【電子帳簿保存法対応】紙・PDFの請求書の保管におすすめのシステム6選

目次
• 電子帳簿保存法とは
• 電子帳簿保存法に則った請求書保管方法
• 電帳法に対応した請求書保管システムの選び方
• 【比較表】請求書保存機能もある経費精算システム
• 【2025年最新】請求書保存機能もある経費精算システムおすすめ6選
• まとめ：電子帳簿保存法に対応した経費精算システムで業務効率化！
• よくある質問

電子帳簿保存法とは

電子帳簿保存法とは、これまで紙での保存を求められていた請求書や帳簿を電子データでも保存可能とする法律です。請求書をPDFで作成する会社や、会計ソフトを用いて帳簿を作成する会社が増えたことで、行政手続きにおいてもペーパーレス化が求められるようになりました。

電子帳簿保存法によって民間企業・行政手続きのペーパーレス化が促進され、国内全体での業務改善効果が期待できます。

取引データの保存形式は、次の3種類に区分されます。なかでも請求書の保管に関係するのは「2.スキャナ保存」と「3.電子取引」です。

①電子帳簿等保存

会計ソフトなどを用いて最初から電子データで作成された帳簿・書類については、電子データのままで保存できます。具体的には、経理担当者が作成した仕訳帳・総勘定元帳、貸借対照表・損益計算書などを紙に出力せずに、会計ソフトなどでデータ保存することが可能です。→電子帳簿保存法対応の会計ソフトについてはこちらで解説

②スキャナ保存

紙で受領した請求書や領収書については、スキャナで読み取った画像データとして保存できます。その際、文書データの改ざんなどの不正を防ぐため、訂正削除の履歴を確認できること／文書データにタイムスタンプを付与することなどの要件を満たす必要があります。

③電子取引

PDFなどの電子データで請求書や領収書を受領した場合は、電子データとして保存できます。Amazonや楽天市場などECサイトで発行される領収書も対象で、わざわざ紙に印刷して保管する必要はありません。

電子帳簿保存法は2024年1月に一部改正されます。主な改正点は「3.電子取引」の保存ルールで、PDFなど電子データで受領した請求書をデータのままで保存することが義務化されます（電子データを紙に印刷して保存することは不可）。

ECサイトで発行される領収書などを紙で保管する必要がないことは多くの企業にとってメリットですが、これまで電子データを紙に印刷してきた企業は、運用方法の見直しが求められます。

電子帳簿保存法に則った請求書保管方法

では、実際にどのような方法で請求書を保管したらよいのでしょうか。「紙の請求書」「PDFの請求書」の2つのパターンで、電子帳簿保存法に則った保管方法を解説します。

紙でもらった請求書は紙のままで保管することも可能ですし、スキャナで読み取った画像データで保存することも可能です。請求書をスキャナで読み取って電子化することで、原本の7年間の保管が不要になるというメリットがあり、原本保管の手間をなくしたい場合にはOCR機能（領収書の読み取り機能）があるシステム導入がおすすめです。

PDFなどの電子データ形式で請求書をもらった場合、電子データのままで保存することが義務化されます（電子データを紙に印刷して保存することは不可）。その際、ただそのまま保存すればよいわけではなく、電子帳簿保存法に則った方法での保存が必要です。

電子請求書の保存要件は下記の3点です。

※1 特例として、売上高が5,000万円以下の個人事業主・法人の場合は検索機能が不要。また売上高5,000万円以上の場合でも、取引日・取引先名ごとに整理された出力書面があれば検索機能は不要です。
参考文献：国税庁『令和５年度税制改正による電子帳簿等保存制度の見直しの概要』

電帳法に対応した請求書保管システムの選び方

電帳法に対応した請求書保管システムは、法的要件を満たした運用を行えるだけでなく、ワークフロー・経費精算・会計などの社内業務システムと連携することで全社の業務効率化を図れる点でもおすすめです。

実際にシステムを選ぶ際には、下記のポイントを確認しましょう。

取引先から請求書を受領した後には、社内の経費精算・支払い対応が必要です。また、社員が会食代などを立替払いした場合は、領収書・レシートをもとに経費精算を行う必要があります。請求書保管機能だけでなく経費精算まで対応したシステムがあれば、社内の経費精算をスムーズに行うことができます。

請求書保管から経費精算まで一括で行える「経費精算システム」は多数あり、比較して自社に最適な1社を選ぶのがおすすめです。

経理担当者は、承認された経費1件1件を会計ソフトに仕訳する作業を行う必要があり、転記作業に膨大な手間がかかっています。そこで、おすすめなのが会計ソフトへの仕訳データ連携ができる経費精算システム。

経費精算システムと会計ソフトをAPI連携し、仕訳データを自動作成することが可能です。もしくは、会計ソフトの様式に合わせてCSVデータを作成してインポートすることにより、仕訳データの自動入力を実現することもできます。

請求書のやりとりを行う際は、電子帳簿保存法だけでなくインボイス制度への対応も必要となります。インボイス制度とは2023年10月からスタートした、消費税の納税額を正しく計算するための新制度です。インボイス制度開始後は、企業が仕入税額控除をする条件として「適格請求書発行事業者が発行する適格請求書を受領すること」が求められ、適格請求書を貰えないと仕入税額控除が受けられない（余分な消費税を納める）状態となってしまいます。

インボイス制度対応の経費精算システムなら、下記のような対応が可能です。

インボイス制度・電子帳簿保存法に対応したシステムを導入することで、個別の対応不要で、簡単に法対応が完了するためおすすめです。インボイス制度対応については別記事「インボイス制度で経費精算はどう変わった？」で詳しく解説しています。

数ある経費精算システムを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った経費精算システムが分かる診断（無料）ができます。

【比較表】請求書保存機能もある経費精算システム

ここからは実際に、請求書保存機能のある経費精算システムを比較します。料金や機能、導入実績数を比較した表をご覧ください。

【2025年最新】請求書保存機能もある経費精算システムおすすめ6選

「電子帳簿保存法に則った方法で請求書を保存したい」という経理担当者に向けて、請求書保存機能も搭載したおすすめの経費精算システムを紹介します。2025年最新比較でおすすめの経費精算システム6選は下記の通りです。

まとめ：電子帳簿保存法に対応した経費精算システムで業務効率化！

2024年1月に改正される電子帳簿保存法、および2023年10月に開始したインボイス制度に対応するため、社内の整備を進めている企業は増えています。法改正が直前に迫った今、個別にシステム対応や社内運用フロー変更などを行うのは大変です。

そこで、最新の法令に対応し、今後の法改正にも順次対応できる経費精算システムの導入がおすすめ。必要な機能や予算にあわせて、複数社の見積りを行い、最適な1社を選定しましょう。

PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツールの受発注支援のプロとして、経費精算システム選びについて相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで、希望要件に合った経費精算システムが分かる診断も用意していますので、ぜひ一度お試しください。

よくある質問

電子帳簿保存法に関して、よくある質問に答えます。

2024年1月の電子帳簿保存法改正では、PDFなど電子データで受領した請求書をデータのままで保存することが義務化されます（電子データを紙に印刷して保存することは不可）。また、保存の際にはタイムスタンプ付与などよって改ざん防止措置を取ること・過去の請求書を検索できる機能を付けることなどが求められます。そのため、要件を満たして電子請求書を保管できるシステム導入がおすすめです。

紙の領収書やレシートは、紙のままで保管することも可能ですし、スキャナで読み取った画像データで保存することも可能です。請求書をスキャナで読み取って電子化することで、原本の7年間の保管が不要になるというメリットがあり、原本保管の手間をなくしたい場合には電子データ保存がおすすめです。一方、ECサイトで発行された電子請求書・領収書については、電子データのままで保管する必要があり、紙での保管は不可となります。

領収書・レシートをスマホ撮影で簡単に取り込めるアプリがあれば、手間なく電子保存が叶います。下記の記事では領収書管理・電子保存におすすめのアプリを紹介していますので併せてご覧ください。

電子帳簿保存法に対応し、タイムスタンプを付与して書類保管できるシステムは多数ありますが、おすすめなのは経費精算まで対応したシステムです。「楽楽明細」や「マネーフォワードクラウド経費」をはじめとする経費精算システムには、請求書保管機能はもちろんのこと、経費申請・承認機能や、仕訳データの会計ソフト連携機能などもあります。一連の経費処理を1つのシステムで完結したいなら、経費精算システムの導入がおすすめです。