インボイス制度に対応した請求代行サービスおすすめ10選

目次
• インボイス制度で請求書発行はどう変わる？
• 適格請求書（インボイス）に必要な記載事項
• 【比較表】インボイス制度に対応した請求代行サービス
• 【2025年最新】インボイス対応の請求代行サービスおすすめ10選
• 請求代行サービスの選び方
• まとめ：請求代行サービスを導入して、業務効率化を実現しよう

インボイス制度で請求書発行はどう変わる？

2023年10月1日に施行されたインボイス制度は、売手が買手に対して正確な適用税率や消費税額等を伝えるために作られた法律です。登録事業者である売手は、買手からインボイスを求められた際に適格請求書の交付を行う義務があります。

適格請求書が求められる理由は、買手が「仕入税額控除」の適用を受けるため。仕入税額控除とは、売上で受け取った消費税額から仕入で支払った消費税を差し引きすることです。売手が要件を満たした適格請求書を発行すれば納付する消費税額を正しく計算できますが、要件を満たさなければ本来の納付額以上の消費税を納めることになります。

つまり、買手に不利益を与えないためにも、売手は適格請求書（インボイス）と認められる請求書を発行する必要があります。

適格請求書（インボイス）に必要な記載事項

適格請求書（インボイス）として扱うには、以下の記載事項が必要です。

これらの要件を満たした適格請求書の発行に加え、修正した場合の再発行や値引き・返品時の適格返還請求書（返還インボイス）にも対応しなければいけません。いずれも消費税額の計算が複雑になるため、ミスなく進めるには多くの時間を要します。

なお、Sansan株式会社がインボイス制度開始直後の2023年11月に行った実態調査によると、適格請求書判定の対象となった請求書のうち約2割（19.9％）、5件に1件の請求書で不備があったとのこと（※調査対象：同社が提供する請求管理システムBill Oneに取り込まれたデータ）。また、不備が多かった項目は下記の通りです。

的確請求書で不備が多かった項目TOP5
1位：適用税率の記載がない（38.9%）
2位：税率ごとに区分した消費税額の記載がない（21.5%）
3位：税率ごとに区分して合計した対価の額の記載がない（11.3%）
4位：消費税額の計算に誤りがある（9.6%）
5位：取引年月日の記載がない（6.3%）

インボイス制度開始によって複雑化した請求業務に間違いなく対応するのは難しく、自社や取引先企業のミスが原因で業務がひっ迫しているケースもあるようです。その解決手段としておすすめなのが、インボイス制度に対応した請求代行サービスです。適格請求書の発行はもちろん、再発行や適格返還請求書（返還インボイス）もすべて代行してもらえます。手間のかかるインボイス発行がなくなり、経理担当者の負担を大幅に削減できます。

PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った請求代行サービス（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

【比較表】インボイス制度に対応した請求代行サービス

ここからは実際に、インボイス制度に対応した請求代行サービスを比較します。料金や導入実績数を比較した表をご覧ください。

【2025年最新】インボイス対応の請求代行サービスおすすめ10選

2025年現在、インボイス制度に対応した請求代行サービスおすすめ10選を紹介します。各サービスの特徴やおすすめポイントもまとめているので、ぜひ選定時の参考にしてください。

以上、インボイス制度に対応したおすすめの請求代行サービスを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、請求代行サービス選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのツールがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

請求代行サービスの選び方

インボイス制度に対応した請求代行サービスは種類が多く、代行できる範囲もさまざま。より最適なサービスを選ぶには、以下の内容を押さえることが重要です。

インボイス制度に対応した請求代行サービスの選定にあたり、必ず押さえておきたいのが委託できる業務範囲。適格請求書の発行だけでなく、入金確認や消込、売掛管理、督促、与信審査などがどこまで対応できるのか確認が必要です。委託したい業務をカバーできなければ、十分な導入効果が得られません。

まずは、現状の課題を洗い出し、委託したい範囲を明確にしましょう。請求代行サービスではBtoB（企業間）だけでなく、BtoC（一般消費者）の決済業務も含めて対応できるサービスがあります。さらに、未回収時のリスクを考慮するなら与信審査や入金保証も外せないポイントです。

代行を委託したい請求業務は「代金回収」が1位

PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、企業が代行をお願いしたい請求業務は「代金回収」 が20%と最も多い結果に。次いで、「入金督促」が18%、「入金管理」が15%でした。

上記の調査結果から、請求業務の中でもとくに心理的負担が大きい「代金回収」や「入金督促」を委託したい企業が多いことが分かります。こういった業務を請求代行サービスに委託することで、ストレスを軽減できるだけでなく資金回収ができないリスクに備えることができるでしょう。

インボイス制度に対応した請求代行サービスの選定では、支払い方法の種類も重要です。決済方法が限られる場合、商談先によっては契約に至らないケースもあります。ビジネスの間口を広げるためにも、あらゆる支払い方法に対応できるサービスがおすすめです。

また、支払い方法が充実すれば、取引先の囲い込みにも有利です。たとえば、これまで銀行振込のみとされていた決済が、じつは取引先には「手数料がかかる」「不便だ」と思われるものだったかもしれません。口座振替やクレジットカード決済など複数から選べることで、積極的に取引してもらえる可能性があります。

導入効果を高めるための重要な要素の1つが自社システムとの連携性。連携方法にはいくつかありますが、API連携なら入力・管理にかかる手間を大幅に削減できます。

たとえば、営業部門で使われるSFA（営業支援システム）やCRM（取引先管理システム）と連携できれば、商談情報をもとに、インボイスに対応した形式で請求データの登録が可能です。取引先名や請求金額が自動で反映されるため、経理担当者が作業することなく決済業務を委託できます。

また、会計システムとの連携では、仕訳の自動作成が可能です。売掛金の計上や入金消し込みが自動反映されるため、経理担当者の負担軽減につながります。

より詳しい選び方やおすすめサービスは、別記事「請求代行サービスを徹底比較」で解説していますので、ぜひ合わせてご覧ください。

まとめ：請求代行サービスを導入して、業務効率化を実現しよう

請求業務では、請求書の発行や送付、代金回収、入金消込、与信管理といった多くの作業が発生します。加えて、インボイス制度への対応もあり、経理担当者はこれまで以上の負担を感じていることでしょう。

請求代行サービスを導入すれば、適格請求書（インボイス）の発行、及び請求に関わるすべての代行依頼が可能です。与信管理や入金リスクへの保証もあるため、効率的な請求業務を実現できます。

とはいえ、数ある請求代行サービスを比較して自社のニーズに合ったものを選ぶのは大変です。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った請求代行サービスが分かる診断（無料）ができます。