【2025年最新】マイナンバー対応の給与計算システムおすすめ10選！管理機能で業務効率化

目次
• マイナンバー管理機能を搭載する給与計算システムとは
• マイナンバー管理機能がある給与計算システムのメリット
• 【比較表】マイナンバー管理機能がある給与計算システム
• 【2025年最新】マイナンバー対応の給与計算システムおすすめ10選
• 給与計算システムの選び方
• まとめ：マイナンバー管理対応のシステムを比較し、最適なサービスを選ぼう

マイナンバー管理機能を搭載する給与計算システムとは

マイナンバー制度の登場により、税金や社会保障などの書類を作成する際には従業員のマイナンバーが必要となりました。企業には従業員のマイナンバーを安全に管理する義務があり、情報漏えいを引き起こすと最大で「4年以下の懲役」または「200万円以下の罰金」を受けてしまう可能性があります。マイナンバーの管理方法に頭を悩ませている企業も少なくないでしょう。そこで、おすすめなのがマイナンバー管理機能がある給与管理システムです。

給与計算システム（給与管理ソフト）とは、さまざまな勤務形態を給与体系に合わせて自動計算できるシステムのこと。マイナンバー管理機能搭載の給与計算システムは、暗号化やアクセス制御などのセキュリティ機能により、 従業員のマイナンバーを安全かつ適切に管理することが可能。

手作業による管理にかかっていた人件費や時間的コストを削減しつつ、セキュリティトラブルのリスクを回避することができます。

マイナンバー管理機能がある給与計算システムのメリット

マイナンバー対応の給与計算システムは人件費を削減できるほか、ヒューマンエラーの防止などのメリットがあります。ここでは、マイナンバー管理機能が搭載している給与計算システムの導入メリットを解説します。

マイナンバー制度対応の給与計算システムを導入すると、従業員やその扶養家族のマイナンバー収集・管理を効率化できます。オンラインでマイナンバーを直接入力・登録してもらうことで、紙での回収や手入力作業が不要となり、担当者の業務負担軽減と入力ミスの削減が可能です。さらに、登録したデータはシステム内で一元管理するため、必要な時にすぐに利用できます。  

マイナンバー法を遵守できることも、マイナンバー対応の給与計算システム導入のメリットです。マイナンバー法とは、マイナンバーの収集・利用・管理について定めた法律のこと。 マイナンバー法では、個人番号の収集、利用、保管、廃棄に至るまで、厳格なルールが定められています。マイナンバー管理機能があるシステムは、マイナンバー情報を暗号化して管理する機能を搭載するものもあり、法令遵守が容易になります。

また、利用目的を限定したり、法定保存期間を過ぎた番号を自動で削除したりする機能により、企業のコンプライアンス強化が可能です。法令違反のリスクを回避し、安心してマイナンバーを取り扱うことができます。    

マイナンバーは非常に機密性の高い個人情報です。給与計算システムは、高度なセキュリティ機能で情報漏えいのリスクを最小限に抑えます。具体的には、アクセス権限の制限、通信の暗号化、ログの管理などが挙げられます。これらの機能により、従業員のマイナンバーを安全な環境で保管・管理することが可能となり、企業の信用を守ることができます。  

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【比較表】マイナンバー管理機能がある給与計算システム

ここからは実際に、マイナンバー管理機能がある給与計算ソフトを比較します。料金や導入実績数を比較した表をご覧ください。

上記比較表をご覧の通り、マイナンバー管理機能がある給与計算ソフトの導入形態は、「クラウド型」と「パッケージ型（インストール型）」です。クラウド型は月額料金1人あたり400円から導入できるサービスもあり、初期コストを抑えることが可能。無料トライアル期間を設けているサービスも多いので、事前に操作性を確認しましょう。

数ある給与計算システムを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算システムが分かる診断（無料）ができます。

【2025年最新】マイナンバー対応の給与計算システムおすすめ10選

ここでは、マイナンバー管理機能が搭載された給与計算システムを10選ご紹介します。給与計算システムの選定では、マイナンバー管理機能を含めた多機能かつ自社の環境にマッチしたソフトを選択することが重要です。

以上、機能比較や料金比較でおすすめの給与計算システムを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、給与計算システム選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのツールがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

給与計算システムの選び方

給与計算システムを選ぶポイントを紹介します。

給与計算システムによって搭載する機能は異なるため、給与計算やマイナンバー管理以外の機能も確認しておきましょう。例えば、源泉徴収票の作成や社会保険料の自動計算などの機能が充実していれば、経理担当者の負担を大幅に減らせます。なお、給与計算システムには下記のような機能があります。

ニーズが多い機能は「社会保険料の自動計算」「源泉徴収票の作成」

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、社会保険料の自動計算機能が必要と考える企業は92%と最も多い結果に。続いて、源泉徴収票の作成機能が82%、給与振込用データ（FPデータ）の出力機能が77%でした。 

この調査結果から、多くの企業が法令に基づく複雑な計算や書類作成を自動化し、正確かつ効率的に処理したいと考えていることがうかがえます。ミスの防止や担当者の負担軽減を目的に、自動化機能の重要性が高まっていると言えるでしょう。必要な機能を絞り込む際には、上記データもぜひ参考にしてください。

多くの給与計算システムは、利用人数・規模に応じて料金が変動します。なかには1ユーザーごとに料金がかかる従量課金制プランを提供している場合も。現在在籍している従業員だけではなく、今後の採用人数も考慮した上で、給与計算システムを選びましょう。

システムによって、対応可能な雇用形態・給与形態が限られている場合があります。正社員だけではなくアルバイトが多く在籍する企業や、役職や職種ごとに給与の仕組みが異なる企業は、対応状況を必ずチェックしましょう。

別記事「給与計算ソフトの比較・おすすめ解説」では、詳しい選び方を解説していますので合わせてご覧ください。

まとめ：マイナンバー管理対応のシステムを比較し、最適なサービスを選ぼう

給与計算システムを選ぶには、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で給与計算システムを比較できます。指定の連携ツールや無料プランの有無など、あなたの会社に最適なサービスを機能ひとつから探すことが可能です。
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