会計ソフトで複数事業を管理する方法をわかりやすく解説

目次
• 2ヵ所以上から収入がある個人事業主の確定申告
• 複数の事業がある状態とは
• 事業所得とは
• 事業所得には当てはまらない所得の例
• 複数事業を営む個人事業主には会計ソフトがおすすめ
• 複数事業における会計ソフトの使い方
• 会計ソフトを利用する際の注意点
• 【比較表】複数事業向け会計ソフト
• 【2025年最新】複数事業向け会計ソフトおすすめ5選
• まとめ：複数事業の確定申告を会計ソフトで効率化

2ヵ所以上から収入がある個人事業主の確定申告

個人事業主のなかには、複数の事業を運営している方や、個人事業を経営しながらアルバイトをしている方など、2ヵ所以上から収入を得ている場合もあるでしょう。2ヵ所から収入がある場合、決算書や確定申告の書類を分けなければならないケースもあれば、まとめて記載できるケースもあります。

2ヵ所以上から収入を得ている個人事業主の確定申告の方法を、4種類のパターン別に解説しましょう。

個人で複数の事業を運営している場合、決算書はまとめて作成します。個人事業ごとに複数の決算書を作成してしまうと、確定申告で不備が発生してしまう恐れも。確定申告の際には、1つの決算書に合計した金額をまとめて記載します。

業績を管理する上では、事業ごとに管理した方が分析しやすいです。会計ソフトで個人事業ごとに別々に管理しておき、確定申告の際に各事業の業績をまとめるとよいでしょう。

1つの事業以外に不動産所得がある場合、不動産所得と事業所得で決算書を分けなければなりません。事業所得の決算書に、不動産所得の金額や必要経費を記入しないように注意しましょう。不動産所得の決算書は、専用の書式が用意されています。複数の不動産所得がある場合は、不動産専用の決算書にまとめて記入しましょう。

不動産所得は、会計ソフト上でも事業所得と分けて管理する必要があります。青色申告特別控除がある場合は、不動産所得を優先して控除します。

1つの事業以外に給与所得がある場合、給与所得と事業所得の決算書を分ける必要があります。給与所得は、給与収入から給与所得控除を減算して算出。給与所得控除の金額は、給与所得の金額によって変化します。給与所得が162万5,000円以下の場合、55万円の給与所得控除が適用されます。事業所得は、収入金額から必要経費と青色申告特別控除を減算して算出。

1つの事業以外に給与所得がある場合は、会計ソフトでも別々で管理する必要があります。

1つの事業以外に雑所得がある場合も、事業所得と雑所得を分けて決算書を作成しなければなりません。所得区分が異なるため、必要経費や収入金額を同じ決算書にまとめることはできないのです。申告の際は確定申告書の第2表に、雑所得の必要経費や収入金額を記入します。事業所得と雑所得の合計を、確定申告書の第1表に記入すれば申告書の作成は完了です。

1つの事業以外に雑所得がある場合は、会計ソフトでも別々で管理しなければなりません。

複数の事業がある状態とは

複数の事業がある状態とは、飲食店を経営しつつ不動産収入も得ている状態や、マッサージ店を経営しながらライターとして活動するなど、複数の個人事業を営んでいる状態を指します。Webサイトを知人と共同で運営しながらWebデザイナーとして活動している場合も、複数の事業がある状態です。

共同で事業を運営している場合、共同運営者全員が個人事業主として個別に登録を行い、売り上げを折半するケースもあれば、1人がほかの運営者に仕事を発注するケースも。個人事業から得た収入は、事業所得と呼ばれます。複数の個人事業を営んでいる場合、事業ごとに屋号をつけることも可能です。複数の事業がある場合、確定申告ではすべての事業所得を合計した金額を申請します。

事業所得とは

事業所得とは、山林所得や不動産貸し付けなどを除く、以下の事業から得た所得を指します。

事業所得とは、事業を運営して得た所得です。事業に相当な時間を費やしている、継続的に安定して所得を得られるなどの要素をもとに、事業所得に当てはまるかどうかが判断されます。

小売業やサービス業などを運営しているものの、事業所得に当てはまらないと判断された場合は雑所得です。事業所得と雑所得の区別については、明確な基準が設定されているわけではありません。どちらの所得に分類されるかは、税務署の判断次第です。税務に詳しくない場合は、税理士などの専門家に確認した方がよいでしょう。

事業所得には当てはまらない所得の例

事業所得に似ている所得として、不動産所得や給与所得、雑所得などが挙げられます。所得税法によって、区分されている所得の種類は以下のとおりです。

上記の通り、所得税の対象となる所得は、事業所得を含めて全部で10種類に区分されます。ここでは不動産所得と給与所得、雑所得の特徴について解説しましょう。

不動産所得は、大きく以下の3種類に分類されます。

不動産所得の金額は、賃貸収入や公益費などを合計した総収入金額から、必要経費を減算して算出します。不動産所得の申請では、固定資産税や損害保険料、修繕費、減価償却費などが必要経費として認められています。

給与所得は、勤務先から支払われる給与や賞与などの所得を指します。給与所得は、源泉徴収される前の収入金額から給与所得控除額を減算して算出。給与・賞与だけではなく、勤務先から得た以下の経済的利益も含まれます。

上記3つの利益は現物給与と呼ばれ、収入金額に含めなければなりません。

雑所得には、副業で得た所得や非営業用貸金の金利、公的年金などが該当します。所得税の対象となる所得は、雑所得以外に全部で9種類ありますが、どの所得にも当てはまらない場合は雑所得です。

雑所得の金額は、公的年金などの雑所得と業務にかかる雑所得、その他の雑所得の3つを合計して算出されます。業務にかかる雑所得とは、利益を目的とする継続的な業務によって得た所得です。業務にかかる雑所得は、総収入金額から必要経費を減算して算出します。

複数事業を営む個人事業主には会計ソフトがおすすめ

会計ソフトを活用すれば、事業別の会計や確定申告の手間を軽減できるでしょう。複数の事業を運営しており、所得の種類が複数ある個人事業主には、会計ソフトの導入がおすすめです。

複数事業（複数会社）を営んでいる、あるいは、2ヵ所以上から収入がある場合、確定申告の手間も増えます。所得の種類によって決算書を分けたり、確定申告書を分けたりしなければなりません。所得の種類が少ない場合はExcelなどでも管理できますが、種類が増えてくると管理が困難に。会計が煩雑になれば、確定申告の際に不備が生じる可能性もあります。申告内容に不備があれば、訂正のために時間を割かなければなりません。雑務が増えれば、本業に集中できない可能性も。

会計ソフトでは複数事業の確定申告も効率化できるため、個人事業主にはおすすめです。

青色申告で確定申告する場合は、会計ソフトが必要です。青色申告特別控除額を増やすためには、複式簿記で記帳しなければなりません。簡易簿記とは異なり複式簿記の記帳には手間が掛かるため、会計ソフトを利用した方がよいでしょう。

2019年分の確定申告までは複式簿記を作成すれば、65万円の青色申告特別控除が適用されていました。しかし2020年分以降の確定申告では、原則55万円となっています。65万円の控除を受けるには、e-Taxなどの電子申告で確定申告しなければなりません。青色申告のメリットを最大限に活用するためには、会計ソフトが必須と考えてよいでしょう。

会計ソフトが必要なケースについて先に解説しましたが、個人事業主であれば、かならず会計ソフトが必要になるというわけではありません。事業規模が小さい場合は、会計ソフトは不要と考えてよいでしょう。

事業規模が小さい場合、記帳が簡単な白色申告を選ぶ個人事業主も多いです。白色申告では簡易簿記による記帳でよいため、会計作業の負担を軽減できます。加えて事業規模が小さい場合、会計ソフトを導入するとコストが収益を圧迫する恐れも。

会計ソフトは、小規模な事業での利用には向かいないため、よく考えた上で導入を検討しましょう。会計ソフトを導入する際は、コストと収益のバランスを考慮することが重要です。

複数事業における会計ソフトの使い方

ここでは複数事業における会計ソフトの使い方を4つのステップで解説します。

最初に全体像を整理しましょう。複数の事業を営む個人事業主は、原則として「事業所得同士は1つの決算書に合算して申告」します。そのうえで、日々の管理では事業ごとの売上・経費が分かるように、会計ソフト上で分けて記録しておくのがポイントです。

多くの会計ソフトには「部門」「補助科目」「タグ」など、取引にラベルを付けられる機能があります。これらを使って「Web制作」「ECショップ」「コンサル」など事業ごとに分類しておけば、事業別の損益や原価、経費の内訳をワンクリックで確認できます。最終的にはソフト上で事業別の数字を集計し、その合計を決算書・確定申告書に反映させる流れです。

次に、実務的な事業区分の設定を行います。複数事業を会計ソフトで管理する際は、まず「事業ごとのラベル設計」から始めましょう。たとえば部門名に「A事業：店舗販売」「B事業：オンライン販売」といった名称を設定し、売上・仕入・経費の仕訳入力時に必ず該当部門を選択します。

補助科目を使えば、「広告宣伝費（A事業）」「広告宣伝費（B事業）」のように、同じ勘定科目の中でも事業別に内訳を細かく管理することも可能です。日々の取引をこのルールで登録しておけば、ソフトのレポート機能で「事業別の損益計算書」や「事業別の月次推移」をすぐに出せるようになり、どの事業がどれだけ利益を出しているかを直感的に把握できます。

続いて、データ入力を自動化するステップです。複数事業を行っていると、事業ごとに銀行口座やクレジットカード、決済サービスが混在しやすくなります。会計ソフトを導入する際は、まず「どの口座・カード・サービスがどの事業に紐づくか」を一覧にし、それぞれを会計ソフトに連携しておくのがおすすめ。

事業ごとに口座を分けられるなら、口座単位で事業を区分でき、仕訳の自動ルールもシンプルになります。一方、1つの口座を複数事業で共用している場合は、「振込元・利用サービス名・メモ」などから事業を判別し、自動仕訳ルールで部門やタグを付けておくと、手作業による振り分けの手間を減らせます。

最後に、確定申告での最終統合についてです。会計ソフトで事業ごとに記帳していても、個人事業主の確定申告では複数の事業所得を合算して1つの申告書を作成します。そのため、確定申告前にはソフト上で「事業別の集計レポート」と「全事業合計の損益」を確認し、数字が整合しているかをチェックしましょう。

多くの会計ソフトでは、事業ごとの売上・経費を自動集計したうえで、青色申告決算書や収支内訳書、確定申告書類まで一括作成できます。普段から事業別にラベルを付けて仕訳しておけば、「申告に使う数字は自動で合算」「経営判断には事業別の内訳を参照」という形で、申告と経営管理の両方を効率化できるのが会計ソフト活用の大きなメリットです。

会計ソフトを利用する際の注意点

一口に会計ソフトといっても、機能や操作性、サポートの内容は会社によって異なります。自身のニーズに合わせた会計ソフトを選ばなければ、期待したような効果を得られない可能性も。会計ソフトを選ぶ際は、入力画面のわかりやすさや操作性、決算書の作成方法、ベンダーのサポート体制などを確認する必要があります。会計ソフトを利用する際に、気をつけるべき3つのポイントについて解説しましょう。

会計ソフトを比較する際は、入力画面のわかりやすさや操作のしやすさをチェックしましょう。自身の作業手順に合わない会計ソフトを選んでしまうと、業務効率が低下する原因になる可能性も。仕訳や入力のしやすさなど、会計ソフトの操作性をチェックしましょう。入力画面のわかりやすさも会計ソフトを選ぶ際の重要なポイントです。どこに何を入力すればよいのか一目でわかる会計ソフトを選ぶと、作業効率を高められるでしょう。

会計ソフトを導入する前に、簡単に決算書を作成できるかどうかも確認しましょう。会計ソフトによっては、仕訳を実施した時点でリアルタイムにデータが決算書に反映される場合も。決算書は、業績を評価する上で不可欠な資料です。資料として活用しやすい決算書を作成できる機能が備わっているかチェックしましょう。月単位で業績を確認したいのであれば、期間を指定して決算書を作成できる会計ソフトを選ぶ必要があります。

会計ソフトを選ぶ際はサポートの内容もチェックしましょう。会計ソフトは操作性を考慮して設計されているため、誰でも簡単に操作できます。しかし、導入直後は操作で戸惑う場合もあるでしょう。会計ソフトの操作に自信がない方には、サポートが充実している会社をおすすめします。会社によってサポートの内容や問い合わせの方法も異なるので、導入前にしっかり確認しておきましょう。

【比較表】複数事業向け会計ソフト

ここからは実際に、料金や機能を比較して、複数事業におすすめの会計ソフトを紹介します。人気がある会計ソフト会社のおすすめサービス一覧表をご覧ください。

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【2025年最新】複数事業向け会計ソフトおすすめ5選

ここからは複数事業におすすめの会計ソフト5選を解説します。

まとめ：複数事業の確定申告を会計ソフトで効率化

会計ソフトで複数の事業を管理する方法を解説しました。複数の事業を運営している場合、会計や確定申告が複雑になるケースも。業務が複雑になれば不備やミスも発生しやすいです。会計業務が煩雑になってきたと感じているのであれば、会計ソフトの導入を検討した方がよいでしょう。会計ソフトを選ぶ際は、操作性やサポートなどを確認することが大切です。

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