農業会計ソフトおすすめ9選を比較！確定申告を効率化

目次
• 農業経営における会計の課題
• 農業経営者が会計ソフトを利用するメリット
• 【比較表】農業経営向け会計ソフト
• 【2025年最新】農業向け会計ソフトおすすめ9選
• 会計ソフトの選び方
• 農業経営への会計ソフト導入事例
• まとめ：農業経営の青色申告を会計ソフトで効率化

農業経営における会計の課題

農業経営において、会計業務は避けて通れない重要な作業です。しかし、農業経営にはさまざまな会計の課題が存在します。ここでは、農業経営における会計の課題を整理し、主な悩みを解説します。

農業は、ほかの業界に比べて極端に外部雇用の少ない業界です。一般企業のように、会計を管理する経理部が存在する、というような構造は採用されていません。農業という仕事上、多くが都市部以外に拠点を構えている事業者が大多数。周辺の人口も少なく採用が難しいこともあり、多くが個人や家族などの小規模事業者として経営しています。

その場合、本業に専念するために人員を割かなければならず、会計のようなバックオフィス業務を管理する人員が不足する傾向があります。本業の忙しさから会計業務になかなか手をつけられず、確定申告前になってやっと1年分の取引を会計ソフトに入力していくという事業者も多いかもしれません。

農業経営では、一般企業と異なる会計処理が求められる場面が多く存在します。例えば、作物ごとの原価計算や、収穫時期と販売時期が異なることによる収支のズレ、農業特有の補助金処理などが挙げられます。

これらに正確に対応するためには、農業簿記の知識が必要となりますが、多くの農業従事者にとっては専門外であり、会計処理が負担になっていることが課題です。また、紙ベースでの記帳や計算ミスによるトラブルも起こりやすく、青色申告の要件を満たす帳簿管理にも手間がかかります。

こうした課題を解消するには、会計ソフトの導入がおすすめです。会計ソフトとは、会社のお金の出入りを記録・集計できるソフトウェアのこと。帳簿や決算書の作成を自動化でき、手作業による入力ミスや手間を大幅に軽減します。

会計ソフトではさまざまな業務を自動化できるため、少ない人員でも会計業務を進められます。また、農業会計に特化した会計ソフトであれば、農業特有の勘定科目や農業所得の計算に対応した機能があるため、さらに便利に活用できます。

MM総研のアンケート調査によると、中小企業における会計ソフトの利用率は50%を超え、会計業務への会計ソフトの利用が主流です。

会計ソフト導入の目的としては「経理・会計業務にかかる人件費の削減」が最も多く、業務効率化を目指す小規模企業にも人気です。

農業経営者が会計ソフトを利用するメリット

農業経営では本業が忙しい上に人員も少ないため、会計業務に時間や人員を割けない傾向があります。こういった農業経営者にとって、会計ソフトを利用することには大きなメリットがあります。ここでは、主なメリット5つを解説します。

農業経営者は会計ソフトを利用することで、記帳や帳簿作成といった煩雑な会計作業を効率化できます。会計ソフトでは、仕訳や記帳のほとんどを自動化することが可能。手書きで行っていた面倒な処理が大幅に省力化されます。

日々の業務で時間を取られていた記帳作業から解放され、本来の業務である農作業や販売活動に注力できることは大きなメリットです。とくに忙しい収穫期や出荷時期でも、正確なデータ管理が行えるため、経営の安定にもつながります。

さらに、銀行口座やクレジットカードの情報を会計ソフトと連携すると、取引が自動で入力されていくこともメリット。農業ならではの勘定科目も、初期設定で簡単な登録を済ませれば、そのあとは自動で入力が可能です。

会計ソフトを使えば、売上・仕入・経費といった収支データをリアルタイムで集計・可視化できるため、自身の農業経営の財務状況を正確に把握できます。現状の損益や固定資産の状況を見える化し、来季の設備投資や作付けの計画を数値に基づいて判断できるようになります。

また、月次・年次のレポートやグラフ機能により、収支の傾向を把握しやすくなり資金繰りの検討にも役立ちます。経営判断のスピードと精度が向上し、将来に向けた持続的な経営戦略を立てやすくなるでしょう。さらに、農業簿記に対応する会計ソフトでは、作物ごとや圃場（ほじょう）ごとの収支管理ができる機能もあり、「どの作物がどれだけ儲かっているか」などの採算の分析や管理も可能です。

青色申告特別控除65万円の適用を受けるには、複式簿記での正確な帳簿作成とe-Taxによる申告（または優良な電子帳簿の保存）などが求められます。会計ソフトを導入することで、必要な仕訳や貸借対照表、損益計算書などを自動作成でき、書類の整合性や形式を保つことが可能です。e-Taxに対応したソフトも多く、帳簿作成から電子申告まで完結できます。また、青色申告をすることで赤字の繰越や減価償却計算にも対応できるようになり、節税面でも大きなメリットがあります。

クラウド型の会計ソフトであれば、常に最新の法令に則した帳簿作成ができます。法律の改定があった際、最新のルールに則らなければ正確な帳簿作成はできません。手作業で、あるいはExcelや古い会計ソフトで会計業務を行っている場合はかなりの負担となるでしょう。しかし、クラウド型の会計ソフトは法改正に伴って、システム側で自動でアップデートされるため、最新の法令に沿って会計業務を進められます。

農業経営では、機械導入や施設整備のために補助金や融資を活用する場面が多くあります。こうした申請には、損益計算書や貸借対照表、収支計画書などの正確な財務資料の提出が求められます。会計ソフトを導入していれば、補助金や融資に必要な書類をスピーディーかつ簡単に出力でき、申請準備にかかる時間と負担を大幅に軽減できます。審査に必要な要件をスムーズに満たせるようになるため、資金調達のチャンスを逃さず、経営の安定化や成長にもつなげやすくなります。

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【比較表】農業経営向け会計ソフト

ここからは農業経営向けの会計ソフトを、機能や料金で比較します。導入形態・対応する事業規模も一覧化していますのでぜひ参考にしてください。

上記比較表をご覧の通り、農業向け会計ソフトの導入形態は「クラウド型」と「インストール型」の2通りです。クラウド型の多くは初期費用無料で、月額料金3,000円ほどで導入が可能。インストール型はいわゆる買い切りタイプのものが多く、月額料金は発生しません。ただし、「らくらく青色申告 農業版」は、2年目以降は更新料として年額5,500円　（税込）が発生します。

【2025年最新】農業向け会計ソフトおすすめ9選

ここからは、農業経営向けの会計ソフトにもおすすめ9選を紹介していきます。どれも農業所得向けの決算書を簡単に作成することができるため、会計業務をスムーズに進めたい農業経営者の方はぜひ参考にしてください。

以上おすすめの農業会計ソフトを紹介しました。「まず候補を絞りたい」という担当者はぜひPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合った会計ソフトが分かる診断（無料）ができます。

会計ソフトの選び方

会計ソフトを選ぶポイントは、以下の5つです。

農業経営では、一般的な会計処理とは異なる独自のルールや分類が存在するため、農業簿記に対応した会計ソフトを選ぶことがおすすめです。たとえば、作物別の収支管理や、収穫期と販売期のずれを考慮した会計処理など、農業特有の仕訳に対応しているかが選定のポイントとなります。

農業簿記3級・2級に沿った帳簿形式に準拠しているソフトであれば、青色申告時にも安心して利用できます。また、農協との連携を視野に入れるなら、JA推奨の会計ソフトを選ぶのも良いでしょう。

農業経営において正確な確定申告を行うには、農業所得の計算に対応した機能がある会計ソフトを選ぶ必要があります。農業所得は、事業所得と異なり「生産物の販売収入−必要経費」で算出されるため、特有の勘定科目や仕訳形式に対応しているかを確認しましょう。

農業従事者の多くは、会計や簿記の専門知識を持たないケースが一般的です。そのため、会計ソフトを選ぶ際は、直感的に操作できるインターフェースや、専門用語を極力使わずに入力できる機能があるかを確認することが大切です。

たとえば、日々の取引を「現金で肥料を購入」といった自然な言葉で記録できる形式や、自動で仕訳が行われる機能があると、初心者でも安心して利用できます。導入前に無料トライアルを利用し、操作性をチェックすることをおすすめします。また、操作に迷ったときのために、ヘルプガイドやチャットサポートといった導入後のサポートが充実しているかも、重要な比較ポイントです。

確定申告の手間を減らし、税務署への提出を効率化するには、e-Taxに対応した会計ソフトの導入がおすすめ。e-Taxは国税庁が提供する電子申告システムで、自宅からオンラインで申告を完了でき、紙での提出に比べて時間と労力を軽減できます。

e-Tax対応の会計ソフトであれば、青色申告決算書や収支内訳書、確定申告書Bなどの必要書類を自動で作成し、そのまま提出まで完了できます。電子帳簿保存法にも対応しているソフトであれば、帳簿の保管や提出にも対応しやすくなります。

会計ソフトの導入形態は「クラウド型」と「インストール型」に分けられます。

クラウド型は、常に最新バージョンが利用でき、スマートフォンやタブレットからもアクセス可能。PCを開かなくてもスマホから入力や確認ができ、外出先でも利用できることが特徴です。

一方、インストール型はネット環境が不要で、通信によるデータ漏洩リスクを避けたい方に適しています。ただし、法改正への対応やデータのバックアップは手動になることが多いため、手間が増えることが懸念点です。使用環境やセキュリティの考え方に応じて、自社に最適なタイプを選びましょう。

農業経営への会計ソフト導入事例

ここでは、農業経営に会計ソフトを導入して成功した事例を紹介します。

86ヘクタールもの農地を利用する農事組合法人が、会計ソフトを導入して会計報告や会計監査、経営判断に活用している事例を紹介します。

この会社は農事組合法人で、国や県による補助も受けているため、確定申告とは別で、毎年「報告義務」や「会計監査」がありました。農業特有の勘定科目に対応していることに加えて、こういった報告にスムーズに対応できる会計ソフトを必要としていました。

そこで、必要な勘定科目をニーズに応じて設定できる弥生会計 25を導入。事業形態に合わせ柔軟に運用・アレンジできること、加えて、誰にでも操作しやすいこともポイントでした。仕入れの補助科目に「水稲」や「ビール麦」などの作物の科目を作り、その中に農薬・肥料を振り分けるといった部門管理を行っています。作物別に部門管理することで、「水稲には農薬がいくらかかったか」 も把握でき、経営判断に活用できているとのこと。

また、補助金の年度報告義務、毎年の会計監査へのデータ提出にも弥生会計 25を活用し、スムーズな書類提出を実現しています。

10名以下の法人農園にクラウド会計ソフトを導入し、農業経営に集中できる環境を整備できた事例を紹介します。

この農園では、スタッフ一人一人に生産原価の予算を渡して業務を行っており、リアルタイムでスムーズな情報共有が重要でした。そこで、リアルタイムのレポート機能があるマネーフォワード クラウド会計を導入。リアルタイムに反映されるレポート機能を活用することで、スピーディーに経営判断ができるようになりました。

実施した施策の費用対効果を収益レポートで確認でき、改善する必要がある場合にはすぐに別の施策に切り替えができているとのこと。このサイクルを繰り返すことでユーザーニーズを明確にし、商品力の強化に取り組んでいると語ります。農業経営者が「本来やるべきこと」に集中できる環境を整備できた成功例です。

最後に、個人農園がクラウド会計ソフトを導入し、会計処理時間を6分の1にした事例を紹介します。以前は、経営者自らインストール型の会計ソフトを使い、毎年確定申告前の2ヵ月で1年分の取引をまとめて入力していたとのこと。特定のPCでしか作業ができないために、別のスタッフに経理業務を任せるにはPCを貸す必要があり、非常に不便だったといいます。端末やOSから解放されることを重視し、複数デバイスやMacでも利用可能なクラウド型のfreee会計を導入。

結果的に、経営者は経理業務から解放され、現場の仕事に集中できるようになりました。freeeが得意とする自動仕訳・同期といった機能により、取引全体の90％近くは自動で記帳できているといいます。販路拡大で取引量が急増したにも関わらず、会計処理にかかる時間は従来の6分の1程度になったとのことです。

まとめ：農業経営の青色申告を会計ソフトで効率化

会計ソフトを選ぶには、各サービス・製品の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。PRONIアイミツでは、さまざまな条件で会計ソフトを比較できます。指定の連携ツールや無料プランの有無など、あなたの会社に最適なサービスを機能1つから探すことができます。
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