【2025年最新】年末調整におすすめの経費精算システム3選

目次
• 年末調整とは
• 所得から「控除」されるもの3つ
• 【簡単】年末調整の計算方法
• 年末調整と確定申告の違い
• 年末調整をしても確定申告が必要な場合
• 年末調整について注意すべきポイント3つ
• 年末調整を簡単に！おすすめサービスを紹介
• まとめ：年末調整の仕組みを理解して、損をしないようにしよう！

年末調整とは

年末調整とは、給与所得者の年間給与総額から所得税を確定させ、源泉徴収されていた所得税との差額を精算する手続きです。所得税は年間の所得に対して課される税金です。その対象期間は、1月1日から12月31日までとされており、この間の給与総額をもとに所得税の税額が計算され確定します。

つまり、年末12月の給与と同時に年間の給与総額が確定するため、税額が確定する年末に「所得税の調整・精算」を行うのです。

年末調整の目的は、個々の従業員が本来納めなければならない所得税を再計算して確定させ、すでに支払っている源泉徴収額との差額を調整・精算することです。年末調整の前に、従業員が「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」「給与所得者の保険料控除申告書」を記入・提出し、控除額を申告しなければならないのはこのためです。

年末調整の実施は、基本的に会社の義務であり、従業員自身が手続きする必要はありません。給与所得者を含めた、すべての国民が確定申告しなければならない大部分の国と異なり、年末調整を採用する国は、日本を含めても少数派だといえるでしょう。

基本的には、企業に所属する給与所得者は、年末調整の対象者であるといえます。しかし、すべての給与所得者が対象というわけではありません。年間の給与収入が2,000万円を超える給与所得者、災害減免法などで所得税の猶予や還付を受けている者は、年末調整の対象外となり、自身で確定申告しなければなりません。また、年末調整の対象者であっても、追加で確定申告しなければならないケースもあります。

年末調整によって精算された所得税の結果は、最終的に従業員へ源泉徴収票が発行されます。会社側は、法定調書合計表や給与支払報告書を税務署に提出しますが、期限は年末調整対象年の翌年1月31日です。必然的に、年末調整のスケジュールはこれらの期限を目安に進められます。

一般的には、対象年の11月に従業員へ必要書類の配布を行い、当月中の記入を促し、回収までを行います。上述した「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」「給与所得者の保険料控除申告書」のほかに、保険会社からの控除証明書、転職者の場合は源泉徴収票の回収も必要です。

回収した必要書類をもとに、12月中に年末調整の再計算が行われ、12月もしくは1月の給与支払い時に所得税の過不足が調整される、という流れになるでしょう。

所得から「控除」されるもの3つ

年末調整で再計算される所得税は、すべての給与収入が対象になるわけではありません。給与収入に応じて認められる基本的な給与所得控除額、社会保険料などが控除されるほか、個人で加入する保険料など、そのほかにも所得税から控除できるものがあります。具体的に見ていきましょう。

扶養している配偶者や親族がいる場合、上述した「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」への記入を行うことで、所得税の控除が得られます。

控除の対象になるのは「生計をともにする配偶者で、給与収入が103万円未満の者」「16歳以上の扶養親族」「障害者、寡婦、寡夫、勤労学生」「16歳未満の扶養親族」です。共働きなどで扶養対象にならない配偶者との子供を、配偶者の扶養対象とする場合も書類に記入しなければなりません。

社会保険料以外に、個人で生命保険などに加入している場合も、上述した「給与所得者の保険料控除申告書」への記入を行うことで、所得税の控除が得られます。

控除の対象となるのは「生命保険料」「地震保険料」「扶養配偶者や親族の分の社会保険料調整」「小規模企業共済や確定拠出年金」です。生命保険料控除には、一般の生命保険のほかにも、介護医療保険や個人年金保険も含まれます。

マイホームの購入、新築、リフォームなどで住宅ローンを利用した場合、所得税の控除が得られます。

しかし、年末調整で住宅ローン控除を得られるのは、住宅ローン控除の適用2年目以降に限られることに注意が必要です。なぜなら、年末調整時に必要な控除証明書が発行されないため「住宅借入金等特別控除申告書」の提出ができないからです。

【簡単】年末調整の計算方法

ここまで説明したように、年末調整は会社が実施するものであるため、従業員自身が所得税の再計算などをする必要はありません。しかし、どのような計算方法で、自分の所得税額が確定しているのか、その仕組みを把握しておくのは、正しい納税の仕組みを知る上でも有益であり、個人事業主として独立した場合にも役立ちます。

年末調整での所得税額を計算するには、まず給与や賞与を含めた年間の給与総額、源泉徴収された社会保険料の総額、所得税の総額を算出することから始めます。それ以降の大まかな流れは以下のとおりです。

下記の例をもとに、もう少し詳しく所得税額の計算方法を解説してみましょう。

参考例

シンプルな例になりますが、配偶者や子供などの扶養家族もいない、独身者のA氏という想定で計算してみましょう。

STEP1：給与収入の総額から、給与所得控除額を差し引き、給与所得額を算出する

給与所得控除額とは、会社の業務に必要な経費として給与所得者に認められた控除額のことです。この金額は、給与収入の総額に応じた計算式で算出できます。個人事業主の場合は、収入に必要な支出を経費として計上することで、所得税の控除が得られます。給与所得者も同様の意味合いで、会社の業務に必要な経費として一定の金額が控除額として認められています。算出方法は給与収入総額から以下の計算式に従って算出します。

給与所得控除額の計算

A氏の給与収入は480万円と想定されているため、給与収入360万円超～660万円以下の範囲が該当します。つまり、A氏の給与所得控除額の計算式は、収入金額 x 20% + 54万円となり、実際には以下のとおりとなります。

480万円 - 150万円 = 330万円

最初のステップで求めたい、A氏の給与所得額は330万円だとわかりました。実際には、給与所得額を求めるために、給与所得控除額にプラスした特別控除を計上できる場合があります。それが「特定支出控除」といわれるもので、転勤に伴う支出、職務に直接必要な技術・知識・資格を得るための支出などがこれに該当します。その場合の給与所得額計算式は、以下のとおりとなります。

給与収入総額 - 給与所得控除額 - 特定支出控除 = 給与所得額

ただし、特定支出控除は「給与の支払者が証明した場合」のみ、控除額として認められます。

STEP2：給与所得額から所得控除額を差し引き、課税所得額を算出する

所得控除額とは、基礎控除のほかに扶養家族などの人的控除、保険料などの物的控除の総額のことです。課税所得額の算出は、給与所得額から所得控除額を差し引くことで求められます。

所得控除額とは、基礎控除という誰にでも適用される控除額があるほか、配偶者や子供などの扶養控除、障害者・寡夫・寡婦・勤労学生控除などの「人的控除」、一般の生命保険料、地震保険料などの「物的控除」が含まれます。もちろん、源泉徴収されている社会保険料の総額も所得控除額に含まれます。

A氏は、年間の源泉徴収で60万円の社会保険料、5万円の厚生年金保険料をすでに支払っているため、まずはこれを給与所得額から差し引きます。

330万円 - 60万円 - 5万円 = 265万円

次に、算出された265万円という金額から、A氏の人的控除額を差し引いてみましょう。A氏は独身者であるため、得られる人的控除は、基礎控除の38万円のみになります。

265万円 - 38万円 = 227万円

もし、A氏に扶養親族がいた場合は、基礎控除に加えた人的控除が得られます。たとえば、配偶者・子供がいる場合はそれぞれ38万円、同居の老人扶養親族の場合は、58万円の控除額を給与所得額から差し引けます。

A氏の例では、特に生命保険料を支払っているという想定にはしていないため、物的控除は社会保険料、厚生年金保険料のみになります。つまり、A氏の課税所得額は、227万円です。もちろん、A氏が生命保険や地震保険に加入していて控除証明書があればさらに控除額を差し引けます。

STEP3：課税所得額に応じた所得税率を掛け、所得税額を算出する

課税所得額が195万円を超える人は、算出された所得税額からさらなる控除を得られます。また、住宅ローン控除も所得税額から差し引けます。

算出されたA氏の課税所得額、227万円に応じた所得税率を掛け、所得税額を計算して算出します。課税所得額に応じた所得税率は、以下のとおりです。

課税所得額に応じた所得税率

A氏の課税所得額227万円は、195万円超～330万円以下に該当するため、所得税率は10%になり、実際所得税額の計算式と算出結果は以下のようになります。

227万円 × 10% = 22万7,000円

さらに、課税所得額が195万円以上の場合は、以下のように所得税額からのさらなる控除額が得られます。  

課税所得額が195万円以上の場合の控除額

A氏の課税所得額227万円は、195万円超～330万円以下に該当するため、所得税額からさらに9万7,500円を差し引けます。実際の計算式は以下のとおりです。

22万7,000円 - 9万7,500円 = 12万9,500円

3番目のステップで、A氏の確定所得税額は12万9,500円となりました。  

STEP4：支払済所得税額と確定所得税額の差を精算する

すべての控除を差し引いて確定した所得税額と、すでに源泉徴収で支払済の所得税額の過不足を算出します。STEP3で、A氏が本来支払わなければならない所得税額が確定しました。その金額は12万9,500円となっています。すでに、A氏は源泉徴収で所得税を支払っているため、その差額を算出して過不足を確認しなければなりません。計算式は以下のとおりです。

12万9,500円 - 11万3,500円 = 1万6,000円

A氏が本来支払わなければならない所得税額よりも、源泉徴収されていた所得税額が低かったため、所得税額に1万6,000円の不足が生じてしまいました。つまり、A氏は1万6,000円の所得税額不足分を精算しなければなりません。

確定申告の場合であれば、届出と同時に税務署に不足分を支払う形になりますが、年末調整では、税務署への申告・納税は会社が行います。

スケジュールの項目でも触れたように、会社が年末調整を実施する際は、12月中に個々の従業員の所得税額を確定させ、12月もしくは1月の給与支払い時に調整されます。A氏の不足分所得税1万6,000円は、12月もしくは1月の給与支払い時に、その月の源泉所得税にプラスして差し引かれることで調整されます。

ごくシンプルな例で具体的なシミュレーションをしてみましたが、実際には源泉徴収時の所得税はやや高めに計算される場合が多いため、所得税の払い過ぎによる還付金を受けられることが多いようです。

年末調整と確定申告の違い

年末調整は、給与所得者の毎年1月1日から12月31までの給与総額から所得税を確定させ、源泉徴収されていた所得税との差額を精算する手続きであることは解説しました。

確定申告とは、毎年1月1日から12月31日までに得た収入から所得を計算し、課税対象になる所得に応じた税金を確定させたうえで申告・納税する手続きです。このように説明すると、年末調整と確定申告はなんら変わらないもののように思えてくるでしょう。

実際、従業員の代わりに会社が行う年末調整、個人事業主やフリーランサーが自ら行う確定申告という違いはあるものの、両者の目的は同じであり、年末調整は会社が個々の従業員の確定申告を代行するものだともいえます。

もともと、年末調整や源泉徴収という制度は、国が徴税する手間を簡略化させ、安定した税収を得るために採用された仕組みであり、ほとんどの給与所得者がひとつの会社のみから全収入を得ていることを前提にしています。終身雇用が当たり前だったこれまでの日本では、まさに都合のいい徴税方法だった源泉徴収・年末調整ですが、近年、その様相も異なってきているといえるのかもしれません。

年末調整をしても確定申告が必要な場合

年末調整を受けていても確定申告しなければならないのは、副業・復業を持っている人だけではありません。年末調整・源泉徴収が、ひとつの会社からのみ全収入を得ていることを前提にしている以上、給与収入以外の収入があれば確定申告が必要です。

一方、確定申告をしなければ、所得税が控除されない個人的な支出もあります。具体的に見ていきましょう。

国や地方公共団体、宗教法人などの特定の団体に寄付金を支払った場合、確定申告すれば寄付金控除という所得控除が得られます。なぜ確定申告をしないと寄付金控除が得られないかというと、寄付金控除額を記入する欄が確定申告書にしかないからです。

また、ふるさと納税も寄付金控除の対象です。ふるさと納税は所得控除されることで、その年の所得税と翌年の住民税が軽減されるものであり、住民税の納付先を自由に選べるものではありません。ふるさと納税については、ワンストップ特例という制度を利用すれば、確定申告する必要はありません。

住宅ローン控除とは、10年間までを限度として、1～10年目の年末時点でのローン残高 × 1%の金額（最大40万円）が還付される仕組みです。すでに解説したように、住宅ローンを利用している人は所得税控除が受けられますが、年末調整で住宅ローン控除を受けられるのは2年目以降です。

住宅ローン控除のメリットを受けるには、最初の1年目に確定申告する必要があります。確定申告書への記入のほかにも、マイナンバー、登記事項証明書、不動産売買契約書、源泉徴収票、住宅ローンの残高証明書などを用意しなければなりませんが、大きな還付額が期待できます。

自然災害や盗難などにあってしまった場合も、確定申告すれば所得控除が得られます。申告できるのは、災害による損失に使える「災害減免法」自然・人為災害のほかにも、盗難・横領などの被害に使える「雑損控除」のうちのいずれかです。

それぞれ対象となる損害資産は異なりますが、住居や家財などの生活に必要な資産のみが対象となるのは共通しており、詐欺や恐喝の場合は適用できません。

給与所得のほかに年間20万円を超える所得がある人は、確定申告しなければなりません。給与所得以外の所得には、配当所得、不動産所得、事業所得、退職所得、譲渡所得、一時所得、雑所得などが含まれます。

このうちの雑所得になることが多いのが副業収入ですが、そのほかにも株配当や遺産相続、退職金、不動産の売買などで年間20万円を超える所得があれば、確定申告する必要があります。

年末調整について注意すべきポイント3つ

基本的に会社が実施するものである年末調整では、従業員がやるべきことはそれほど多くなく、必要書類への記入と提出書類を準備するだけです。しかし、必要書類への記入で気にしておきたいことや、イレギュラーな事態が発生した特に覚えておきたいことなど、注意すべきポイントがいくつかあります。

すでに解説したように、対象年の翌年1月31日が年末調整の締め切りです。そのため、11月中に必要書類の記入や提出を済ませ、12月中旬には所得税の再計算が完了しているのが一般的です。

しかし、年末調整後の12月に結婚・離婚や出産で扶養親族の人数に変更があった、配偶者の収入が増えて扶養親族から外れる見通しになった、必要書類を提出し忘れたなどで、所得税額の再計算をしたいケースが出てくることも考えられます。

このような場合は、締め切り日である翌年1月31日までであれば、年末調整のやり直しを会社に依頼できます。実際には会社が税務署に書類を提出する期限が締め切り日のため、年末調整のやり直しがしたい場合は早急に申し出る必要があるでしょう。

また、1月31日までに年末調整のやり直しが間に合わなかった場合は、2月18日～3月15日（2019年の場合）までの間に確定申告することで、所得税額の再計算とやり直しが可能です。

年末調整の結果として、従業員の手元に残るのは源泉徴収票ですが、従業員が提出した申告書などの必要書類は、会社が保管しておかなければならない義務などがあるのでしょうか？結論からいうと、年末調整関連書類は、税務調査時の開示を求められる書類に該当するため、7年間保存しておかなければなりません。

具体的な保存期間は、年末調整対象年の翌年1月10日の翌日からの7年間です。たとえば、2018年の年末調整関連書類は、2019年1月11日から2026年1月10日までの7年間、保管しておく必要があります。保管しておかなければならないのは、以下の書類です。

2016年にマイナンバー制度が導入されて以降、扶養控除等申告書にもマイナンバー記載欄が設けられました。会社へマイナンバーを届け出ている人は、基本的に関連書類へのマイナンバー記載は必要ありませんが、会社側の指示に従うというのが正解のようです。これは会社と従業員間の合意があるなど、一定の要件を満たしていれば必要書類へのマイナンバーの記載が必要なくなったためです。

ただし、配偶者のマイナンバーを届け出ていない人は、配偶者控除等申告書に配偶者のマイナンバーを記載する必要があります。年度によってマイナンバー関連の記載要件は異なっているため、担当者は都度確認する必要があります。

年末調整を簡単に！おすすめサービスを紹介

経理担当者にとっての年末調整は、年に一度の一大イベントであり、従業員数の多い企業ではこれを乗り切るために臨時要員を雇用したり、アウトソーシングしたりする場合もあるでしょう。しかし、年末調整を合理化するクラウド型サービスを導入すれば、これまで投入していたリソースを大幅削減できます。

最後に、年末調整を簡単にするおすすめのサービスを紹介します。

出典：さくら情報システム株式会社    https://www.sakura-is.co.jp/solution/ps-000-113.html

「年末調整Web申告」は、年末調整のプロセスをデジタル化し、作業負担を大幅に軽減するSaaS型年末調整システムです。印刷・配布・回収などの手間がかかる必要書類をデジタル化、従業員がPCやスマートフォンで入力できるため、年末調整にかかっていた手間と時間を大幅に削減できます。

スケジュール機能や入力補助機能などで作業を合理化するほかにも、各種証明書などの書類添付も可能です。入力されたデータをもとに所得税額が自動計算されるため、人事担当者は入力の不備をチェックするだけで、システムへの歳入力も必要ありません。また、すべてのデータはCSV形式で出力可能なため、ほとんどの会計ソフトとも連携できます。

出典：株式会社オービックビジネスコンサルタント    https://www.obc.co.jp/bugyo-edge/adjustment

「奉行Edge 年末調整申告書クラウド」は、会計ソフトの勘定奉行で大きなシェアを誇る、OBCが提供するSaaS型年末調整システムです。年末調整書類のweb提出に対応するため、従来のような紙の申告書の配布・記入・回収が必要なくなり、自宅のPCやスマートフォンからでも年末調整の申告が可能になります。

入力ガイドやヘルプの充実で従業員からの問い合わせも削減、提出状況が自動的に記録されるため、面倒な管理も自動化できます。もちろん、データ再入力の必要もなく、自動計算機能で確定所得税の算出もラクラク。勘定奉行との連携はもちろん、CSVか意識での出力によって、ほとんどの会計ソフトと連携できます。

以上、年末調整にも対応したおすすめの経費精算システムを詳しく解説しました。PRONIアイミツ（当サイト）では、ITツール受発注支援のプロとして、経費精算システム選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめのツールがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

まとめ：年末調整の仕組みを理解して、損をしないようにしよう！

会社が代行して従業員の所得税額を再計算する年末調整は、実際に自分自身が特別何かをやらなければならない必要はありません。しかし、どのような仕組みで年末調整が実施され、どのような支出が所得控除として認められるかを理解しておけば、より多くの還付金が得られる可能性もあります。少なくとも、所得税の払い過ぎなどが起こらないように、年末調整の仕組みや計算方法をしっかりと理解しておく必要があるでしょう。