通勤手当を経費精算する方法とは？おすすめシステム4選も紹介

目次
• 通勤手当とは？交通費・旅費交通費との違いを解説
• 非課税になる通勤費の限度額とは
• 通勤手当を経費として実費精算できるケース
• 複数の交通機関を使用する通勤費の具体例
• 通勤手当を支給する際の注意点
• 【比較表】簡単に定期券の控除ができる経費精算システム
• 【2025年最新】定期券の控除ができる経費精算システムおすすめ4選
• まとめ：システム導入で通勤手当の経費精算を効率化しよう

通勤手当とは？交通費・旅費交通費との違いを解説

まず、通勤費（通勤手当・交通費など）の基本を解説します。通勤費とは、労働者が出勤するために必要な費用を通勤手当として企業が支給するものです。ここでいう労働者とは、正社員・契約社員・アルバイト・パートなど雇用関係のあるすべての人を含みます。

通勤手当とは、自宅から会社までの移動に発生する費用の補助です。通勤手当という名称からもわかるように、通勤費は給与の一部であり、法的に企業が負担しなければならない義務はありません。つまり、通勤費を従業員にどのように支払うか、もしくは支払わないかは、企業が自由に決められるのです。

実際、通勤費を全額支給する場合もあれば、限度額が決められていたり、定期券を支給したりなど、企業ごとにさまざまなケースがあります。

一方で支給される通勤費は、一定の条件を満たしていれば非課税の対象になります。基本的には、公共交通機関を利用した通勤、マイカーや自転車を利用した通勤それぞれに上限金額が設けられ、それ以下であれば非課税となります。

つまり、通勤費は「通勤手当」であるため、あくまでも給与の一部とみなされ、社会保険や雇用保険などの算出は、各種手当を含んだ給与合計 + 通勤費の合計金額を対象として計算されるのです。

交通費・旅費交通費は、営業活動の移動に使われる費用です。通勤費・通勤手当が給与の一部であるのに対し、交通費・旅費交通費は経費であるため、きちんと経費計上されていれば税金はかからず、給与として扱われることもありません。

交通費・旅費交通費は、勘定科目でそれぞれを区別して計上することもあり、単なる移動の費用だけを意味するわけではありません。もちろん、日々の営業にかかった交通費などが中心ですが、こうした近距離の移動を交通費として分類し、遠方への出張で必要な交通費、宿泊費、出張手当などを旅費交通費も該当します。

従業員が立替払いするケースも多い旅費交通費は、現金で都度精算する場合もあれば、仮払金を会社が支払って後に差額を精算する場合、月末などの一定時期にまとめて精算して給与とともに支払われる場合など、その支払い方法もさまざまです。

非課税になる通勤費の限度額とは

上述したように、通勤費は一定の条件を満たせば所得税・住民税が免除され、非課税の対象になります。これは通勤費が、給与に含まれる手当に相当するものの、出勤に必要な費用だという側面が課税対象にならないという理由からです。

ただし、交通費がいくらかかっても非課税になるわけではありません。通勤費が非課税になる条件は、国税局の通達により定義されており、それぞれに非課税の上限金額が定められています。それぞれのケースごとに確認していきましょう。

公共交通機関には、電車・バス、新幹線などが含まれます。交通機関を使って通勤する場合「運賃・時間・距離などの条件を照らし合わせ、もっとも経済的かつ合理的な経路および方法で通勤」しなければなりません。

つまり、都市部などの交通機関が発達している地域では、必ずしも通勤に使える経路が一つではないため、経済的で合理的な経路を選択する必要があるのです。

たとえば、30分で出勤できる経路に対して、交通費が500円余分にかかるものの、5分早く通勤できる経路を比べた場合、多少時間が余分にかかっても、交通費が安く済む経路を選択する方が経済的かつ合理的だといえるでしょう。

課税・非課税にかかわらず通勤手当をいくらまで支給するかの判断は企業側に委ねられます。同様に、選択したい経路が経済的かつ合理的なのかの判断も企業側に委ねらるのです。

電車・バスの場合

在来線などの通勤電車、路線バスを利用して通勤する場合、非課税となる通勤費の上限額は最大で月15万円です。

電車を利用するケースでは、定期券の購入で比較的大きな割引が得られるため、ほとんどの企業で1ヵ月、3ヵ月、6ヵ月の定期代を支給する形になるでしょう。

路線バスを利用した通勤でも、条件は電車の場合と同様ですが、定期券購入で割引になる金額が比較的小さいため、実際には定期券を購入しないで歩いて通勤するなどという問題もあります。こうした問題を排除するため、路線バス通勤を距離に応じて制限している企業もあります。

※参照：国税庁『No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当』

新幹線の場合

特急料金が加算される新幹線を利用した通勤の場合も、非課税となる通勤費の上限額は最大月15万円です。

もちろん、定期券購入でも割高になる新幹線通勤費を支払うかどうかは企業ごとの判断になるため、新幹線通勤が認められない場合もあるでしょう。

また、在来線も含め、グリーン車利用で生じた費用は、非課税通勤費として認められず課税対象手当になります。

クルマ・バイク・原動機付自転車・自転車などの交通用具を利用して通勤していた場合、通勤にかかる片道の距離に応じて、1ヵ月あたりの最大非課税通勤費が定められています。

片道の通勤距離に応じた、交通用具通勤の最大非課税は以下のとおりです。

交通用具通勤の最大非課税一覧

仮に、マイカー通勤が許可されていてガソリン代の実費を支給する企業があったとしても、非課税金額を超えた実費は課税対象になります。

ただし、マイカー通勤で有料道路を利用する場合は、追加で非課税通勤費が認められるケースがあります。

※参照：国税庁『No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当』

タクシー通勤・運転手付きのクルマ通勤は、経済的かつ合理的な経路および方法とは認められていません。

仮に会社が通勤費としてこれらの費用を支給していたとしても、全額が課税対象になります。

ここまで説明した通り、条件を満たさない通勤手当は非課税枠から外れるため、課税対象になります。

また、以下のケースに当てはまる場合も非課税枠から外れてしまいます。

  課税対象になるケース  

また、マイカー通勤で問題になるのが駐車場です。会社の敷地内に自由にクルマを停められるスペースがあれば特に問題はありません。

しかし、駐車場がなく、近隣の有料駐車場を利用するなどの場合、駐車料金は非課税として認められないため、通勤費の一部として会社に請求していても課税の対象になることに注意が必要です。

通勤手当を経費として実費精算できるケース

通勤手当は一般的に定額で支給されますが、実費精算が認められるケースも存在します。たとえば、以下のような従業員が対象となります。

勤務日数や通勤ルートが不定期なパート・アルバイト、テレワーク中心の社員、あるいは交通費が変動しやすい業務形態の従業員などが該当します。

また、通勤手当を経費として実費精算する場合、事前に会社が「通勤手当を実費で精算する」と就業規則等に明記し、運用ルールを明確にしておくことが必要です。税務上も、実費精算は非課税通勤費として認められる場合がありますが、支給額の上限や合理性を保つことが求められます。

実費精算方式にすることで、企業側は無駄な通勤費支出を抑えられます。特にリモートワークやフレックス勤務が普及している現代では、定額支給よりも合理的です。従業員側も、自身の実際の利用分に応じて申請できるため、不公平感が軽減されやすくなることもメリット。

また、経理面でも「通勤費＝実費」という明確な記録が残るため、経費管理の透明性が向上し、不正申請の抑止にもつながります。正確なルール設計とシステム活用によって、双方にとって納得感のある制度が実現可能です。

一方で、実費精算には手間と管理コストがかかるというデメリットもあります。出勤のたびに交通費を申請・承認する必要があり、申請漏れや不正申告のリスクも否定できません。従業員にとっては毎回の入力が負担になり、管理者にとっても確認作業が煩雑になりがちです。

また、一定額を毎月もらえるという安心感がなくなることで、従業員のモチベーションに影響を与える懸念もあります。導入の際は、社内ルールを明文化することが不可欠です。さらに、交通費精算に特化した経費精算システムを導入し、煩雑な交通費精算を効率化することがおすすめです。

複数の交通機関を使用する通勤費の具体例

それでは次に、複数の交通機関や交通用具を併用して通勤している場合、通勤費が非課税になる条件はどのようなものか、具体的なケースごとに解説します。

電車とバスを使って通勤する場合、電車の交通費に路線バスの交通費をプラスした金額が非課税通勤費として認められます。

一般的には、それぞれの通勤定期券代1ヵ月分がプラスされた金額が支給され、総額が15万円を超えない限りは全額非課税になります。

さらに、会社の最寄り駅から会社までも路線バスを利用するなど、利用交通機関が3つ以上になっても、総額が15万円以内なら非課税です。

従業員の自宅から最寄り駅までマイカーを使い、通勤電車に乗り換えて会社まで出勤するなどのケースです。路線バスが走っていないなど、マイカーを併用せざるを得ない状況が該当するでしょう。

このケースでは、通勤電車の交通費に、交通用具を使用した場合の上限金額をプラスし、総額15万円までの金額が非課税通勤費として認められます。

つまり、非課税通勤費の上限15万円から4,200円を差し引いた、14万5,800円以内に通勤電車の交通費を収める必要があります。また、通勤費の総額が15万円に収まっていても、マイカー通勤分として1万円支給されていれば、超過分の5,800円は課税対象となります。

月の半分を通勤電車で本社まで通勤し、残り半分は自宅から工場までマイカーで通勤しているなど、複数箇所に複数交通手段で通勤しているケースです。

この場合は、通勤電車の交通費に、交通用具通勤の上限金額の半分が距離によってプラスされ、総額が15万円までの金額が非課税通勤費として認められます。つまり、複数交通手段を利用して通勤する場合を含め、いかなるケースでも非課税通勤費の総額が15万円を超えることはありません。

通勤手当を支給する際の注意点

実際に通勤手当を支給する注意点を解説します。

通勤手当は社会保険料の算定基礎賃金に含まれるため注意が必要です。通勤費の支給により、保険料の負担や給付額に影響を受けるため注意しましょう。

また、年末調整にも影響があるため、供養から外れたくない、従業員の場合は年間の給与を含めた103万円を超えないように配慮も必要になります。

通勤手当の支給は公平性が必要になります。雇用形態の違いにより通勤手当の支給額の差をつけることは認めれていないので注意しましょう。ただし、フルタイム勤務ではなくシフト制などにより勤務日の違いによる差異は合理的な理由になるため認めれています。

通勤手当は申請されたデータをもとに支給額を決定しているため、虚偽の申請を行うなど不正受給が発生する可能性があります。住所が異なる、規定経路以外での通勤などで不正受給のケースがあり注意しましょう。

また、不正受給はアナログで把握しずらい部分があります。経費精算システムならば、申請と登録してある経路が差異がある場合は警告がでるなど、不正受給に関する対策を講じることができるでしょう。

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【比較表】簡単に定期券の控除ができる経費精算システム

ここからは実際に、定期券の控除が可能な経費精算システムを比較します。料金や機能、導入実績数を比較した表をご覧ください。

上記比較表をご覧の通り、定期券の控除が可能な経費精算システムは、「定期区間自動控除機能」を搭載しています。上記サービスは、すべてクラウド型で初期費用・月額料金を抑えて導入が可能。どのシステムも導入実績が豊富なため、安心して利用できます。他のサービスも確認したい方は下記記事もご覧ください。

【2025年最新】定期券の控除ができる経費精算システムおすすめ4選

割引率の大きい定期券は、通勤費を抑えるために有効ではありますが、営業などで外出する際の交通費が定期区間と重なり、二重で交通費を支給してしまう場合も考えられます。

こうした二重支払いによるムダをなくし、交通費を最適化するために有効なのが経費精算システムです。簡単に定期区間の控除ができて、正確な交通費の支給を実現するおすすめのSaaS型経費精算システムを紹介します。

まとめ：システム導入で通勤手当の経費精算を効率化しよう

今回は、通勤費の非課税に関することに加え、おすすめの経費精算システムについてお伝えしてきました。もしかしたら、通勤費の本来の意味や非課税のための条件に気付かず、便利だからという理由だけで、割高な通勤経路を申請をしていた人もいるかもしれません。逆にいえば、企業側でもこうした事実に気付かず、割高な通勤費を容認していたり、定期区間と重なった営業交通費を認めてしまっていたケースもあるしれません。

こうした課題を解決できるのが経費精算システムであり、定期券管理サービスです。煩雑な通勤費・交通費の管理に頭を悩ませている企業は、ぜひ経費精算システムを検討してみてください。

とはいえ、数ある経費精算システムを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った経費精算システムが分かる診断（無料）ができます。

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