部門別の管理機能がある会計ソフトおすすめ13選【2025年最新】

目次
• 会計ソフトの部門別の管理機能とは
• 部門管理機能を搭載する会計ソフトのメリット
• 部門別の管理機能を搭載した会計ソフトの選び方
• 【比較表】部門管理機能を搭載した会計ソフト
• 【2025年最新】部門別の管理機能がある会計ソフトおすすめ13選
• まとめ：部門管理ができるシステムで部門別会計を行おう

会計ソフトの部門別の管理機能とは

会計ソフトは、 会社のお金の流れを管理・集計し、会計処理を効率化するソフトウェアのこと。会計ソフトにおける部門別の管理機能とは、「営業部門」「マーケティング部門」「製造部門」「人事部門」のように、部門・チーム別に売上高や固定費、経常利益などを管理できる機能です。  

部門別の管理機能が搭載されている会計ソフトは、多くの場合「費用の配賦」を行うことが可能です。店舗や部署といった自社の管理したい区分けが増えてきた場合、部門共通の費用を適切に振り分ける「配賦」を行うことで、それぞれの損益をしっかり把握・管理できます。  

なお、会計ソフトによっては、「部門別」だけではなく「プロジェクト別」「グループ会社別」など、さまざまな区分で別けた経営管理を行うことができます。階層別の設定や、親部門・子部門の設定可能な会計ソフトもあります。柔軟な区分設定が可能な会計ソフトは、企業ごとの管理体制に沿った運用が可能なため、現場に即した使い方ができるでしょう。

部門別の管理機能は、規模が大きくなり始めた会社・企業は特におすすめの機能であると言えるでしょう。

上場を目指す企業が対象となるIPO審査では、部門別の損益管理体制が整備されているかが重要な評価項目となります。部門単位で収益性やコストを把握・分析できる体制は、業績予測の信頼性や内部統制の有効性を高め、証券会社や監査法人からの評価にも直結します。上場後の四半期開示や経営説明責任にも対応するため、早期からの導入が不可欠です。

部門管理機能を搭載する会計ソフトのメリット

部門管理（部門別の管理）機能を搭載する会計ソフトのメリットとしては、以下のようなものが挙げられます。

部門別の管理機能を活用することで、部門別の収支をわかりやすく把握することが可能になります。 「どの部門がもっとも利益をあげているか」「投資すべき部門はどこなのか」「コスト削減を意識すべき部門はどこなのか」といった、業務の成長や改善に関わるポイントを容易に把握できるようになるため、会社の経営判断につなげられ、利益向上に大きく貢献するでしょう。

部門別の収支がはっきりするので、責任範囲が明確になることもメリットです。これにより、各部門にコスト意識が生まれることが期待できます。全社的な目標の達成にも有効です。コストを削減し、利益を伸ばすことは経営を成長させる基本です。管理機能を活用して部門別の数字を「見える化」することで、社員一人ひとりにその基本を理解してもらえるでしょう。

部門別に収益性や費用構造を可視化することで、利益を生まない部門への過剰投資を防ぎ、経営資源を優先順位の高い部門へ的確に配分できます。限られた人員や予算を最適化することで、企業全体の生産性向上や利益最大化にも寄与します。戦略的な意思決定を支えるデータ基盤として、会計ソフトの部門管理機能は大きな効果を発揮するでしょう。

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部門別の管理機能を搭載した会計ソフトの選び方

部門別の管理機能を搭載した会計ソフトの選び方を解説します。

企業規模が大きくなるにつれて、組織が複雑化していきます。そのため、階層別の仕訳に対応できるような機能は重要でしょう。例えば、「営業本部＞営業二課＞支店営業部」といったように、複数階層で管理できれば、経営分析の粒度を高めることができます。取引先や仕訳も、チーム・部門単位で自動で設定することも可能。わざわざ、部門ごとに会計データ管理をする必要がありません。

また、上場準備企業や多店舗展開をしたい企業など、事業単位での意思決定が求められる場合には、「階層ごとの損益を把握できる機能」が戦略的な経営判断に直結します。導入前に、自社の組織体系に柔軟に対応できるか確認しましょう。

作成した損益計算書や貸借対照表などの会計データを部門別に表示が出来るかも重要です。部門別の財務諸表表示に対応した会計ソフトは、部門別に試算表や月次推移の確認が可能なため、部署事の売上や取引情報を一括で管理ができます。

これにより、各部門の収益性や財務健全性を立体的に把握することが可能となり、成長部門への投資判断や、リスクの高い部門への対策も迅速に行えます。将来的に詳細な財務分析が必要な企業ほど、こうした機能の有無を重視しましょう。

部署に共通する費用が支給されている場合に、それぞれの部署に適切に振り分ける「配賦（はいふ）」を行います。会計ソフトには部署ごとの損益を確認し配賦を行う機能が搭載されているものがあります。予算の割り振りを行いたい場合は配賦機能は重要でしょう。

なお、「配賦機能」は、本社経費や共通費といった複数部門にまたがる費用を正確に按分できるため、部門別損益管理の精度を左右します。例えば、従業員数や売上高などの基準に応じて費用を自動で部門別に配賦できれば、より実態に即した原価計算が可能です。

これにより、部門間での利益の偏りや不公平感を防ぎ、経営判断の公平性を担保できます。配賦ロジックの柔軟性や自動化の度合いも、比較ポイントとして押さえておきましょう。

部門別管理以外の機能の確認・比較も重要です。会計ソフトが搭載する機能はサービスによって大きく異なります。事前に自社の課題を整理し、必要な機能が揃っているかを確認しましょう。

なお、PRONIアイミツSaaS（当社）が2025年5月～9月に実施した独自調査では、企業が会計ソフトに求める機能は「仕訳帳の作成機能」が91%と最も多く、次いで「決算書作成機能」が89%、「クレジットカード明細取込機能」が63%でした。   

この調査結果から、企業は日々の取引記録を正確に管理し、決算までスムーズに進められる機能を重視していることがうかがえます。業務を効率化・自動化できる機能が、ソフト選定のポイントとなると言えるでしょう。  

【比較表】部門管理機能を搭載した会計ソフト

ここからは部門管理機能を搭載した会計ソフトを比較します。

上記比較表をご覧の通り、「freee会計」「マネーフォワード クラウド会計」「弥生会計 Next」「FXクラウドシリーズ」「PCAクラウド会計」は初期費用無料です。上記サービスはすべて、部門管理機能を搭載しています。設定可能な「階層」や「子部門」の数は、各サービスのプランによっても異なるため、各サービスのプランを機能と料金で比較することをおすすめします。

部門別の管理機能がある会計ソフトのサービスは複数あり、各社を比較するのは大変です。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った会計ソフト（最大6社）をご案内可能です。1社1社に問い合わせる手間・ツール選びの時間を大幅に節約できるため、ぜひ一度お試しください。

【2025年最新】部門別の管理機能がある会計ソフトおすすめ13選

ここからは、部門別の管理機能がある会計ソフトおすすめ13選をご紹介します。上述したように、部門別の管理機能は経理担当者や経営者だけでなく、社員一人一人のためにもなる機能です。そのほかに搭載する機能なども確認しながら、導入を検討していきましょう。

別記事「2025年最新のおすすめ会計ソフト」では、管理機能も含め機能が豊富なおすすめ会計ソフトを紹介していますので、合わせてご覧ください。

まとめ：部門管理ができるシステムで部門別会計を行おう

会計ソフトを選ぶには、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で会計ソフトを比較できます。指定の連携ツールや無料プランの有無など、あなたの会社に最適なサービスを機能1つから探すことができます。
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