料金が安いEC一元管理システムおすすめ7選！費用相場も解説

目次
• EC一元管理システムの費用相場
• EC一元管理システムの料金比較表
• 【2025年最新】料金が安いEC一元管理システムおすすめ7選
• EC一元管理システムを導入するメリット
• 料金が安いEC一元管理システムを選ぶ際のポイント
• まとめ：費用を抑えてECサイト運営を効率化しよう

EC一元管理システムの費用相場

EC一元管理システムとは、複数のECサイトをまとめて管理できるシステムです。受注管理・在庫管理・商品登録を1つのシステム上で行えるため、ECサイト運営の負担を大幅に軽減します。ほかにも、顧客への自動メール機能や倉庫管理システムとの連携機能など、ECサイト運営を効率化する便利な機能が豊富です。

近年、EC市場規模は急速に拡大しています。経済産業省の調査によると、2022年のBtoC-EC市場規模は前年比9.91％拡大しており、今後も増加する見通しです。ECの需要は増加していますが、ECサイトの運営には多くの手間がかかります。ECサイト運営を効率化するため、EC市場規模の拡大と共に、EC一元管理システムの導入数も増加すると考えられます。

出典：経済産業省 商務情報政策局 情報経済課「令和４年度 電子商取引に関する市場調査」

EC一元管理システムの導入にあたり、まず気になるのは費用でしょう。ここからは、EC一元管理システムの費用相場について解説します。

EC一元管理システムの導入に必要な費用は、初期費用・月額料金・受注件数に応じた従量課金などがあります。費用構成は以下の通りです。

EC一元管理システムは、サービスによって料金体系が異なります。初期費用が無料で導入できるものや、従量課金がかからないないものなど、さまざまです。自社の予算内で必要なサービスを利用できるように、料金体系を把握した上で比較・検討してください。

EC一元管理システムの導入形態には、「クラウド型」と「オンプレミス型」の2種類があり、料金が大きく異なります。以下は、EC一元管理システムの初期費用・月額料金の相場です。

クラウド型のEC一元管理システムは、インターネットを介して提供会社のサーバーを利用するシステムです。初期費用を安く抑えられますが、月額料金や従量課金などのランニングコストがかかります。安い料金で導入できるため、新規事業者や小規模店舗におすすめです。

一方、オンプレミス型は、自社サーバーにシステムを構築して使用するため、導入する機能によって料金に幅があります。月額料金の内訳は主にシステムのメンテナンスなどにかかる費用です。

オンプレミス型のEC一元管理システムは、初期費用が非常に高いものの、受注件数によってはランニングコストがクラウド型より安くなるケースがあります。主に大企業向けのシステムです。

EC一元管理システムは、プランによって従量課金がかかります。

従量課金とは、月額固定料金とは別に、受注件数や商品登録数に応じて支払う利用料のことです。受注1件当たり5〜30円が相場で、一般的には受注件数が多いほど1件当たりの課金額が安くなるように設定されています。使った分だけ料金がかかるしくみで、月によって受注件数の変動が多い企業や取り扱う商品が少ない企業におすすめです。

また、EC一元管理システムには、登録店舗数に応じて追加料金がかかるサービスもあります。店舗を増やす予定がある企業は、予算を立てる際に注意してください。店舗数が多い企業は、登録店舗数による追加料金がかからないサービスを検討しましょう。

以上、EC一元管理システムの費用相場について解説しました。EC一元管理システムの料金体系は複雑なため、「自社の予算にあった安いEC一元管理システムはどれか」お悩みの方も多いです。「まず候補を絞りたい」という担当者はPRONIアイミツを活用ください。PRONIアイミツでは、以下ボタンより、いくつかの質問に答えるだけで希望要件に合ったEC一元管理システムが分かる診断（無料）ができます。ぜひ一度お試しください。

EC一元管理システムの料金比較表

ここでは、料金が安いEC一元管理システムの導入にかかる費用（初期費用・月額料金）を比較しています。以下の比較表をご覧ください。

（価格は税抜き）

料金が安いEC一元管理システムでは、TEMPOSTAR、ネクストエンジン、CROSS MALL、LOGILESSが初期費用無料で導入できます。GoQSystemの初期費用は30,000円ですが、「フリープラン」では受注件数100件まで初期費用・月額料金が無料のため、受注件数が少ない企業におすすめです。

月額料金は、助ネコ、ネクストエンジン、CROSS MALLでは、5,000円以下と安い料金で運用できるため、ランニングコストを抑えたい企業におすすめのEC一元管理システムです。

【2025年最新】料金が安いEC一元管理システムおすすめ7選

2025年最新比較で、料金が安いEC一元管理システムおすすめ7選を紹介します。各サービスの特徴やおすすめポイントも解説するので、EC一元管理システム選びにお悩みの方はご参考にしてください。

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EC一元管理システムを導入するメリット

ここからは、EC一元管理システムの代表的なメリットを解説します。EC一元管理システムの導入を検討中の方はご参考にしてください。

EC一元管理システムを導入する最大のメリットは、ECサイト運営の効率化です。複数のECサイトの情報を一元管理できるため、受注管理や在庫調整のために各モールの管理画面を行き来する手間がなくなります。各ECサイトで受けた注文は「入金待ち」「発送待ち」などのステータスによって自動で振り分けられ、ひと目で進捗状況の把握が可能。対応漏れや遅延を防止できます。

ほかにも、EC一元管理システムには、複数のECサイトに商品を一括登録できる機能や、顧客へのメールを自動送信する機能など、ECサイト運営を効率化できる機能が豊富です。

EC一元管理システムを導入すると、受注から出荷までにかかる時間と手間を削減し、ECサイト運営にかかる負担を大幅に軽減できます。

EC一元管理システムは、ECサイト運営にかかる負担を軽減できるだけではなく、売り上げのアップを目指すのにも役立つシステムです。

業務の効率化により、受注管理や在庫管理にかけていた時間を短縮できるため、より重要な業務に時間をかけられるようになります。たとえば、空いた時間を利用して、商品企画や販促キャンペーン、新規店舗の出店など、売上拡大に向けた取り組みに注力することが可能。マーケティング戦略を考え、施策を行動に移せます。

EC一元管理システムの導入にはコストがかかりますが、長期的に見ると売り上げアップによる利益が見込めるのです。

EC一元管理システムを導入すると、ヒューマンエラーを防止できるのもメリットの1つです。複数のECサイトの在庫管理を手作業で行っていると、計算間違いや入カミスによる在庫のズレが生じます。特に、取り扱う商品や店舗数が増えると在庫管理業務が煩雑になり、ヒューマンエラーを生じやすくなるでしょう。

EC一元管理システムを利用すると商品の入出荷に応じて在庫数を自動反映できるため、手作業で在庫管理をする必要はありません。「在庫がないのに注文を受けてしまった」「在庫があるのに在庫切れと表示していた」などのトラブルを防げます。

EC一元管理システムには、顧客にメールを自動送信する「メール送信機能」があります。顧客のステータスに応じて、サンクスメールやフォローアップメールを自動で送れる機能で、メールの送り忘れを防止。顧客ひとりひとりに細やかな対応が可能です。

ECサイトでの接客は、顔を合わせたコミュニケーションができないため、メールでのやりとりが印象を左右します。メールの送り間違いや送り忘れがあると、顧客は店の対応に不安を感じるかもしれません。EC一元管理システムのメール機能を利用すれば、適切なタイミングでメールを送れるため、顧客満足度の向上が期待できます。

料金が安いEC一元管理システムを選ぶ際のポイント

EC一元管理システムを導入する際に気になるのがコストの問題ではないでしょうか。自社のニーズに合うEC一元管理システムを導入すると、最低限のコストでも十分な業務改善が可能です。ここでは、料金が安いEC一元管理システムを選ぶ際の比較ポイントを4つ解説します。

EC一元管理システムを導入する際は、他システムや外部サービスとの連携範囲を確認してから導入しましょう。

EC一元管理システムによって、連携できるシステムは異なります。「EC一元管理システムを導入してみたものの、自社に導入済みのシステムと連携できなかった」といった事態にならないよう注意が必要です。すでに導入しているシステムや今後導入したいシステムがあれば、連携可能なものを選びましょう。

自社独自で開発したシステムやECサイトと連携させたい場合は、柔軟なカスタマイズに対応しているEC一元管理システムがおすすめです。

EC一元管理システムを選ぶ際に必ず確認しておきたいのは、対応できるモール・ カートの種類です。

EC一元管理システムのなかには、対応できるモール・カートが限られているものがあります。たとえば、「楽天市場やYahoo!ショッピングには対応できるが、オークションには対応していない」など、サービスによって対応できるモール・カートの種類が異なるため、事前に確認しておきましょう。特に、自社独自のECサイトと連携させたい場合は注意が必要です。

多くのモール・カートに対応していれば安心ですが、対応できる範囲が広いと利用料金が高くなるケースがあります。店舗を増やす予定のない企業は、対応範囲の広さよりも現在利用中のモール・カートに対応しているEC一元管理システムを優先して選び、コストを安く抑えることをおすすめします。

関連記事：EC一元管理システムの対応モール一覧

費用を抑えてEC一元管理システムを導入したい方におすすめなのが、IT導入補助金の利用です。

IT導入補助金は、ITツールを導入する際に補助金を受け取れる制度です。経済産業省が定めた要件を満たすシステムを導入する際に適用されます。どのEC一元管理システムでもIT導入補助金を受けられるわけではないため、注意してください。

IT導入補助金を受けられるかどうかは、各EC一元管理システムの公式サイトやIT導入補助金公式ページから確認できます。IT導入補助金を利用してEC一元管理システムを導入したい方は、事前にご確認ください。

EC一元管理システムを選ぶ際、無料トライアルを利用できるかどうかも比較ポイントの1つです。

本格導入前に無料トライアルやデモで操作感を試しておくと、「コストをかけて導入したものの、イメージと違っていた」「自社の業務フローに合わず、使いづらかった」などの失敗を回避できます。特に、初期費用などのイニシャルコストがかかるEC一元管理システムは、無料トライアルを試してから本格導入するのがおすすめです。

可能であれば、実際にシステムを利用する従業員に試してもらい、使いやすさを確認しておきましょう。事前に操作してもらっておくと、本格導入の際のスムーズな定着にもつながります。

関連記事：無料トライアルのあるEC一元管理システム

以上、EC一元管理システムの選ぶ際のポイントを解説しました。「EC一元管理システムのおすすめ比較」では、より詳しい選び方や2024最新のおすすめシステムを比較しています。こちらもぜひご覧ください。

まとめ：費用を抑えてECサイト運営を効率化しよう

EC一元管理システムは、複数のネットショップをまとめて管理できるため、ECサイト運営にかかる負担を大幅に軽減します。自社のニーズに最適なEC一元管理システムを選べば、費用を抑えながらECサイト運営の効率化が可能です。

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