オンライン決済の手数料はどれくらい？費用相場を解説

目次
• オンライン決済の手数料とは
• オンライン決済の手数料相場（決済手段別）
• 決済手数料以外にかかる費用・相場
• オンライン決済サービスの手数料比較
• 格安でおすすめのオンライン決済サービス8選
• 手数料だけじゃない！オンライン決済サービスの選び方
• まとめ：キャッシュレス決済を導入して売上アップを目指そう

オンライン決済の手数料とは

オンライン決済（キャッシュレス決済）の手数料とは、クレジットカード・QRコード決済などのオンライン決済を行う際に、店舗が決済サービス提供会社に対して支払う手数料です。現金のやりとりなしでスピーディに支払いが完了するという利便性と引き換えに、その決済システムを利用する手数料が発生するのです。

オンライン決済には、クレジットカード、電子マネー、銀行振込、コンビニ決済などさまざまな決済手段がありますが、それぞれ手数料の仕組みや金額が異なります。

最もメジャーなクレジットカード決済を例に、手数料が発生する仕組みを解説します。

消費者が店舗でクレジットカード決済を行うと、カード会社の決済ネットワークを通じて決済処理が走ります。その際に与信枠（カードを問題なく利用できるか）も確認され、問題なければ支払いが完了します。

このような決済ネットワークを保守・運用するためにはコストが発生します。また、高度化する不正利用の手口に対するセキュリティ対策にも、コストがかかります。こういった運用に必要なコストが、決済サービスの手数料として入っているのです。

オンライン決済の手数料相場（決済手段別）

オンライン決済時の手数料は、クレジットカード・電子マネーなど、決済手段によって違います。ここでは、決済手段ごとの手数料相場を紹介します。

クレジットカード決済の手数料相場は2.5%〜4％です。なお、購入者の支払いが滞るリスクが高い商材ほど手数料が高い傾向があります。また、大規模チェーン店より個人経営店などの小規模店舗のほうが手数料が高い傾向があります。
→クレジット決済代行会社の手数料比較（別記事）

QRコード決済の手数料相場は3%程となっています。店舗ではQRコード用のポップを置くだけ、クレジットカードのような専用端末が不要です。そのため、QRコード決済の導入にはほとんど費用がかからず、手軽に導入できる点が魅力となっています。

なお、ECサイトやネットショップでも「PayPay」をはじめとするQRコード決済を導入できます。ECサイトではQRコードを読み込む操作はなく、ID・パスワードで決済アプリにログインして支払いを行うため「ID決済」と呼ばれます。
→QRコード決済ができる決済代行サービス（別記事）

電子マネーの手数料相場は3〜4％です。交通系ICカード（Suica、PASMOなど）や流通系（WAON、nanacoなど）があり、事前にお金をチャージして使う決済手段となっています。事前にチャージする形式のため、クレジットカードのような信用力の審査はなく、だれでも利用しやすいオンライン決済サービスといえます。

電子マネーの決済手数料はクレジットカードと比較して少し高いですが、クレジットカードを持たない顧客（消費者）のニーズを満たす決済手段です。自社の顧客層に応じて導入を検討しましょう。
→電子マネー決済ができる決済代行サービス（別記事）

コンビニ決済の手数料相場は、決済1件あたり100円～600円程です。決済金額が増えると手数料も高くなる仕組みです。たとえば、決済金額が1万円以下の場合は、110円～220円程の手数料が発生します。決済金額が3万円であれば手数料は400円程です。

しかし、クレジットカードのように一定のパーセンテージで手数料が決まっているわけではなく、手数料額に上限があります。そのため、高額な支払いの際に手数料が低く抑えられるというメリットがあります。
→コンビニ収納代行の手数料比較（別記事）

銀行口座振替の手数料相場は、1件あたり120円程です。クレジットカードなどと比較して、手数料が安い傾向があります。毎月自動で口座から引き落としをするようなケースにおいては、決済手数料を安く抑えられるでしょう。
→銀行振込ができる決済代行サービス（別記事）

決済手数料以外にかかる費用・相場

決済手数料以外にも、オンライン決済サービスを利用する際には、次の費用がかかります。

オンライン決済サービス導入時には初期費用が発生する場合があります。初期費用の相場は2万円程で、システム開発などにかかる費用や契約手数料が含まれます。初期費用が無料のオンライン決済サービスもあります。

初期費用が有料のサービスは、自社のニーズに合わせてシステムをカスタマイズ・開発してくれる点がメリット。企業に合わせた決済方法を提案してたりと、導入サポートが手厚いことも多いです。

初期費用が無料のサービスは、汎用的で使いやすいシステムである一方で、個々の店舗に合わせたカスタマイズに対応していない場合が多いです。カスタマイズする場合はオプション機能料金がかかります。しかし、導入コストを大幅に抑えられるため、予算が限られる企業やスモールスタートで事業を始めたい企業におすすめです。

オンライン決済サービスの月額料金は3,000円程が相場となっており、月額料金にはシステム利用料やデータ管理費用が含まれます。実店舗なら決済端末のリース代も加わります。月額料金は決済手段の種類によっても変わってきます。各社の決済手段ごとの手数料を比較して、導入するサービスを選ぶのがポイントです。

トランザクション手数料とは決済時のデータ転送にかかる通信費で、決済1回あたり数十円が相場です。決済手数料と混同されやすいですが、決済手数料はオンライン決済の価値自体に支払われる手数料で、トランザクション手数料は通信費です。

オンライン決済サービスの手数料比較

ここからは実際に、オンライン決済サービスの手数料を比較します。以下、初期費用・月額料金・手数料・トランザクション手数料の比較表をご覧ください。

料金を比較すると、「Airペイ」「Square」「atone」は初期費用・月額料金ともに無料と、安い費用で利用できるオンライン決済サービスです。また、「ペイゲート」はカード決済手数料が1.98%～と低いため、決済件数が増えても手数料を安く抑えられます。店舗運営者はぜひ導入を検討ください。

料金を比較すると、「イプシロン」「ゼウス」「atone」は初期費用無料で、コストをかけずに導入できるおすすめサービスです。クレジットカード決済は2%～3％台の手数料で利用できます。ECサイト・ネットショップ運営者はぜひ導入を検討ください。

格安でおすすめのオンライン決済サービス8選

2025年最新の料金プランを比較した結果、格安でおすすめのオンライン決済サービス8選を紹介します。各サービスの特徴や、他社と比較したおすすめポイントを紹介しますので、オンライン決済サービス選びにお悩みの方は参考にしてください。

店舗向けオンライン決済サービス

ECサイト向けオンライン決済サービス

手数料だけじゃない！オンライン決済サービスの選び方

ここまで、手数料などの費用が安いオンライン決済サービスを紹介してきましたが、費用以外にも比較検討すべきポイントがあります。自社に決済サービスを導入する際は、次の3点をチェックしましょう。

オンライン決済サービスによって、取り扱う決済手段は異なります。自社の顧客がどのような決済手段を求めているかを調査して、客層に合った決済手段を提供できるオンライン決済サービスを選ぶことが重要です。

キャッシュレス決済のなかで、最も利用者が多い「クレジットカード」は必須といえます。また、若年層向けの事業を行っている場合、PayPayなどの話題の決済方法を取り扱うと、それ自体を店舗の強みの一つとしてアピールできます。

キャッシュレス決済は顧客のクレジットカード情報や口座情報などの個人情報を取り扱います。情報漏えいが発生した場合、顧客や取引先の信頼を大きく損なうため、セキュリティ対策が万全のオンライン決済サービスを選ばなければなりません。

公的機関の認証マークを表示しているサービスは、高いレベルのセキュリティ基準を満たしています。各セキュリティ基準の詳細は以下の表を参考にしてください。

入金サイクルとは、キャッシュレス決済で取引した売上金が振り込まれるまでの日数や頻度を指します。入金サイクルが遅いと資金繰りに困る可能性があるため要チェックです。

毎月2～4回締めで定期的に入金があるサービスや、入金サイクルをより早めるオプションがあれば安心です。「入金待ちの間に事業資金が足りなくなった」「資金繰りに困った」という事態にならないよう、オンライン決済サービスごとの入金サイクルも比較しましょう。

まとめ：キャッシュレス決済を導入して売上アップを目指そう

オンライン決済（キャッシュレス決済）は、店舗でもネットショップでも、必須となっています。普段、あまり現金を持ち歩かず、キャッシュレス決済をメインで使う消費者もふえています。現金のみ対応の店舗では、販売機会を逃してしまうリスクが高まっているといえます。

オンライン決済を利用するには手数料がかかるものの、それを上回る売上増大の効果が期待できます。現金を取り扱わなくなることで、現金管理や銀行入金の手間がなくなり、人件費のカットにもつながるでしょう。

数あるオンライン決済サービスを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った決済サービスが分かる診断（無料）ができます。