決済代行会社の手数料相場は？格安でおすすめのサービスも比較【2025年最新】

目次
• 決済代行サービスの手数料相場
• 決済手段ごとの手数料の相場
• 決済代行サービスの手数料比較
• 【2025年最新】格安でおすすめの決済代行サービス5選
• 決済代行会社を利用するメリット
• 決済代行サービスの比較選定ポイント
• まとめ：費用対効果の高い決済代行会社を選ぼう
• よくある質問

決済代行サービスの手数料相場

決済代行サービスとは、クレジットカード決済やコンビニ決済、口座振替など複数の決済手段を一括導入できるサービスです。ECサイト運営者は、さまざまなオンライン決済手段を用意することで販売機会の損失を防ぎ、自社の売り上げアップを図れます。 

決済代行サービスを利用するには、初期費用や決済手数料などの費用が発生します。以下、決済代行サービスの利用にかかる手数料相場を一覧表にまとめました。

決済代行サービス導入時には初期費用が発生する場合があります。初期費用の相場は2万円程で、システム開発などにかかる費用や契約手数料が含まれます。初期費用が無料の決済代行サービスもあります。

初期費用が有料の決済代行サービスは、自社のニーズに合わせてシステムをカスタマイズ・開発してくれる点がメリット。企業に合わせた決済方法を提案してたりと、導入サポートが手厚いことも多いです。

初期費用が無料の決済代行サービスは、汎用的で使いやすいシステムである一方で、個々の店舗に合わせたカスタマイズに対応していない場合が多いです。カスタマイズする場合はオプション機能料金がかかります。しかし、導入コストを大幅に抑えられるため、予算が限られる企業やスモールスタートで事業を始めたい企業におすすめです。

決済代行サービスの月額料金は3,000円程が相場となっており、月額料金にはシステム利用料やデータ管理費用が含まれます。実店舗なら決済端末のリース代も加わります。月額料金は決済手段の種類によっても変わってきます。各社の決済手段ごとの手数料を比較して、導入する決済代行サービスを選ぶのがポイントです。

決済手数料とは決済1回ごとに生じる手数料です。決済手数料の相場は売上金額の2.5%〜4%で、決済手段や取り扱う商材によって幅があります。例えば、クレジットカード決済なら2.5%〜4%、電子マネー決済なら3〜4％と、決済手段によって決済手数料が異なります。また、商材によっても決済手数料は違い、顧客の支払いが滞りやすい商材ほど手数料が高い傾向にあります。

トランザクション手数料とは決済時のデータ転送にかかる通信費で、決済1回あたり数十円が相場です。決済手数料と混同されやすいですが、決済手数料はオンライン決済の価値自体に支払われる手数料で、トランザクション手数料は通信費です。 

決済代行サービス利用時には、初期費用・月額料金・決済手数料以外にも次のような手数料が発生する場合があります。

上記の手数料は決済代行会社によって無料の場合もあります。実際の料金は見積もりを取って確認しましょう。

決済手段ごとの手数料の相場

クレジットカード、電子マネーなど決済手段ごとに手数料は違います。以下、決済手段ごとの手数料の相場をご覧ください。

クレジットカード決済の手数料は2.5%〜4％です。なお、購入者の支払いが滞るリスクが高い商材ほど手数料が高い傾向や、大規模チェーン店より個人経営店などの小規模店舗のほうが手数料が高い傾向があります。電子マネーの手数料は3〜4％、コンビニ決済・口座振替は決済金額に関わらず1件ごとの手数料が決まっています。

このようにキャッシュレス決済を導入すると店舗が手数料を負担しなければなりませんが、消費者の決済ニーズを満たすことで機会損失を減らしたり、ECサイトの「カゴ落ち」を防止できます。決済代行サービスの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った決済代行サービス（最大6社）をご案内可能です。

決済代行サービスの手数料比較

ここからは実際に、決済代行サービスの手数料を比較します。以下、初期費用・月額料金・手数料・トランザクション手数料の比較表をご覧ください。

料金を比較すると、イプシロン・ゼウス・atoneは初期費用無料、月額料金は約3,000円と安い費用で利用できる決済代行サービスです。さらに、イプシロン・atoneはトランザクション手数料無料で利用できます。コストを抑えたい企業におすすめの決済代行サービスです。

【2025年最新】格安でおすすめの決済代行サービス5選

2025年最新の料金プランを比較した結果、格安でおすすめの決済代行サービス5選を紹介します。各サービスの特徴や、他社と比較したおすすめポイントを紹介しますので、決済代行サービス選びにお悩みの方は参考にしてください。

以上、手数料比較でおすすめの決済代行サービスを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、決済代行サービス選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのサービスがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

決済代行会社を利用するメリット

決済代行会社を利用するとどのようなメリットがあるのか、おさらいします。

決済代行サービスによって豊富な決済手段を用意できれば、顧客の多様な支払いニーズに対応できます。これによって、「自分が使える決済手段がない」という理由で店舗やサイトを離脱する顧客を減らせます。

実際にSBペイメントの調査では、「よく利用する支払い手段が利用できない場合、60％以上の方が他の店舗で購入する」と答えました。

  出典：SBペイメントサービス株式会社「ECサイトにおける決済手段の利用実態調査」  

この結果から、決済手段不足は顧客が離脱する大きな要因とわかります。決済代行サービスは決済手段が豊富なため、決済手段不足による購入機会損失の防止が可能です。

自社で複数の決済会社と直接契約する場合、各決済方法ごとに売上を管理する必要があり、集計業務が煩雑になります。しかし、決済代行サービスを利用すると、複数の決済手段の売上を一元管理でき、手間なく集計が可能です。

また、入金においても、決済会社ごとに入金日や入金サイクルが異なりますが、決済代行サービスでは複数の決済手段での売上金がまとめて入金されるため、経理業務の手間を軽減できます。

複数の決済機関と個別契約する必要がなく、導入時の契約手数料を安く抑えられる点が1つ目のメリットです。決済代行サービスを利用せずに複数社と直接契約すると、それぞれの決済機関に契約手数料を支払わなければなりません。

決済代行サービスは一括で複数の決済機関と契約するため、決済代行会社の契約手数料を支払うだけで契約可能。イニシャルコストを抑えてキャッシュレス決済を導入できます。

決済代行サービスの比較選定ポイント

失敗せずに決済代行サービスを選ぶには、手数料だけでなく、決済手段や入金サイクル、セキュリティの比較も重要です。ここでは決済代行サービスの比較選定ポイントを解説します。

決済代行サービスが取り扱う決済方法は提供会社によって異なります。事前に自社の顧客がどのような決済方法を求めているかを調査し、客層に合った決済方法を提供できる決済代行サービスを導入しましょう。

例えば、若年層向けの事業を行っている場合、PayPayなどの話題の決済方法を取り扱うと、それ自体を店舗の強みの一つとしてアピールできます。逆にアプリ決済よりもクレジットカード決済に馴染みのある世代が多い場合は、クレジットカードに対応した決済代行サービスがおすすめです。QRコード決済や後払いなどにも対応した決済代行サービスもあります。

入金サイクルとは、キャッシュレス決済で取引した売上金が振り込まれるまでの日数や頻度を指します。決済代行サービスによって入金サイクルは異なり、入金サイクルが早いと資金調達をスムーズに行えます。

早めに資金を確保したい場合に、早期入金サービスというオプションを利用できることも。「入金待ちの間に事業資金が足りなくなった」「資金繰りに困った」という事態にならないよう、決済代行サービスごとの入金サイクルも比較しましょう。

キャッシュレス決済は顧客のクレジットカード情報や口座情報などの個人情報を取り扱います。情報漏えいが発生した場合、顧客や取引先の信頼を大きく損なうため、セキュリティ対策が万全の決済代行サービスを選ばなければなりません。

例えば、クレジットカード情報を安全に取り扱うための基準である「PCI DSS」や、情報マネジメント管理基準の「ISMS認証」を受けている決済代行サービスは高いセキュリティ基準を満たしており、セキュリティリスクの発生を抑制できます。また、クレジットカードの不正利用防止には「3Dセキュア」や「トークン決済」を取り入れている決済代行サービスがおすすめです。

まとめ：費用対効果の高い決済代行会社を選ぼう

本記事では、手数料を比較し、格安でおすすめの決済代行会社を紹介しました。費用対効果の高い決済代行サービスを選ぶには、自社の客層に合った決済手段を導入できるか、など機能面の比較もポイントです。

PRONIアイミツでは、さまざまな条件で決済代行サービスを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。→決済代行サービスのランキングはこちら

しかし、決済代行サービスは多数あり、どれを導入すべきか迷ってしまうでしょう。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、決済代行サービス選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめの決済代行サービスがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

よくある質問

決済代行サービスについて、よくある質問に答えます。

決済代行サービス経由でクレジットカード決済を行う際の仕組みは、下記の通りです。

決済代行サービスを利用していない場合、加盟店は複数のアクワイアラとやりとりしなければなりません。決済代行サービスを利用すると手続きが一括で完了し、返金や入金トラブルがあった際も決済代行サービスが対応してくれます。管理が煩雑になりがちなキャッシュレス決済の運用がスムーズにでき、システム運用の手間やコストを大幅に削減可能です。

クレジットカード決済の導入費用や相場については「クレジットカード決済の導入にかかる手数料相場」で詳しく解説しています。興味のある方はこちらもぜひご覧ください。

クレジットカード加盟店手数料を安く抑えるには、カード会社と直接契約するのではなく、決済代行サービスを利用するのがおすすめです。1社1社のカード会社と個別契約するための手数料が発生しないほか、ネットワーク構築・運用のコストも安くなるためです。

クレジットカード会社と直接契約する場合と、決済代行サービスを利用する場合を比較した表をご覧ください。

コストを抑えてクレジットカード決済を使いたい場合は、複数社の相見積もりをとり、手数料を比較しましょう。