中小企業向け労務管理システム10選比較！勤怠管理ができるサービスを紹介

目次
• 【比較表】中小企業におすすめ！勤怠管理もできる労務管理システム
• 労務管理システムとは？勤怠管理システムとの違い
• 中小企業が労務管理で抱える課題感
• 中小企業が労務管理システムを導入するメリット・効果
• 中小企業における労務管理システムの選び方
• 労務管理システムの種類｜統合型・シリーズ型
• 中小企業におすすめの労務管理システム3選【統合型】
• 中小企業におすすめの労務管理システム7選【シリーズ型】
• まとめ

【比較表】中小企業におすすめ！勤怠管理もできる労務管理システム

労務の手続きだけでなく、勤怠管理もスムーズになるサービスを一覧でまとめました。タイプや費用の違いを比較して、自社の運用にぴったりなサービスを見つけてください。

具体的なサービスを今すぐ確認したい方は、以下からご覧ください。自社の運用スタイルに合った労務管理システムを、2つのタイプに分けて紹介しています。

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労務管理システムとは？勤怠管理システムとの違い

労務管理システムは、入社手続きや社会保険・雇用保険の申請、年末調整といった「契約や公的手続き」を効率化するツールです。一方、勤怠管理システムは「日々の出退勤時間や休暇」の記録・集計を目的としています。

それぞれの違いを以下の表にまとめました。

将来的に、勤怠管理だけでなく入退社の手続きや年末調整もあわせて効率化したいと考えているなら、労務管理システムの導入がおすすめ。最近では、労務管理システムの中に高度な勤怠管理機能を備えているものや、同一シリーズ内で勤怠管理と労務管理を別々に提供しており、それらを連携できるサービスが多くあります。

なお、労務管理よりも先に日々の打刻や残業集計の運用を見直したい場合は、以下の記事をチェックしてください。中小企業におすすめの勤怠管理システムを紹介しています。

中小企業が労務管理で抱える課題感

従業員が増えるほど、1人の担当者が全員の情報を把握し続けることは困難です。多くの中小企業では、属人化やアナログ管理の限界によって、以下のような課題が表面化しやすくなります。

紙の書類を中心とした運用では、従業員に記入してもらった情報を担当者がシステムやExcelへ手作業で入力し直す、二重の手間が発生します。この際、住所の番地や銀行口座番号の打ち間違いなどの入力ミスは避けにくいです。

また、作成した書類を役所の窓口へ持参したり、郵送したりするための移動時間や待機時間は、積み重なると大きなコストとなります。

従業員数が50名に達すると、労働基準監督署への定期健康診断結果報告書の提出や、産業医と衛生管理者の選任、ストレスチェックの実施（※）が義務付けられます。これまでの小規模な組織では必要なかった「報告書の提出」や「実施スケジュールの管理」が定常業務に加わるため、管理体制を整えないままでは、対応漏れが発生するリスクがあります。

中小企業では労務担当者が1名であるケースが少なからずあり、特定の社員に確認しないと手続きが進まない状況に陥りがちです。手続きの進捗が個人フォルダ内のExcelに記載されていたり、担当者の頭の中にしかなかったりすると、担当者の不在や退職によって業務が完全に停滞します。これは、従業員への給与支払いや保険給付の遅れにつながる、見過ごせない課題です。

マイナンバーや住所、家族構成、給与額といった機密性の高い情報を、紙やパスワードなしのExcelで管理するのは情報の紛失や盗難、あるいは不正な持ち出しに対して無防備な状態です。オフィス内での紛失や、共有サーバーからの誤ったデータ持ち出しに対するアクセス制限やログ管理が不十分な環境では、情報漏えいが発生した際の社会的信用へのダメージは計り知れません。

中小企業が労務管理システムを導入するメリット・効果

労務管理システムの導入によって、情報の入力・収集から行政への申請までの流れをデジタル化できます。これまで担当者が行っていた「手作業の事務」をシステムが代替することで、管理部門はより本質的な人事施策や環境整備に注力できるようになります。

ここからは、中小企業が労務管理システムを導入するメリット・効果を詳しく紹介します。

労務管理システムの導入により、従業員が入社時に自分のスマートフォンやPCから氏名・住所・口座情報などを入力できるようになります。担当者は収集したデータを確認して承認ボタンを押すだけで手続きが完了するため、紙の回収や文字の判読、手入力による転記作業が一切不要です。

労務管理システムは「e-Gov」や「マイナポータル」とAPIで連携しており、社会保険や雇用保険の手続きをオンラインで完結します。役所の窓口に出向く必要がなくなり、移動にかかる交通費や待ち時間をゼロにすることが可能です。

申請後の進捗状況もシステム上でリアルタイムに確認できるため、ハローワークからの公文書の受け取りもクラウド上でスムーズに行えます。

労務管理システムでは、入社・退職・氏名変更などのイベントごとに、何をすべきかがチェックリスト形式で表示されます。誰がどの手続きをどこまで進めたかはシステム上で共有されるため、特定の担当者に頼り切りの状態を解消します。担当者が急に不在になった場合でも、他のスタッフが状況を把握して、後続の処理を代行できる体制が整います。

労務管理システムでは、システム上に保存されたデータを暗号化通信や、ISO27001（ISMS）などの外部認証を受けた高度なセキュリティ環境で守られます。

また、情報閲覧の制限を細かく設定できるため、現場のマネージャーには部下の評価情報だけを見せ、マイナンバーなどの機密情報は特定の労務担当者のみがアクセスできるようにするといった運用が可能です。

36協定の更新期限や、有給休暇の義務化への対応状況などを自動でアラート通知します。法改正が行われた際も、システム側で自動的に計算ロジックや帳票レイアウトが更新されるため、ユーザーが手動で設定を変更する必要はありません。常に最新の法律に準拠した管理が行えるため、労基署による調査への対策も万全になります。

労務管理システムで収集した従業員情報は、API連携を通じて給与計算ソフトへそのまま同期できます。例えば、4月に入社した新入社員の情報を労務システムに入力すれば、給与ソフト側で再度マスタを作成する必要はありません。部署異動や昇給、家族構成の変更といった情報の変更も一括で反映できるため、計算ミスを根源から防げます。

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中小企業における労務管理システムの選び方

中小企業がシステム選びで失敗しないためには、高機能さよりも「自社の現場で使いこなせるか」という視点が欠かせません。ここからは、現場の担当者が迷わず運用でき、かつ従業員の入力負担を最小限に抑えられる労務管理システムを選ぶコツを紹介します。

具体的なサービスを今すぐ確認したい方は、以下からご覧ください。自社の運用スタイルに合った労務管理システムを、2つのタイプに分けて紹介しています。

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操作が難しい労務管理システムを導入すると従業員が自力で入力できず、結局は担当者が紙で回収して代行入力することになりかねません。システム導入を成功させるには、従業員がいかにスムーズに入力できるかが重要です。

サービスを選ぶときに以下の点を確認することで、操作性の良い労務管理システムを選びやすくなります。

従業員が迷わず入力できるサービスを選べば、入力ミスの防止と同時に、ITに苦手意識のある現場の心理的ハードルを下げることができます。

中小企業の労務管理システム導入におけるコストは、従業員数や求める機能の範囲によって変動します。PRONIアイミツSaaS（当社）が独自に調査した、中小企業における初期費用および月額料金の相場は以下の通りです。

労務管理システムは3タイプの料金体系があるので、自社の従業員数や入退社の頻度にあわせて、最適なタイプを選択しましょう。

定額制は人数が増えてもコストが据え置きの一方、ユーザー課金制は少人数から安価に始められるからです。50名を超える成長企業なら定額制が予算管理しやすく、従業員数の増減が激しい場合は実数で支払うユーザー課金制が向いています。

自社に合うプランを選ぶことで、組織拡大にともなう支出をコントロールできます。

効率化したい業務が少ないなら、必要な機能だけに絞って導入できるサービスを選びましょう。労務管理システムには、特定業務に強いタイプと、労務管理全般を網羅するタイプがあります。目的が絞られている場合に多機能な労務管理システムを選ぶと、コストがかさむだけでなく、操作画面が複雑になり使い勝手が合わない可能性が高いです。

例えば、入社手続きだけをまず電子化したいのであれば特定業務に強いタイプ、将来的に給与計算なども含めて一元化したい場合は網羅タイプを選ぶことがおすすめ。自社の課題に最適なタイプを選択することで、無駄なコストを抑えつつ、最短で業務改善を実現できます。

成長中の中小企業は、従業員数が増えたあとの組織構造の変化を見越してシステムを選ぶ必要があります。人数が増えて拠点や部署が分かれると、閲覧権限の設定や、承認経路の管理がアナログでは追いつかなくなってしまうためです。

具体的には、以下の設定が柔軟に行えるかを確認してください。

こうした拡張性のあるシステムを選んでおけば、将来的に組織が大きくなってもシステムを乗り換える手間が発生せず、一貫した管理を続けられます。

すでに他のシステムを利用しているなら、それらとAPI連携が可能かは外せないチェックポイントです。システム間でデータを自動同期できないと、同じ情報を何度も入力する手間が発生し、転記ミスによるトラブルの原因になるためです。

特に以下に対応しているかは、バックオフィスの自動化を狙うなら欠かせません。

API連携を重視して選ぶことで、従業員が最初に入力したデータから行政手続きまでが一本の線でつながり、転記作業をなくせます。連携実績は、各サービスの公式ウェブサイトにある連携製品一覧ページや、ヘルプセンター内のAPI設定ガイドで確認しましょう。

初めての労務管理システムの導入にあたって設定でつまづいたり、手続きの進め方に疑問が生じたりしたすると、業務全体が停滞してしまいます。操作方法だけでなく実務上の運用判断に迷うことが多いからこそ、サポートの質を重視してください。

チャットや電話ですぐに質問できる体制はもちろん、検索しやすく解決事例が豊富なヘルプページを備えたサービスを選びましょう。実務に即した丁寧なサポートがあれば、担当者が1名だけでも不安なく運用でき、トラブル時もスピーディーに復旧できるようになります。

ここまで、中小企業における労務管理システムの選び方を解説しました。規模を問わず、どの企業でも共通して押さえておくべき重要なポイントを知りたい方は、以下の記事もあわせてご覧ください。

▶【網羅版】労務管理システムの選び方はこちら

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労務管理システムの種類｜統合型・シリーズ型

労務管理システムには、人事・給与・勤怠までを一つのシステムでカバーする「統合型」と、特定の業務に特化したサービスを組み合わせる「シリーズ型」の2つがあります。

以下にそれぞれの違いをまとめました。

統合型は、名簿を更新すれば給与や勤怠へ即座に情報が反映されるため、システム間の同期漏れを心配する必要がありません。バックオフィス業務の基盤をまるごと刷新したい企業に最適です。

対してシリーズ型は、既存の勤怠管理システムや給与計算ソフトを活かしたまま、労務手続きだけをデジタル化できる柔軟性があります。さらに、最初は入社手続き、次は年末調整といったように、自社のペースで一つずつ機能を増やせるため、現場の混乱を抑えながら着実に効率化を進められます。

どちらのタイプにおいてもデータの二重管理によるミスは防げるので、自社の優先順位や既存システムの利用状況にあわせて、最適なタイプを選択してください。

中小企業におすすめの労務管理システム3選【統合型】

1つのサービスで労務管理・勤怠管理・給与計算・タレントマネジメントなどを網羅できる統合型は、システム内でデータを一元管理するため、データの同期操作そのものが不要です。運用をシンプルにしたい企業は統合型のサービスを選びましょう。ここからは、統合型でおすすめの労務管理システムを紹介します。

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中小企業におすすめの労務管理システム7選【シリーズ型】

必要な機能から選べるシリーズ型は、自社のペースで導入できる柔軟性が特徴です。既存ソフトを活かして低コストで始めたい企業や、特定の業務から効率化したい場合に適しています。ここからは、シリーズ型でおすすめの労務管理システムを紹介します。

まとめ

中小企業にとって、従業員数が拡大する時期は労務管理のあり方を見直す大きな転換点です。アナログな管理のままでは、煩雑な事務作業に追われるだけでなく、法的な対応漏れなどのリスクも高まってしまいます。

労務管理システムを導入すれば、情報の回収から行政手続きまでをデジタル化し、担当者一人でもミスなく運用できる体制を築けます。まずは自社の課題を整理し、優先順位の高い業務からデジタル化を進めていきましょう。

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