請求書発行システムの費用相場・料金比較で安いおすすめ12選

目次
• 請求書システムの費用相場【アンケート調査】
• 従業員数規模別の費用相場の変化
• 請求書発行システムの価格比較一覧表
• 料金が安い請求書発行システムおすすめ12選
• 請求書システムとは
• 請求書システムの選び方
• まとめ：自社の予算に合うツールを導入し、請求書を電子化しよう
• よくある質問
• 請求書システムの利用実態アンケートの概要

請求書システムの費用相場【アンケート調査】

請求書システムの費用感は、導入するシステムの「提供形態（クラウドかインストールか）」によって構造が根本的に異なります。PRONIアイミツSaaS（当社）は、請求書システムの導入・利用に関わった従業員550名を対象に実施しました。

今回の調査（N=550）の結果、初期費用の最多層は「5万円〜10万円未満（14.36%）」となりました。

全体の約半数が初期費用10万円未満で導入できている一方、100万円を超えるケースも7.1%存在します。低コストな標準プランの活用から、基幹システム連携などの高度な構築まで、企業が求める機能レベルによって初期コストが大きく変動することが分かります。

クラウド型：初期費用無料〜数十万円と幅広い

クラウド型（N=289）の初期費用は、「5万円〜10万円未満」が12.5%で最多でした。

3万円未満の合計も約15%存在し、初期投資を抑えた導入が可能であることが分かります。一方で100万円以上の回答も9.0%あり、大規模なカスタマイズを伴う導入事例も一定数存在します。  

インストール型：5万円〜10万円が相場

インストール型（N=179）の初期費用については、「5万円〜10万円未満」と回答した人が18.4%と最も多く、次いで「1万円〜2万円未満」および「3万円〜5万円未満」が12.8%という結果になりました。

グラフからも分かる通り、回答の大部分が10万円未満のレンジに集中しており、数万円程度の投資で導入できるインストール型ソフトが広く普及している実態が伺えます。

一方で、100万円以上の高額な回答は4.5%に留まっており、初期設定支援やカスタマイズを伴う大規模な導入ケースは、インストール型においては比較的少数派であると言えます。

クラウド型は月額料金が発生するのが一般的です。ここではクラウド型の月額料金相場を解説します。

クラウド型：月額3,000円〜1万円程度がボリュームゾーン

クラウド型の月額料金は、「3,000円〜5,000円未満（13.49%）」と「5,000円〜1万円未満（12.11%）」に回答が集中しました。

手頃なサービスが多い一方で、10万円以上の層も10.73%存在しており、発行枚数やユーザー数による従量課金の影響が伺えます。

インストール型は保守費用や更新料などの「継続費用」が発生する場合があります。 本アンケートでは、導入形態で「インストール型」を選択した回答者を対象に、その継続費用の実態について調査しました。

インストール型：継続費用は「5,000円未満」または「無料」

インストール型を利用している回答者の継続費用は、月額換算で「1,000円〜5,000円未満」の層が厚い結果となりました。

また、「0円（買い切り）」も16.8%と高く、長期利用によるコストメリットが出やすい形態であると言えます。

従業員数規模別の費用相場の変化

請求書システムに投じる費用は、企業の規模（従業員数）によって明確な差があります。従業員数が増えるほど、発行件数の増加や基幹システムとの連携ニーズが高まるため、より高価格帯のシステムが選ばれる傾向にあります。以下ではクラウド型の月額料金を従業員数規模別で解説します。

従業員数299名以下の中小・中堅企業では、コストを抑えた運用が主流で初期費用・月額費用ともに抑える傾向があります。調査結果によると、月額5,000円〜3万円未満の層が最も多く（約27%）、次いで1,000円〜5,000円未満、1,000円未満と続きます。全体の約7割近くが月額3万円未満で運用していることが浮き彫りになりました。  

一方、従業員数300名以上の大規模層では費用構造が劇的に変化します。最も注目すべきは、月額10万円以上の割合が約17%に達している点です。これは中小・中堅層（約3%）と比較して約5倍以上の数値です。また、3万円〜10万円未満の層も約16%存在し、合計すると3割以上の企業が月額3万円以上のコストをかけています。

大規模企業においては、単なる「請求書の発行」だけでなく、複雑な承認フローへの対応、高度なセキュリティ要件、既存のERP（基幹系システム）との連携など、高付加価値な機能を求めて投資を行っていることが推察されます。  

請求書発行システムの価格比較一覧表

ここからは実際に、請求書システム（請求書発行システム）の初期費用や月額料金を比較していきましょう。以下、価格が安い請求書システムの料金比較表をご覧ください。

上記比較表をご覧の通り、多くの請求書システムは初期費用無料、月額2,000円〜2万円ほどの料金で導入できます。中でも、「freee請求書」「board」は他社と比較して安い価格帯で、導入実績も豊富なおすすめの請求書発行システムです。

「BtoBプラットフォーム」は47万社以上の導入実績を誇る請求書システムで、請求書の発行に加え、受け取りも完全データ化できる点が特徴。「楽楽明細」は多様な帳簿への対応や、多くの外部システムへの連携といったメリットがあります。

個人事業主向けで、低価格の請求書発行システムを知りたい方は、別記事「個人事業主におすすめの請求書ソフト」を参考にしてください。無料から導入できるサービスも紹介しています。どの請求書システムを導入すべきか迷う方は、ぜひPRONIアイミツにご相談ください。希望要件に合った請求書発行システムを最大6つまでご案内します。

料金が安い請求書発行システムおすすめ12選

ここからは、料金比較で安い請求書発行システムおすすめ12選を紹介します。自社の予算や必要な機能と照らし合わせながら、おすすめの請求書発行システムをご確認ください。

以上、機能比較や料金比較でおすすめの請求書発行システムを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、請求書発行システム選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのツールがわかる診断（無料）も用意していますので、請求書の電子化を検討中の企業はぜひご活用ください。

請求書システムとは

請求書システムとは、請求書の発行に特化したシステム。請求書の作成・送付をオンライン上で完結し、効率化することができます。ほとんどの請求書システムでは、請求書のみならず、見積書や納品書、領収書などの書類も作成可能です。

請求書システムを利用すれば、請求書の作成をはじめ、各種帳簿の管理、電子メールによる送信や郵送代行といったサポートをまとめて受けられます。最近では、請求データをもとに売上集計を算出できるものや、発注データをもとに損益管理まで行えるものも登場しています。

導入目的の上位は「工数削減」「インボイス制度への対応」

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、企業が請求書システムを導入する目的・背景は「請求書の管理・処理工数を削減したい」が64%と最も多い結果に。次いで、「インボイス制度に対応したい」が60%、「毎月の請求業務を自動化したい」が45%、「電子帳簿保存法に対応したい」が39%でした。

上記の調査結果から、 多くの企業が請求書処理の効率化だけでなく、インボイス制度や電子帳簿保存法といった法令対応を同時に進めたいと考えていることが分かります。効率性と正確性を両立したい企業は、法改正に自動アップデートで対応するクラウド型システムの導入をおすすめします。  

また、請求書システムによっては、入金確認や消込、督促までを代行してくれる製品もあるため、企業は請求書システムを導入することで請求業務を効率化し、生産性の向上につなげられるでしょう。請求書システムのメリット・デメリットなどの基礎知識を把握したい方は、別記事「Web請求書システムとは」もぜひ参考にしてください。   

請求書システムの選び方

請求書システムを導入したいものの、「どのような基準でシステムを選べばいいか分からない」という方もいるでしょう。ここでは、請求書システムの選び方をお伝えします。

セキュリティ対策やバックアップ体制が万全な請求書システムを導入すると、情報漏えいやハッキングなどのリスクを回避できます。請求書システムでは、企業内外を問わずに多くの情報を管理するため、セキュリティ面は特に重視すべき点です。 

目安として、最低限でもプライバシーマークと、個人情報の取り扱いにおいて信頼性の高い証であるTRUSTe（トラストイー）のマーク取得がされているサービスを選ぶのが良いでしょう。あわせて、ユーザーの権限設定を柔軟に行えるのかどうかも確認しておきましょう。 また、不具合が生じた際にすぐに解決できるようなバックアップ体制を敷いているかどうかも確認しましょう。

請求書システムに搭載されている機能は製品によって大きく異なるため、自社に必要な機能がそろっているかを前もって確認しましょう。必要な機能を精査しておかないと、機能の数を重視してシステムを選んでしまうケースもあるでしょう。

請求書システムのほとんどは、搭載する機能が多ければ多いほど月額料金が増えていく仕組みです。機能をすべて活用できれば問題ありませんが、一部の機能しか利用しないとなると、月々の料金が無駄になってしまいます。費用対効果を考えるうえでも、あらかじめ欲しい機能については整理しておき、該当するシステムに絞って選定を進めましょう。

システムの操作画面が分かりやすく直感的に操作しやすい製品を選定できると、業務効率は大きく向上するでしょう。システムは導入しただけで効率化できるわけではなく、重要なのは導入したシステムを使いこなすことにあります。

せっかく導入しても、機能が複雑でわかりづらい、画面設計も使いづらいなどといった状況になってしまうと逆効果です。導入費用も無駄になりかねません。そのような事態を防ぐためにも、システム導入前にトライアルや無料デモサービスを活用しましょう。複数の請求書システムの無料トライアルを利用し従業員に実際に操作画面を触ってもらい、良好な意見が多いシステムを導入できるとよいでしょう。

会計ソフトや販売管理システムなど、社内で利用しているシステムと連携することで、請求書業務だけではなく、バックオフィス業務全般の効率化が可能です。たとえば、会計ソフトと請求書システムを連携することで、請求書のデータを会計ソフトへ自動取り込み、自動仕訳できるようになります。どのシステムと連携可能なのかは製品によって異なるため、すでに利用中のシステムがある場合はそのシステムと連携できるサービスを導入しましょう。

電子帳簿保存法の改正やインボイス制度の開始といった、法改正に対応している請求書システムを選ぶことで、法律に沿った請求書の発行・保管が可能となります。また、電子帳簿保存法では、請求書を電子データでやりとりした場合は印刷せず、そのまま電子データ（電子取引データ）で保存することと定められています。

※請求書以外にも、注文書･契約書･送り状･領収書･見積書も電子データのまま保存する必要があります。

法改正に対応した請求書システムであれば、法律の知識がない方でも法令を遵守した電子データの保存が可能となるでしょう。インボイス制度に対応した請求書を作成したい方は、別記事「インボイス対応の請求書ソフト」もぜひご覧ください。おすすめの請求書ソフトを詳しく紹介しています。

まとめ：自社の予算に合うツールを導入し、請求書を電子化しよう

今回の調査から、請求書発行システムの費用は「クラウド型なら月額数千円〜」「インストール型なら初期10万円程度〜」という明確な傾向が見えてきました。

中小企業であれば、初期費用0円かつ月額数千円のクラウドサービスで十分な恩恵を受けられます。一方で、従業員数300名を超える規模であれば、業務効率化のインパクトを最大化するために、月額10万円以上の高機能なシステムを検討する価値があります。

自社の発行枚数や従業員規模に照らし合わせ、最適なコスト感のシステムを選定しましょう。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で請求書システムを比較できます。導入実績のある業界・企業規模・使いたい機能などで絞り込み、あなたの会社に最適なサービスを探してみてください。
→請求書システムの最新ランキングはこちら　

とはいえ、数ある請求書システムを比較して自社の予算に合った製品を選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った請求書システムが分かる診断（無料）ができます。

よくある質問

請求書発行システムについて、よくある質問にお答えします。

無料で利用できる請求書発行システムもいくつかありますが、その多くは法人向けではありません。取引社数や請求書発行数の少ない個人事業主向けがメインとなっており、「費用を抑えたい」という理由から無料版を継続的に使用するのはおすすめできません。

無料で使える請求書システムを詳しく知りたい方は、別記事「無料で使えるおすすめ請求書作成システム」もあわせてご覧ください。

インボイス対応のおすすめの請求書発行システムは、「マネーフォワード クラウド請求書」「TOKIUMインボイス」「バクラク請求書発行」などです。詳しくは下記の記事を参考にしてください。

請求書発行をサポートするサービスとしては、請求書システムのほかに請求書発行「代行」サービスもあります。請求代行サービスは請求書発行に特化しているため、サポート体制が充実しており安心です。

しかし一方で、「月間100通以上からでないと対応できない」「ほかのサービスのオプションとして提供しているため単体では申し込めない」「基本的に月1回しか発行作業を依頼できない」など、さまざまな制限があることも少なくありません。

請求書システムと比較するとハードルが高い側面があるため、システム上から気軽に請求書の発行や管理を行いたいという方には、請求書システムがおすすめです。

「請求書の発行や管理は、Excelでもできるのでは」と疑問に思っている人も少なくないでしょう。結論から述べると、Excelで請求書を発行・管理することはおすすめできません。

請求書の発行や管理をExcelで行う場合、発行件数が少ないうちは問題ありませんが、件数が増えていくにつれて、作成量が膨大となります。請求書の承認を行う人の負担となるだけでなく、データファイル自体もどんどん重くなっていくデメリットは避けられません。

加えて、取引先から請求書を再発行してほしいとお願いされた場合、なかなかファイルを見つけ出せないといったことも。また、Excelでは請求漏れや二重請求を行ってしまうおそれもあり、共同フォルダで誤って削除されてしまうことも懸念されます。このような問題を解決するには、請求書システムを導入するのがおすすめです。  

請求書システムの利用実態アンケートの概要

この記事にまとめた請求書システムの利用実態アンケートの概要です。

当記事の引用や転載をする際は、必ず出典として「PRONIアイミツSaaS」および記事URL（https://saas.imitsu.jp/cate-invoice/article/h-1720）を明記願います。