【2025年最新】e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフトおすすめ11選！申し込み手順も解説

目次
• e-Tax（国税電子申告）とは
• e-Tax（国税電子申告）を利用するメリット
• 【比較表】e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフト
• e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフトおすすめ11選
• 会計ソフトの選び方
• 会計ソフトを使用したe-Taxの申込手順
• e-Taxで申し込みを行う場合に必要な準備は？
• まとめ：会計ソフトによる電子申告で、業務効率化を図ろう

e-Tax（国税電子申告）とは

e-Tax（国税電子申告）とは、インターネット上（オンライン）で申告や納税を行えるシステムのこと。税務署の窓口を訪問することなく税務手続きが行えるため、導入する企業が徐々に増加しています。

国の方針としても税務手続きにおけるICT活用を進める運びとなり、平成30年度の法改正では大企業のみ令和2年（2020年）4月1日以降に開始した事業年度から電子申告が義務化。今後も義務化の対象となる範囲が拡大されていくと予想されます。
e-Taxで取り扱うのは、基本的には法人税や地方法人税、消費税ならびに地方消費税、復興特別法人税。そのほかには、法定調書や申告、電子帳簿保存等の届出などにも対応しています。

詳しくは後述しますが、中小企業にとってもe-Taxは決して無関係ではありません。導入することで多くのメリットが得られるため、会計ソフトを導入する際にはe-Taxにも対応しているものを選んでおくと安心です。

e-Tax（国税電子申告）を利用するメリット

e-Tax（国税電子申告）は紙で行う確定申告にはないメリットがあります。導入した後に特に便利だと実感するのは以下の3点です。

確定申告ではさまざまな添付書類を求められますが、e-Taxでは一部の書類についてPCで必要項目を入力して送信するだけで終えられます。添付を省略できる書類は以下になります。

ただし、上記書類の保管義務はあるため、5年間は大事に保管しておきましょう。

確定申告の期間は原則毎年2月16日～3月15日までの1か月間です。しかし、e-Taxを利用すると1か月ほど期間を前倒しすることが可能で、申告期間は1月16日～3月15日になります。

申請期間が長くなることで余裕をもって申告作業ができます。また、e-Taxならメンテナンス期間を除いて24時間提出が可能です。時間と場所に関わらず申告できることは、忙しい社会人にとって大きなメリットです。

通常の確定申告で還付金がある場合、支払処理に要する期間は通常3週間前後です。しかし、1月～2月に確定申告をした場合は2～3週間ほどで還付金が戻ってきます。

e-Taxは1月16日から受付しているため、早々に申告すればスピーディーに還付金の支払いを受けらるでしょう。ただし、書類に不備などあると遅れることもあるため、申請時に抜け漏れがないかしっかり確認する必要があります。

e-Taxに対応する会計ソフトの導入を検討している企業は、PRONIアイミツ（当サイト）をご利用ください。PRONIアイミツでは、ITツール受発注支援のプロとして、会計ソフト選びについての相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った会計ソフトが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。  

【比較表】e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフト

ここからは実際に、料金や機能を比較して、e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフトを比較します。人気がある会計ソフト会社のおすすめサービス一覧表をご覧ください。

e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフトには、法人向けと個人事業主向けの2つのタイプがあります。「freee会計」「PCAクラウド会計」「マネーフォワード クラウド確定申告」は初期費用が無料です。「10book」は、フリープランを提供し料金をかけずに始められます。

「freee会計」「やよいの青色申告 オンライン」「マネーフォワード クラウド確定申告」は、個人事業主・フリーランスに人気の会計ソフトです。月額1,000円ほどで低コストで利用できます。

e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフトのサービスは多く、自社に合う1社を選ぶのは大変です。 PRONIアイミツでは、ITツール受発注支援のプロとして、会計ソフト選びについての相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った会計ソフトが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。    

e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフトおすすめ11選

ここからは、e-Tax（国税電子申告）に対応しているおすすめ会計ソフト11選を紹介していきます。e-Taxを活用することはコスト面・業務効率面どちらにおいてもメリットがあるため、ぜひ導入を検討してみてください。

以上、e-Tax（国税電子申告）対応の会計ソフトを詳しく紹介しました。会計ソフトは多数あるため、どれを選ぶべきか迷ってしまう方も多いでしょう。PRONIアイミツは、ITツール受発注のプロとして、希望要件に合った会計ソフトの案内が可能です。料金無料・最大6社をご紹介しますのでぜひ一度お試しください。

会計ソフトの選び方

ここでは会計ソフトを選ぶポイントを解説します。

設立したばかりの法人や独立したての個人事業主には、簿記の知識がない初心者にも簡単に操作できる会計ソフトがおすすめ。せっかく導入しても「操作が難しい」という理由で従業員に敬遠されてしまっては、手間と費用をかける意味がありません。導入前に無料トライアルを利用し、操作性をチェックしましょう。また、導入後のサポート窓口の有無も確認しておきたいポイントです。

一口に会計ソフトといっても、搭載機能は製品によってさまざま。e-Tax（国税電子申告）以外の機能も確認し、自社の業務に必要な機能はあるかをチェックしましょう。自社の導入目的に合わせて会計ソフトを選ぶことが重要です。たとえば、経理業務の改善を目的とする場合は経理データを多角的に確認できる製品がおすすめです。

なお、PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、企業が会計ソフトに求める機能は「仕訳帳の作成機能」が91%と最も多く、次いで「決算書作成機能」が89%、「クレジットカード明細取込機能」が63%という結果でした。 

この調査結果から、企業は日々の取引記録を正確に管理し、決算までスムーズに進められる機能を重視していることがうかがえます。業務を効率化・自動化できる機能が、ソフト選定のポイントとなると言えるでしょう。  

会計ソフトの種類は「クラウド型」と「インストール型」に分けられます。

インストール型は、パソコンにソフトウェアをダウンロードし、直接起動して使うタイプのものです。一方、クラウド型は、インターネットを通じてブラウザからアカウントにログインし、オンラインで利用できるサービスを指します。

インストール型の会計ソフトは、例えばMac OSに非対応であるなど、使用できる端末に制約がある場合がありますが、ネット接続がなくても動作するため、オフライン環境でも使えるのが利点です。

これに対してクラウド型の会計ソフトは、インターネットにさえ接続できれば、Windowsパソコン、Mac、スマートフォン、タブレットなど様々な端末からアクセス可能です。さらに、ソフトのバージョンは自動で更新されるため、常に最新機能を利用できるというメリットもあります。

会計ソフトの料金は、種類（導入形態）によって異なります。以下は、クラウド型とインストール型の料金比較表です。

クラウド型の会計ソフトは月額課金制で、月額料金の相場は1,000円〜6,000円程。一方でインストール型の会計ソフトは2万円〜8万円程の価格で一括購入でき、月額料金がかからないものが多いです。

電子帳簿保存法やインボイス制度といった法制度に対応してい会計ソフトを導入することで、「電子帳簿保存法の要件を満たし、帳簿をデータ保存できる」「インボイス制度に準拠した消費税区分で会計処理ができる」などのメリットがあります。クラウド型であれば、バージョンアップデートは自動で行われるため、個別に法対応する手間を省けます。

より詳しい選び方は、別記事「会計ソフトを徹底比較・2025年最新のおすすめ」でも解説していますので、あわせてご覧ください。

会計ソフトを使用したe-Taxの申込手順

e-Taxは会計ソフトを使って申告することもできます。ここでは会計ソフトを使ったe-Taxの申込手順について解説します。

確定申告をe-Taxで行う場合は事前に申請しなければなりません。申請方法は次の3つです。

このうち、会計ソフトを使用したe-Taxができるのはe-Taxソフトを組み込んで送信する方法のみです。申し込み手順は 利用環境が国税庁奨励の状態になっているか確認し、電子証明書を取得します。

その後、開始届出書を提出して e-Taxソフトをダウンロードします。準備が整ったら会計ソフトで作成したデータをe-Taxを使って送信しましょう。以下、申込手順について詳しく解説します。

e-Taxソフトを使うには国税局が奨励している利用環境が整っているか確認します。推奨利用環境は下記の通りです。

利用環境を満たしていない場合はe-Taxが利用できない可能性があります。

e-Taxはデータが改ざんされていないことを示す電子証明書を取得しなければなりません。電子証明書は印鑑証明の様な役割があり、事前に認証機関に利用申込をして電子証明書の発行をしてもらいます。

個人はマイナンバーカードに電子証明書が組み込まれており、マイナンバーカードと専用のICカードリーダライタがあれば事足りるでしょう。法人は商業登記認証局で手続きを行い電子証明書を取得します。

電子証明書が取得できたら、税務署長あてに「電子申告・納税等開始届出書」を提出して利用者識別番号を発行してもらいます。

開始届書は印刷して提出することは可能ですが、利用者識別番号通知まで10日ほどかかります。急いでいる場合はWebで開始届書を提出した方がよいでしょう。ただし、Webから開始届書を提出する場合は、e-Taxの利用可能時間が限られます。

利用可能時間は火曜～金曜までが24時間（祝祭日・12月29日～1月3日は除く）、月・土日はメンテナンス日を除いて8時30分～24時の間に営業しています。

開始届書を提出したのちはe-Taxソフトをダウンロードします。e-Taxソフトは国税庁の専用サイトからダウンロード可能です。最初に利用規約・利用環境を確認し、政府共用認証局（官職認証局）、政府共用認証局（アプリケーション認証局2）のルート証明書･中間証明書をインストールします。

証明書がインストールできたら、e-Tax関連のURLを信頼済みサイト、ポップアップブロックの許可サイトに登録します。その後、e-Taxソフト(共通プログラム)のインストーラをダウンロードしてください。ソフトを起動したら必要な税目のプログラムもインストールしましょう。

e-TaxソフトはダウンロードせずにWebでも利用可能です。Web版を利用する場合は、e-Tax専用サイトからログインします。

利用者情報が未登録の場合は登録をしてログイン、その後で申告・申請・納税をクリックしてください。会計ソフトからダウンロードした申告ファイルをアップロードすれば完了です。その後、電子証明書で電子署名をしてデータを送信します。

e-Taxソフトのダウンロードができたら次は実際にデータを送信します。各会計ソフトはe-Taxに対応した青色申告決算書、確定申告を作成する機能を搭載しています。

まず最初に作成すべき書類のファイルを会計ソフトからダウンロードしましょう。e-Taxと正しく連携できてることを確認し、データの追加・修正あればe-Taxソフト上で変更してください。その後、電子証明書でデータに電子署名してデータ送信します。

e-Taxで申し込みを行う場合に必要な準備は？

e-Taxで申し込みを行う場合に必要な準備は、レシート・領収書を整理する、経費を会計ソフトに入力する、収入を会計ソフトに入力する、この3点です。以下、詳しく解説します。

最初に行うべきはレシート・領収書の整理です。1月から12月までの申告期間にかかった経費のレシート、領収書を集めます。年間保管するにはスクラップブックかコピー用紙に貼っておくと便利です。

貼る際は月ごとに分ける、テープ糊で貼ることをおすすめします。一定の要件を満たせばスキャナ保存も可能です。2022年1月1日以降は事前承認が不要になり、電子保存しやすい環境になりました。

青色申告の場合、領収書・レシートは7年の保存義務があります。自分に合ったやり方を見つけて効率よく整理しておくと確定申告の際も作業をスムーズに終えられるでしょう。

レシート・領収書の整理ができたら経費を会計ソフトに入力します。入力の際は科目を設定しなければなりません。科目とはお金の使い道です。会計ソフトによっては候補を提案してくれることもあります。

経費の入力が終わったら収入を会計ソフトに入力します。銀行への入金額、請求書などを参照しながら正確に入力していきます。収入の科目は「売上」などです。

収入と経費については毎月確認しておくと確定申告の入力作業負担を軽くできます。会計ソフトへの入力が終わったら申告書を出力しましょう。e-Taxと連動できる会計ソフトなら入力の二度手間がなくなるため大変便利です。

まとめ：会計ソフトによる電子申告で、業務効率化を図ろう

会計ソフトを選ぶには、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。「PRONIアイミツ」では、さまざまな条件で会計ソフトを比較可能。指定の連携ツールや無料プランの有無など、あなたの会社に最適なサービスを探すことができます。
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