インボイス対応の請求書ソフトおすすめ12選を比較！発行・受領をシステム化

目次
• インボイス対応の請求書ソフトとは
• 請求書ソフトの機能
• インボイス対応の請求書ソフトの選び方
• 【比較表】インボイス制度対応の請求書ソフト
• インボイス対応の請求書ソフトおすすめ12選【2025年最新SaaS】
• 請求書ソフトを導入するメリット
• 請求書ソフトを導入する際の注意点
• 会計ソフトなどもインボイス制度への対応が必要
• まとめ：インボイス制度対応のシステムで業務効率化を図ろう
• よくある質問

インボイス対応の請求書ソフトとは

インボイス対応の請求書ソフトとは、インボイス（適格請求書）の発行、または受け取りができるソフトのことです。インボイス制度への対応にITツールの活用を検討している方は、基礎知識を把握しておくことが重要です。以下で確認していきましょう。

インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、複数の税率に対応した仕入税額控除の方式のことです。消費税率・消費税額の透明性の確保、免税事業者の益税の是正を主な目的としており、商品・サービスの販売側は適格請求書の発行を行い、購入側は受け取った適格請求書を保存することで、取引の透明性を確保します。

インボイス制度がスタートすると、適格請求書と呼ばれるこれまでとは異なる様式の請求書を扱う必要があるため、取引を行う事業者双方が業務・管理の方式の見直しを行う必要があります。  

インボイス制度について詳しく知りたい方は、別記事「インボイスとは？制度で影響を受ける人や対応を解説」も参考にしてください。インボイス制度のメリット・デメリット、制度に対応する方法も解説しています。

請求書ソフトとは、請求書に関する一連の業務を効率化するためのソフトウェアのことです。「請求書作成」「データ取り込み」「請求書の発行・発送」「請求管理」などの機能が搭載されています。

請求書ソフトを導入することで、業務効率化を実現できることに加え、インボイス制度で煩雑化する請求業務にもスムーズに対処できます。

6割の企業がインボイス対応のために請求書ソフトを導入したいと回答

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、企業が請求書システムを導入する目的・背景は「インボイス制度に対応したい」が60%と、2番目に多い結果でした。

上記の調査結果から、請求業務の効率化だけでなく、インボイス制度・電子帳簿保存法といった法令を遵守するために請求書システムの導入を検討する企業が多いことが分かります。

請求書ソフトの機能

請求書ソフトの代表的な機能を紹介します。

請求書の「作成・発行」「受領」機能については、両方をそなえたソフトもあれば、発行だけ、受領だけといったように一方に特化したソフトも存在します。

2025年最新でおすすめのサービスは別記事「おすすめ請求書作成・発行ソフトを比較」で厳選紹介しています。自社のサービス選びの参考にしてください。  

インボイス対応の請求書ソフトの選び方

インボイス対応の請求書ソフトにはさまざまなタイプがあるため、自社に合ったサービスを導入できるよう次の点を確認しましょう。

請求書ソフトは製品によって機能の範囲が異なります。「請求書発行のみに対応」「受領・管理に対応」「発行・受領・管理のすべてに対応」といった機能の違いがあるため、必要な機能を明確にし、自社の目的や業務に合ったソフトを選びましょう。下記は、請求書作成・発行システムの仕組みを図解したものです。

下記は、請求書受領システムの仕組みを図解したものです。

請求書システムは、機能が多ければ多いほど料金が高くなるのが一般的です。費用対効果の観点からも、自社に必要な機能に絞って請求書ソフトを選定してください。受領に対応するサービスを知りたい方は、別記事「請求書受領サービスおすすめ12選を比較」で詳しく解説していますので、ぜひ参考にしてください。

インボイス制度に加え、電子帳簿保存法に対応している請求書ソフトであれば、法律の要件に沿った請求書保存ができます。改正電子帳簿保存法では、取引先や取引年月日、取引金額を検索できるような状態で保存しておくことが求められているため、ソフトの導入がおすすめです。また、電子取引データの電子保存制度では、インターネットを介して取引した場合、発行側・受領側ともに電子データでの保存が必須とされています（※2023年12月末まで猶予期間あり）。

電子取引を行った場合には、一定の要件の下で、その電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならないこととされています（電子帳簿保存法7）。

税務当局が相当の理由と判断する場合を除いて、2024年1月以降はインターネット上で発行・受領した請求書は電子データでの保存が義務化されました。改正電子帳簿保存法に対応した請求書システムは、電子データの保存が可能なため安心して利用できます。  

請求書が適格請求書であるかどうかを確認するには、国税庁の「インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト」で13桁の数字を入力し調べる必要があります。一つひとつの登録番号を調べる作業は負担が重いでしょう。 

適格請求書（インボイス）の登録番号の確認を自動化できるソフトを導入すれば、13桁の登録番号を手作業で入力し調べる必要がありません。登録番号のチェックを自動化できるソフトにより、課税事業者の情報を効率的に取得できるようになります。

会計ソフトのように他のシステムと連携可能な請求書ソフトを導入することで、バックオフィス全体の業務効率が向上するでしょう。会計ソフトと連携すれば、請求書業務から会計ソフトへの入力までの作業の大半が自動化できます。また、販売管理システムと請求書ソフトを連携することで、自社が適格請求書を発行する際に、営業部門の売り上げデータをそのまま利用することが可能です。

連携には「CSVファイルのインポート」と「API連携」の2パターンあります。1つ目のCSVファイルをインポートする連携方法は、汎用的な方法で多くのシステムに搭載されている連携機能です。注意点はインポートするたびにデータを抽出する必要がある点です。2つ目の方法はAPI連携で、システムを直接連携するため、データの即時共有が可能となります。API連携はオプション料金が掛かる場合がありますが、効率を重視するならAPI連携連携がおすすめです。

請求書ソフトは、日々の業務で日常的に利用するソフトであるため、操作性に優れた製品を選ぶことが重要です。機能・性能に優れた製品でも、操作性に難があると使いこなせません、また、業務効率が低下してしまう懸念があります。事前にトライアルを実施して、担当者が問題なく使用できる製品を導入しましょう。

インボイス対応の請求書システムの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったインボイス対応の請求書システム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。  

【比較表】インボイス制度対応の請求書ソフト

ここからは、インボイス対応の請求書ソフトを比較します。自社の予算や必要な機能と照らし合わせながら、おすすめのインボイス対応の請求書ソフトをご確認ください。

上記比較表をご覧の通り、インボイス対応の請求書ソフトには、「発行・受領の両方に対応」「受領のみに対応」「発行のみに対応」があります。自社の業務範囲をカバーするサービスを選ぶことが大切です。

また、インボイス対応の請求書ソフトの多くは初期費用無料で導入可能。とくにクラウド型（SaaS）は月額500円～数千円ほどの製品もあり、業務効率化とコスト削減の両立を図りたい企業におすすめです。「ジョブカンDesktop 見積・納品・請求書 23」はインストール型のため、利用は特定のPCに制限されるものの、買い切りで費用を抑えたい人にはおすすめ。

無料で使えるインボイス対応のソフトを知りたい方は、別記事「無料でおすすめの電子請求書発行システム【2025年最新】」もぜひ参考にしてください。無料ソフトの選び方も解説していますので、導入前にチェックしてみてください。

インボイス対応の請求書ソフトおすすめ12選【2025年最新SaaS】

ここでは、インボイス対応の請求書ソフトおすすめ12選をご紹介します。それぞれが豊富な機能や高い利便性を備えているので、各システムの強みや特徴を比較しながらご検討ください。

自社に最適なインボイス対応の請求書システムを選ぶには、コスト面だけではなく、自社のニーズに合う機能を具えていることも大切です。インボイス対応請求書システムの選定にお悩みの方は、ぜひPRONIアイミツにご相談ください。  

なお、個人事業主・フリーランス向けの請求書ソフトは、別記事「個人事業主向けインボイス対応のおすすめ請求書ソフト【2025年最新】」にて厳選比較しています。コストを抑えてインボイス対応の請求書を作成したい方はぜひご覧ください。

請求書ソフトを導入するメリット

インボイス制度対応の請求書ソフトを導入することで得られるメリットは数多くあります。ここでは、インボイス対応の請求書ソフトを導入する主なメリットについて確認していきましょう。

請求書ソフトを導入すれば、請求書の作成・送付・入金確認といった請求関連の一連の業務をツール上で完結させることができます。自動化・効率化のための機能も充実しており、効率的・的確に業務を行うことが可能となるため、手作業と比べると経理処理の負担を大幅に低減できることがメリットです。請求業務は毎月特定の時期に業務が集中しがちですが、請求書ソフトを活用すればスムーズに乗り切れるというメリットもあります。

請求書ソフトを導入すれば、自動化・効率化の機能を駆使することで、人による作業の割合を減らすことができるため、ヒューマンエラーや不正行為を低減することが可能です。

企業間取引において、請求関係のミスは信頼を失う大きな原因となるため、業務の正確性を向上できることは大きなメリットとなります。また、多くの請求書ソフトは見積書も作成可能なため、見積書の記入ミスも削減できます。

請求書ソフトを導入すれば、請求書を電子化することが可能となるため、従来発生していた紙代・印刷代・保管場所といったさまざまなコストを削減することができます。会社単位・年単位で換算すると大きな金額となるため、導入後は永続的にこれらのコストが不要となることは大きなメリットと言えます。

インボイス対応請求書システムの選定にお悩みの方は、ぜひPRONIアイミツにご相談ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったインボイス対応の請求書ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

請求書ソフトを導入する際の注意点

インボイス対応に請求書ソフトの活用はおすすめの手段となりますが、導入にあたってはいくつかの注意点をおさえておきましょう。

取引先が電子請求書を希望しない企業である場合は、無理に電子化への対応を要求すると相手先の負担となるため注意が必要です。事前に了承を得て協力を得るのが一般的ですが、協力を得られない場合は紙の請求書を発行して従来通りの対応を行う必要があります。

請求書ソフトの導入には、導入時のイニシャルコスト・導入後のランニングコストが必要となります。あまりコストがかかりすぎると、投資対効果が得られないケースが発生することがデメリット。そのため、導入前にはソフトの導入により得られるメリットがコストに見合ったものであるかを確認しておくことが重要です。

サービスの費用相場を把握したい方や、低コストのサービスを比較したい方は、別記事「請求書システムの費用相場・価格が安いおすすめサービス」もおすすめです。価格を抑えて利用できるサービスを紹介していますので、予算をかけられない企業はぜひご覧ください。

請求書ソフトは、取引相手・取引内容・取引金額・製品単価など、自社の極めて重要度の高い機密情報を取り扱うソフトであるため、セキュアな環境で運用することは必須です。情報漏えい事故等が発生すると、自社が損害を被るだけでなく顧客にも迷惑をかけてしまう恐れがあるため、必ずセキュリティ性能は十分かを確認しましょう。

なお、セキュリティ強化を目的として外部と遮断して請求書ソフトを使用したい場合には、インストール型の請求書ソフトを利用するのもひとつの方法です。別記事「インストール型のおすすめ請求書ソフト」では、2025年最新でおすすめのインストール型請求書ソフトを紹介していますので、ぜひ参考にしてください。

会計ソフトなどもインボイス制度への対応が必要

インボイス制度の影響を受ける業務の範囲は幅広く、請求書業務以外に会計業務・販売管理業務などが影響を受けます。インボイス制度により、それぞれどういった対応が必要になるかを下記の表にまとめましたのでご参考ください。

上記の通り、請求書ソフトだけでなく、会計ソフト・販売管理システム・POSレジシステム・受発注システムも、インボイス制度への対応が必要となります。PRONIアイミツ（本サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、インボイス対応のソフト選びについての相談を受け付けていますのでぜひご相談ください。  

まとめ：インボイス制度対応のシステムで業務効率化を図ろう

本記事では、インボイス制度に対応するおすすめ請求書ソフトを厳選比較しました。自社に最適な請求書ソフトを導入し、請求書の発行・受領業務を効率化しましょう。

インボイス対応の請求書システムの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったインボイス対応の請求書システム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。  

よくある質問

請求書システムについて、よくある質問に回答します。

インボイス対応のおすすめ請求書発行システムは、「バクラク請求書発行」「Misoca」「楽楽明細」です。どのソフトも導入実績が豊富で、簡単に操作できるため請求書をスムーズに作成・発行できます。

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