担当者必見！マイナンバーを収集する方法とは？おすすめのサービスやルールについても解説【2025年最新版】

目次
• マイナンバーを収集する方法
• マイナンバー収集の流れ
• マイナンバーを収集・管理する上で重要なルール
• マイナンバーの収集・管理についてよくある疑問
• マイナンバーの収集・管理にはシステムが必須である理由
• おすすめのマイナンバー収集・管理も可能な人事労務システム3選
• まとめ

マイナンバーを収集する方法

マイナンバーの収集方法には、大きく分けて以下の3つの方法があげられます。

もっともシンプルな方法が、紙の書類を用いてマイナンバー情報を集めるものです。従業員1人ひとりが自身でマイナンバーを記入した書類を回収し、その情報をデータベースに入力します。しかし収集時の紛失リスクや手入力の負担、入力ミスの可能性がゼロではない点を踏まえると効率的な方法とは言い難いでしょう。

従業員の増加にともなって選ばれやすいのが、メールを用いたマイナンバーの収集です。マイナンバーをデータとして収集できるため、紙での収集と比較すると転記の負担や入力ミスの可能性を抑えられるのが特徴。一方で、メールには誤送信のリスクがあり、データベースへの入力作業がなくなるわけではないのでベストな方法とは言えません。

もっとも確実かつ利便性に優れているのは、マイナンバー管理システムを用いる方法です。従業員をWeb上の専用フォーマットへ誘導し、そこへ情報を入力してもらうだけで自動でマイナンバー情報がデータベースに登録されます。転記の負担を削減できるだけでなく、収集時のセキュリティリスクも抑えられるため業務効率化にも貢献するでしょう。

マイナンバー収集の流れ

マイナンバーを収集する際は、どの方法であっても大まかなプロセスは同じです。ここからは、各プロセスについて具体的に解説します。

まずは社内でのマイナンバー管理方針を決定します。マイナンバーの収集・管理にともない「どんな目的にマイナンバーを使用するのか」「どのようにマイナンバーを保管するのか」を明確にしましょう。それによって、マイナンバーを利用・保管する中で「どう扱うのが最適なのか」が明文化されれば、のちのトラブル防止にも役立ちます。事前にマイナンバーの管理プロセスが明確になれば、運用のイメージもより具体的になるでしょう。

マイナンバーの利用目的は公表・通知が個人情報保護法によって義務づけられています。一般的な企業の利用例としてあげられるのは「源泉徴収票の作成」や「健康保険・厚生年金保険手続き」「労働保険手続き」。これらの目的に使用する旨とあわせて、それ以外の目的には一切使用しないことを伝えましょう。従業員が不信感を抱えないようにするためにも重要なステップです。

マイナンバーを管理するための体制が整ったら、いよいよ収集を進めます。収集方法としては紙やメール、マイナンバー管理システムのいずれかを利用するのが一般的です。従業員数が少ない場合は紙やメールによる収集でも問題ありませんが、数十〜数百人規模のマイナンバーを集めるとなると難易度が上がります。ある程度大きな規模でマイナンバーを収集する場合は、マイナンバー管理システムを導入することをおすすめします。

マイナンバーはただ数字の情報を集めるだけでなく、その番号が正しいかどうかを確認する作業が求められます。その際にはマイナンバーとあわせて運転免許証やパスポートといった書類を提出してもらうケースもありますが、もっとも便利なのはマイナンバーカードでしょう。
マイナンバーカードがあればマイナンバーの収集とあわせて本人確認も行えるため、従業員に用意してもらうことをおすすめします。

マイナンバーを収集・管理する上で重要なルール

マイナンバーの収集・管理する上では、以下のルールを踏まえておく必要があります。

企業の独断によるマイナンバーの取得・利用・提供は認められていません。あくまでも法令に則ってマイナンバーが必要な場合に限って利用が認められているため、目的もなくマイナンバーを持ち出したりするのは控えましょう。従業員の氏名や社員番号ではなく、マイナンバーで本人を特定するルールを設けることも禁止されています。

マイナンバーは、従業員との雇用契約期間内など個人番号に関連する事務処理が必要な場合にのみ保管し続けることが許されます。当然ながら意味もなく保管するのは認められておらず、保存期限を過ぎた情報は速やかに破棄・削除しなければなりません。破棄に関する仕組みの構築が求められるのも、マイナンバー制度の特徴と言えます。

従業員のマイナンバーの取り扱いを社労士や税理士へ委託することは法律で認められていますが、その際には適切な監督のもとで情報漏えいや不正利用の防止に取り組まなければいけません。また、委託先の会社がさらに別の会社へ委託する場合は、委託者（依頼者）の承諾が必要となります。外部へマイナンバーの取り扱いを委託する際は、再委託の有無も確認するっとよいでしょう。

マイナンバーの収集・管理・破棄にあたっては、企業は「組織的安全管理措置」と「人的安全管理措置」「物理的安全管理措置」「技術的安全管理措置」を講じなければなりません。具体的な内容は以下のとおりです。
（1）組織的安全管理措置
担当者・責任者の役割や報告体制を明確化するとともに、取り扱い状況の記録・把握手段や情報漏えい時などの体制整備などを行います。
（2）人的安全管理措置
マイナンバーの取り扱い担当者を対象に、必要に応じて教育・監督を行います。
（3）物理的安全管理措置
マイナンバーを扱う機器・電子媒体の盗難防止や漏えい防止、復元不可な方法による廃棄などが求められます。
（4）技術的安全管理措置
マイナンバーにアクセスできる従業員の識別・認証、外部からの不正アクセスや情報漏えいを防ぐための措置を行います。

マイナンバーの収集・管理についてよくある疑問

企業におけるマイナンバーの収集・管理に対して、疑問を抱いている方も少なくないのではないでしょうか。そこでここからは、よくある疑問とその解決策について解説します。

マイナンバーを収集する際、対応に困りがちなのが従業員の扶養家族のマイナンバーです。従業員のマイナンバーは保険への加入手続きなどに必要ですが、扶養家族については必要な場合とそうでない場合があります。
従業員の家族のマイナンバーが必要となるのは「年末調整」と「配偶者を社会保険の被扶養者として届け出る」時です。企業は従業員の配偶者から国民年金の第3号被保険者の届け出を受けるので、マイナンバーと本人確認書類が必要になります。混乱を避けるためにも、この点はよく覚えておきましょう。

マイナンバーの収集・管理は従業員数の多い企業で行われているイメージがありますが、小規模事業者であっても従業員のマイナンバー収集・管理が必要です。従業員と扶養家族のマイナンバーを収集し、源泉徴収票や社会保険の被保険者資格取得届などに記載の上、提出しなければなりません。

マイナンバーは個人情報であることから、従業員の中には提出に抵抗を示す人もいるかもしれません。しかし、マイナンバーの収集は企業に意思ではなく法律によって義務づけられているので、その旨を従業員に伝えてください。
従業員がマイナンバーの扱いに対して不安・不信感を抱いている場合は、マイナンバーの利用目的とあわせてほかの用途では使用しないこと、管理方法などを社内に周知しましょう。

マイナンバーの収集・管理にはシステムが必須である理由

マインナンバーの収集や利用、管理にはさまざまなルールがあり、すべてに手動で対応するには多くの時間と労力を要します。そのため、負担を抑えながらマイナンバー収集・管理を行いたいのなら、マイナンバー管理システムの導入が必須だと言えます。
ここからは、マイナンバーの収集・管理にシステムの活用が推奨される理由を解説します。

マイナンバー管理システムは、効率的に収集できるのが最大の導入メリットと言えます。紙やメールを用いたマイナンバーの収集は作業負担が大きく、データの転記作業も発生するため非効率です。
一方で、マイナンバー管理システムはPCやスマートフォンからWeb上の専用フォーマットにアクセスし、マイナンバーを入力するだけでデータベースへの登録が完了します。管理側はもちろん提出する従業員の負担も抑えられ、さらに提出状況も容易に把握できます。

マイナンバーを管理するにあたって懸念事項となるのが、ヒューマンエラーです。手作業でマイナンバーを入力するとどうしてもミスが発生しやすくなり、適切なマイナンバー管理の妨げになります。
そこでマイナンバー管理システムを使えば、紙やメールからマイナンバーを転記する必要がなくなるため、ヒューマンエラーのリスクを低減させられます。修正やダブルチェックも不要なので、業務効率化も叶うでしょう。

マイナンバー管理システムは、マイナンバーという個人情報を扱うことから、その大半が高度なセキュリティを備えています。多重認証ログインや暗号化通信などによって、不正アクセスや情報漏えいを防止することができます。データベースはクラウドで管理されるので、端末紛失による情報流出の心配もありません。安心・安全な環境で従業員のマイナンバーを管理できるのは大きな魅力と言えます。

マイナンバー管理システムは、簡単なマニュアルがあれば誰でも操作できるほどシンプルに設計されているので引き継ぎの負担も抑えられます。ツールの操作方法が複雑な場合は引き継ぎにも多くの時間を要することになりますが、マイナンバー管理システムならそうした心配も不要です。システムの導入によってマイナンバーの収集や利用、管理にかかる人員を削減できれば優秀な人材をより重要な業務へ割り当てられ、生産性の向上にもつながります。

おすすめのマイナンバー収集・管理も可能な人事労務システム3選

続いては、マイナンバーの収集・管理におすすめの人事労務システムを3種紹介します。

まとめ

この記事では、マイナンバーの収集方法や具体的な流れ、収集・管理上のルールなどを解説するとともに、マイナンバー管理におすすめのシステムを紹介してきました。従業員数が増えると手動でのマイナンバー収集・管理は困難になるため、専用のシステム導入を検討すべきです。しかし、マイナンバー管理に対応しているシステムは数多くあり、自社の規模やニーズに合った製品を探し出すのは容易ではありません。
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