インボイス対応の請求書ソフトおすすめ13選を比較！発行・受領をシステム化

目次
• 【比較表】インボイス制度対応の請求書ソフト
• インボイス対応の請求書ソフトおすすめ13選
• シェアが高い人気の請求書ソフト【アンケート結果】
• インボイス対応の請求書ソフトの選び方
• 請求書ソフトの機能
• 請求書ソフトを導入する際の注意点
• 会計ソフトなどもインボイス制度への対応が必要
• まとめ：インボイス制度対応のシステムで業務効率化を図ろう
• よくある質問
• 請求書システムの利用実態アンケートの概要

【比較表】インボイス制度対応の請求書ソフト

インボイス制度対応の請求書ソフトとは、適格請求書（インボイス）の作成・発行・保存に対応し、制度に沿った請求業務を効率化できるシステムです。ここでは、インボイス対応の請求書ソフトを比較します。自社の予算や必要な機能と照らし合わせながら、おすすめのインボイス対応の請求書ソフトをご確認ください。

上記比較表をご覧の通り、インボイス対応の請求書ソフトには、「発行・受領の両方に対応」「発行のみに対応」「受領のみに対応」があります。自社の業務範囲をカバーするサービスを選ぶことが大切です。

インボイス対応の請求書ソフトの多くは初期費用無料で導入可能。とくにクラウド型（SaaS）は月額料金が無料～1,000円ほどの製品もあり、業務効率化とコスト削減の両立を図りたい企業に最適です。「やよいの見積・納品・請求書」はインストール型のため、利用は特定のPCに制限されるものの、買い切りで費用を抑えたい人にはおすすめです。

インボイス対応請求書ソフトの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った請求書ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

無料で使えるインボイス対応のソフトを知りたい方は、別記事「無料でおすすめの電子請求書発行システム」もぜひ参考にしてください。無料ソフトの選び方も解説していますので、導入前にチェックしてみてください。  

インボイス対応の請求書ソフトおすすめ13選

ここでは、インボイス対応の請求書ソフトおすすめ13選をご紹介します。それぞれが豊富な機能や高い利便性を備えているので、各システムの強みや特徴を比較しながらご検討ください。

自社に最適なインボイス対応の請求書システムを選ぶには、コスト面だけではなく、自社のニーズに合う機能を具えていることも大切です。インボイス対応請求書システムの選定にお悩みの方は、ぜひPRONIアイミツにご相談ください。  

なお、個人事業主・フリーランス向けの請求書ソフトは、別記事「個人事業主向けインボイス対応のおすすめ請求書ソフト」にて厳選比較しています。コストを抑えてインボイス対応の請求書を作成したい方はぜひご覧ください。

シェアが高い人気の請求書ソフト【アンケート結果】

PRONIアイミツSaaS（当社）が、請求書ソフトを導入・利用している担当者550名を対象に実施したアンケート調査では、利用率が最も高かったのは「楽楽明細」で22.7％（125名）でした。次いで「マネーフォワード クラウド請求書」が18.4％（101名）、「freee（請求書／会計）」が11.6％（64名）という結果になりました。

【請求書システムのシェア】

※本調査は請求書ソフト全体を対象に実施したアンケート結果です。なお、上位にランクインした製品はいずれも2026年7月時点でインボイス制度に対応しています。

現在では多くの請求書ソフトがインボイス制度へ対応していますが、その中でも「楽楽明細」「マネーフォワード クラウド請求書」「freee（請求書／会計）」は、多くの企業から支持を集めていることが分かりました。

上位3サービスは、それぞれ特徴が異なります。「楽楽明細」は請求書の発行からWeb・メール・郵送代行まで一元化できる点、「マネーフォワード クラウド請求書」は会計・経費精算などマネーフォワード クラウドシリーズとの連携、「freee（請求書／会計）」は請求書作成から入金管理・会計処理まで一元管理できる点が特徴です。

インボイス対応の請求書ソフトの選び方

インボイス対応の請求書ソフトにはさまざまなタイプがあるため、自社に合ったサービスを導入できるよう次の点を確認しましょう。

請求書ソフトは製品によって機能の範囲が異なります。「請求書発行のみに対応」「受領・管理に対応」「発行・受領・管理のすべてに対応」といった機能の違いがあるため、必要な機能を明確にし、自社の目的や業務に合ったソフトを選びましょう。下記は、請求書作成・発行システムの仕組みを図解したものです。

下記は、請求書受領システムの仕組みを図解したものです。

請求書システムは、機能が多ければ多いほど料金が高くなるのが一般的です。費用対効果の観点からも、自社に必要な機能に絞って請求書ソフトを選定してください。受領に対応するサービスを知りたい方は、別記事「請求書受領サービスおすすめ12選を比較」で詳しく解説していますので、ぜひ参考にしてください。

インボイス制度だけでなく、電子帳簿保存法にも対応した請求書ソフトを選ぶことが重要です。電子帳簿保存法では、取引先や取引年月日、取引金額などを検索できる状態で電子データを保存することが求められています。また、電子取引データは、発行側・受領側ともに電子データのまま保存することが原則です。

PRONIアイミツSaaS（当社）が実施したアンケート調査では、請求書ソフトを乗り換えた企業（N=163）のうち、「法対応が不十分だった（インボイス制度・電子帳簿保存法など）」を理由に挙げた企業は22.7％で、乗り換え理由の4位となりました。

調査結果から、法制度への対応は、連携性や機能、コストに次いで重視される比較ポイントの一つであることが分かります。そのため、請求書ソフトを選ぶ際は、インボイス制度への対応だけでなく、電子帳簿保存法にも対応しているか、さらに法改正時に継続してアップデートされるサービスかを確認しましょう。

請求書が適格請求書であるかどうかを確認するには、国税庁の「インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト」で13桁の数字を入力し調べる必要があります。一つひとつの登録番号を調べる作業は負担が重いでしょう。 

適格請求書（インボイス）の登録番号の確認を自動化できるソフトを導入すれば、13桁の登録番号を手作業で入力し調べる必要がありません。登録番号のチェックを自動化できるソフトにより、課税事業者の情報を効率的に取得できるようになります。

会計ソフトのように他のシステムと連携可能な請求書ソフトを導入することで、バックオフィス全体の業務効率が向上するでしょう。会計ソフトと連携すれば、請求書業務から会計ソフトへの入力までの作業の大半が自動化できます。また、販売管理システムと請求書ソフトを連携することで、自社が適格請求書を発行する際に、営業部門の売り上げデータをそのまま利用することが可能です。

連携には「CSVファイルのインポート」と「API連携」の2パターンあります。1つ目のCSVファイルをインポートする連携方法は、汎用的な方法で多くのシステムに搭載されている連携機能です。注意点はインポートするたびにデータを抽出する必要がある点です。2つ目の方法はAPI連携で、システムを直接連携するため、データの即時共有が可能となります。API連携はオプション料金が掛かる場合がありますが、効率を重視するならAPI連携連携がおすすめです。

請求書ソフトは、日々の業務で日常的に利用するソフトであるため、操作性に優れた製品を選ぶことが重要です。機能・性能に優れた製品でも、操作性に難があると使いこなせません、また、業務効率が低下してしまう懸念があります。事前にトライアルを実施して、担当者が問題なく使用できる製品を導入しましょう。

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おすすめの発行サービスは別記事「おすすめ請求書作成・発行ソフトを比較」で厳選紹介しています。自社のサービス選びの参考にしてください。    

請求書ソフトの機能

請求書ソフトの代表的な機能を紹介します。

請求書の「作成・発行」「受領」機能については、両方をそなえたソフトもあれば、発行だけ、受領だけといったように一方に特化したソフトも存在します。

請求書ソフトを導入する際の注意点

インボイス対応に請求書ソフトの活用はおすすめの手段となりますが、導入にあたってはいくつかの注意点をおさえておきましょう。

取引先が電子請求書を希望しない企業である場合は、無理に電子化への対応を要求すると相手先の負担となるため注意が必要です。事前に了承を得て協力を得るのが一般的ですが、協力を得られない場合は紙の請求書を発行して従来通りの対応を行う必要があります。

請求書ソフトの導入には、導入時のイニシャルコスト・導入後のランニングコストが必要となります。あまりコストがかかりすぎると、投資対効果が得られないケースが発生することがデメリット。そのため、導入前にはソフトの導入により得られるメリットがコストに見合ったものであるかを確認しておくことが重要です。

サービスの費用相場を把握したい方や、低コストのサービスを比較したい方は、別記事「請求書システムの費用相場・価格が安いおすすめサービス」もおすすめです。価格を抑えて利用できるサービスを紹介していますので、予算をかけられない企業はぜひご覧ください。

請求書ソフトは、取引相手・取引内容・取引金額・製品単価など、自社の極めて重要度の高い機密情報を取り扱うソフトであるため、セキュアな環境で運用することは必須です。情報漏えい事故等が発生すると、自社が損害を被るだけでなく顧客にも迷惑をかけてしまう恐れがあるため、必ずセキュリティ性能は十分かを確認しましょう。

なお、セキュリティ強化を目的として外部と遮断して請求書ソフトを使用したい場合には、インストール型の請求書ソフトを利用するのもひとつの方法です。別記事「インストール型のおすすめ請求書ソフト」では、おすすめのインストール型請求書ソフトを紹介していますので、ぜひ参考にしてください。

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会計ソフトなどもインボイス制度への対応が必要

インボイス制度の影響を受ける業務の範囲は幅広く、請求書業務以外に会計業務・販売管理業務などが影響を受けます。インボイス制度により、それぞれどういった対応が必要になるかを下記の表にまとめましたのでご参考ください。

上記の通り、請求書ソフトだけでなく、会計ソフト・販売管理システム・POSレジシステム・受発注システムも、インボイス制度への対応が必要となります。PRONIアイミツ（本サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、インボイス対応のソフト選びについての相談を受け付けていますのでぜひご相談ください。  

まとめ：インボイス制度対応のシステムで業務効率化を図ろう

本記事では、インボイス制度に対応するおすすめ請求書ソフトを厳選比較しました。自社に最適な請求書ソフトを導入し、請求書の発行・受領業務を効率化しましょう。

インボイス対応の請求書システムの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったインボイス対応の請求書システム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。  

インボイス制度について詳しく知りたい方は、別記事「インボイスとは？制度で影響を受ける人や対応を解説」も参考にしてください。インボイス制度のメリット・デメリット、制度に対応する方法も解説しています。    

よくある質問

請求書システムについて、よくある質問に回答します。

請求書発行システムのランキングは、以下のランキングページでご覧いただけます。さまざまな条件で請求書発行システムを比較することが可能です。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。
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請求書システムの利用実態アンケートの概要

この記事にまとめた請求書システムの利用実態アンケートの概要です。

当記事の引用や転載をする際は、必ず出典として「PRONIアイミツSaaS」および記事URL（https://saas.imitsu.jp/cate-invoice/article/l-2194）を明記願います。