決済代行会社の手数料相場は?格安でおすすめのサービスも比較【2025年最新】
「キャッシュレス決済を導入したいけど、手数料が気になる」という方に、決済代行サービスがおすすめです。決済代行サービスはクレジットカードや電子マネー、QRコード決済などの多数の決済手段を一括導入できるサービスで、各決済会社と直接契約する場合と比較して、コスト(契約手数料、決済手数料、初期費用)を抑えられるメリットがあります。
本記事では、2025年最新の料金プランを比較し、手数料が安いおすすめの決済代行サービス7選を紹介します。決済代行会社の手数料の相場についても解説するので、コストを抑えてクレジットカード決済を導入したい方はぜひご覧ください。
- 決済代行サービスの手数料相場
- 決済手段ごとの手数料の相場
- 決済代行サービスの手数料比較
- 【2025年最新】格安でおすすめの決済代行サービス7選
- 決済代行会社を利用するメリット
- 決済代行サービスの比較選定ポイント
- まとめ:費用対効果の高い決済代行会社を選ぼう
- よくある質問

決済代行サービスの手数料相場
決済代行サービスとは、クレジットカード決済やコンビニ決済、口座振替など複数の決済手段を一括導入できるサービスです。ECサイト運営者は、さまざまなオンライン決済手段を用意することで販売機会の損失を防ぎ、自社の売り上げアップを図れます。

決済代行サービスを利用するには、初期費用や決済手数料などの費用が発生します。以下、決済代行サービスの利用にかかる手数料相場を一覧表にまとめました。
費用の種類 | 費用相場 |
---|---|
初期費用 | 2万円(無料のサービス多数) |
月額料金 | 3,000円 |
決済手数料 | 決済金額の2.5%〜4% |
トランザクション手数料 | 決済1回あたり数十円 |
初期費用
決済代行サービス導入時には初期費用が発生する場合があります。初期費用の相場は2万円程で、システム開発などにかかる費用や契約手数料が含まれます。初期費用が無料の決済代行サービスもあります。
初期費用が有料の決済代行サービスは、自社のニーズに合わせてシステムをカスタマイズ・開発してくれる点がメリット。企業に合わせた決済方法を提案してたりと、導入サポートが手厚いことも多いです。
初期費用が無料の決済代行サービスは、汎用的で使いやすいシステムである一方で、個々の店舗に合わせたカスタマイズに対応していない場合が多いです。カスタマイズする場合はオプション機能料金がかかります。しかし、導入コストを大幅に抑えられるため、予算が限られる企業やスモールスタートで事業を始めたい企業におすすめです。
月額料金
決済代行サービスの月額料金は3,000円程が相場となっており、月額料金にはシステム利用料やデータ管理費用が含まれます。実店舗なら決済端末のリース代も加わります。月額料金は決済手段の種類によっても変わってきます。各社の決済手段ごとの手数料を比較して、導入する決済代行サービスを選ぶのがポイントです。
決済手数料
決済手数料とは決済1回ごとに生じる手数料です。決済手数料の相場は売上金額の2.5%〜4%で、決済手段や取り扱う商材によって幅があります。例えば、クレジットカード決済なら2.5%〜4%、電子マネー決済なら3〜4%と、決済手段によって決済手数料が異なります。また、商材によっても決済手数料は違い、顧客の支払いが滞りやすい商材ほど手数料が高い傾向にあります。
トランザクション手数料
トランザクション手数料とは決済時のデータ転送にかかる通信費で、決済1回あたり数十円が相場です。決済手数料と混同されやすいですが、決済手数料はオンライン決済の価値自体に支払われる手数料で、トランザクション手数料は通信費です。
その他の手数料
決済代行サービス利用時には、初期費用・月額料金・決済手数料以外にも次のような手数料が発生する場合があります。
その他の手数料 | 内容 |
---|---|
振込手数料 | 振込手数料は売上金を加盟店の口座に入金する際にかかる手数料。入金額や入金頻度によって手数料が変わる。 |
取り消し処理手数料 | 取り消し処理手数料は、決済を取り消す処理にかかる手数料。顧客が商品を間違えて購入した際や不具合があった際など、決済をキャンセルする際に発生する。 |
上記の手数料は決済代行会社によって無料の場合もあります。実際の料金は見積もりを取って確認しましょう。
決済手段ごとの手数料の相場
クレジットカード、電子マネーなど決済手段ごとに手数料は違います。以下、決済手段ごとの手数料の相場をご覧ください。
決済方法 | 手数料相場 |
---|---|
クレジットカード決済 | 決済金額の2.5%〜4% |
電子マネー決済 | 決済金額の3%〜4% |
コンビニ決済 | 約120円/1件 |
口座振替 | 約120円/1件 |
クレジットカード決済の手数料は2.5%〜4%です。なお、購入者の支払いが滞るリスクが高い商材ほど手数料が高い傾向や、大規模チェーン店より個人経営店などの小規模店舗のほうが手数料が高い傾向があります。電子マネーの手数料は3〜4%、コンビニ決済・口座振替は決済金額に関わらず1件ごとの手数料が決まっています。
このようにキャッシュレス決済を導入すると店舗が手数料を負担しなければなりませんが、消費者の決済ニーズを満たすことで機会損失を減らしたり、ECサイトの「カゴ落ち」を防止できます。決済代行サービスの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ(当サイト)をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った決済代行サービス(最大6社)をご案内可能です。
決済代行サービスの手数料比較
ここからは実際に、決済代行サービスの手数料を比較します。以下、初期費用・月額料金・手数料・トランザクション手数料の比較表をご覧ください。
サービス名 | 初期費用 | 月額料金 | カード決済手数料 | トランザクション手数料(1件あたり) |
---|---|---|---|---|
Airペイ | 無料 | 無料 | 3.24% | 要問合せ |
Square | 無料 | 無料~ | 対面:2.5% オンライン:3.6% |
要問合せ |
スマレジ・PAYGATE | 無料 | 3,300円(税込) | 1.98%~ | 要問合せ |
イプシロン | 無料 | 2,980円~9,980円 | 2.79%~ | 無料 |
ゼウス | 無料 | 3,000円(税抜) | ~3.5% | 30円(税抜) |
サブスクペイ | 要問合せ | 要問合せ | 2.65%~ | 要問合せ |
atone ※後払いサービス |
無料 | 無料 | 3.5%~ | 要問合せ |
料金を比較すると、「Airペイ」「Square」「atone」は初期費用・月額料金ともに無料と、安い費用で利用できる決済代行サービスです。また、「スマレジ・PAYGATE」はカード決済手数料が1.98%~と低いため、決済件数が増えても手数料を安く抑えられます。
【2025年最新】格安でおすすめの決済代行サービス7選
2025年最新の料金プランを比較した結果、格安でおすすめの決済代行サービス7選を紹介します。各サービスの特徴や、他社と比較したおすすめポイントを紹介しますので、決済代行サービス選びにお悩みの方は参考にしてください。

Airペイ
-
料金
月0円 -
初期費用
0円
-
最低利用期間
なし
-
最低利用人数
1人
Airペイは、株式会社リクルートが提供する決済代行サービスです。初期費用・月額料金・決済端末(カードリーダー)が無料で、気軽にキャッシュレス決済を導入したい事業者におすすめです。
クレジットカード・電子マネーの決済手数料は3.24%、交通系電子マネーの決済手数料は2.95%、各種QRコード決済の手数料は2.95%となっています。
1台の決済端末と、iPhoneまたはiPadがあれば、すぐにキャッシュレス決済を使い始められます。Airペイは飲食・美容・宿泊・イベントなど、さまざまな業界の店舗決済(対面決済)で導入実績があります。ぜひご検討ください。
- 電子マネー対応
- QRコード・バーコード対応
- 代引き決済対応
- クレジットカード決済
- 後払い決済対応
- Alipay国際決済対応
- 銀聯ネット決済対応
- 店舗決済対応
- 電話サポートあり
- メールサポートあり

Square
-
料金
月0円 -
初期費用
0円
-
最低利用期間
なし
-
最低利用人数
なし
Square(スクエア)は、実店舗向け決済端末「Squareターミナル」が人気の決済代行サービスです。「Squareターミナル」はワイヤレスの決済端末で、客席まで持ち運んでキャッシュレス決済を受け付けることができます。持ち運びができるため、屋内外イベントのレジにもおすすめです。
Squareは初期費用無料、月額料金も無料~利用できます。また、店舗でのクレジットカード決済手数料は2.5%と、他社と比較して安い点がおすすめ。そのほか、交通系電子マネーやQRコード決済、iD・QUICPayに対応しています。
- 電子マネー対応
- QRコード・バーコード対応
- デビットカード対応
- クレジットカード決済
- Alipay国際決済対応
- 店舗決済対応
- ECサイト決済対応
- 電話サポートあり
- メールサポートあり
- チャットサポートあり

スマレジ・PAYGATE
-
料金
月3,300円 -
初期費用
39,600円
-
最低利用期間
12ヶ月
-
最低利用人数
なし
スマレジ・PAYGATEは、株式会社スマレジが提供する決済代行サービスです。初期費用無料、月額料金3,300円(税込)で導入できます。クレジットカード決済手数料は1.98%~と、他社と比較して安い点がおすすめです。
マルチ決済端末「PAYGATE」は、クレジットカード決済や電子マネー決済、QRコード決済に1台で対応。レシート出力のプリンターも内蔵されているので、煩雑になりがちなレジ周りがスッキリします。
- 電子マネー対応
- QRコード・バーコード対応
- デビットカード対応
- クレジットカード決済
- 店舗決済対応
- 電話サポートあり
- メールサポートあり
- クラウド(SaaS)
- スマホアプリ(Android)対応
- Pマーク

-
料金
月3,000円 -
初期費用
0円
-
最低利用期間
なし
-
最低利用人数
なし
イプシロンは、GMOイプシロン株式会社が提供する決済代行サービスです。主に中小企業向けに提供されており、これまで4万社以上の導入実績があります。初期費用無料、クレジットカード決済手数料は2.79%~、トランザクション手数料は無料となっています。
クレジット決済だけでなく、コンビニ決済、銀行振込み、PayPay、多通貨決済にも対応しています。また、オプションサービスとして、分割・リボルビング払いや不正検知サービスなども選べるため、自社にあった機能を追加できます。
- 電子マネー対応
- QRコード・バーコード対応
- デビットカード対応
- 代引き決済対応
- クレジットカード決済
- コンビニ決済対応
- キャリア決済対応
- 口座振替対応
- 銀行振込(バーチャル口座)対応
- ペイジー決済対応

-
料金
月3,000円 -
初期費用
30,000円
-
最低利用期間
なし
-
最低利用人数
なし
ゼウスは、SBIグループの株式会社ゼウスが提供する決済代行サービスです。設立25年以上で1万4,000サイト以上への導入実績があります。ゼウスは初期費用無料・月額料金3,000円(税抜)と、他社と比較して安い点がおすすめのポイント。
また、スピーディーに導入できる点も特徴で、即日審査、最短3営業日後には決済手段を導入できます。サイト開設まで時間が無い中で「すぐに決済代行サービスを導入したい」という企業におすすめです。
- 電子マネー対応
- デビットカード対応
- 代引き決済対応
- クレジットカード決済
- コンビニ決済対応
- キャリア決済対応
- 口座振替対応
- 銀行振込(バーチャル口座)対応
- ペイジー決済対応
- 払込票決済対応

サブスクペイ
-
料金
お問い合わせ -
初期費用
なし
-
最低利用期間
なし
-
最低利用人数
なし
サブスクペイは、株式会社ROBOT PAYMENTが提供する決済代行サービスです。その名の通り、サブスクにおける月額決済をスムーズに実施することを目指して開発された決済サービスとなっています。これまで14,000社以上に導入実績があり、コンテンツ配信費やSaaSなどのシステム利用料の決済で活用されています。
クレジットカード決済手数料は2.65%~と、他社と比較して安い点がおすすめ。初期費用や月額料金は公開されておらず、個別見積もりが必要です。
- クレジットカード決済
- コンビニ決済対応
- キャリア決済対応
- 口座振替対応
- 銀行振込(バーチャル口座)対応
- 払込票決済対応
- 電話サポートあり
- メールサポートあり
- クラウド(SaaS)
- ISMS

-
料金
ー -
初期費用
なし
-
最低利用期間
なし
-
最低利用人数
なし
atone(アトネ)は後払いに特化した決済代行サービス。コンビニ・銀行ATM・口座振替で後払いができます。ネットショッピングの利用者はクレジットカード登録不要、利用開始に必要なのはメールとSMSの認証のみです。
atoneは初期費用・月額料金・トランザクション手数料が無料で、決済手数料のみが発生します。クレジットカードを持たない若年層が顧客に多いサービスであれば、後払いサービスもぜひ検討ください。
- QRコード・バーコード対応
- デビットカード対応
- 代引き決済対応
- クレジットカード決済
- コンビニ決済対応
- キャリア決済対応
- 口座振替対応
- 銀行振込(バーチャル口座)対応
- ペイジー決済対応
- 払込票決済対応
以上、手数料比較でおすすめの決済代行サービスを詳しく解説しました。PRONIアイミツ(当サイト)では、ITツール受発注支援のプロとして、決済代行サービス選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのサービスがわかる診断(無料)も用意していますのでぜひご活用ください。
決済代行会社を利用するメリット
決済代行会社を利用するとどのようなメリットがあるのか、おさらいします。
決済手段が豊富だから、決済手段不足による顧客の購入機会損失を防げる
決済代行サービスによって豊富な決済手段を用意できれば、顧客の多様な支払いニーズに対応できます。これによって、「自分が使える決済手段がない」という理由で店舗やサイトを離脱する顧客を減らせます。
実際にSBペイメントの調査では、「よく利用する支払い手段が利用できない場合、60%以上の方が他の店舗で購入する」と答えました。

出典:SBペイメントサービス株式会社「ECサイトにおける決済手段の利用実態調査」
この結果から、決済手段不足は顧客が離脱する大きな要因とわかります。決済代行サービスは決済手段が豊富なため、決済手段不足による購入機会損失の防止が可能です。
売上と入金の一元管理で、経理業務の手間が軽減できる
自社で複数の決済会社と直接契約する場合、各決済方法ごとに売上を管理する必要があり、集計業務が煩雑になります。しかし、決済代行サービスを利用すると、複数の決済手段の売上を一元管理でき、手間なく集計が可能です。
また、入金においても、決済会社ごとに入金日や入金サイクルが異なりますが、決済代行サービスでは複数の決済手段での売上金がまとめて入金されるため、経理業務の手間を軽減できます。
複数の決済機関と個別契約する必要がなく、契約手数料を安く抑えられる
複数の決済機関と個別契約する必要がなく、導入時の契約手数料を安く抑えられる点が1つ目のメリットです。決済代行サービスを利用せずに複数社と直接契約すると、それぞれの決済機関に契約手数料を支払わなければなりません。
決済代行サービスは一括で複数の決済機関と契約するため、決済代行会社の契約手数料を支払うだけで契約可能。イニシャルコストを抑えてキャッシュレス決済を導入できます。
決済代行サービスの比較選定ポイント
失敗せずに決済代行サービスを選ぶには、手数料だけでなく、決済手段や入金サイクル、セキュリティの比較も重要です。ここでは決済代行サービスの比較選定ポイントを解説します。
- 客層に合った決済方法を提供できるか
- 資金繰りに困らない入金サイクルか
- セキュリティ体制は万全か
客層に合った決済方法を提供できるか
決済代行サービスが取り扱う決済方法は提供会社によって異なります。事前に自社の顧客がどのような決済方法を求めているかを調査し、客層に合った決済方法を提供できる決済代行サービスを導入しましょう。
例えば、若年層向けの事業を行っている場合、PayPayなどの話題の決済方法を取り扱うと、それ自体を店舗の強みの一つとしてアピールできます。逆にアプリ決済よりもクレジットカード決済に馴染みのある世代が多い場合は、クレジットカードに対応した決済代行サービスがおすすめです。QRコード決済や後払いなどにも対応した決済代行サービスもあります。
決済手段 | 概要 |
---|---|
クレジットカード決済 | Visa、Mastercard、JCBなどの国際ブランドと提携する店舗でカード決済ができる。 |
電子マネー決済 | 事前にICカードやスマホにお金をチャージし、決済端末にかざして支払う。SuicaやPASMOなどの交通系、楽天Edyやnanacoのような流通系がある。 |
QRコード決済 | 専用アプリでQRコードを読み取り、事前にチャージしたお金で支払う。 |
口座振替 | 銀行口座から自動引き落としする。 |
コンビニ決済 | 商品の代金をコンビニで支払う。 |
メールリンク決済 | 決済用サイトのURLやQRコードを、メール・SMS(ショートメッセージ)でユーザーに案内する。 |
資金繰りに困らない入金サイクルか
入金サイクルとは、キャッシュレス決済で取引した売上金が振り込まれるまでの日数や頻度を指します。決済代行サービスによって入金サイクルは異なり、入金サイクルが早いと資金調達をスムーズに行えます。
早めに資金を確保したい場合に、早期入金サービスというオプションを利用できることも。「入金待ちの間に事業資金が足りなくなった」「資金繰りに困った」という事態にならないよう、決済代行サービスごとの入金サイクルも比較しましょう。
セキュリティ体制は万全か
キャッシュレス決済は顧客のクレジットカード情報や口座情報などの個人情報を取り扱います。情報漏えいが発生した場合、顧客や取引先の信頼を大きく損なうため、セキュリティ対策が万全の決済代行サービスを選ばなければなりません。
例えば、クレジットカード情報を安全に取り扱うための基準である「PCI DSS」や、情報マネジメント管理基準の「ISMS認証」を受けている決済代行サービスは高いセキュリティ基準を満たしており、セキュリティリスクの発生を抑制できます。また、クレジットカードの不正利用防止には「3Dセキュア」や「トークン決済」を取り入れている決済代行サービスがおすすめです。
まとめ:費用対効果の高い決済代行会社を選ぼう
本記事では、手数料を比較し、格安でおすすめの決済代行会社を紹介しました。費用対効果の高い決済代行サービスを選ぶには、自社の客層に合った決済手段を導入できるか、など機能面の比較もポイントです。
PRONIアイミツでは、さまざまな条件で決済代行サービスを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。→決済代行サービスのランキングはこちら
しかし、決済代行サービスは多数あり、どれを導入すべきか迷ってしまうでしょう。PRONIアイミツ(当サイト)では、ITツール受発注支援のプロとして、決済代行サービス選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめの決済代行サービスがわかる診断(無料)も用意していますのでぜひご活用ください。
よくある質問
決済代行サービスについて、よくある質問に答えます。
クレジットカード決済の仕組みは?
決済代行サービス経由でクレジットカード決済を行う際の仕組みは、下記の通りです。
- 消費者が加盟店でクレジットカード決済を利用する
- クレジットカードの利用情報が決済代行会社を通してアクワイアラに届く
- 決済代行会社が加盟店に代金を立て替えて支払う(入金日にまとめて加盟店に支払われる)
- アクワイアラはイシュアに代金を請求する
- イシュアが消費者に代金を請求し、消費者はイシュアに代金を支払う
- イシュアはアクワイアラに代金を支払う
- アクワイアラは代金を決済代行会社に支払う

関係者 | 説明 |
---|---|
国際ブランド | VisaやMastercard、JCBなどの世界的なクレジットカードブランド |
アクワイアラ | 新規加盟店の開拓や加盟審査などを行い、決済環境を整える機関 |
イシュア | クレジットカードの新規発行やクレジットカード会員の管理を行う機関 |
加盟店 | アクワイアラの審査を通して、加盟店契約をした事業者 |
決済代行会社 | 加盟店と複数のアクワイアラを仲介する機関 |
クレジットカード利用者 | イシュアが発行したクレジットカードを持つ消費者 |
決済代行サービスを利用していない場合、加盟店は複数のアクワイアラとやりとりしなければなりません。決済代行サービスを利用すると手続きが一括で完了し、返金や入金トラブルがあった際も決済代行サービスが対応してくれます。管理が煩雑になりがちなキャッシュレス決済の運用がスムーズにでき、システム運用の手間やコストを大幅に削減可能です。
クレジットカード決済の導入費用や相場については「クレジットカード決済の導入にかかる手数料相場」で詳しく解説しています。興味のある方はこちらもぜひご覧ください。
クレジットカードの加盟店手数料を安く抑える方法は?
クレジットカード加盟店手数料を安く抑えるには、カード会社と直接契約するのではなく、決済代行サービスを利用するのがおすすめです。1社1社のカード会社と個別契約するための手数料が発生しないほか、ネットワーク構築・運用のコストも安くなるためです。
クレジットカード会社と直接契約する場合と、決済代行サービスを利用する場合を比較した表をご覧ください。
項目 | 直接契約 | 決済代行サービス |
---|---|---|
契約時の審査書類 | 会社ごとに複数枚提出 | 決済代行会社に1セット提出 |
導入までの日数 | 2週間〜1ヶ月以上 | 最短即日から |
契約手数料 | 複数社に支払い | 決済代行会社に支払い |
決済手数料 | 大規模店舗は約1.5%、 小規模店舗は約3.5〜7% |
一律で3%前後 +トランザクション費用 |
入金日 | 各社で定められた日にそれぞれ入金される | まとめて入金される |
システム構築・運用 | 外部発注または自社が行う | 決済代行会社が行う |
コストを抑えてクレジットカード決済を使いたい場合は、複数社の相見積もりをとり、手数料を比較しましょう。
探すのに時間がかかる
相場がわからない
複数を比較しづらい
プロが代わりに探して紹介します!