰金」を受けてしまう可能性があります。マイナンバーの管理方法に頭を悩ませている企業も少なくないでしょう。そこで、ぜひ活用していただきたいのが給与管理システムです。

給与計算システム（給与管理ソフト）とは、さまざまな勤務形態を給与体系に合わせて自動計算できるシステムのこと。計算業務にかかっていた人件費や時間的コストを削減しつつ、給与の支払いに関する手続きを効率化できます。

そして現在では、マイナンバー管理機能が搭載されている給与計算システムも少なくありません。マイナンバー対応のシステムは、暗号化機能などで安全かつ適切に従業員のマイナンバーを管理することが可能。書類作成の手間を削減しながら、セキュリティに関するトラブルのリスクを回避することができます。

マイナンバー管理機能がある給与計算システムのメリット

マイナンバー対応の給与計算システムは人件費を削減できるほか、ヒューマンエラーを未然に防ぐことも可能など、さまざまなメリットがあります。マイナンバー管理機能が搭載されている給与計算システムを選べば、経理や人事労務の負担を更に軽減することも可能です。

たとえば、大規模のチェーン店で全従業員のマイナンバーを収集するには大きな労力が必要で、その収集方法も課題となります。マイナンバーの登録・収集機能が副次的に搭載されている給与計算システムを利用すれば、マイナンバーの収集業務を大幅にカットすることが可能です。

また、会社には「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン」によって従業員のマイナンバーを安全かつ適切に管理する義務があります。給与計算システムのなかにはマイナンバーを暗号化して管理する機能が搭載されいるものもあり、ガイドラインを満たしつつ管理コストを抑えられるというメリットも。業務効率化のために給与計算システムを刷新したい場合は、マイナンバー管理機能の有無も重要なポイントになるでしょう。

給与計算システムの選び方

給与計算システムを選ぶポイントを2つご紹介します。

多くの給与計算システムは、利用人数・規模に応じて料金が変動します。なかには1ユーザーごとに料金がかかる従量課金制プランを提供している場合も。現在在籍している従業員だけではなく、今後の採用人数も考慮した上で、給与計算システムを選びましょう。

システムによって、対応可能な雇用形態・給与形態が限られている場合があります。正社員だけではなくアルバイトが多く在籍する企業や、役職や職種ごとに給与の仕組みが異なる企業は、対応状況を必ずチェックしましょう。

別記事「給与計算ソフトの比較・おすすめ解説」では、詳しい選び方を解説していますので合わせてご覧ください。

【比較表】マイナンバー管理機能がある給与計算システム

ここからはマイナンバー管理機能があるおすすめの給与計算システムを紹介していきたいと思います。
まずはご紹介する給与計算システムでPRONIアイミツがおすすめのサービスを料金や機能項目、連携サービスで絞り込んで比較表にまとめてみました。
各サービスの違いや特徴が一目でわかるのでぜひご覧ください。

具体的な特徴は後ほどご紹介しておりますので比較表と合わせて、給与計算システム選びの参考にしてください。

【2025年最新】マイナンバー対応の給与計算システムおすすめ9選

ここでは、マイナンバー管理機能が搭載された給与計算システムを9選ご紹介します。給与計算システムの選定では、マイナンバー管理機能を含めた多機能かつ自社の環境にマッチしたソフトを選択することが重要です。

まとめ：マイナンバー管理対応のシステムを比較し、最適なサービスを選ぼう

給与計算システムを選ぶには、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で給与計算システムを比較できます。指定の連携ツールや無料プランの有無など、あなたの会社に最適なサービスを機能ひとつから探すことが可能です。
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数ある給与計算システムを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算システムが分かる診断（無料）ができます。