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中小企業におすすめの在庫管理システム15選

更新日

「在庫管理に時間がかかる」「発注ミスが多い」こんなお悩みを抱える中小企業は多いのではないでしょうか。人手不足や業務効率化が課題である中小企業にとって、ミスや業務負担を減らすことが求められるでしょう。在庫管理システムを導入することで在庫管理にかかる時間を大幅に短縮し、在庫の管理・発注などのミスも減らすことができます。

本記事では、BtoB向けサービスの比較サイトである「PRONIアイミツ」が、中小企業におすすめの在庫管理システム15選を紹介します。在庫管理システムの導入を検討している方は、ぜひ参考にしてください。

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中小企業が在庫管理システムを導入するメリット

在庫管理システムとは、企業が保有する商品や資材の在庫情報を一元管理できるシステムです。先入先出管理や賞味期限管理、リアルタイムの在庫状況照会など、商品や資材の欠品や余剰在庫を防ぐための機能が豊富にあります。

在庫管理システムでできること
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中小企業が在庫管理システムを導入するメリットは以下の3つです。

  • 業務の効率化
  • コスト削減
  • 資金繰りの安定化

在庫管理システムを導入することで、注文書の発行や在庫調整の自動化など、さまざまな業種・業界に合わせてカスタマイズが可能です。また、在庫管理スペースを無駄なく使うことでの管理場所の削減、在庫管理業務が減ることによる人件費削減も期待できます。

現在の在庫状況や売上予測なども可能であるため、資金繰りが安定するというメリットもあります。

中小企業におすすめの在庫管理システム15選

中小企業におすすめの在庫管理システムを紹介していきます。物流に強いものから倉庫管理、ECサイト向けなどさまざまなサービスがありますので、ぜひ参考にしてください。

中小企業におすすめの在庫管理システム

アラジンオフィス

株式会社アイル
要問合せ
料金プラン一覧を見る
上場企業導入実績あり

「アラジンオフィス」は、ユーザーリピート率98.4%を誇り、性能・柔軟性・コストパフォーマンスが優れた在庫管理システムです。業務・業種・業態別にシステムが用意されているため、幅広い業界で利用されています。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
オンプレミス(パッケージ)
クラウド(SaaS)
ISMS
冗長化
通信の暗号化
入出庫管理機能
在庫の倉庫間移動管理機能
機能一覧を見る
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FLAM

株式会社フリップロジック
9,800 初期費用 0 円
料金プラン一覧を見る
トライアルあり 上場企業導入実績あり

FLAMは、販売・仕入・在庫管理を一貫して行うことができる在庫管理システムです。インターネット環境があれば、どこでも在庫確認が可能です。また、セキュリティの高さや毎日の自動バックアップなどで安心して利用できます。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
ISMS
Pマーク
冗長化
通信の暗号化
IP制限
機能一覧を見る
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ロジクラ

株式会社ロジクラ
9,000 初期費用 100,000 円
料金プラン一覧を見る
トライアルあり 無料プランあり

「ロジクラ」は、在庫管理だけでなく、ピッキングやバーコード検品などもできる在庫管理システムです。PCだけでなくiPhoneからも利用可能で、新たに機材を導入する必要もありません。また、担当者や拠点が複数ある場合でもデータ共有が可能です。

主な機能
導入支援・運用支援あり
チャットサポートあり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
スマホアプリ(iOS)対応
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
入出庫管理機能
在庫の倉庫間移動管理機能
フリーロケーション管理機能
機能一覧を見る
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MieLU

トヨタ情報システム愛知株式会社
要問合せ
料金プラン一覧を見る
トライアルあり 上場企業導入実績あり

「MieLU」は、入出荷や入出庫の処理などモノの動きをシステムで一元管理できる倉庫管理システムです。また、ハンディターミナルと連携した検品やピッキング処理も可能。倉庫内のデータをリアルタイムで取得・反映するだけでなく、システム化によるミスの削減と業務効率の向上に貢献します。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
オンプレミス(パッケージ)
クラウド(SaaS)
入出庫管理機能
フリーロケーション管理機能
在庫の引当管理機能
ピッキングリストの作成機能
棚卸の管理機能
機能一覧を見る
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zaico

株式会社ZAICO
要問合せ
料金プラン一覧を見る
トライアルあり 上場企業導入実績あり

「ZAICO」は、導入企業が15万社を超え、継続率が90%以上を誇る在庫管理システムです。操作もシンプルでだれでも使いやすいのが特徴です。ECサイトやPOSレジなどのサービスとの連携もできます。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
スマホアプリ(iOS)対応
スマホアプリ(Android)対応
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
冗長化
通信の暗号化
IP制限
機能一覧を見る
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TS-BASE 受発注

竹田印刷株式会社
要問合せ
料金プラン一覧を見る
トライアルあり

「TS-BASE受発注」とは、BtoB事業者間の取引に特化した受発注システムです。受発注から物流、配送まで必要な機能が搭載されており、あらゆる業務フローや在庫・出荷状況の可視化が可能です。各社の個別開発によるカスタマイズもできるので、独自の要件がある企業でも対応できます。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
Pマーク
入出庫管理機能
在庫の引当管理機能
自動発注機能
発注書の作成機能
受注管理機能
販売管理機能
機能一覧を見る
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楽楽販売

株式会社ラクス
3.6 (48)
70,000 円~ /契約 初期費用 200,000 円 /契約
料金プラン一覧を見る
トライアルあり 上場企業導入実績あり

「楽楽販売」は、倉庫・拠点が複数ある場合の情報共有、ボタンひとつで出荷指示書や発注書などの帳票自動作成などができるクラウド型の在庫管理システムです。また、自社使用にカスタマイズできるため、システム開発費用の削減が可能です。

利用者のレビュー(口コミ、評価)
5.0
説明書がなくても使えて便利。わからないことがあっても、チャットサポートがフォローしてくれて利用しやすい。
5.0
チャットサポートもあり初心者でも簡単に使いこなせて、コストパフォーマンスが良いと感じたからオススメしたい。
レビュー一覧を見る
主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
ISMS
Pマーク
通信の暗号化
IP制限
シングルサインオン
機能一覧を見る
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ネクストエンジン

Hamee株式会社
10,000 初期費用 要問合せ
料金プラン一覧を見る
トライアルあり 上場企業導入実績あり

「ネクストエンジン」は、受注管理や在庫管理、商品登録などECサイト運営に関する業務を自動化できる在庫管理システムです。Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピングなどの複数のECモールと連携もできます。また、店舗ごとの在庫差異がなくなるため、販売機会の損失を回避します。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
Pマーク
IP制限
中国語
英語
韓国語
機能一覧を見る
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CROSS MALL

株式会社アイル
5,000 初期費用 要問合せ
料金プラン一覧を見る
上場企業導入実績あり

「CROSS MALL」は、複数ECサイトの在庫管理や商品登録・仕入・受発注管理をまとめて自動化できる在庫管理システムです。複数の拠点・アカウントで処理が可能で、アカウントごとに権限を設定することができ、柔軟な利用が可能です。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
ISMS
Pマーク
入出庫管理機能
ピッキングリストの作成機能
棚卸の管理機能
自動発注機能
機能一覧を見る
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SmartMat Cloud

株式会社エスマット
要問合せ
料金プラン一覧を見る
上場企業導入実績あり

「SmartMat Cloud」は、IoT重量計スマートマットに荷物を置くだけで在庫を管理できる在庫管理システムです。在庫の重さを検知して、残量や残数を簡単に管理できます。また、中身が見えない液体などの管理も可能です。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
入出庫管理機能
フリーロケーション管理機能
棚卸の管理機能
自動発注機能
在庫データの分析機能
機能一覧を見る
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楽商

株式会社日本システムテクノロジー
要問合せ
料金プラン一覧を見る

「楽商」は、受発注・仕入・売上管理などの標準機能以外にも、見積もり処理・ロット管理などのオプション機能も豊富です。利用者のニーズに合わせたカスタマイズも可能であり、システムを熟知した営業担当・SEが要望に合わせた提案を行います。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
オンプレミス(パッケージ)
クラウド(SaaS)
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
入出庫管理機能
在庫の倉庫間移動管理機能
在庫の引当管理機能
ピッキングリストの作成機能
機能一覧を見る
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実績班長

テクノシステム株式会社
要問合せ
料金プラン一覧を見る
上場企業導入実績あり

「実績班長」の在庫管理システムは、製造現場の生産管理システムの機能の1つで、生産ライン上の入出庫を得意としています。単一品番の在庫数表示や各品番ごとの出荷状況の確認も可能です。在庫数の偏移を細かく把握することができ、生産管理上の分析にも有効的に活用できます。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
オンプレミス(パッケージ)
クラウド(SaaS)
入出庫管理機能
棚卸の管理機能
バーコードでの在庫管理機能
QRコードでの在庫管理機能
ハンディターミナル連携機能
機能一覧を見る
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ExeQuint

株式会社センチュリーシステムズ
要問合せ
料金プラン一覧を見る

「ExeQuint」は、経済産業省から情報処理機関として認定された企業が提供する在庫管理システムです。商社・卸売向け販売管理システムとして高い評価を受けています。また、さまざまな業種に対応できる豊富な機能を搭載しており、各企業に合わせたカスタマイズも可能です。

主な機能
メールサポートあり
オンプレミス(パッケージ)
入出庫管理機能
在庫の倉庫間移動管理機能
在庫の引当管理機能
棚卸の管理機能
セット品の管理機能
受注管理機能
販売管理機能
機能一覧を見る
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キャムマックス

株式会社キャム
50,000 初期費用 要問合せ
料金プラン一覧を見る
トライアルあり

「キャムマックス」は、POS・EC・販売管理・購買・在庫・倉庫管理・財務会計・経費精算といった標準機能が充実しています。そのため、カスタマイズすることなく一元管理が可能です。また、API連携が豊富なため、拡張性の高い運用ができます。

主な機能
導入支援・運用支援あり
メールサポートあり
電話サポートあり
クラウド(SaaS)
モバイルブラウザ(スマホブラウザ)対応
冗長化
通信の暗号化
IP制限
入出庫管理機能
在庫の倉庫間移動管理機能
機能一覧を見る
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在庫管理システムの選定ポイント

ここからは、在庫管理システムを選定する時のポイントを3つ紹介します。

目的で選ぶ

在庫管理システムを選ぶ際は、導入目的を明確にしておきましょう。なぜなら、導入する目的によって適切なシステムやカスタマイズが異なるからです。例えば、「発注ミスを減らしたい」「リアルタイムで在庫を管理したい」などを洗い出しておくといいでしょう。課題点が明確であれば、自社に合った在庫管理システムを選定しやすくなります。

料金で選ぶ

在庫管理システムを導入する際は、導入に必要な料金から選ぶこともできます。在庫管理システムの料金は、月額固定タイプや月額従量課金タイプなどがあります。また、クラウド型やオンプレミス型、パッケージ型などの導入形態によっても料金が異なるため、予算・導入期間などをあらかじめ決めておくと、よりスムーズに製品の選択が可能です。

サポート体制で選ぶ

在庫管理システムを選ぶ時は、サポート体制を確認しておくことも重要です。なぜなら、導入後に管理項目やカスタマイズを追加・変更する可能性があるからです。特に、特殊性が高い業界は追加の対応が必要な場面があるかもしれません。また、導入前の使い方セミナーや緊急時対応、活用支援サポートなどが受けられるか確認しておくといいでしょう。

企業が必要とする機能の上位は「在庫情報の一元管理」「入出荷管理」など

PRONIアイミツSaaS(当社)が2025年5月~10月に実施した独自調査では、企業が在庫管理システムに求める機能は「在庫情報の一元管理」が94%、「入出荷管理」が 89% 、「棚卸・ハンディターミナル機能」が77%という結果でした。

在庫管理システムに求める機能
クリックで拡大
※2025年5月~10月の期間において、PRONIアイミツSaaS(当社)の利用ユーザーを対象とした独自調査を実施。本調査結果を引用・転載される際は、必ず引用元情報(「PRONIアイミツSaaS」および記事URL)を明記ください。

この調査結果から、企業の多くが在庫情報の一元管理や入出荷管理といった基本機能に加え、「棚卸・ハンディターミナル機能」など現場での作業効率化を重視していることがわかります。 在庫管理はオフィスだけでなく、倉庫や店舗など現場でリアルタイムに情報を扱う必要性が高まっており、現場担当者が直接操作できる仕組みへの期待が大きいといえるでしょう。

そのため、在庫管理システムを選定する際には、在庫情報の管理だけでなく、ハンディターミナルやモバイル端末での操作性やデータ連携といった点も考慮し、自社に必要な機能を整理してみてください。  

在庫管理システム導入時の注意点

在庫管理システムの導入にあたって注意点が2つあります。

使いやすさを確認しておく

在庫管理システムを導入する前に、使いやすさを必ず確認しておきましょう。その理由は、業種や業界で使いやすいサービスが違うからです。例えば、基本機能の使いやすさやカスタマイズ性などの確認が必要です。導入後も管理項目の変更や機能追加に対応できるかも忘れずチェックしておくといいでしょう。

自社に合ったサービスを確認する

導入する在庫管理システムが、自社に合ったサービスなのか確認しておきましょう。なぜなら、在庫管理システムには物流・倉庫・ECサイト向けなど、さまざまな種類があるからです。例えば、在庫管理システムの導入目的を明確にしておくと、自社に合ったサービスであるかを確認しやすくなります。導入後のミスマッチを減らすためにも、自社に合ったサービスであるか確認しておきましょう。

まとめ

在庫管理システムには、倉庫管理、製造、物流、ECサイト向けなどさまざまなサービスがあります。また、カスタマイズや他社システムとの連携が可能なものも多く、「どの在庫管理システムを選べばいいのかわからない」という方も多いのではないでしょうか。

「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った在庫管理システムが分かる診断(無料)ができます。

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PRONIアイミツ編集部

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