消滅時効延長！給与計算のミスや間違いが発生した際の適切な対応は？

目次
• 【労働基準法改正】未払い賃金に関する消滅時効が延長に
• 賃金の未払いが発生する原因の多くは「算入忘れ」
• 給与計算の間違いやミスが発生した際の適切な対応とは
• 賃金の未払い発生を防止！自社の給与・雇用形態チェック
• 未払い賃金を防止するために見直すべきポイント3つ
• ミスを徹底的に防ぐためには、ツールの導入がおすすめ
• 給与計算システム・勤怠管理ツール導入時のポイント・注意点
• まとめ：ミスのない労務管理でクリーンな経営を

【労働基準法改正】未払い賃金に関する消滅時効が延長に

2020年4月1日に施行された労働基準法改正によって、労働者が事業者に対して未払金などを請求できる権利（＝賃金請求権）を有する時間が、支払うべき期日より3年以内と変更されました。これまでの2年よりも1年延長されただけでなく、ゆくゆくは5年へとさらに延長されることも決まっています。

賃金請求権を有する期間が伸びるということは、未払いが数多くあった場合、請求される金額がどんどん増えていくということ。故意のミスでなくとも、あとから予想以上の追加請求がされるかもしれません。

もしも過去に未払い賃金によって法律違反があった場合、裁判所から事業者に対し、ペナルティーとして付加金を課すこともできます。付加金を請求できる期間についても、今回の法改正にともなって同様に3年とされていることを覚えておきましょう。

賃金の未払いが発生する原因の多くは「算入忘れ」

「毎月きちんと給与を計算していたはずなのに、なぜ未払い賃金が発生してしまったのだろう……」と疑問に思う人も少なくないでしょう。実際、故意に給与を減額しようと企んでいないにも関わらず、残業代が正しく支払われていなかった、というパターンも多いようです。なぜそのような事態が起こってしまうのでしょうか？

実は未払い賃金が発生してしまう原因の多くは、算入忘れにあると言われています。例えば、たまたま手当てをつけるべきところでつけ忘れていた、というような悪意のない計算ミスが多いということです。

しかし、悪意があろうとなかろうと、従業員にとってはミスに変わりありません。仮に悪意がなかったとしても、支払われるべきものが未払いのままで放置されていると法律に抵触していることになるため注意しましょう。

給与計算の間違いやミスが発生した際の適切な対応とは

もしも給与計算のミスが発生してしまった場合には、速やかに謝罪と修正対応を行いましょう。

「差額分を振り込んだときに謝罪と報告をすればいいか」と謝罪を後回しにしてしまう人もいますが、その対応は絶対にNGなので注意が必要です。ミスが発覚した時点ですぐさま謝罪とその後の対応について説明しなければなりません。もしも後回しにしてしまえば、「なぜ報告が遅くなったんだ」「謝罪を後回しにするな」とさらなる怒りを買い、トラブルに発展することもあるでしょう。

ミスが発覚した際には、未払い分を正しく計算し、清算方法を検討した上で該当者に謝罪と報告を行います。その際、すぐさま支払うのか翌月の給与支払いで調整するのかなどを話し合いましょう。清算処理に関する同意が得られたら、同意を得られた内容のとおりに対応を進めてください。

万が一退職者に未払い賃金があった場合には、社会保険料の等級誤りはどうするのか、所得税は源泉徴収するのかなど、対応しなければならない項目が増えてしまいます。非常に手間がかかってしまうため、最初からミスが発生しないよう心がけましょう。

賃金の未払い発生を防止！自社の給与・雇用形態チェック

未払い賃金が発生してしまうことを防ぐためにも、自社の給与や雇用形態について改めて確認しておきましょう。もしかしたら、未払い賃金が意図せずとも発生しやすい環境になってしまっているかもしれません。

未払い賃金が意図せずとも発生しやすい状況としてはじめにあげられるのが、時間外労働や早朝深夜労働、休日出勤などが多いという場合です。

時間外労働や早朝・深夜労働、休日出勤などを行う場合、従業員に対し基礎時給だけを払うだけではNG。1日の労働時間が8時間を超えている、夜10時以降や早朝5時までに働いているという場合には、割増賃金を必ず支払わなければなりません。未払い賃金が発生してしまう場合には、割増賃金を見落としているということが多いようです。

悪意を持って割増賃金を払わないようにしている企業の中には、労働基準法の「管理監督者」にして残業代を未払いで済まそうとするために、従業員に「店長」などの肩書きをつけるなど、あの手この手を使う企業もあります。

未払い賃金が意図せずとも発生しやすい状況として2つ目にあげられるのが、固定残業代（みなし残業代）を設定しているという状況です。

固定残業代（みなし残業代）があるからと言って、時間外労働に関して計算する必要はない、と勘違いしていませんか？固定残業代は、ただ単に一定の残業代を支払わけではありません。なかには、固定残業代を支払うのみで際限なく残業させるというパターンもありますが、それは残業代未払いに値します。

固定残業代は、あらかじめ何時間分の残業代が支払われているのかを明らかにするだけでなく、その残業代は基本給などから適正に計算されているのかなど、要件を満たさなければなりません。もしも固定残業代で支払われている分を超えてしまった場合には、その差額分をきちんと支払う必要があります。

もしも固定残業代に関する要件を満たしていない場合や、固定残業代分を超えた時間外労働について支払われていない場合には、未払い賃金となってしまうでしょう。

未払い賃金が意図せずとも発生しやすい状況として3つ目にあげられるのが、業務委託契約を結んでいるという状況です。

業務委託契約とは、とある業務を外部の企業や個人などに委託する契約のこと。一般的な従業員とは働き方が異なります。しかし企業によっては、業務委託契約の人材と従業員との区別がきちんと付けられておらず、多くの時間を働かせる一方で定額の業務委託料しか払っていないという状況があるでしょう。

もしも表面上は業務委託であっても、出退勤の日時が企業側から指定されている、仕事内容や進め方が細かく設定されている場合には、実態が労働者（従業員）であると判断されることもあります。その場合には、本来であれば支払われるべき賃金が未払いとされてしまうでしょう。

未払い賃金を防止するために見直すべきポイント3つ

未払い賃金が発生するのを防止するためには、具体的にどのようなポイントについて見直すべきなのでしょうか。今回は、とくに気をつけておきたい3つのポイントに絞って紹介していきます。

労働時間が適切に管理されているのかどうかは、未払い賃金を防止するために非常に重要です。きちんと管理されていなかった結果、従業員と会社で意見が食い違い、未払い賃金に関する紛争に発展してしまう可能性もゼロではありません。

タイムカードなどの自己申告制による記録のみならず、パソコンのログイン・ログオフ、入退室システムによる記録などといった客観的なデータを用いて、実際の労働時間を適切に記録しましょう。

最近では、パソコンのログイン・ログオフ機能を活用して出退勤の管理を行える勤怠管理システムなども提供されています。給与の未払い賃金防止には、システムによる正確な労働時間の把握が不可欠です。

未払い賃金が発生するのを防ぐためには、労働時間がどのように管理されているのかも非常に重要なポイントですが、労働時間がどのように数えられているのかも大切です。

本来はあってはならないことですが、会社によっては休憩時間中でも来客対応や電話対応などを行わせている場合も。その場合、休憩時間も労働時間に含む必要があります。加えて、外部での社員研修やイベントなどが強制参加である場合には、業務として判断され労働時間に加算しなければならないでしょう。

また、残業時間の端数を勝手に切り捨てて労働時間を算出してしまっている場合、労働基準法に違反しています。1分間単位で管理し労働時間を算出する必要があるため注意してください。

労働時間の管理方法やカウント方法について見直すだけでなく、賃金をどのように計算するのかも見直しておく必要があります。

冒頭では、 未払い賃金が発生してしまう原因の多くが「算入忘れ」であると説明した通り、計算時におけるミスによって未払いが発生していることは少なくありません。

各種手当てを漏れなく算入することを忘れてしまった故に、多額の未払い賃金が発生してしまっていることもあるので、計算時には手当てきちんと含まれているのかどうかを忘れずに確認しましょう。

ミスを徹底的に防ぐためには、ツールの導入がおすすめ

給与計算でミスが発生してしまうのは、単純な算入忘れが多いということを先に述べました。算入忘れだけでなく、単に計算をミスしてしまっただけという場合も見られるでしょう。

しかし、給与計算は人が管理することなので、ミスを確実にゼロにすることは難しいもの。そのなかでもミスを限りなくゼロに近づけるためにも、給与計算ツールを導入することをおすすめします。

給与計算ツールには、面倒になりがちな給与計算業務を大幅に効率化する機能が数多く搭載しています。例えば、毎月の基本給与や残業代、さらには所得税や社会保険料の徴収などもふまえた給与の自動計算をはじめ、定期賞与や決算賞与などの賞与の自動計算、さらには住宅ローン控除や生命保険料控除なども含んだ年末調整機能などは標準搭載されていることが多いでしょう。

また、web給与明細の発行や、給与計算に必要な従業員情報の管理まで行えるシステムも多いです。正社員のみならず、パートやアルバイトなどさまざまな雇用携帯に対応できるのもメリット。

加えて、クラウド型の給与計算ツールであれば、システムの管理やサポートはベンダー側が行ってくれるため、法改正に関しても自動でアップデートしてもらえます。

別記事「給与計算ソフトとは？メリット・デメリットや選び方を解説」では、より詳しく給与計算ソフトについて解説していますので、ぜひ合わせてご覧ください。  

給与計算ツールのなかには、人事労務的機能が1つになっているものもあります。多くの給与計算ツールが勤怠管理システムとの連携も可能です。勤怠管理システムと連携できるものであれば、勤怠管理システム内で収集している勤怠データを、給与計算ツールに取り込めます。わざわざ勤怠データを手打ちで打ち込み反映させる必要はありません。

給与計算においては、出退勤データを正確に反映することが非常に重要なポイントです。その点の手間を大幅に軽減できることによって、業務効率化を叶えながら、給与計算の正確性も向上させられるでしょう。まだ勤怠管理システムを導入していない場合、勤怠管理と給与計算の両方をシステム化できるサービスもおすすめです。
→詳しくは別記事「給与計算まで対応した勤怠管理システム」で解説。  

数ある給与計算ソフトを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という人事労務担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算ソフトが分かる診断（無料）ができます。  

給与計算システム・勤怠管理ツール導入時のポイント・注意点

最後に、給与計算ツールや勤怠管理ツールなどを導入する際に、どのようなポイントに気を付けるべきなのかを確認しておきましょう。今回は、以下の5つのポイントに絞って紹介していきます。

給与計算システムによって搭載する機能は異なるため、自社の業務に必要な機能はあるかを確認しておきましょう。例えば、源泉徴収票の作成や社会保険料の自動計算などの機能が充実していれば、経理担当者の負担を大幅に減らせます。給与計算システムには下記のような機能があります。給与計算ソフトの導入目的を整理し、システムに求める機能を明確にしましょう。

ニーズが多い機能は「社会保険料の自動計算」「源泉徴収票の作成」

なお、PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、社会保険料の自動計算機能が必要と考える企業は92%と最も多い結果に。続いて、源泉徴収票の作成機能が82%、給与振込用データ（FPデータ）の出力機能が77%でした。   

この調査結果から、多くの企業が法令に基づく複雑な計算や書類作成を自動化し、正確かつ効率的に処理したいと考えていることがうかがえます。ミスの防止や担当者の負担軽減を目的に、自動化機能の重要性が高まっていると言えるでしょう。必要な機能を絞り込む際には、上記データもぜひ参考にしてください。    

給与計算ソフトは、勤怠管理システムや人事労務管理システムと連携することがポイント。たとえば、勤怠管理システムと連携することで勤怠データの自動反映が可能となり、給与計算業務をさらに効率化できます。また、人事管理システムとの連携で個人情報を従業員ごとに一括管理できるようになります。

そのため、自社に導入済みのシステムがある場合、「既存システムと連携可能か」という観点で給与計算ソフトを比較検討することが重要です。まだ他のシステムを導入していない場合、勤怠管理と給与計算の両方をシステム化できるサービスを検討しましょう。→詳しくは別記事「給与計算まで対応した勤怠管理システム」で解説。

給与計算システムや勤怠管理ツールを導入するにあたっては、導入規模や勤務体系とマッチしているかを確認しておきましょう。システムによって、対応可能な雇用形態・勤務体系・給与体系は違います。そのため、「自社の従業員の働き方に合った給与計算方法が可能か」の確認が必要です。正社員のみならずアルバイトやパート、派遣社員などさまざまな勤務体系がある場合には、それらに対応したツールを選びましょう。

また、給与計算ツールや勤怠管理ツールは、大企業向けのものや中小企業向けのものなど、適切な導入規模が異なる場合があります。大企業から中小企業まで幅広く導入されているシステムでは、中小企業向けプラン、大企業向けプランなど複数プランを提供している場合が多いため、自社の導入規模に合ったものを選びましょう。

給与計算システムや勤怠管理ツールを導入する際には、法改正やアップデートに対応しているものを選ぶようにしましょう。クラウド型の給与計算ツールの場合、システムの定期的な運用管理やセキュリティー面のサポートなどは、ベンダー側にまとめて任せられます。そのため、クラウド型ソフトは法改正によって雇用保険料率などが変更になった場合も、すぐにシステムが法改正対応版へとアップデートされるのがうれしいポイントです。

しかしクラウド型以外（インストール型・オンプレミス型など）の場合には、法改正への対応や自動アップデートなどに対応していないことが多いです。その場合給与ミスの発生につながりやすいと言えるでしょう。

給与計算システムや勤怠管理ツールを導入する際には、現場の社員がストレスなく使えるシステムであるかどうかも忘れずに確認しましょう。給与計算システムや勤怠管理ツールを導入する場合、社内への定着がスムーズであることが非常に重要です。ツールが使いやすく社内への定着がスムーズであればあるほど、より早く業務効率化を叶えられます。

一方、ツールが使いづらく現場の社員にストレスがかかる場合には、現場になかなか定着しません。その場合、業務の効率化や給与計算のミス減少などにつながらないため、費用の無駄となってしまうでしょう。

まとめ：ミスのない労務管理でクリーンな経営を

今回は、給与計算のミスにより発生する賃金請求権、ならびにその消滅時効についての説明をはじめ、給与計算でミスがあった場合にはどうするべきか、ミスを減らすためのポイントなどを紹介してきました。

自社にマッチしたツールをお探しなら、別記事「給与計算ソフトを徹底比較」をご覧ください。2025年最新のおすすめシステムを解説しています。

数ある給与計算ソフトを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った給与計算ソフトが分かる診断（無料）ができます。