インボイス制度とは？影響を受ける人やおすすめのシステムも紹介

目次
• インボイス制度とは
• インボイス制度で影響を受ける人
• インボイス制度のメリット
• インボイス制度のデメリット
• インボイス制度に対応するための手順
• 【発行側向け】インボイス制度に対応する請求書システムおすすめ3選
• 【受取側向け】インボイス制度に対応する請求書システムおすすめ4選
• まとめ：インボイス制度への対応は請求書システムの活用がおすすめ

インボイス制度とは

インボイス制度の正式名称は「適格請求書保存方式」です。適格請求書とは、正確な適用税率や消費税額を提示するために、売り手が買い手に対して発行する書類を指します。

適用税率や消費税額などを正確に伝えなければならなくなった背景には、2019年10月から適用された軽減税率制度があります。現在は原則10%の消費税がかかりますが「酒類・外食を除く飲食料品」と「定期購読契約が締結された週2回以上発行される新聞」に関しては、軽減税率が適用されるため税率は8%です。売り手は、これらの税率を買い手に対して正しく伝えなければなりません。

インボイス制度の導入によって請求書内に消費税率と消費税額を明記する必要があり、買い手側も明確に把握することができます。
また、買い手側が消費税の仕入税額控除を受けるためには、インボイス制度に則って売り手から発行された適格請求書を保存しておく必要があります。

従来は、消費税が一律だったため「請求書保存方式」という制度が適用されていました。請求書保存方式では必ずしも適用税率や税額を記入する必要がなく、対価として消費税を明確に記載するのみでした。

インボイス制度適用に向けての過渡期である現在は「区分記載請求書等保存方式」が適用されており、軽減税率に対応している品目を明確にするため、税率ごとに区分けしそれぞれの税込対価の額を記載する必要があります。

さらに、インボイス制度が適用されたあとの「適格請求書保存方式」では、適格請求書発行事業者の名称と登録番号も必須です。また、税率ごとに区分した税額の合計の記載も求められます。 

課税事業者は、売上時に受け取った消費税から仕入時に支払った消費税を差し引いた額を納税します。これを「仕入税額控除」と呼び、控除が適用されるのはすべての課税仕入額です。具体的な取引例は以下のとおりです。

ただし、仕入額控除の適用を受けるためには、税率ごとに区分して管理された帳簿を保存しなければなりません。また、帳簿の内容を証明するために、現行では「区分記載請求書」、インボイス制度導入後は「適格請求書」の保存も必要です。

2019年10月に、消費税および地方消費税の税率が10%に引き上げられました。同時に施行されたのが「酒類・外食を除く飲食料品」と「定期購読契約が締結された週2回以上発刊される新聞」の課税率を8%に据え置く軽減税率制度です。

一般的に、税率は低所得者の方が少なくなるように設定されていますが、消費税は所得に関係なく同じ税率が課せられます。そのため、いわゆる「逆進性」現象が起こり、低所得者層の税負担は避けられません。軽減税率制度は逆進性現象を回避し、低所得者層の負担を軽減させるために、生活する上で必要な商品に対して設けられました。

軽減税率の中でも分かりにくいのが、外食と加工品の線引きです。基本的には、店内で飲食を行う場合の消費税率は10%、テイクアウトや出前など店内以外で飲食する場合は、軽減税率が適用されます。

インボイス制度は、2023年10月1日に施行されました。インボイス制度において適格請求書発行事業者になるためには、登録申請を行わなければなりません。登録申請の手続きは2021年10月1日から始まっており、開始時から登録されるためには原則2023年3月31までに手続きを済ませる必要がありました。

また、インボイス制度が施行後は、適格請求書発行事業者が発行する請求書以外では、消費税額控除ができなくなるため注意が必要です。ただし、大幅な変化に伴う負担を避けるために、インボイス制度施行後から6年間の経過措置が設けられています。この間は適格請求書を発行できない免税事業者からの仕入れに関しても、一定の条件のもと消費税額控除が可能です。

インボイス制度で影響を受ける人

インボイス制度が導入されると、従来の請求書では法的な効力がないため支障をきたす恐れがあります。こうしたインボイス制度による影響は買い手、売り手の立場によって異なるほか、課税事業者と免税事業者でも変わってくるため注意が必要です。続いては、各立場におけるインボイスの影響について詳しく解説します。

消費税を支払うのは、商品やサービスを購入した消費者です。そのため、事業者は商品代金と合わせて消費税を受け取り、仕入れで支払った消費税を差し引いた額を国に納付します。しかし、すべての事業者が消費税を納めるわけではありません。

消費税を納める義務がある事業者を「課税事業者」と呼びます。一方、消費税の納付が免除されている事業者が「免税事業者」です。免税事業者は、基準期間における課税売上高が1,000万円に満たないことが条件となっています。

個人事業主や小規模事業者が該当するケースが多く、消費税による負担を軽減させるための措置です。ただし、申請を出せば免税に該当する事業者でも、課税事業者になることができます。

インボイス制度が施行されたあとに買い手が仕入額控除を受けるためには、適格請求書を保管しておかなければなりません。しかし、売り手側が免税事業者だった場合は適格請求書が発行できないため、その請求書分の仕入税額控除が受けられなくなります。

例えば、飲食業界では軽減税率と標準税率の両方を取り扱う業種が多く、税率の管理が複雑です。そのため、課税事業者との取引を打ち切る売り手が出てくる可能性も考えられます。取引が続いたとしても、仕入れ先の業者がインボイス制度に対応した書類を発行していなければ、仕入税額控除は受けられません。

また、一人親方や職人などの免税事業者と関わることの多い建設業界も同様です。特に、社会保険料や雇用保険などを抑えるために、雇用関係にあるはずの従業員を個人事業主扱いにしていた場合、インボイス制度の影響が顕著になるでしょう。
そのほかの業種においても、個人事業主やフリーランスから仕入れを行っている場合は、適格請求書が発行できるかどうかを確認しておく必要があります。

インボイス制度は、業種に関わらず免税事業者の売り手にとって大きな影響があります。そもそも免税事業者は適格請求書発行事業者への登録をしていないため、課税事業者から取引を打ち切られる恐れも考えられます。また、取引を続けるのであれば、適格請求書発行事業者になることを条件として提示されることもあるでしょう。

例えば課税事業者である企業をクライアントに持つ「デザイナー」「エンジニア」「カメラマン」「ライター」「士業」などのフリーランス業は要注意です。引き続き取引を続けるのであれば、インボイス制度への対応を進める必要があるでしょう。

一方、一般消費者を対象に商売を行っている小売店や飲食業などは、基本的に影響を受けづらい業種です。ただし、中には領収書を求められるケースも考えられます。適格請求書に対応した領収書を発行できなければ、普段利用する店舗から外される恐れがあるため、インボイス制度の影響が全くないとは言い切れません。

このように、インボイス制度は単純に消費税や仕入額控除に関する問題ではなく、ビジネスそのものに影響が出る可能性があります。 

個人事業主やフリーランスで、インボイス制度に対応した請求書を作成したい方は、別記事「個人事業主におすすめの請求書ソフト【2025年最新】」もぜひ参考にしてください。個人事業主への請求書ソフトの必要性や、メリット・デメリット、選び方まで解説しています。

インボイス制度のメリット

インボイス制度は、内容が複雑で理解しづらい方も少なくありません。インボイス制度のメリット・デメリットを理解すると、制度全体が把握しやすくなります。続いては、インボイス制度が導入されるとどのようなメリットがあるのかを詳しく見ていきましょう。

インボイス制度に対応することのメリットとして、従来のとおり消費税の仕入額控除が受けられ、納税額の負担が減らせる点が挙げられるでしょう。

また、インボイス制度では、電子データによって送付された適格請求書も認められており、紙媒体と比較すると業務効率が上がります。例えば紙媒体を保管する必要がなくなるため、スペースの確保にも繋がるでしょう。印刷や郵送のコスト削減もできるほか、発送の手間もなくなります。

取引先によっては、適格請求書発行事業者を契約対象とするケースも少なくありません。インボイス制度に対応しておくと、これまで取引を行ってきた業者との関係を継続しやすく、新規の取引を行う上でも有利に働きます。 

インボイス制度のデメリット

前述したように、取引相手によっては免税事業者との取引を見直す可能性があります。そのため、インボイス制度に対応していない場合は契約を解除されることも考えられるでしょう。

また、課税事業者になるには登録手続きを行う必要があり、登録後もインボイス制度に対応するためのシステム移行をしなければなりません。加えて、請求書の保存や振り分け、管理の手間が増える点もデメリットのひとつです。

例えば仕入額控除の計算をするためには、適格請求書とそれ以外とを仕分けする必要があります。また、発行する請求書も従来の仕様と比べて項目が増えるため、その分社内対応が増えるでしょう。

そのほか、買い手の場合は取引先がインボイス制度に対応していなければ、仕入額控除が受けられません。その結果、従来の消費税額控除を受けられなくなる恐れがある点も大きなデメリットです。とはいえ、適格請求書発行業者になるためには、まず課税業者になる必要があり、これまで免税業者だった事業者にとっては負担となります。こうした状況を踏まえると、すぐに適格請求書発行業者に登録することができない業者も多いことが予想されるでしょう。

インボイス制度に対応するための手順

ここまで、インボイス制度に関する概要やメリット・デメリットについて触れてきました。これまでどおり仕入額控除を受けるためには、適格請求書発行事業者への登録が必要です。また、登録後はインボイス制度への対応に向けた体制づくりも進める必要があります。

インボイス制度を円滑に導入するためには、ポイントを押さえておくことが大切です。続いては、インボイス制度へ対応するために取るべき行動を詳しく解説します。

適格請求書発行事業者になるためには、税務署に申請して登録番号を取得する必要があります。登録に関しては事業者の任意であり強制ではありません。また、免税事業者でも、必要があれば適格請求書発行事業者になることができます。

登録申請の手続きは書面でも行えますが、e-Taxを利用した方がスムーズです。スマートフォンからも申請できるほか、電子データで登録通知が受け取れるため、紛失のリスクも回避できます。

適格請求書を発行するためには、インボイスに対応した記載項目を満たさなくてはなりません。従来の経理業務と比べて煩雑な作業が増えることが予想される上に、システム移行も必要です。

そこで活用したいのが、インボイス制度に対応した請求書システムの導入です。請求書システムを導入すると、請求書の発行や保存、受領などさまざまな業務負担が軽減されます。

請求書システム（Web請求書）について詳しく知りたい方は、別記事「Web請求書とは？メリットやデメリット、おすすめのシステムも解説」を参考にしてください。

免税事業者の場合、適格請求書が発行できなければ、これまで取引していたクライアントから契約を解除される可能性があります。取引先が個人や一般消費者であればさほど影響がありませんが、企業や適格請求書を求める事業者と取引を続ける上では、致命的な問題となるでしょう。また、従来の仕入額控除を受けられなくなるため要注意です。

こうしたインボイス制度の悪影響を回避するためには、課税事業者への形態変更も念頭におく必要があるでしょう。ただし、課税事業者になると消費税の納税義務が生じるため、盤石な事業基盤が大切です。また、会計処理も大きく変わるため、インボイス制度に対応した会計ソフトやシステムの見直しも検討するようにしましょう。

インボイス制度に伴い、請求書システムの導入を検討している方は、別記事「クラウド請求書システムの選び方を徹底解説！おすすめのシステムも紹介」もぜひ参考にしてください。

【発行側向け】インボイス制度に対応する請求書システムおすすめ3選

インボイスの発行におすすめの請求書システムをご紹介します。

以上、機能比較や料金比較でおすすめの請求書システムを詳しく解説しました。他のサービスも知りたい方は、別記事「クラウド請求書システムを徹底比較【2025年最新】」にておすすめのサービスを紹介していますので、ぜひ参考にしてください。

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【受取側向け】インボイス制度に対応する請求書システムおすすめ4選

ここでは受取側向けに、インボイス制度に対応した請求書システムにおすすめのシステムを紹介します。

他にもどんな請求書受領システムがあるか気になる方は、別記事「【最新】おすすめの請求書受領サービス│メリットや選び方も解説」もご覧ください。  

まとめ：インボイス制度への対応は請求書システムの活用がおすすめ

インボイス制度は、課税事業者だけでなく免税事業者にとっても影響が出る可能性があります。デメリットを被らないためにも、業務形態や取引先との関係性を踏まえて、インボイス制度に向けた対応を進めることが大切です。 インボイス制度の概要だけでなくメリット・デメリットを理解した上で、円滑に移行できるような請求書システムの導入をおすすめします。

2025年最新でおすすめのサービスを知りたい方は、別記事「おすすめ請求書作成・発行ソフトを比較」もぜひ参考にしてください。無料で使えるサービスも紹介していますので、費用を抑えたい方はチェックしてみてください。