【税理士監修】中小企業に人気・おすすめの会計ソフト13選！2025年最新比較

目次
• 中小企業に会計ソフトがおすすめの理由
• 中小企業向け会計ソフトの選び方・比較方法
• 【比較表】中小企業・小規模法人向け会計ソフト
• 【クラウド型】中小企業・小規模法人向け会計ソフトおすすめ10選
• 【インストール型】中小企業・小規模法人向け会計ソフトおすすめ3選
• 会計ソフトの中小企業への導入シェア
• まとめ：小規模法人なら補助金利用で安く会計ソフトを使うのがおすすめ
• よくある質問

中小企業に会計ソフトがおすすめの理由

会計ソフトとは、会社のお金の出入りを記録・集計できるソフトウェアです。帳簿や決算書、売上レポートなどを自動で作成でき、手作業による入力ミスや手間を大幅に軽減します。

MM総研のアンケート調査によると、中小企業における会計ソフトの利用率は50%を超えており、経理・会計業務に会計ソフトを利用する会社が主流となっています。会計ソフト導入の目的としては「経理・会計業務にかかる人件費の削減」が最も多く、業務効率化を目指す中小企業に人気のツールです。

※引用：MM総研「クラウド会計ソフトの法人導入実態調査」

中小企業・小規模法人に会計ソフトがおすすめの理由は以下の3点です。

会計ソフトを利用すると、日々の帳簿付けから決算書の作成までの業務を効率化することが可能です。たとえば、法人のクレジットカード明細・銀行口座の入出金データを連携できる会計ソフトを使えば、帳簿への転記作業が不要に。また、勘定科目を推測して自動仕訳する会計ソフトもあり、日々の帳簿付けをほぼ自動化できます。

なお、クラウド会計ソフトを導入した企業の導入目的として、最も多いのは「経理・会計業務にかかる人件費の削減」で、多くの企業が会計ソフトの便利な機能を評価していることがわかります。

※引用：MM総研「クラウド会計ソフトの法人導入実態調査」

IT導入補助金とは、中小企業・小規模法人がITツールを導入する際の費用を国が補助する制度です。中小企業のDXによる業務効率化をサポートする目的で2017年から始まったIT導入補助金は今年で7回目を迎えました。IT導入補助金は会計ソフト導入時にも適用でき、利用料金の3/4を補助金でまかなうことが可能。会計ソフトをはじめSaaSツールを導入したい中小企業におすすめの制度です。

なお、IT導入補助金はソフトウェアの種類・金額によって「類型」があり、会計ソフトは「デジタル化基盤導入類型」に当てはまります。

デジタル化基盤導入類型の詳細

※参考：IT導入補助金2025『IT導入補助金をお申込みされる中小企業・小規模事業者等のみなさま』

中小企業が生産性を高めるような設備投資を行った場合、税優遇を受けられます。代表的なものは「中小企業投資促進税制」と「中小企業経営強化税制」で、ソフトウェア投資の場合は「取得価額が70万円以上」という条件があるものの、その条件を満たせば即時償却や税額控除といった税優遇を受けられるためおすすめです。

※資本金3,000万円超1億円以下の法人の場合は、優遇措置が異なります。

※参考：国税庁「No.5433 中小企業投資促進税制（中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除）」
※参考：国税庁「No.5434 中小企業経営強化税制（中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は税額控除）」

以上、中小企業に会計ソフトがおすすめの理由を詳しく解説しました。PRONIアイミツでは、ITツール受発注支援のプロとして、会計ソフト選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめの会計ソフトがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

中小企業向け会計ソフトの選び方・比較方法

中小企業の経理担当者・代表者が会計ソフトを選ぶ際、おすすめの選び方・比較方法を解説します。主な比較項目は下記の4つです。

会計ソフトの基本機能としては帳票・伝票入力、勘定科目の登録、仕訳入力などがあり、決算時期には集計されたデータをもとに決算書類（貸借対照表、損益計算書など）を出力することができます。

会計業務をより効率化したい場合には、銀行口座の取引明細からデータ連携して自動仕訳を行う会計ソフトや、e-Taxの確定申告までサポート対応している会計ソフトを選ぶのがおすすめです。また、収集データをもとに財務分析レポートを作成できる会計ソフトもあり、財務状況をリアルタイムで把握して経営強化に活用したい中小企業におすすめです。

会計ソフトには、PCにソフトウェアをダウンロードして利用する「インストール型」と、ブラウザ上でアカウントにログインして利用する「クラウド型」があります。

従来からあるインストール型の会計ソフトは、インターネットに接続できない環境でも操作可能な点がメリットですが、Windows OSにしか対応していない（Mac OSに非対応）点や、バージョンアップの度に再度インストールが必要な点には注意が必要です。

一方でクラウド型の会計ソフトは、インターネットに接続できる環境で利用可能。常に最新状態に更新されるため、バージョンアップの対応は不要です。アカウントにログインできれば、PCでもタブレットでも操作可能な点も便利で、導入シェア率を比較するとインストール型よりクラウド型が伸びています。

クラウド型の会計ソフトは、月額課金制（サブスクリプションモデル）が一般的です。中小企業・小規模法人に人気のfreee会計は、月額料金2,980円から利用可能。マネーフォワードクラウド会計は月額料金2,980円から利用可能です。

各社とも複数のプラン（個人事業主プラン・中小企業プラン・大企業プランなど）を提供し、機能の多さによって料金が違います。自社に必要な機能をそなえたプランでの料金比較がおすすめです。

2023年10月にはインボイス制度が開始し、2024年1月には電子帳簿保存法が改正されました。中小企業を含むすべての法人に影響がある法制度のため、このような法制度に対応している会計ソフトか、という観点での比較も重要です。法制度に対応した会計ソフトを導入することで、インボイス制度に則った消費税区分で適切な会計処理を行えます。また、電子帳簿保存法の要件を満たして、帳簿をデータ保存することも可能になります。

freee会計やマネーフォワードクラウド会計、弥生会計オンラインといった会計ソフトは最新の電子帳簿保存法・インボイス制度に対応し、かんたんに法対応が完了する点でおすすめです。

参照：インボイス制度について（国税庁）、電子帳簿保存法の概要（国税庁）  

【比較表】中小企業・小規模法人向け会計ソフト

ここからは実際に、料金や機能を比較して、中小企業や小規模企業におすすめの会計ソフトを紹介します。以下は、人気の会計ソフトの料金比較表です。

多くのクラウド型の会計ソフトは、初期費用無料で導入でき、「気軽に導入しやすい会計ソフトを探している」中小企業におすすめです。また、上記で挙げた会計ソフトは月額料金も安く設定されており、コストを抑えて会計業務を効率化したい中小企業・小規模法人におすすめできます。

「MJSかんたん会計」「わくわく財務会計」「大蔵大臣NX」はインストール型会計ソフトで、買い切りで購入可能。長期で利用する場合にはランニングコストを抑えられます。また、「ジョブカン会計」はクラウド型・インストール型の両方に対応し、インストール型は8,140円（税込）で購入できます。

会計ソフトのランキング一覧では、2025年最新比較でおすすめの会計ソフトをチェックできます。また、中小企業向けの会計ソフトを導入したい方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った会計ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

【クラウド型】中小企業・小規模法人向け会計ソフトおすすめ10選

2025年最新の料金や機能比較で、中小企業・小規模法人におすすめのクラウド型会計ソフト10選を紹介します。気になる会計ソフトの特徴を確認ください。

【インストール型】中小企業・小規模法人向け会計ソフトおすすめ3選

2025年最新の料金や機能比較で、中小企業・小規模法人におすすめのインストール型会計ソフト3選を紹介します。気になる会計ソフトの特徴を確認ください。

以上、インストール型のおすすめ会計ソフトを紹介しました。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った会計ソフト（最大6社）を無料でご案内可能です。会計ソフト選びの時間がない担当者は、ぜひ一度お試しください。

会計ソフトの中小企業への導入シェア

株式会社MM総研が実施した調査によると、クラウド会計ソフトの中小企業への導入シェアは「freee会計」が32.3％で1位、「MFクラウド会計」が19.2%で2位、「弥生会計オンライン」が15.4%で3位。上位3社で約67%の導入シェアを獲得しています。

※出典：株式会社MM総研『クラウド会計ソフトの法人導入実態調査』

会計ソフトの中小企業へのシェアが1位の「freee会計」は、簿記の知識がない経理初心者でも簡単に利用できる会計ソフトです。加えて、導入費用がかからず月々のコストが安いことも、中小企業への導入シェア率を高めています。

なお、中小企業に導入される会計ソフトの形態は、「インストール型」が全体の85.5%、「クラウド型」が14.5%。従来の「インストール型」が依然として多い一方、クラウド型会計ソフト（いわゆるSaaS）の注目度も上がっています。会計ソフトの業界シェアについては、以下の記事も参考にしてください。

まとめ：小規模法人なら補助金利用で安く会計ソフトを使うのがおすすめ

中小企業や小規模法人が会計ソフトを導入することで、日々の経理・会計業務を半自動化し、より本質的な財務分析や経営判断に力を注げるようになります。また、行政側からも中小企業のDX化を推進するための支援が行われており、IT導入補助金を利用して安く会計ソフトを利用することが可能です。→IT導入補助金について詳しくはこちら（別記事）

とはいえ、中小企業向けの会計ソフトは数十種類あり、実際に中小企業の経理担当者が自社に合った会計ソフトを選ぶのは大変です。PRONIアイミツでは、希望要件を入力するだけでおすすめの会計ソフトがわかる診断を用意しているのでぜひ一度お試しください。

よくある質問

中小企業・小規模企業向けの会計ソフトについて、よくある質問に答えます。

2017年の調査（※MM総研が2017年9月に従業員300人以下の中小企業8,851社を対象に行ったアンケート調査）によると、中小企業における会計ソフトの導入率は54.1%で、会計業務の方法として会計ソフト導入が主流となっています。なお、そのほかの会計業務の方法としては、「全て税理士に任せている」が24.6%、「Excelなどの表計算ソフトを利用」が12.2%です。

クラウド会計ソフトの導入シェアは「freee会計」が32.3％で1位、「MFクラウド会計」が19.2%で2位、「弥生会計オンライン」が15.4%で3位。3社で約67%のシェアを獲得しています。

なお、中小企業に導入される会計ソフトの形態は、「インストール型」が全体の85.5%、「クラウド型」が14.5%。従来の「インストール型」が依然として多い一方、クラウド型会計ソフト（いわゆるSaaS）の注目度も上がっています。

はい、中小企業が会計ソフトを利用する際はIT導入補助金を使えます。本制度によって、会計ソフトの利用料金の3/4が補助金でまかなわれ、中小企業は通常の1/4の価格で安く会計ソフトを利用できます。中小企業の経理担当者は、補助金制度の実施期間中に会計ソフトへの移行を検討するのがおすすめです。

中小企業・小規模法人におすすめの無料会計ソフトは、「円簿会計」「フリーウェイ経理Lite」です。これらの会計ソフトは、基本機能をすべて無料で利用できます。また、機能や作成書類の範囲を拡げたい場合には有料プランで対応可能です。