クラウド請求書発行システムおすすめ12選を比較

目次
• クラウド請求書発行システムとは
• クラウド請求書発行システムの料金相場
• クラウド請求書システムの比較表
• 【2025年最新】クラウド請求書システムおすすめ12選
• 請求書システムの選び方・比較ポイント
• クラウド請求書発行システムを導入するメリット
• クラウド請求書発行システムを導入するデメリット
• まとめ：請求書発行システムには「受領」に対応するサービスもある
• よくある質問

PRONIアイミツSaaS（当社）のサービス診断を利用して、請求書システムを選定・導入した事例は下記記事でご覧いただけます。

クラウド請求書発行システムとは

クラウド請求書発行システム（請求書システム）とは、請求書の作成から発行、管理までをクラウド上で完結できるシステムのことです。  

クラウド型（SaaS）のため、すべての業務をオンライン上で行うことができ、従来の請求書作成で発生していた印刷や封入、郵送手配といった手間がなくなります。また、「いつ」「誰に」「どの」請求書を発行したかがシステム上で一元管理することが可能。請求書作成・発行だけではなく、受領した請求書の管理業務も効率化できるおすすめのツールです。

請求書システムの種類は、「クラウド型」「インストール型・オンプレミス型」に分かれます。以下は、クラウド型・インストール型・オンプレミス型の比較一覧です。

クラウド型の請求書システムは、ベンダー側が用意したサーバーでデータを管理するタイプの製品です。インターネット環境とパソコンやスマートフォンといった端末さえあれば自宅や外出先からでも利用できます。インストール型とオンプレミス型の請求書システムは、自社サーバーにシステムを構築するタイプの製品です。クラウド型と異なり、利用できるのはシステムをインストールした端末に限られます。

コスト面と導入のしやすさで選ぶなら、クラウド型がおすすめです。クラウド型の請求書システムであれば初期費用を抑えられるだけでなく、システムの保守・管理もベンダーに任せることが可能。税率変更や法改正といった最新のアップデートにも自動で対応できます。

導入目的の上位は「工数削減」「インボイス対応」「請求業務の自動化」

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した調査では、企業が請求書システムを導入する目的・背景は「請求書の管理・処理工数を削減したい」 が64%と最も多い結果に。次いで、「インボイス制度に対応したい」が60%、「毎月の請求業務を自動化したい」が45%でした。

上記の調査結果から、多くの企業が請求書処理の効率化だけでなく、インボイス制度や電子帳簿保存法といった法令対応も同時に進めたいと考えていることが見て取れます。クラウド型のシステムであれば、法改正の際も自動で対応するため、担当者は他の業務にリソースを割けるようになります。効率性と正確性を両立したい企業にはクラウド請求書システムがおすすめです。

「クラウド請求書システムを活用し、業務効率化を図りたい」という方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったクラウド請求書システム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

クラウド請求書発行システムの料金相場

クラウド請求書発行システム（請求書システム）の料金相場は、月額数千円～3万円ほどです。

同じサービスでもプランやオプション機能によって料金は異なりますが、搭載されている機能が多ければ多いほど料金も高くなる傾向にあります。また、請求書の発行件数が少ない企業には、利用した分だけ料金が発生する従量課金プランの請求書システムをおすすめします。

ニーズに合わせてプランを選べる場合は、まずは最小限で初めて事業の成長に合わせてグレードアップするのがおすすめです。そのほか、初期費用や保守運用サポート費用など月額料金とは別にかかる費用もあるため、請求書発行システムの契約前にトータルコストで比較・検討しましょう。

請求書システムの料金比較で安いサービスを知りたい方は、別記事「【2025年最新】請求書システムの費用相場・料金比較で安いサービス」もぜひ参考にしてください

クラウド請求書システムの比較表

ここからは実際に、クラウド請求書システムの料金や機能を比較し、おすすめのシステムを紹介します。クラウド請求書システムには、「請求書作成・発行サービス」「請求書受領サービス」「発行・受領の両方に対応するサービス」が存在します。以下、主流のクラウド請求書システムの料金比較表をぜひご参照ください。

クラウド請求書システムは、製品によって料金や機能が異なります。自社に最適なクラウド請求書システムを選ぶには、コスト面だけではなく、自社のニーズに合う機能を具えていることも大切です。クラウド請求書システムの選定にお悩みの方は、ぜひPRONIアイミツにご相談ください。

【2025年最新】クラウド請求書システムおすすめ12選

ここからは、クラウド請求書システムおすすめ12選をご紹介します。数あるクラウド請求書の中から、費用と機能のバランスが良く、特におすすめのサービスを厳選しました。各システムの強みや特徴を比較しながらご検討ください。

以上、機能比較や実績比較でおすすめのクラウド請求書システムを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、クラウド請求書システム選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのシステムがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

請求書システムの選び方・比較ポイント

請求書システム（クラウド請求書）の選び方や比較ポイントは次の通りです。

インボイス制度や改正電子帳簿保存法といった、法改正に対応したクラウド請求書システムを選ぶことで、法律に沿った請求書の発行・管理が可能となります。たとえば、インボイス制度の導入後の請求書は「適格請求書（インボイス）」と「インボイスではない請求書」に分けて管理しなければなりません。インボイス制度に対応する請求書システムであれば、システム側が自動で分けてくれるため、業務負担は減り、人的ミスの発生も防げるでしょう。

また、改正電子帳簿法にも対応する請求書システムは、電子データを法律に則った形式で正しく保管できます。電子取引データの電子保存制度では、インターネットを介して取引した場合、発行側・受領側ともに電子データでの保存が必須とされています。

電子取引を行った場合には、一定の要件の下で、その電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならないこととされています（電子帳簿保存法7）。

税務当局が相当の理由と判断する場合を除いて、2024年1月以降はインターネット上で発行・受領した請求書は電子データでの保存が義務化されました。法改正に対応したクラウド請求書システムであれば、法律の知識がない方でも法令を遵守した電子データの保存が可能となるでしょう。  

クラウド請求書システムは、社内で利用している会計システムとの連携により、経理の計上処理を自動化できます。また、請求書データの会計システムへの自動転記や仕分け業務も自動化できるため、業務効率が大幅に向上するとともに、ヒューマンエラーの軽減にもつながります。

請求書システムと連携可能な会計システムは各社によって異なるため、すでに社内で利用している会計システムがある場合は、連携可能な請求書システムを選びましょう。なお、会計システム以外では、営業支援システムや顧客管理システムと連携できる請求書システムもあります。

クラウド請求書システムは製品によって搭載されている機能が異なるため、自社で自動化したい範囲を決め、必要な機能が揃っているシステムを選びましょう。たとえば、請求書の作成・発行だけに特化したシンプルな機能の請求書システムもあれば、承認フローの設定ができたり自動で入金督促も実行できるシステムもあります。

また、請求書の作成だけでなく受領までカバーできるシステムも。自社が必要とする機能が分からない、自動化したい範囲もよく分からないという場合には自社の課題の整理から始めるとよいでしょう。請求書の自動化に関わる法律や、請求書自動化の成功事例は、別記事「請求書処理を自動化するポイントは？おすすめサービスも紹介」で解説していますので、ぜひ参考にしてください。

請求書システム（クラウド請求書）は、企業にとって重要書類のひとつである請求書を扱うため、セキュリティ対策やサポート体制が十分なシステムを選びましょう。特にクラウド型の請求書システムはオンライン上のサーバーで情報を管理するという性質上、自社サーバーで情報を管理するインストール型・オンプレミス型と比べて、サイバー攻撃を受けるリスクは高いです。

サービス提供会社がセキュリティ関連の法令を遵守しているかを確認し、加えて、Pマーク・ISMSの取得状況も判断基準となりますのでチェックしましょう。この他、システムは自動でバージョンアップされるか、通信の暗号化はどの形式を採用しているかなど、サービスごとの違いを把握しておきましょう。また、サポート体制については、土日や深夜に営業している会社は、土日や24時間サポートに対応しているシステムを選ぶ方が安心です。国外の製品であれば、社内に英語で対応できる人がいない場合、日本語での対応が可能かどうかも確認しましょう。 

請求書システム（クラウド請求書）の導入と運用にかかる費用は、「初期費用＋月々の利用料金」です。また、従量課金が別途必要となるサービスもあります。請求書システムの費用を比較する際には、「初期費用が無料だから」「安価な月額料金プランがあるから」といった理由で選定することは避け、トータルコストで比較して、自社の予算に合ったシステムを選びましょう。

また、クラウド型請求書システムの選び方については、別記事「クラウド請求書システムの選び方を徹底解説」でさらに詳しく解説していますので、導入前にぜひ参考にしてください。    

請求書発行システムの導入を検討している方で「トータルコストで費用を比較したい」「候補を絞り、自社の予算に合ったシステムを選びたい」という担当者は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、希望要件に合ったクラウド型請求書システム（最大6社）の一括見積もりが可能です。クラウド請求書システム選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

クラウド請求書発行システムを導入するメリット

クラウド請求書発行システムを導入するメリットを解説します。

クラウド請求書発行システムに切り替えることで、請求書はオンラインで取引先に配信でき、印紙代やインク代などのコストを大幅に削減できます。特に印紙代をすべてカットできる点は、企業にとって大きなメリットといえます。印紙代の他にも、書面の請求書作成にかかっていた用紙代・切手代などの経費も節約できるでしょう。

クラウド請求書発行システムでは、請求業務をすべてオンライン上で完結できるため、印刷・押印・封入・投函といった手作業は不要になり、効率化につながります。これらの業務に充てていたリソースも削減できるため、空いた時間を他の業務に充てられます。

クラウド請求書発行システムを導入することで、請求書業務で紙が不要になります。その結果、オフィスの省スペース化やペーパーレス化を推進できます。ペーパーレス化の促進により、紙の保管スペースも最小限にとどめられ、オフィスの中で活用できるスペースが広くなる点はメリットです。空いたスペースは他の用途に有効活用できるでしょう。

人の手で管理する以上、ミスをゼロにすることは難しいかもしれません。しかし、手動による請求業務を、クラウド請求書発行システムに切り替えると、防げるミスはたくさんあります。例えば、システムに顧客情報を登録しておけば送信間違いを防止でき、作成中のデータが消えてしまっても、クラウド型請求書システムであれば履歴を元に現状復帰にかかる時間を短縮できます。また、万が一、誤配送が起こっても、閲覧できるデータはすぐに差し替えが可能です。人的ミスを最小限に抑えられるのも大きなメリットです。

クラウド型の請求書発行システムを導入することで、インボイス制度・改正電子帳簿保存法のような新しい法令の施行や法改正があった場合でも、システム側の自動バージョンアップデートで対応可能です。個別に対応する手間が省けるうえ、常に最新の法令を遵守し請求書を作成・発行できるため安心です。

以上、クラウド請求書発行システムを導入する主なメリットを6つ解説しました。クラウド請求書システムの導入を検討中の方は、ぜひPRONIアイミツ（当サイト）をご活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったクラウド請求書システム（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

クラウド請求書発行システムを導入するデメリット

クラウド請求書発行システムには多くのメリットがありますが、いくつかのデメリットもあります。導入に際してはどのようなことに気を付けるべきなのか、順番に確認していきましょう。

クラウド請求書発行システムの導入には、当然ながら費用がかかります。クラウド型のシステムは初期費用こそリーズナブルですが、利用を続ける限り月額課金されます。長期利用した場合は相応のランニングコストがかかるため、導入に際しては将来的なコストも考慮しておきましょう。初期費用に加え、月額料金、従量課金、オプション料金なども含めて、トータルコストで費用を比較し、システムの導入を行いましょう。

請求書システムの中には、導入コストやランニングコストがかからない無料プランを利用できる製品もあります。活用してみたい企業は下記記事をチェックし、自社に合った無料プランを確認してみてください。

クラウド請求書発行システムは、オンライン上で情報を管理するタイプのシステムだけにインターネット接続にトラブルがあると請求書の作成できません。とはいえ、インターネット接続によるトラブルの影響を受けるのはクラウド請求発行システムだけではありません。クラウド型の業務システムにはすべてアクセスできなくなり、業務の大半がストップしてしまう企業も少なくないでしょう。

インターネット接続にトラブルがあった際に、出張サポートしてもらえる業者を見つけておくなど、迅速に解決できるような対策をあらかじめ取っておきましょう。

クラウド請求書発行システムの導入が、取引先（受領側）の業務フローに影響するケースもあります。電子化した請求書自体が非対応の業種も一部あるため、事前に確認しましょう。取引先から「紙での請求書を続けたい」と言われた場合、紙の請求書と請求書システムを併用するのが現実的です。「紙の請求書を作成し取引先に発行、自社はデータを請求書システムで管理」という業務フローで対応しましょう。

まとめ：請求書発行システムには「受領」に対応するサービスもある

クラウド型請求書システム（SaaS）には、「作成・発行のみ」「受領のみ」「発行と受領に対応」のサービスが存在します。自社に必要な機能を搭載した請求書システムを選び、請求業務を効率化しましょう。

2025年最新でおすすめの請求書システムを比較したい方は、別記事「請求書作成・発行に対応したおすすめのシステム」もぜひ参考にしてください。

クラウド型請求書システムは多数あり、どれを導入すべきか迷ってしまうでしょう。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、クラウド型請求書システム選びについての相談を受け付けています。いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったクラウド型請求書システムが分かる診断（無料）もありますので、ぜひ一度お試しください。

よくある質問

クラウド請求書発行システム（SaaS）について、よくある質問に回答します。

請求書発行システムのランキングは、下記のランキングページでご覧いただけます。PRONIアイミツのランキングページでは、さまざまな条件で請求書システムを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。
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無料で利用可能なおすすめの請求書発行システムは、「Misoca」「freee請求書」「MakeLeaps」などがあります。「無料で使える請求書システムを知りたい」「まずは無料トライアルを試したい」という方は、下記記事で無料プランがある請求書ソフトを比較できますのでぜひ参考にしてください。  

インボイス制度に対応するおすすめの請求書発行システムは、「マネーフォワード クラウド請求書」「Bill One請求書受領」「freee会計」などです。これらシステムはどれも操作しやすく、導入実績も豊富です。

なお、受領に対応したサービスは、別記事「請求書受領に対応したおすすめのシステム」で比較・紹介していますので、ぜひ参考にしてください。